ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54603

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.016, 0.028, 0.041, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.017, 0.032, 0.048, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.018, 0.035, 0.051, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.035 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.037, 0.067, 0.098, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.067 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.071, 0.122, 0.173, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.122 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.149, 0.314, 0.480, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.314 std_dev=0.165
O2' A 0, 0.153, 0.335, 0.517, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.335 std_dev=0.182
C6 B 0, 0.375, 0.619, 0.864, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.619 std_dev=0.244
O4' A 0, 0.172, 0.419, 0.666, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.419 std_dev=0.247
N1 B 0, 0.351, 0.613, 0.874, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.613 std_dev=0.261
C2 B 0, 0.298, 0.586, 0.874, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.586 std_dev=0.288
C4 B 0, 0.385, 0.690, 0.996, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.690 std_dev=0.306
N3 B 0, 0.403, 0.726, 1.048, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.726 std_dev=0.322
C5 B 0, 0.183, 0.516, 0.850, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.516 std_dev=0.333
C3' A 0, 0.461, 0.805, 1.150, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.805 std_dev=0.345
N2 B 0, 0.382, 0.747, 1.111, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.747 std_dev=0.364
O6 B 0, 0.504, 0.885, 1.265, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.885 std_dev=0.381
C4' A 0, 0.396, 0.777, 1.158, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.777 std_dev=0.381
N9 B 0, 0.603, 1.001, 1.399, 1.398 max_d=1.398 avg_d=1.001 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.662, 1.083, 1.504, 1.467 max_d=1.467 avg_d=1.083 std_dev=0.421
O5' A 0, 0.498, 0.923, 1.349, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.923 std_dev=0.426
N7 B 0, 0.278, 0.710, 1.142, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.710 std_dev=0.432
C8 B 0, 0.545, 0.978, 1.411, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.978 std_dev=0.433
P A 0, 0.452, 0.906, 1.360, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.906 std_dev=0.454
OP1 A 0, 0.476, 0.950, 1.423, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.950 std_dev=0.473
C3' B 0, 0.698, 1.195, 1.692, 1.576 max_d=1.576 avg_d=1.195 std_dev=0.497
O3' A 0, 0.708, 1.232, 1.756, 1.622 max_d=1.622 avg_d=1.232 std_dev=0.524
C1' B 0, 0.888, 1.451, 2.013, 1.799 max_d=1.799 avg_d=1.451 std_dev=0.562
C5' A 0, 0.515, 1.104, 1.692, 1.782 max_d=1.782 avg_d=1.104 std_dev=0.589
OP2 A 0, 0.600, 1.223, 1.846, 1.930 max_d=1.930 avg_d=1.223 std_dev=0.623
O3' B 0, 0.863, 1.628, 2.392, 2.425 max_d=2.425 avg_d=1.628 std_dev=0.765
O4' B 0, 1.161, 2.092, 3.023, 2.744 max_d=2.744 avg_d=2.092 std_dev=0.931
C4' B 0, 1.166, 2.241, 3.315, 3.111 max_d=3.111 avg_d=2.241 std_dev=1.074
O2' B 0, 1.441, 2.693, 3.945, 3.726 max_d=3.726 avg_d=2.693 std_dev=1.252
OP2 B 0, 1.542, 3.205, 4.869, 4.924 max_d=4.924 avg_d=3.205 std_dev=1.663
C5' B 0, 1.386, 3.072, 4.757, 4.453 max_d=4.453 avg_d=3.072 std_dev=1.685
O5' B 0, 1.547, 3.514, 5.480, 5.259 max_d=5.259 avg_d=3.514 std_dev=1.967
P B 0, 1.809, 4.250, 6.690, 6.601 max_d=6.601 avg_d=4.250 std_dev=2.440
OP1 B 0, 2.048, 5.245, 8.443, 8.120 max_d=8.120 avg_d=5.245 std_dev=3.198

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.21 0.25 0.10 0.12
