ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54594

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 10, 11, 5, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.010 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.002, 0.013, 0.028, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.013 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.003, 0.012, 0.028, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.012 std_dev=0.016
C6 A 0, -0.003, 0.016, 0.034, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C1' A 0, -0.003, 0.016, 0.035, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.016 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.001, 0.027, 0.053, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.027 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.026, 0.061, 0.097, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.061 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.011, 0.059, 0.106, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.059 std_dev=0.047
O4 A 0, 0.007, 0.058, 0.109, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.058 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.048, 0.104, 0.160, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.104 std_dev=0.056
C3' A 0, 0.044, 0.120, 0.195, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.120 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.027, 0.118, 0.208, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.118 std_dev=0.091
C6 B 0, 0.112, 0.206, 0.300, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.206 std_dev=0.094
O3' A 0, 0.053, 0.158, 0.263, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.158 std_dev=0.105
N1 B 0, 0.086, 0.192, 0.298, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.192 std_dev=0.106
O6 B 0, 0.119, 0.245, 0.371, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.245 std_dev=0.126
C5 B 0, 0.094, 0.225, 0.355, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.225 std_dev=0.130
C5' A 0, 0.064, 0.199, 0.335, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.199 std_dev=0.135
C2 B 0, 0.055, 0.205, 0.355, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.205 std_dev=0.150
P B 0, 0.122, 0.276, 0.429, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.276 std_dev=0.153
O5' A 0, 0.142, 0.298, 0.454, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.298 std_dev=0.156
C4 B 0, 0.061, 0.227, 0.394, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.227 std_dev=0.166
N3 B 0, 0.053, 0.230, 0.407, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.230 std_dev=0.177
O5' B 0, 0.178, 0.357, 0.537, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.357 std_dev=0.180
N7 B 0, 0.105, 0.285, 0.465, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.285 std_dev=0.180
P A 0, 0.181, 0.362, 0.543, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.362 std_dev=0.181
OP1 B 0, 0.161, 0.345, 0.529, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.345 std_dev=0.184
OP2 B 0, 0.171, 0.359, 0.548, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.359 std_dev=0.188
N2 B 0, 0.045, 0.248, 0.451, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.248 std_dev=0.203
N9 B 0, 0.056, 0.283, 0.510, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.283 std_dev=0.227
C8 B 0, 0.078, 0.306, 0.535, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.306 std_dev=0.228
OP1 A 0, 0.193, 0.425, 0.657, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.425 std_dev=0.232
OP2 A 0, 0.127, 0.402, 0.678, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.402 std_dev=0.275
C5' B 0, 0.017, 0.310, 0.602, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.310 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.052, 0.345, 0.639, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.345 std_dev=0.294
C4' B 0, 0.032, 0.333, 0.634, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.333 std_dev=0.301
O4' B 0, 0.020, 0.338, 0.655, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.338 std_dev=0.318
C2' B 0, 0.053, 0.376, 0.699, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.376 std_dev=0.323
C3' B 0, 0.009, 0.335, 0.661, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.335 std_dev=0.326
O3' B 0, 0.060, 0.395, 0.729, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.395 std_dev=0.334
O2' B 0, 0.123, 0.473, 0.823, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.473 std_dev=0.350

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.11 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.02 0.02 0.07 0.11 0.10 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.12 0.08 0.05
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.02 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.10 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03 0.07 0.11 0.17 0.11
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.10 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.08 0.12 0.17 0.11
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.11 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01 0.10 0.03 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.07 0.10 0.13 0.08
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.07 0.11 0.10 0.07
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.02 0.06 0.09 0.13 0.08
