ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54602

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
O4 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O3' A 0, 0.066, 0.178, 0.291, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.178 std_dev=0.112
C2' A 0, 0.001, 0.124, 0.247, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.124 std_dev=0.123
O4' A 0, -0.012, 0.116, 0.244, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.116 std_dev=0.128
C3' A 0, 0.006, 0.143, 0.280, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.143 std_dev=0.137
C4' A 0, -0.008, 0.149, 0.305, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.149 std_dev=0.156
O2' A 0, 0.013, 0.212, 0.411, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.212 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.108, 0.355, 0.602, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.355 std_dev=0.247
C1' B 0, 0.077, 0.348, 0.620, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.348 std_dev=0.271
N9 B 0, 0.083, 0.360, 0.637, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.360 std_dev=0.277
N3 B 0, 0.033, 0.310, 0.587, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.310 std_dev=0.277
C4 B 0, 0.059, 0.341, 0.624, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.341 std_dev=0.283
C5' A 0, -0.012, 0.273, 0.558, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.273 std_dev=0.285
C2 B 0, 0.033, 0.325, 0.616, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.325 std_dev=0.292
N2 B 0, 0.051, 0.347, 0.642, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.347 std_dev=0.296
C4' B 0, 0.101, 0.404, 0.707, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.404 std_dev=0.303
C8 B 0, 0.113, 0.426, 0.739, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.426 std_dev=0.313
N1 B 0, 0.052, 0.374, 0.696, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.374 std_dev=0.322
C5 B 0, 0.082, 0.404, 0.726, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.404 std_dev=0.322
O5' A 0, -0.048, 0.288, 0.624, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.288 std_dev=0.336
C5' B 0, 0.130, 0.475, 0.821, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.475 std_dev=0.346
N7 B 0, 0.118, 0.464, 0.810, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.464 std_dev=0.346
C6 B 0, 0.082, 0.431, 0.780, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.431 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.088, 0.448, 0.807, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.448 std_dev=0.360
C3' B 0, 0.086, 0.464, 0.843, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.464 std_dev=0.379
O5' B 0, 0.170, 0.549, 0.928, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.549 std_dev=0.379
O2' B 0, 0.103, 0.493, 0.884, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.493 std_dev=0.391
P A 0, -0.007, 0.384, 0.774, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.384 std_dev=0.391
OP2 A 0, 0.035, 0.430, 0.825, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.430 std_dev=0.395
O3' B 0, 0.054, 0.455, 0.856, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.455 std_dev=0.401
O6 B 0, 0.121, 0.523, 0.926, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.523 std_dev=0.402
P B 0, 0.166, 0.570, 0.974, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.570 std_dev=0.404
OP1 A 0, -0.010, 0.399, 0.808, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.399 std_dev=0.409
OP1 B 0, 0.172, 0.586, 1.000, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.586 std_dev=0.414
OP2 B 0, 0.199, 0.645, 1.091, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.645 std_dev=0.446

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.08 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.01 0.04 0.04 0.07 0.11 0.05
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.11 0.08 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.05 0.08 0.12 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.06 0.08 0.12 0.06
C5' 0.02 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.05 0.08 0.12 0.06
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.07 0.10 0.05
N3 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03 0.04 0.08 0.12 0.06
O2 0.01 0.00 0.10 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.05 0.01 0.07 0.03 0.07 0.11 0.05
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.09 0.17 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.14 0.10 0.10
O3' 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.11 0.07 0.06
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.06 0.08 0.13 0.07
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.06 0.11 0.07
