ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54608

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.010, 0.035, 0.059, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.016, 0.055, 0.094, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.055 std_dev=0.039
C5 B 0, 0.020, 0.069, 0.119, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.069 std_dev=0.050
C4 B 0, 0.026, 0.095, 0.164, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.095 std_dev=0.069
N7 B 0, 0.048, 0.166, 0.284, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.166 std_dev=0.118
N9 B 0, 0.050, 0.171, 0.292, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.171 std_dev=0.121
C6 B 0, 0.057, 0.195, 0.332, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.195 std_dev=0.138
C8 B 0, 0.057, 0.196, 0.334, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.196 std_dev=0.139
N3 B 0, 0.065, 0.223, 0.382, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.223 std_dev=0.159
N1 B 0, 0.078, 0.267, 0.455, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.267 std_dev=0.189
P A 0, 0.079, 0.271, 0.463, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.271 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.082, 0.281, 0.480, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.281 std_dev=0.199
O5' A 0, 0.084, 0.286, 0.488, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.286 std_dev=0.202
O6 B 0, 0.087, 0.298, 0.509, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.298 std_dev=0.211
C2' A 0, 0.087, 0.298, 0.510, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.298 std_dev=0.211
O4' A 0, 0.088, 0.301, 0.513, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.301 std_dev=0.213
C1' B 0, 0.093, 0.318, 0.543, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.318 std_dev=0.225
OP1 A 0, 0.099, 0.341, 0.583, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.341 std_dev=0.242
C2' B 0, 0.101, 0.344, 0.587, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.344 std_dev=0.243
OP2 A 0, 0.104, 0.355, 0.607, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.355 std_dev=0.251
C3' A 0, 0.106, 0.361, 0.616, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.361 std_dev=0.255
C3' B 0, 0.111, 0.380, 0.648, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.380 std_dev=0.269
O3' B 0, 0.111, 0.379, 0.648, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.379 std_dev=0.269
C4' A 0, 0.111, 0.380, 0.649, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.380 std_dev=0.269
O2' B 0, 0.122, 0.417, 0.713, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.417 std_dev=0.296
N2 B 0, 0.124, 0.422, 0.721, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.422 std_dev=0.299
O4' B 0, 0.140, 0.478, 0.815, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.478 std_dev=0.338
O2' A 0, 0.144, 0.491, 0.838, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.491 std_dev=0.347
C5' A 0, 0.144, 0.493, 0.841, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.493 std_dev=0.349
O3' A 0, 0.147, 0.503, 0.859, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.503 std_dev=0.356
C4' B 0, 0.150, 0.511, 0.873, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.511 std_dev=0.362
C5' B 0, 0.182, 0.622, 1.062, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.622 std_dev=0.440
OP2 B 0, 0.197, 0.673, 1.150, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.673 std_dev=0.476
P B 0, 0.206, 0.703, 1.201, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.703 std_dev=0.497
O5' B 0, 0.215, 0.738, 1.260, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.738 std_dev=0.522
OP1 B 0, 0.226, 0.773, 1.320, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.773 std_dev=0.547

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.00 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.09 0.14 0.13
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05 0.06
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.05
C5' 0.03 0.07 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.04 0.05 0.09 0.07 0.07
O2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.16 0.00 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.08 0.02 0.02 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.11 0.18 0.16
O3' 0.10 0.12 0.02 0.00 0.08 0.01 0.05 0.03 0.05 0.09 0.11 0.16 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00
