ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54609

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.006
C5 A 0, -0.001, 0.006, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.007
N1 A 0, -0.008, 0.025, 0.057, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.025 std_dev=0.033
C1' A 0, -0.011, 0.034, 0.080, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.034 std_dev=0.046
C2 A 0, -0.011, 0.034, 0.080, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.034 std_dev=0.046
C4 A 0, -0.012, 0.034, 0.080, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.034 std_dev=0.046
C6 A 0, -0.013, 0.034, 0.080, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.034 std_dev=0.047
O2 A 0, -0.023, 0.071, 0.165, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.071 std_dev=0.094
P A 0, -0.007, 0.139, 0.285, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.139 std_dev=0.146
O4' A 0, -0.066, 0.197, 0.460, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.197 std_dev=0.263
O4 A 0, -0.063, 0.210, 0.482, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.210 std_dev=0.273
C4' A 0, -0.072, 0.231, 0.534, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.231 std_dev=0.303
C3' A 0, -0.075, 0.238, 0.550, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.238 std_dev=0.312
C2' A 0, -0.104, 0.282, 0.667, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.282 std_dev=0.385
OP1 A 0, -0.066, 0.328, 0.722, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.328 std_dev=0.394
OP2 A 0, -0.063, 0.332, 0.728, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.332 std_dev=0.396
C1' B 0, -0.103, 0.331, 0.766, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.331 std_dev=0.434
O3' A 0, -0.101, 0.340, 0.782, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.340 std_dev=0.441
O5' A 0, -0.104, 0.350, 0.805, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.350 std_dev=0.455
N9 B 0, -0.105, 0.355, 0.814, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.355 std_dev=0.459
C8 B 0, -0.095, 0.368, 0.830, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.368 std_dev=0.462
N7 B 0, -0.098, 0.390, 0.877, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.390 std_dev=0.488
C4 B 0, -0.117, 0.374, 0.864, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.374 std_dev=0.490
O4' B 0, -0.129, 0.363, 0.856, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.363 std_dev=0.493
C5 B 0, -0.111, 0.390, 0.892, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.390 std_dev=0.502
N3 B 0, -0.129, 0.378, 0.886, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.378 std_dev=0.508
C6 B 0, -0.123, 0.407, 0.937, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.407 std_dev=0.530
C2 B 0, -0.139, 0.401, 0.940, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.401 std_dev=0.540
O6 B 0, -0.123, 0.418, 0.959, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.418 std_dev=0.541
N1 B 0, -0.133, 0.415, 0.963, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.415 std_dev=0.548
N2 B 0, -0.151, 0.419, 0.989, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.419 std_dev=0.570
O2' B 0, -0.139, 0.460, 1.059, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.460 std_dev=0.599
C2' B 0, -0.142, 0.465, 1.071, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.465 std_dev=0.606
C5' A 0, -0.151, 0.463, 1.077, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.463 std_dev=0.614
C4' B 0, -0.159, 0.489, 1.136, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.489 std_dev=0.648
OP2 B 0, -0.164, 0.556, 1.276, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.556 std_dev=0.720
O2' A 0, -0.195, 0.541, 1.278, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.541 std_dev=0.736
C3' B 0, -0.188, 0.592, 1.373, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.592 std_dev=0.780
P B 0, -0.202, 0.614, 1.431, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.614 std_dev=0.817
C5' B 0, -0.236, 0.663, 1.562, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.663 std_dev=0.899
O3' B 0, -0.225, 0.738, 1.700, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.738 std_dev=0.963
O5' B 0, -0.268, 0.757, 1.781, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.757 std_dev=1.024