C2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.12 0.01 0.03 0.39 0.34 0.09 0.27
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.05 0.14 0.00 0.04 0.03 0.01 0.27 0.32 0.08 0.21
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.17 0.00 0.19 0.01 0.18 0.11 0.15 0.14 0.02 0.01 0.18 0.02 0.29 0.37 0.07 0.23
C4 0.02 0.01 0.03 0.17 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.19 0.00 0.02 0.51 0.40 0.23 0.39
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.01 0.17 0.23 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.19 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.02 0.52 0.40 0.25 0.39
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.09 0.04 0.08 0.06 0.09 0.08 0.12 0.02 0.01 0.21 0.31 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.19 0.01 0.03 0.48 0.37 0.17 0.32
N1 0.01 0.00 0.02 0.11 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.01 0.38 0.32 0.08 0.24
N3 0.02 0.00 0.05 0.15 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.15 0.01 0.02 0.46 0.37 0.16 0.34
O2 0.03 0.00 0.14 0.14 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.18 0.01 0.05 0.34 0.32 0.07 0.24
O2' 0.00 0.11 0.00 0.02 0.06 0.09 0.04 0.09 0.04 0.03 0.10 0.18 0.00 0.10 0.07 0.07 0.03 0.14 0.10 0.03
O3' 0.04 0.12 0.04 0.01 0.19 0.01 0.22 0.08 0.19 0.08 0.15 0.18 0.10 0.00 0.22 0.02 0.17 0.33 0.10 0.17
O4 0.02 0.01 0.03 0.18 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.22 0.00 0.02 0.53 0.41 0.28 0.42
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02 0.02 0.00 0.06 0.17 0.27 0.06
O5' 0.21 0.39 0.27 0.29 0.51 0.01 0.52 0.01 0.48 0.38 0.46 0.34 0.03 0.17 0.53 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.25 0.34 0.32 0.37 0.40 0.17 0.40 0.21 0.37 0.32 0.37 0.32 0.14 0.33 0.41 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.09 0.08 0.07 0.23 0.23 0.25 0.31 0.17 0.08 0.16 0.07 0.10 0.10 0.28 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.27 0.21 0.23 0.39 0.02 0.39 0.01 0.32 0.24 0.34 0.24 0.03 0.17 0.42 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.37 0.23 0.22 0.42 0.07 0.28 0.06 0.59 0.24 0.31 0.31 0.30 0.11 0.16 0.24 1.14 0.16 0.13 0.68 0.31 1.31 0.39 0.75
C2 0.33 0.17 0.39 0.51 0.17 0.52 0.16 0.93 0.12 0.35 0.23 0.27 0.09 0.29 0.28 1.28 0.38 0.22 1.02 0.16 1.91 0.48 1.14
C2' 0.34 0.22 0.15 0.45 0.06 0.29 0.06 0.63 0.22 0.27 0.28 0.29 0.12 0.15 0.20 1.06 0.21 0.09 0.75 0.29 1.35 0.42 0.85
C3' 0.27 0.27 0.15 0.44 0.10 0.29 0.12 0.57 0.24 0.12 0.28 0.34 0.21 0.14 0.10 0.96 0.23 0.04 0.67 0.30 1.06 0.36 0.73
C4 0.30 0.11 0.50 0.55 0.20 0.78 0.19 1.25 0.09 0.30 0.10 0.23 0.14 0.26 0.27 1.30 0.59 0.49 1.33 0.09 2.31 0.70 1.49
C4' 0.24 0.33 0.18 0.37 0.18 0.19 0.27 0.41 0.37 0.11 0.37 0.36 0.26 0.26 0.06 0.81 0.05 0.08 0.46 0.42 0.78 0.35 0.50
C5 0.34 0.18 0.51 0.58 0.24 0.81 0.21 1.23 0.15 0.32 0.18 0.27 0.19 0.27 0.30 1.32 0.60 0.52 1.28 0.14 2.02 0.67 1.36
C5' 0.16 0.38 0.31 0.40 0.28 0.29 0.33 0.42 0.38 0.24 0.39 0.42 0.34 0.34 0.18 0.57 0.15 0.15 0.43 0.41 0.55 0.35 0.44
C6 0.34 0.20 0.43 0.56 0.20 0.64 0.19 0.99 0.18 0.32 0.23 0.28 0.14 0.26 0.29 1.35 0.48 0.37 1.04 0.19 1.65 0.54 1.08
N1 0.34 0.20 0.35 0.50 0.11 0.48 0.09 0.85 0.15 0.32 0.26 0.29 0.06 0.22 0.26 1.29 0.35 0.20 0.92 0.20 1.64 0.46 1.00
N3 0.30 0.12 0.46 0.53 0.19 0.65 0.19 1.10 0.09 0.33 0.15 0.25 0.10 0.29 0.27 1.31 0.49 0.34 1.19 0.11 2.19 0.59 1.35
O2 0.34 0.20 0.35 0.48 0.21 0.44 0.22 0.84 0.20 0.40 0.27 0.27 0.14 0.35 0.31 1.22 0.31 0.16 0.95 0.25 1.88 0.43 1.08
O2' 0.42 0.24 0.19 0.31 0.07 0.11 0.11 0.45 0.31 0.31 0.35 0.31 0.11 0.15 0.25 1.01 0.05 0.23 0.56 0.43 1.20 0.39 0.68
O3' 0.24 0.27 0.21 0.39 0.12 0.24 0.22 0.49 0.33 0.12 0.32 0.32 0.21 0.26 0.04 0.83 0.17 0.08 0.57 0.44 0.91 0.34 0.64
