ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54598

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 5, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.010, 0.028, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.028 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.014, 0.046, 0.078, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.046 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.045, 0.128, 0.210, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.128 std_dev=0.083
C2' A 0, 0.039, 0.131, 0.224, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.131 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.055, 0.157, 0.259, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.157 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.078, 0.189, 0.299, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.189 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.078, 0.211, 0.344, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.211 std_dev=0.133
N3 B 0, 0.208, 0.363, 0.519, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.363 std_dev=0.156
C4 B 0, 0.206, 0.363, 0.520, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.363 std_dev=0.157
C2 B 0, 0.195, 0.354, 0.513, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.354 std_dev=0.159
C5 B 0, 0.214, 0.375, 0.535, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.375 std_dev=0.161
N7 B 0, 0.237, 0.403, 0.568, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.403 std_dev=0.166
N2 B 0, 0.203, 0.370, 0.536, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.370 std_dev=0.166
N1 B 0, 0.205, 0.379, 0.552, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.379 std_dev=0.174
N9 B 0, 0.217, 0.397, 0.576, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.397 std_dev=0.179
C8 B 0, 0.221, 0.402, 0.583, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.402 std_dev=0.181
C6 B 0, 0.219, 0.400, 0.582, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.400 std_dev=0.181
C5' A 0, 0.135, 0.326, 0.518, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.326 std_dev=0.191
O3' A 0, 0.088, 0.283, 0.479, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.283 std_dev=0.195
C1' B 0, 0.274, 0.476, 0.679, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.476 std_dev=0.202
O5' A 0, 0.150, 0.365, 0.580, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.365 std_dev=0.215
O6 B 0, 0.244, 0.468, 0.692, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.468 std_dev=0.224
O4' B 0, 0.303, 0.549, 0.795, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.549 std_dev=0.246
C2' B 0, 0.327, 0.577, 0.827, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.577 std_dev=0.250
O2' B 0, 0.374, 0.644, 0.915, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.644 std_dev=0.270
P A 0, 0.214, 0.520, 0.826, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.520 std_dev=0.306
C3' B 0, 0.373, 0.695, 1.018, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.695 std_dev=0.322
C4' B 0, 0.355, 0.678, 1.002, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.678 std_dev=0.324
OP1 A 0, 0.235, 0.565, 0.894, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.565 std_dev=0.329
O5' B 0, 0.318, 0.662, 1.007, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.662 std_dev=0.345
OP2 A 0, 0.274, 0.622, 0.970, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.622 std_dev=0.348
C5' B 0, 0.348, 0.722, 1.095, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.722 std_dev=0.373
P B 0, 0.349, 0.731, 1.113, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.731 std_dev=0.382
OP2 B 0, 0.370, 0.767, 1.164, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.767 std_dev=0.397
O3' B 0, 0.446, 0.844, 1.242, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.844 std_dev=0.398
OP1 B 0, 0.425, 0.877, 1.328, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.877 std_dev=0.452

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.08 0.03 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.11 0.10 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.08 0.10 0.11 0.09
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.07 0.07 0.08 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.06 0.09 0.08 0.07
O2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.09 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.11 0.05 0.07
O4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.08 0.13 0.12 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
O5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.04 0.01 0.03 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.07 0.08 0.11 0.02 0.10 0.01 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.11 0.13 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.02 0.03 0.10 0.04 0.11 0.04 0.08 0.05 0.08 0.04 0.03 0.05 0.12 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.04 0.05 0.09 0.02 0.09 0.00 0.07 0.04 0.07 0.04 0.04 0.07 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.07 0.07 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05
C2 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06
C2' 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.10 0.08 0.04 0.04 0.08 0.07 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05
C3' 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.09 0.10 0.09 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05
C4 0.11 0.08 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.11 0.09 0.09 0.07 0.08 0.11 0.10 0.13 0.10 0.11 0.08 0.13 0.08 0.07 0.08
C4' 0.07 0.11 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.11 0.10 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.05 0.05 0.06
C5 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.11 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.13 0.09 0.10 0.09
C5' 0.08 0.12 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.12 0.08 0.13 0.12 0.11 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.12 0.06 0.05 0.06
C6 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08
N1 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.09 0.06 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.03
N3 0.12 0.09 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.08 0.10 0.12 0.11 0.14 0.11 0.11 0.10 0.12 0.08 0.09 0.08
O2 0.15 0.11 0.15 0.14 0.12 0.14 0.11 0.14 0.10 0.14 0.10 0.12 0.13 0.13 0.14 0.16 0.15 0.14 0.15 0.09 0.13 0.13 0.12
O2' 0.07 0.12 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.10 0.14 0.10 0.06 0.06 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07
O3' 0.07 0.11 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.05 0.10 0.13 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05
O4 0.14 0.08 0.13 0.13 0.10 0.14 0.11 0.13 0.12 0.12 0.10 0.08 0.09 0.12 0.12 0.15 0.13 0.14 0.11 0.15 0.14 0.11 0.13
O4' 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06
O5' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.11 0.05 0.04 0.05
OP1 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07
OP2 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.12 0.06 0.07 0.06
P 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.07 0.03 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03
C4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.10 0.07
C8 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.11 0.08
N2 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.12 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03
O5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.09 0.07
OP1 0.03 0.08 0.04 0.05 0.06 0.03 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.08 0.07 0.04 0.04 0.04 0.07 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.11 0.06 0.06 0.09 0.03 0.08 0.02 0.10 0.05 0.11 0.12 0.10 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.08 0.07 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00