O2 0.05 0.00 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.03 0.05 0.08 0.13 0.10 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.09 0.00 0.03 0.07 0.01 0.05 0.12 0.10 0.06
O3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.12 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.11 0.09 0.05
O4 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.00 0.03 0.08 0.13 0.20 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.10 0.08 0.06
O5' 0.05 0.07 0.04 0.06 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.06 0.08 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.09 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.08 0.08 0.17 0.02 0.17 0.03 0.13 0.10 0.13 0.10 0.10 0.09 0.20 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.05 0.05 0.11 0.01 0.11 0.01 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.05 0.13 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.05 0.08 0.04 0.07 0.08 0.17 0.08 0.09 0.06 0.10 0.07 0.11 0.05 0.06 0.10 0.08 0.06 0.10 0.03 0.04 0.02
C2 0.09 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.08 0.12 0.09 0.10 0.06 0.08 0.06 0.11 0.08 0.08 0.08 0.10 0.05 0.14 0.07 0.10 0.07
C2' 0.08 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.08 0.15 0.08 0.08 0.06 0.11 0.07 0.11 0.06 0.07 0.09 0.09 0.04 0.11 0.04 0.03 0.02
C3' 0.09 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.13 0.07 0.08 0.06 0.11 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10 0.04 0.09 0.03 0.01 0.01
C4 0.07 0.12 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.18 0.13 0.09 0.13 0.14 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.06 0.08 0.16 0.05 0.07 0.03
C4' 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.19 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.07 0.09 0.10 0.07 0.09 0.08 0.05 0.03 0.04
C5 0.09 0.13 0.10 0.13 0.11 0.14 0.13 0.23 0.14 0.11 0.14 0.15 0.11 0.13 0.10 0.10 0.14 0.09 0.13 0.16 0.08 0.05 0.06
C5' 0.10 0.08 0.10 0.11 0.07 0.12 0.09 0.19 0.10 0.10 0.09 0.11 0.07 0.11 0.08 0.13 0.12 0.09 0.10 0.11 0.06 0.03 0.04
C6 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10 0.13 0.13 0.23 0.13 0.12 0.11 0.12 0.09 0.14 0.09 0.09 0.14 0.08 0.12 0.15 0.07 0.05 0.06
N1 0.06 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.09 0.17 0.10 0.09 0.06 0.09 0.05 0.12 0.06 0.06 0.10 0.06 0.06 0.13 0.04 0.05 0.03
N3 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.13 0.11 0.10 0.09 0.10 0.06 0.11 0.08 0.08 0.08 0.08 0.05 0.15 0.05 0.10 0.06
O2 0.15 0.07 0.13 0.11 0.10 0.10 0.08 0.09 0.07 0.12 0.06 0.09 0.09 0.12 0.12 0.13 0.10 0.17 0.09 0.13 0.12 0.16 0.12
O2' 0.09 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.11 0.07 0.09 0.06 0.11 0.07 0.10 0.07 0.07 0.10 0.11 0.03 0.10 0.06 0.06 0.04
O3' 0.11 0.09 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00
O4 0.08 0.15 0.08 0.09 0.10 0.10 0.11 0.17 0.13 0.09 0.15 0.18 0.12 0.11 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.15 0.05 0.08 0.03
O4' 0.06 0.08 0.06 0.10 0.05 0.10 0.09 0.22 0.07 0.10 0.06 0.11 0.07 0.12 0.06 0.07 0.12 0.06 0.10 0.09 0.04 0.04 0.04
O5' 0.09 0.11 0.08 0.10 0.06 0.12 0.06 0.21 0.09 0.06 0.11 0.16 0.09 0.07 0.06 0.12 0.12 0.08 0.12 0.10 0.11 0.08 0.09
OP1 0.21 0.10 0.22 0.20 0.11 0.21 0.08 0.19 0.08 0.13 0.09 0.13 0.12 0.10 0.15 0.28 0.23 0.20 0.16 0.09 0.15 0.14 0.13
OP2 0.07 0.16 0.08 0.10 0.10 0.13 0.13 0.19 0.18 0.08 0.20 0.20 0.11 0.12 0.07 0.11 0.13 0.08 0.13 0.21 0.15 0.12 0.12
P 0.10 0.09 0.11 0.13 0.06 0.15 0.08 0.20 0.10 0.08 0.11 0.13 0.06 0.08 0.06 0.15 0.15 0.11 0.12 0.12 0.11 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.06 0.06
C2 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.02 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.10 0.01 0.10 0.07 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.01 0.06 0.06 0.05
C4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.09 0.01 0.06 0.09 0.07
C5' 0.04 0.17 0.02 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.18 0.14 0.18 0.18 0.15 0.17 0.11 0.03 0.03 0.01 0.02 0.19 0.03 0.04 0.03
C6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.01 0.07 0.09 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.02 0.07 0.11 0.08
N1 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.10 0.01 0.08 0.07 0.07
N2 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.08 0.12 0.02 0.14 0.09 0.10
N3 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.09 0.01 0.09 0.07 0.07
N7 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.10 0.02 0.08 0.13 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.08 0.04 0.05
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.08 0.12 0.09
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.08 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.08 0.09 0.09
O5' 0.03 0.10 0.01 0.04 0.07 0.02 0.09 0.02 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.10 0.04 0.05 0.07 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.10 0.00 0.08 0.11 0.08
OP1 0.07 0.10 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.07 0.08 0.14 0.09 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.07 0.04 0.07 0.06 0.03 0.09 0.04 0.09 0.11 0.07 0.09 0.07 0.13 0.06 0.04 0.12 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.02 0.05 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.04 0.05 0.09 0.09 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00