ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54604

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, -0.001, 0.011, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.006, 0.037, 0.068, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.037 std_dev=0.031
O4 A 0, -0.017, 0.074, 0.164, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.074 std_dev=0.091
C2 B 0, 0.177, 0.393, 0.609, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.393 std_dev=0.216
N1 B 0, 0.150, 0.417, 0.684, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.417 std_dev=0.267
N2 B 0, 0.203, 0.482, 0.760, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.482 std_dev=0.278
C6 B 0, 0.121, 0.403, 0.684, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.403 std_dev=0.281
O6 B 0, 0.158, 0.472, 0.786, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.472 std_dev=0.314
N3 B 0, 0.149, 0.472, 0.794, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.472 std_dev=0.323
C2' B 0, 0.241, 0.616, 0.991, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.616 std_dev=0.375
C5 B 0, 0.154, 0.548, 0.943, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.548 std_dev=0.394
C4 B 0, 0.161, 0.602, 1.043, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.602 std_dev=0.441
C2' A 0, -0.077, 0.412, 0.901, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.412 std_dev=0.489
O2' A 0, 0.107, 0.636, 1.166, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.636 std_dev=0.529
O4' A 0, -0.092, 0.440, 0.972, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.440 std_dev=0.532
N7 B 0, 0.249, 0.812, 1.375, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.812 std_dev=0.563
N9 B 0, 0.257, 0.903, 1.549, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.903 std_dev=0.646
O2' B 0, 0.311, 0.968, 1.624, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.968 std_dev=0.657
C8 B 0, 0.309, 1.025, 1.741, 2.254 max_d=2.254 avg_d=1.025 std_dev=0.716
C1' B 0, 0.309, 1.056, 1.803, 2.223 max_d=2.223 avg_d=1.056 std_dev=0.747
C3' A 0, -0.032, 0.771, 1.573, 2.596 max_d=2.596 avg_d=0.771 std_dev=0.802
C4' A 0, -0.233, 0.635, 1.503, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.635 std_dev=0.868
O3' A 0, 0.128, 1.129, 2.131, 3.244 max_d=3.244 avg_d=1.129 std_dev=1.002
O5' A 0, 0.155, 1.372, 2.588, 3.322 max_d=3.322 avg_d=1.372 std_dev=1.216
C3' B 0, 0.275, 1.575, 2.875, 3.196 max_d=3.196 avg_d=1.575 std_dev=1.300
P A 0, 0.271, 1.638, 3.005, 3.384 max_d=3.384 avg_d=1.638 std_dev=1.367
C5' A 0, -0.194, 1.221, 2.636, 4.376 max_d=4.376 avg_d=1.221 std_dev=1.415
OP2 A 0, 0.317, 1.795, 3.272, 3.643 max_d=3.643 avg_d=1.795 std_dev=1.478
OP1 A 0, 0.265, 1.757, 3.249, 3.621 max_d=3.621 avg_d=1.757 std_dev=1.492
