ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54606

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.007, 0.031, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.003, 0.044, 0.085, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.044 std_dev=0.041
O2 A 0, 0.027, 0.071, 0.115, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.071 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.008, 0.104, 0.200, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.104 std_dev=0.096
C2' A 0, 0.065, 0.177, 0.289, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.177 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.096, 0.233, 0.369, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.233 std_dev=0.137
C3' A 0, 0.069, 0.238, 0.408, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.238 std_dev=0.169
C4' A 0, 0.048, 0.220, 0.392, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.220 std_dev=0.172
O3' A 0, 0.079, 0.274, 0.470, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.274 std_dev=0.195
C5' A 0, 0.113, 0.422, 0.732, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.422 std_dev=0.309
C8 B 0, 0.192, 0.516, 0.841, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.516 std_dev=0.325
N7 B 0, 0.223, 0.556, 0.888, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.556 std_dev=0.332
C5 B 0, 0.232, 0.583, 0.934, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.583 std_dev=0.351
O5' A 0, 0.139, 0.498, 0.857, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.498 std_dev=0.359
C4 B 0, 0.189, 0.552, 0.914, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.552 std_dev=0.363
N3 B 0, 0.209, 0.574, 0.940, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.574 std_dev=0.366
C2 B 0, 0.262, 0.636, 1.010, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.636 std_dev=0.374
N9 B 0, 0.126, 0.504, 0.882, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.504 std_dev=0.378
C6 B 0, 0.269, 0.649, 1.028, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.649 std_dev=0.380
N2 B 0, 0.277, 0.658, 1.039, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.658 std_dev=0.381
N1 B 0, 0.279, 0.666, 1.053, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.666 std_dev=0.387
O6 B 0, 0.278, 0.698, 1.118, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.698 std_dev=0.420
O4' B 0, 0.137, 0.573, 1.008, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.573 std_dev=0.436
P A 0, 0.135, 0.576, 1.016, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.576 std_dev=0.440
C1' B 0, 0.042, 0.527, 1.012, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.527 std_dev=0.485
C4' B 0, 0.215, 0.756, 1.298, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.756 std_dev=0.542
O2' B 0, 0.238, 0.803, 1.368, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.803 std_dev=0.565
C5' B 0, 0.246, 0.819, 1.392, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.819 std_dev=0.573
C2' B 0, 0.139, 0.732, 1.325, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.732 std_dev=0.593
OP2 B 0, 0.346, 0.953, 1.559, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.953 std_dev=0.607
C3' B 0, 0.212, 0.830, 1.448, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.830 std_dev=0.618
O5' B 0, 0.266, 0.898, 1.530, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.898 std_dev=0.632
P B 0, 0.313, 0.989, 1.666, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.989 std_dev=0.677
OP1 B 0, 0.419, 1.152, 1.885, 1.842 max_d=1.842 avg_d=1.152 std_dev=0.733
O3' B 0, 0.251, 1.009, 1.766, 1.916 max_d=1.916 avg_d=1.009 std_dev=0.757
OP2 A 0, 0.201, 1.024, 1.847, 1.999 max_d=1.999 avg_d=1.024 std_dev=0.823