O5' 0.02 0.04 0.08 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.09 0.04 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.07 0.11 0.10 0.08 0.05 0.08 0.02 0.08 0.07 0.08 0.07 0.14 0.11 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.11 0.08 0.06 0.12 0.05 0.12 0.02 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.07 0.13 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.03 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.10 0.06 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.11 0.06 0.05 0.10 0.07 0.13 0.08 0.12 0.15 0.11 0.12 0.09 0.16 0.10 0.08 0.08 0.08 0.13 0.13 0.12 0.16 0.11
C2 0.09 0.17 0.11 0.08 0.13 0.07 0.13 0.08 0.14 0.09 0.16 0.18 0.15 0.11 0.10 0.14 0.08 0.07 0.18 0.14 0.12 0.22 0.14
C2' 0.06 0.11 0.05 0.04 0.10 0.06 0.13 0.08 0.12 0.16 0.11 0.14 0.10 0.17 0.10 0.09 0.05 0.07 0.11 0.14 0.11 0.15 0.09
C3' 0.07 0.11 0.06 0.03 0.10 0.06 0.12 0.09 0.11 0.15 0.10 0.14 0.10 0.15 0.10 0.09 0.04 0.08 0.07 0.12 0.11 0.09 0.04
C4 0.08 0.12 0.09 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.06 0.11 0.16 0.10 0.07 0.06 0.12 0.08 0.09 0.17 0.10 0.14 0.20 0.14
C4' 0.08 0.12 0.07 0.04 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.14 0.10 0.14 0.11 0.14 0.10 0.10 0.04 0.09 0.08 0.11 0.09 0.09 0.05
C5 0.11 0.08 0.10 0.10 0.08 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.09 0.11 0.07 0.12 0.10 0.10 0.12 0.12 0.17 0.11 0.15 0.18 0.15
C5' 0.11 0.13 0.10 0.07 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.13 0.12 0.17 0.13 0.12 0.11 0.14 0.04 0.13 0.10 0.10 0.09 0.10 0.07
C6 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.11 0.12 0.10 0.14 0.09 0.11 0.06 0.14 0.11 0.09 0.12 0.12 0.17 0.11 0.15 0.17 0.15
N1 0.05 0.11 0.05 0.05 0.07 0.07 0.10 0.07 0.10 0.11 0.10 0.13 0.08 0.12 0.07 0.08 0.07 0.07 0.15 0.11 0.12 0.17 0.12
N3 0.10 0.17 0.11 0.09 0.12 0.08 0.11 0.09 0.14 0.07 0.17 0.19 0.15 0.08 0.09 0.15 0.08 0.08 0.19 0.13 0.14 0.23 0.16
O2 0.15 0.20 0.16 0.13 0.19 0.11 0.20 0.12 0.21 0.16 0.21 0.20 0.20 0.19 0.17 0.19 0.11 0.12 0.22 0.20 0.15 0.27 0.18
O2' 0.08 0.10 0.07 0.06 0.11 0.08 0.16 0.11 0.16 0.19 0.12 0.13 0.09 0.22 0.12 0.08 0.07 0.09 0.14 0.18 0.16 0.19 0.14
O3' 0.08 0.11 0.07 0.05 0.10 0.07 0.12 0.11 0.12 0.15 0.11 0.13 0.11 0.16 0.10 0.09 0.06 0.08 0.06 0.13 0.13 0.06 0.04
O4 0.09 0.13 0.10 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.07 0.12 0.18 0.11 0.07 0.08 0.13 0.09 0.10 0.18 0.11 0.15 0.21 0.15
O4' 0.07 0.11 0.06 0.04 0.10 0.06 0.11 0.08 0.10 0.13 0.10 0.13 0.11 0.13 0.10 0.09 0.06 0.08 0.13 0.11 0.10 0.13 0.09
O5' 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.13 0.12 0.13 0.11 0.15 0.12 0.16 0.12 0.14 0.13 0.16 0.10 0.14 0.11 0.11 0.10 0.12 0.08
OP1 0.11 0.12 0.09 0.08 0.11 0.11 0.13 0.13 0.12 0.16 0.11 0.15 0.11 0.16 0.12 0.12 0.06 0.13 0.10 0.13 0.11 0.11 0.08
OP2 0.15 0.14 0.13 0.11 0.15 0.13 0.17 0.13 0.16 0.19 0.15 0.16 0.14 0.20 0.16 0.17 0.09 0.15 0.12 0.17 0.10 0.15 0.10
P 0.12 0.12 0.10 0.09 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.15 0.12 0.16 0.11 0.15 0.12 0.13 0.07 0.13 0.10 0.12 0.09 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.07 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.11 0.01 0.10 0.14 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.12 0.01 0.09 0.14 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.13 0.01 0.10 0.17 0.10
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.13 0.00 0.10 0.17 0.10
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.15 0.01 0.10 0.18 0.12
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.12 0.01 0.10 0.16 0.10
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.03 0.10 0.02 0.09 0.13 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.10 0.01 0.09 0.13 0.08
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.15 0.01 0.11 0.19 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.13 0.01 0.09 0.13 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05 0.04
O3' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.02 0.09 0.09 0.09
O5' 0.09 0.11 0.04 0.04 0.12 0.02 0.13 0.00 0.13 0.15 0.12 0.10 0.10 0.15 0.13 0.04 0.04 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.13 0.00 0.11 0.18 0.11
OP1 0.07 0.10 0.06 0.05 0.09 0.05 0.10 0.05 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.06 0.09 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.14 0.05 0.06 0.14 0.03 0.17 0.01 0.17 0.18 0.16 0.13 0.13 0.19 0.13 0.05 0.06 0.09 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.03 0.04 0.09 0.03 0.10 0.02 0.10 0.12 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.04 0.04 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00