O4 0.29 0.12 0.53 0.54 0.22 0.85 0.21 1.34 0.13 0.29 0.08 0.20 0.19 0.26 0.27 1.26 0.64 0.57 1.43 0.12 2.57 0.82 1.66
O4' 0.32 0.32 0.13 0.37 0.13 0.20 0.23 0.45 0.36 0.13 0.38 0.35 0.21 0.17 0.10 1.02 0.07 0.09 0.49 0.40 0.96 0.36 0.53
O5' 0.42 0.50 0.06 0.24 0.18 0.08 0.22 0.34 0.39 0.20 0.51 0.61 0.36 0.14 0.12 0.73 0.02 0.20 0.46 0.41 0.62 0.37 0.52
OP1 0.14 0.42 0.36 0.12 0.27 0.07 0.35 0.12 0.42 0.32 0.45 0.50 0.32 0.37 0.21 0.28 0.01 0.10 0.14 0.45 0.20 0.25 0.15
OP2 0.69 0.45 0.67 0.34 0.39 0.16 0.26 0.13 0.24 0.42 0.36 0.57 0.47 0.28 0.47 1.11 0.00 0.39 0.28 0.18 0.33 0.36 0.39
P 0.38 0.38 0.12 0.01 0.11 0.01 0.12 0.18 0.25 0.20 0.36 0.50 0.27 0.13 0.14 0.46 0.00 0.20 0.29 0.27 0.24 0.31 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.31 0.01 0.09 0.03 0.26 0.44 0.17
C2 0.03 0.00 0.38 0.43 0.01 0.54 0.01 0.75 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.74 0.42 0.39 0.66 0.01 1.57 0.35 0.64
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.20 0.01 0.09 0.19 0.16 0.18 0.28 0.45 0.39 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.13 0.22 0.76 0.41
C3' 0.01 0.43 0.01 0.00 0.35 0.00 0.39 0.02 0.44 0.27 0.46 0.43 0.38 0.36 0.24 0.01 0.00 0.02 0.12 0.45 0.11 0.45 0.20
C4 0.01 0.01 0.20 0.35 0.00 0.32 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.54 0.14 0.20 0.33 0.02 0.99 0.44 0.30
C4' 0.01 0.54 0.01 0.00 0.32 0.00 0.27 0.01 0.36 0.05 0.48 0.62 0.50 0.13 0.12 0.30 0.01 0.00 0.01 0.32 0.19 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.39 0.00 0.27 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.52 0.14 0.10 0.36 0.03 1.12 0.43 0.34
C5' 0.04 0.75 0.19 0.02 0.40 0.01 0.38 0.00 0.52 0.07 0.68 0.89 0.64 0.21 0.13 0.09 0.16 0.01 0.00 0.50 0.37 0.07 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.44 0.01 0.36 0.01 0.52 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.64 0.26 0.17 0.51 0.01 1.41 0.39 0.50
C8 0.01 0.01 0.18 0.27 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.16 0.13 0.10 0.04 0.62 0.46 0.14
N1 0.02 0.00 0.28 0.46 0.01 0.48 0.01 0.68 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.73 0.38 0.30 0.64 0.00 1.61 0.35 0.64
N2 0.04 0.00 0.45 0.43 0.01 0.62 0.01 0.89 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.78 0.53 0.46 0.81 0.01 1.83 0.29 0.83
N3 0.03 0.00 0.39 0.38 0.00 0.50 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.66 0.31 0.40 0.50 0.02 1.21 0.41 0.45
N7 0.01 0.01 0.10 0.36 0.01 0.13 0.00 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.08 0.05 0.22 0.05 0.89 0.45 0.22
N9 0.00 0.01 0.01 0.24 0.00 0.12 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.08 0.01 0.10 0.03 0.61 0.46 0.14
O2' 0.01 0.74 0.00 0.01 0.54 0.30 0.52 0.09 0.64 0.16 0.73 0.78 0.66 0.32 0.25 0.00 0.02 0.22 0.05 0.64 0.22 0.55 0.24
O3' 0.31 0.42 0.02 0.00 0.14 0.01 0.14 0.16 0.26 0.16 0.38 0.53 0.31 0.08 0.08 0.02 0.00 0.18 0.28 0.26 0.19 0.31 0.29
O4' 0.01 0.39 0.02 0.02 0.20 0.00 0.10 0.01 0.17 0.13 0.30 0.46 0.40 0.05 0.01 0.22 0.18 0.00 0.01 0.12 0.38 0.22 0.05
O5' 0.09 0.66 0.25 0.12 0.33 0.01 0.36 0.00 0.51 0.10 0.64 0.81 0.50 0.22 0.10 0.05 0.28 0.01 0.00 0.51 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.13 0.45 0.02 0.32 0.03 0.50 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.64 0.26 0.12 0.51 0.00 1.48 0.38 0.53
OP1 0.26 1.57 0.22 0.11 0.99 0.19 1.12 0.37 1.41 0.62 1.61 1.83 1.21 0.89 0.61 0.22 0.19 0.38 0.01 1.48 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.35 0.76 0.45 0.44 0.15 0.43 0.07 0.39 0.46 0.35 0.29 0.41 0.45 0.46 0.55 0.31 0.22 0.02 0.38 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.64 0.41 0.20 0.30 0.03 0.34 0.01 0.50 0.14 0.64 0.83 0.45 0.22 0.14 0.24 0.29 0.05 0.01 0.53 0.00 0.00 0.00