OP1 A 0, 0.174, 1.813, 3.452, 3.652 max_d=3.652 avg_d=1.813 std_dev=1.639

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.16 0.42 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.05 0.02 0.10 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.07 0.01 0.02 0.14 0.57 0.35 0.18
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.07 0.09 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.18 0.21 0.08
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.09 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.10 0.04 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.14 0.83 0.25 0.20
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.17 0.32 0.03
C5 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.11 0.74 0.29 0.18
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.11 0.01 0.10 0.00 0.09 0.09 0.12 0.10 0.02 0.02 0.10 0.02 0.00 0.36 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.54 0.39 0.16
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.11 0.44 0.39 0.15
N3 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.05 0.02 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.02 0.16 0.75 0.30 0.21
O2 0.04 0.02 0.09 0.09 0.02 0.06 0.03 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.10 0.02 0.04 0.15 0.51 0.36 0.18
O2' 0.02 0.06 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.08 0.00 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.29 0.05
O3' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.08 0.10 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.11 0.07 0.07
O4 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.00 0.01 0.13 0.92 0.19 0.20
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.10 0.53 0.09
O5' 0.05 0.14 0.07 0.06 0.14 0.01 0.11 0.00 0.10 0.11 0.16 0.15 0.04 0.07 0.13 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01
OP1 0.16 0.57 0.18 0.10 0.83 0.17 0.74 0.36 0.54 0.44 0.75 0.51 0.04 0.11 0.92 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.35 0.21 0.04 0.25 0.32 0.29 0.26 0.39 0.39 0.30 0.36 0.29 0.07 0.19 0.53 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.18 0.08 0.06 0.20 0.03 0.18 0.01 0.16 0.15 0.21 0.18 0.05 0.07 0.20 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.17 0.14 0.15 0.07 0.16 0.09 0.18 0.13 0.12 0.17 0.20 0.10 0.09 0.10 0.16 0.15 0.14 0.10 0.13 0.11 0.07 0.11
C2 0.10 0.27 0.09 0.10 0.11 0.12 0.13 0.15 0.20 0.11 0.26 0.29 0.20 0.10 0.07 0.11 0.09 0.12 0.08 0.19 0.05 0.02 0.04
C2' 0.10 0.17 0.10 0.11 0.06 0.13 0.08 0.16 0.12 0.10 0.16 0.19 0.10 0.08 0.07 0.14 0.11 0.13 0.13 0.12 0.13 0.07 0.10
C3' 0.12 0.15 0.12 0.13 0.06 0.14 0.09 0.16 0.12 0.13 0.15 0.19 0.08 0.11 0.11 0.15 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.07 0.10
C4 0.23 0.20 0.22 0.23 0.10 0.22 0.12 0.23 0.12 0.28 0.20 0.30 0.07 0.22 0.23 0.17 0.22 0.22 0.08 0.15 0.08 0.11 0.11
C4' 0.13 0.14 0.14 0.14 0.09 0.14 0.11 0.16 0.13 0.14 0.15 0.17 0.09 0.12 0.12 0.15 0.15 0.13 0.10 0.15 0.12 0.07 0.10
C5 0.29 0.07 0.29 0.29 0.21 0.27 0.21 0.27 0.15 0.33 0.12 0.19 0.10 0.28 0.30 0.23 0.29 0.26 0.14 0.18 0.13 0.15 0.15
C5' 0.20 0.15 0.21 0.20 0.16 0.19 0.18 0.20 0.18 0.22 0.17 0.16 0.14 0.20 0.20 0.20 0.21 0.18 0.13 0.21 0.15 0.11 0.15
C6 0.26 0.11 0.26 0.26 0.17 0.24 0.18 0.24 0.15 0.27 0.14 0.17 0.09 0.23 0.25 0.22 0.26 0.23 0.12 0.17 0.12 0.12 0.14
N1 0.18 0.19 0.17 0.17 0.08 0.18 0.10 0.19 0.14 0.16 0.19 0.23 0.10 0.13 0.14 0.17 0.17 0.17 0.09 0.14 0.08 0.06 0.09
N3 0.14 0.28 0.12 0.13 0.08 0.15 0.12 0.17 0.21 0.15 0.29 0.32 0.19 0.11 0.10 0.12 0.12 0.15 0.07 0.21 0.04 0.03 0.04
O2 0.05 0.30 0.09 0.05 0.21 0.05 0.20 0.08 0.25 0.09 0.30 0.30 0.27 0.14 0.10 0.14 0.07 0.07 0.14 0.24 0.09 0.06 0.05