O4' B 0, 0.388, 1.979, 3.570, 4.019 max_d=4.019 avg_d=1.979 std_dev=1.591
C4' B 0, 0.404, 2.071, 3.738, 4.025 max_d=4.025 avg_d=2.071 std_dev=1.667
O3' B 0, 0.237, 2.307, 4.377, 4.896 max_d=4.896 avg_d=2.307 std_dev=2.070
C5' B 0, 0.385, 3.393, 6.400, 6.899 max_d=6.899 avg_d=3.393 std_dev=3.007
O5' B 0, 0.619, 4.102, 7.585, 8.139 max_d=8.139 avg_d=4.102 std_dev=3.483
P B 0, 0.081, 4.906, 9.730, 10.670 max_d=10.670 avg_d=4.906 std_dev=4.825
OP1 B 0, 0.220, 5.673, 11.125, 12.124 max_d=12.124 avg_d=5.673 std_dev=5.453
OP2 B 0, 0.257, 5.771, 11.284, 12.335 max_d=12.335 avg_d=5.771 std_dev=5.513

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.19 0.02 0.01 0.07 0.40 0.24 0.19
C2 0.02 0.00 0.19 0.42 0.01 0.19 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.34 0.02 0.06 0.24 0.40 0.36 0.28
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.11 0.02 0.14 0.16 0.15 0.05 0.15 0.34 0.00 0.05 0.12 0.05 0.44 0.28 0.64 0.47
C3' 0.04 0.42 0.01 0.00 0.36 0.01 0.24 0.03 0.17 0.25 0.44 0.48 0.03 0.02 0.38 0.02 0.28 0.04 0.34 0.24
C4 0.01 0.01 0.11 0.36 0.00 0.22 0.00 0.38 0.02 0.02 0.01 0.01 0.34 0.32 0.00 0.05 0.38 0.46 0.43 0.38
C4' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.22 0.00 0.20 0.01 0.16 0.15 0.22 0.17 0.17 0.05 0.24 0.01 0.04 0.23 0.07 0.08
C5 0.01 0.01 0.14 0.24 0.00 0.20 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.19 0.01 0.09 0.38 0.48 0.37 0.37
C5' 0.03 0.28 0.16 0.03 0.38 0.01 0.34 0.00 0.27 0.21 0.35 0.24 0.09 0.12 0.41 0.03 0.02 0.08 0.16 0.03
C6 0.01 0.01 0.15 0.17 0.02 0.16 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.10 0.02 0.10 0.29 0.46 0.30 0.32
N1 0.01 0.01 0.05 0.25 0.02 0.15 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.17 0.02 0.05 0.20 0.41 0.30 0.26
N3 0.02 0.00 0.15 0.44 0.01 0.22 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.30 0.39 0.01 0.05 0.33 0.42 0.41 0.33
O2 0.03 0.00 0.34 0.48 0.01 0.17 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.41 0.02 0.08 0.19 0.38 0.35 0.25
O2' 0.02 0.22 0.00 0.03 0.34 0.17 0.30 0.09 0.24 0.18 0.30 0.16 0.00 0.13 0.38 0.12 0.37 0.46 0.59 0.42
O3' 0.19 0.34 0.05 0.02 0.32 0.05 0.19 0.12 0.10 0.17 0.39 0.41 0.13 0.00 0.37 0.13 0.17 0.18 0.21 0.13
O4 0.02 0.02 0.12 0.38 0.00 0.24 0.01 0.41 0.02 0.02 0.01 0.02 0.38 0.37 0.00 0.05 0.41 0.47 0.46 0.40
O4' 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.09 0.03 0.10 0.05 0.05 0.08 0.12 0.13 0.05 0.00 0.15 0.45 0.16 0.22
O5' 0.07 0.24 0.44 0.28 0.38 0.04 0.38 0.02 0.29 0.20 0.33 0.19 0.37 0.17 0.41 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.40 0.40 0.28 0.04 0.46 0.23 0.48 0.08 0.46 0.41 0.42 0.38 0.46 0.18 0.47 0.45 0.02 0.00 0.06 0.00