O4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.11 0.05 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03
O5' 0.04 0.06 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.07 0.13 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.07 0.09 0.00 0.09 0.02 0.06 0.01 0.04 0.05 0.09 0.07 0.11 0.01 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.14 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.08 0.18 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.13 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.08 0.16 0.00 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.02 0.08 0.09 0.02 0.12 0.03 0.13 0.07 0.01 0.07 0.02 0.04 0.03 0.05 0.11 0.06 0.13 0.16 0.11 0.16 0.14 0.13
C2 0.11 0.06 0.10 0.11 0.02 0.15 0.03 0.16 0.07 0.03 0.09 0.08 0.02 0.01 0.06 0.13 0.09 0.15 0.20 0.10 0.19 0.17 0.17
C2' 0.09 0.05 0.06 0.07 0.02 0.11 0.07 0.12 0.13 0.02 0.12 0.05 0.02 0.07 0.02 0.10 0.04 0.12 0.15 0.18 0.14 0.11 0.12
C3' 0.08 0.02 0.05 0.05 0.01 0.10 0.03 0.11 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.11 0.15 0.11 0.14 0.13 0.13
C4 0.08 0.06 0.06 0.08 0.02 0.11 0.03 0.13 0.06 0.02 0.07 0.07 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.11 0.19 0.07 0.17 0.17 0.16
C4' 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.07 0.08 0.01 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08
C5 0.07 0.02 0.05 0.06 0.02 0.08 0.03 0.10 0.06 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.09 0.16 0.08 0.14 0.14 0.13
C5' 0.01 0.06 0.05 0.05 0.06 0.01 0.09 0.00 0.11 0.06 0.11 0.04 0.03 0.09 0.04 0.05 0.08 0.01 0.03 0.14 0.03 0.03 0.01
C6 0.08 0.02 0.06 0.07 0.02 0.10 0.03 0.11 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.08 0.05 0.10 0.15 0.10 0.14 0.13 0.12
N1 0.10 0.03 0.09 0.09 0.02 0.12 0.03 0.14 0.07 0.02 0.07 0.03 0.03 0.02 0.05 0.11 0.07 0.13 0.18 0.11 0.17 0.15 0.15
N3 0.10 0.07 0.09 0.11 0.02 0.14 0.03 0.16 0.07 0.04 0.09 0.10 0.03 0.02 0.05 0.11 0.08 0.15 0.21 0.08 0.20 0.19 0.18
O2 0.12 0.06 0.12 0.13 0.02 0.17 0.03 0.19 0.07 0.04 0.09 0.10 0.02 0.01 0.06 0.15 0.11 0.17 0.22 0.10 0.21 0.19 0.19
O2' 0.09 0.07 0.08 0.08 0.04 0.12 0.11 0.13 0.17 0.05 0.14 0.05 0.02 0.11 0.02 0.13 0.07 0.12 0.15 0.22 0.13 0.09 0.11
O3' 0.01 0.08 0.03 0.02 0.06 0.02 0.09 0.04 0.11 0.06 0.11 0.09 0.05 0.08 0.04 0.02 0.05 0.03 0.08 0.14 0.07 0.07 0.06
O4 0.05 0.08 0.03 0.06 0.04 0.09 0.04 0.12 0.06 0.02 0.08 0.09 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.09 0.20 0.06 0.18 0.18 0.17
O4' 0.07 0.01 0.05 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.10 0.13 0.07 0.13 0.13 0.11
O5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.08 0.04 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.12 0.06 0.06 0.05
OP1 0.06 0.04 0.10 0.10 0.09 0.08 0.13 0.09 0.15 0.12 0.11 0.04 0.04 0.15 0.09 0.09 0.12 0.07 0.08 0.19 0.06 0.07 0.08
OP2 0.02 0.01 0.06 0.06 0.05 0.04 0.08 0.04 0.10 0.08 0.05 0.04 0.01 0.10 0.05 0.06 0.09 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02
P 0.02 0.01 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.03 0.10 0.08 0.06 0.04 0.01 0.10 0.05 0.05 0.07 0.02 0.01 0.14 0.00 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.08 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.09 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.10 0.06
C5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.09 0.05
C8 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.01 0.10 0.11 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.08 0.04
N2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.08 0.04
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.11 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.09 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.02
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.02
O5' 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.03 0.02 0.03 0.07 0.06 0.00 0.08 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.08 0.09 0.05
OP1 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.08 0.03 0.08 0.10 0.07 0.06 0.07 0.10 0.08 0.05 0.05 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.08 0.03 0.03 0.09 0.03 0.10 0.01 0.09 0.11 0.08 0.07 0.08 0.11 0.09 0.03 0.02 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.07 0.04 0.04 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00