O2' 0.08 0.19 0.13 0.15 0.10 0.14 0.10 0.15 0.14 0.05 0.18 0.21 0.15 0.05 0.04 0.19 0.17 0.12 0.16 0.13 0.17 0.10 0.12
O3' 0.11 0.13 0.10 0.12 0.06 0.13 0.08 0.15 0.11 0.12 0.14 0.16 0.07 0.11 0.10 0.14 0.12 0.13 0.14 0.13 0.14 0.08 0.10
O4 0.24 0.21 0.22 0.24 0.10 0.24 0.11 0.25 0.11 0.31 0.23 0.32 0.08 0.25 0.25 0.18 0.24 0.24 0.08 0.15 0.10 0.13 0.12
O4' 0.15 0.15 0.18 0.18 0.09 0.18 0.11 0.19 0.14 0.14 0.16 0.18 0.09 0.12 0.13 0.20 0.21 0.15 0.11 0.15 0.13 0.07 0.12
O5' 0.26 0.13 0.26 0.25 0.21 0.24 0.23 0.26 0.21 0.29 0.16 0.13 0.15 0.27 0.27 0.23 0.25 0.24 0.17 0.23 0.18 0.16 0.19
OP1 0.60 0.52 0.44 0.47 0.68 0.52 0.79 0.59 0.77 0.82 0.64 0.35 0.54 0.86 0.72 0.28 0.35 0.62 0.53 0.85 0.54 0.66 0.62
OP2 0.88 0.84 1.00 0.97 0.87 0.83 0.84 0.79 0.80 0.86 0.79 0.86 0.89 0.83 0.89 0.94 1.01 0.76 0.70 0.77 0.66 0.66 0.67
P 0.37 0.24 0.35 0.35 0.35 0.34 0.37 0.35 0.34 0.42 0.28 0.17 0.28 0.41 0.39 0.29 0.34 0.34 0.26 0.37 0.25 0.27 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.11 0.02 0.12 0.09 0.06
C2 0.04 0.00 0.14 0.15 0.03 0.08 0.05 0.08 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.07 0.19 0.04 0.10 0.05 0.09 0.12 0.09
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.11 0.18 0.11 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.08 0.09 0.04
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.12 0.19 0.12 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07
C4 0.01 0.03 0.07 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.13 0.01 0.13 0.14 0.10
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.11 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03
C5 0.01 0.05 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.10 0.02 0.15 0.01 0.15 0.18 0.14
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.06 0.11 0.07 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.07 0.09 0.02 0.03
C6 0.01 0.04 0.08 0.09 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.02 0.14 0.01 0.14 0.18 0.14
C8 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.03 0.18 0.18 0.15
N1 0.02 0.01 0.11 0.12 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.18 0.03 0.12 0.04 0.12 0.15 0.11
N2 0.07 0.01 0.18 0.19 0.05 0.11 0.05 0.11 0.04 0.07 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.12 0.24 0.06 0.09 0.05 0.08 0.11 0.08
N3 0.04 0.01 0.11 0.12 0.02 0.07 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.15 0.04 0.10 0.02 0.10 0.12 0.08
N7 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.17 0.03 0.18 0.19 0.16
N9 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.02 0.15 0.14 0.11
O2' 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.06 0.12 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.03 0.06 0.06
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.10 0.03 0.10 0.03 0.14 0.01 0.18 0.24 0.15 0.05 0.02 0.05 0.00 0.03 0.13 0.14 0.09 0.13 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.11 0.03 0.12 0.06 0.06
O5' 0.11 0.10 0.05 0.07 0.13 0.02 0.15 0.01 0.14 0.19 0.12 0.09 0.10 0.17 0.15 0.05 0.13 0.11 0.00 0.15 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.05 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.14 0.03 0.15 0.00 0.17 0.21 0.17
OP1 0.12 0.09 0.08 0.08 0.13 0.07 0.15 0.09 0.14 0.18 0.12 0.08 0.10 0.18 0.15 0.03 0.09 0.12 0.02 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.12 0.09 0.09 0.14 0.02 0.18 0.02 0.18 0.18 0.15 0.11 0.12 0.19 0.14 0.06 0.13 0.06 0.03 0.21 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.04 0.07 0.10 0.03 0.14 0.03 0.14 0.15 0.11 0.08 0.08 0.16 0.11 0.06 0.11 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00