OP2 0.24 0.36 0.64 0.34 0.43 0.07 0.37 0.16 0.30 0.30 0.41 0.35 0.59 0.21 0.46 0.16 0.03 0.06 0.00 0.00
P 0.19 0.28 0.47 0.24 0.38 0.08 0.37 0.03 0.32 0.26 0.33 0.25 0.42 0.13 0.40 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.71 0.17 0.22 0.69 0.47 0.30 0.31 0.44 0.05 0.66 0.07 0.13 0.38 0.45 0.67 0.31 1.11 0.78 0.38 0.19 0.61 0.98 0.41
C2 0.51 0.20 0.15 0.80 0.44 0.62 0.37 1.21 0.22 0.51 0.11 0.14 0.38 0.44 0.51 0.42 1.11 0.27 0.80 0.28 1.79 0.16 0.90
C2' 0.66 0.28 0.30 0.81 0.54 0.20 0.53 0.31 0.35 0.75 0.24 0.20 0.43 0.69 0.67 0.15 1.39 0.83 0.37 0.35 0.59 1.11 0.49
C3' 0.42 0.21 0.64 1.03 0.30 0.19 0.24 0.26 0.14 0.40 0.15 0.20 0.27 0.31 0.39 0.41 1.68 0.81 0.58 0.12 0.31 1.35 0.70
C4 0.37 0.27 0.19 1.13 0.33 1.17 0.30 2.15 0.32 0.35 0.31 0.21 0.33 0.31 0.36 0.52 1.41 0.45 1.93 0.37 3.37 1.66 2.34
C4' 0.44 0.17 0.76 1.01 0.25 0.36 0.29 0.46 0.34 0.34 0.27 0.14 0.19 0.32 0.35 0.46 1.51 0.91 0.85 0.44 0.56 1.52 1.01
C5 0.43 0.20 0.22 1.26 0.30 1.15 0.24 2.11 0.26 0.33 0.26 0.17 0.31 0.25 0.37 0.48 1.62 0.33 2.00 0.32 3.25 1.74 2.38
C5' 0.49 0.25 1.31 1.54 0.38 0.63 0.48 0.66 0.46 0.55 0.35 0.18 0.25 0.57 0.46 0.98 2.11 0.83 0.63 0.53 0.40 0.93 0.64
C6 0.56 0.12 0.22 1.16 0.35 0.81 0.21 1.52 0.16 0.40 0.15 0.08 0.33 0.27 0.47 0.41 1.57 0.25 1.35 0.26 2.27 0.90 1.55
N1 0.60 0.16 0.18 0.90 0.45 0.54 0.30 1.06 0.12 0.53 0.07 0.11 0.38 0.39 0.57 0.38 1.27 0.39 0.73 0.23 1.57 0.16 0.80
N3 0.42 0.23 0.17 0.93 0.38 0.91 0.35 1.72 0.31 0.42 0.25 0.13 0.35 0.38 0.42 0.49 1.20 0.32 1.37 0.36 2.63 0.86 1.63
O2 0.51 0.24 0.14 0.61 0.45 0.43 0.41 0.89 0.21 0.55 0.11 0.21 0.38 0.50 0.52 0.39 0.90 0.32 0.42 0.22 1.27 0.56 0.40
O2' 0.84 0.28 0.44 0.74 0.61 0.65 0.58 0.74 0.29 1.00 0.17 0.24 0.46 0.88 0.84 0.42 1.18 1.09 0.83 0.25 0.89 1.79 1.12
O3' 0.56 0.35 0.64 0.89 0.49 0.44 0.48 0.63 0.38 0.61 0.33 0.31 0.42 0.57 0.57 0.46 1.49 1.01 1.09 0.35 0.89 2.13 1.38
O4 0.30 0.35 0.21 1.18 0.32 1.36 0.33 2.46 0.38 0.32 0.40 0.34 0.32 0.32 0.31 0.55 1.42 0.67 2.29 0.43 3.97 2.20 2.84
O4' 0.48 0.23 0.41 0.85 0.22 0.09 0.26 0.19 0.41 0.23 0.36 0.22 0.21 0.19 0.34 0.07 1.25 0.72 0.47 0.51 0.30 1.02 0.50
O5' 0.27 0.38 1.46 2.00 0.39 0.82 0.45 0.77 0.47 0.42 0.42 0.37 0.36 0.47 0.36 1.10 2.74 0.15 0.66 0.50 0.82 0.25 0.54
OP1 0.33 0.28 1.53 1.64 0.37 0.42 0.44 0.25 0.42 0.52 0.34 0.23 0.28 0.53 0.40 1.40 2.49 0.43 0.71 0.47 0.94 0.71 0.86
OP2 0.40 0.39 1.60 2.30 0.41 1.25 0.45 1.28 0.46 0.44 0.43 0.36 0.37 0.46 0.42 1.35 3.40 0.19 1.58 0.49 1.77 1.57 1.70
P 0.37 0.31 1.61 2.16 0.38 0.98 0.43 0.87 0.42 0.47 0.35 0.26 0.31 0.48 0.41 1.34 3.16 0.05 1.03 0.45 1.15 0.94 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.04 0.08 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.14 0.01 0.39 0.02 0.21 0.53 0.29
C2 0.02 0.00 0.24 0.59 0.01 1.02 0.00 1.77 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.48 0.57 0.83 1.24 0.01 2.18 0.88 1.38
C2' 0.04 0.24 0.00 0.03 0.14 0.01 0.11 0.01 0.14 0.19 0.20 0.28 0.23 0.14 0.10 0.01 0.11 0.02 0.24 0.12 0.37 0.36 0.20
C3' 0.08 0.59 0.03 0.00 0.37 0.02 0.27 0.03 0.34 0.24 0.49 0.69 0.56 0.20 0.19 0.04 0.05 0.06 0.31 0.29 0.48 0.28 0.32
C4 0.03 0.01 0.14 0.37 0.00 0.51 0.01 0.81 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.38 0.42 0.44 0.01 0.84 0.54 0.34
C4' 0.02 1.02 0.01 0.02 0.51 0.00 0.26 0.01 0.46 0.40 0.79 1.26 0.97 0.21 0.07 0.03 0.09 0.00 0.03 0.35 0.18 0.48 0.13
C5 0.02 0.00 0.11 0.27 0.01 0.26 0.00 0.45 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.32 0.17 0.59 0.00 0.62 1.18 0.58
C5' 0.04 1.77 0.01 0.03 0.81 0.01 0.45 0.00 0.81 0.61 1.40 2.23 1.59 0.32 0.12 0.03 0.10 0.03 0.01 0.63 0.20 0.35 0.05
C6 0.02 0.01 0.14 0.34 0.01 0.46 0.01 0.81 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.38 0.33 0.56 0.01 0.98 0.94 0.47
C8 0.01 0.01 0.19 0.24 0.01 0.40 0.00 0.61 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.25 0.41 1.40 0.01 1.15 2.02 1.53
N1 0.02 0.00 0.20 0.49 0.01 0.79 0.01 1.40 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.50 0.62 0.90 0.02 1.74 0.51 0.92
N2 0.03 0.00 0.28 0.69 0.01 1.26 0.00 2.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.60 0.67 1.00 1.78 0.02 3.00 1.59 2.09
N3 0.02 0.01 0.23 0.56 0.01 0.97 0.00 1.59 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.45 0.52 0.84 1.04 0.02 1.76 0.76 1.13
N7 0.02 0.01 0.14 0.20 0.01 0.21 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.26 0.22 1.22 0.01 1.00 2.10 1.42
N9 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.24 0.01 0.62 0.01 0.41 0.96 0.59
O2' 0.03 0.48 0.01 0.04 0.23 0.03 0.13 0.03 0.22 0.21 0.38 0.60 0.45 0.12 0.05 0.00 0.13 0.05 0.09 0.18 0.21 0.63 0.24
O3' 0.14 0.57 0.11 0.05 0.38 0.09 0.32 0.10 0.38 0.25 0.50 0.67 0.52 0.26 0.24 0.13 0.00 0.11 0.48 0.34 0.56 0.58 0.58
O4' 0.01 0.83 0.02 0.06 0.42 0.00 0.17 0.03 0.33 0.41 0.62 1.00 0.84 0.22 0.01 0.05 0.11 0.00 0.37 0.23 0.06 0.51 0.27
O5' 0.39 1.24 0.24 0.31 0.44 0.03 0.59 0.01 0.56 1.40 0.90 1.78 1.04 1.22 0.62 0.09 0.48 0.37 0.00 0.61 0.05 0.05 0.02
O6 0.02 0.01 0.12 0.29 0.01 0.35 0.00 0.63 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.18 0.34 0.23 0.61 0.00 0.85 1.32 0.61
OP1 0.21 2.18 0.37 0.48 0.84 0.18 0.62 0.20 0.98 1.15 1.74 3.00 1.76 1.00 0.41 0.21 0.56 0.06 0.05 0.85 0.00 0.05 0.01
OP2 0.53 0.88 0.36 0.28 0.54 0.48 1.18 0.35 0.94 2.02 0.51 1.59 0.76 2.10 0.96 0.63 0.58 0.51 0.05 1.32 0.05 0.00 0.00
P 0.29 1.38 0.20 0.32 0.34 0.13 0.58 0.05 0.47 1.53 0.92 2.09 1.13 1.42 0.59 0.24 0.58 0.27 0.02 0.61 0.01 0.00 0.00