OP1 B 0, -0.269, 0.765, 1.799, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.765 std_dev=1.034

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.02 0.00 0.17 0.29 0.11 0.09
C2 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.04 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.02 0.01 0.07 0.23 0.20 0.02 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.14 0.02 0.20 0.19 0.19 0.05 0.03 0.18 0.00 0.01 0.20 0.01 0.07 0.04 0.53 0.27
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.01 0.05 0.08 0.11 0.13 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.31 0.12
C4 0.01 0.00 0.14 0.09 0.00 0.05 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.03 0.00 0.04 0.28 0.11 0.07 0.12
C4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.05 0.03 0.23 0.05 0.06 0.00 0.00 0.23 0.13 0.01
C5 0.00 0.00 0.20 0.06 0.00 0.06 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.04 0.00 0.09 0.28 0.10 0.09 0.13
C5' 0.16 0.31 0.19 0.01 0.38 0.00 0.39 0.00 0.37 0.30 0.35 0.27 0.07 0.25 0.38 0.05 0.01 0.24 0.03 0.02
C6 0.00 0.00 0.19 0.05 0.00 0.06 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.02 0.01 0.09 0.27 0.16 0.04 0.12
N1 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.23 0.22 0.03 0.11
N3 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.01 0.00 0.03 0.26 0.15 0.02 0.12
O2 0.02 0.00 0.18 0.13 0.00 0.03 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.14 0.20 0.22 0.05 0.10
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.31 0.23 0.31 0.07 0.24 0.14 0.22 0.05 0.00 0.07 0.41 0.13 0.01 0.14 0.56 0.19
O3' 0.14 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.25 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.10 0.09 0.22 0.17 0.01
O4 0.02 0.01 0.20 0.05 0.00 0.06 0.00 0.38 0.01 0.01 0.00 0.00 0.41 0.01 0.00 0.05 0.27 0.08 0.06 0.11
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.09 0.05 0.09 0.00 0.03 0.14 0.13 0.10 0.05 0.00 0.27 0.50 0.15 0.31
O5' 0.17 0.23 0.07 0.01 0.28 0.00 0.28 0.01 0.27 0.23 0.26 0.20 0.01 0.09 0.27 0.27 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.29 0.20 0.04 0.07 0.11 0.23 0.10 0.24 0.16 0.22 0.15 0.22 0.14 0.22 0.08 0.50 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.02 0.53 0.31 0.07 0.13 0.09 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.56 0.17 0.06 0.15 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.11 0.27 0.12 0.12 0.01 0.13 0.02 0.12 0.11 0.12 0.10 0.19 0.01 0.11 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 0.17 0.37 0.53 0.20 0.57 0.12 0.75 0.07 0.18 0.11 0.17 0.22 0.11 0.23 0.31 0.52 0.44 0.76 0.02 0.12 0.34 0.29
C2 0.27 0.21 0.27 0.38 0.22 0.42 0.10 0.54 0.05 0.12 0.12 0.23 0.26 0.04 0.22 0.21 0.34 0.39 0.61 0.04 0.25 0.15 0.11
C2' 0.18 0.14 0.24 0.41 0.20 0.44 0.21 0.70 0.18 0.26 0.15 0.11 0.16 0.25 0.21 0.12 0.37 0.33 0.80 0.16 0.19 0.51 0.47
C3' 0.12 0.18 0.17 0.28 0.16 0.30 0.14 0.46 0.15 0.11 0.17 0.19 0.18 0.12 0.13 0.12 0.25 0.22 0.50 0.12 0.14 0.19 0.15
C4 0.18 0.07 0.13 0.21 0.06 0.28 0.08 0.36 0.14 0.02 0.06 0.12 0.16 0.10 0.08 0.08 0.13 0.30 0.40 0.21 0.43 0.07 0.03
C4' 0.06 0.05 0.03 0.15 0.06 0.17 0.08 0.32 0.09 0.10 0.07 0.03 0.04 0.10 0.08 0.01 0.17 0.02 0.29 0.10 0.38 0.08 0.03
C5 0.07 0.03 0.05 0.14 0.04 0.22 0.13 0.31 0.17 0.09 0.12 0.01 0.02 0.14 0.02 0.02 0.07 0.23 0.32 0.22 0.52 0.04 0.08
C5' 0.50 0.48 0.40 0.26 0.49 0.24 0.48 0.06 0.48 0.47 0.49 0.47 0.48 0.46 0.49 0.41 0.23 0.40 0.09 0.48 0.68 0.09 0.30
C6 0.09 0.01 0.12 0.22 0.00 0.29 0.08 0.39 0.11 0.05 0.06 0.04 0.06 0.10 0.01 0.08 0.17 0.26 0.39 0.16 0.48 0.08 0.04
N1 0.22 0.12 0.25 0.38 0.13 0.43 0.03 0.56 0.01 0.06 0.04 0.14 0.17 0.00 0.15 0.20 0.33 0.38 0.58 0.07 0.33 0.17 0.10
N3 0.25 0.21 0.22 0.31 0.19 0.35 0.04 0.45 0.02 0.06 0.07 0.24 0.28 0.03 0.18 0.16 0.24 0.35 0.51 0.13 0.33 0.10 0.04
O2 0.28 0.28 0.31 0.43 0.28 0.43 0.20 0.58 0.15 0.19 0.21 0.29 0.31 0.14 0.27 0.24 0.40 0.37 0.67 0.06 0.09 0.17 0.19
O2' 0.35 0.10 0.46 0.73 0.26 0.73 0.27 1.09 0.17 0.44 0.10 0.04 0.18 0.38 0.35 0.30 0.72 0.53 1.21 0.14 0.73 1.02 0.96
O3' 0.05 0.12 0.12 0.24 0.08 0.24 0.04 0.39 0.05 0.01 0.09 0.15 0.12 0.01 0.04 0.09 0.24 0.13 0.39 0.02 0.19 0.08 0.05
O4 0.28 0.18 0.23 0.28 0.17 0.33 0.01 0.40 0.09 0.07 0.02 0.24 0.30 0.03 0.18 0.18 0.19 0.36 0.45 0.20 0.37 0.12 0.03
O4' 0.11 0.03 0.24 0.38 0.01 0.41 0.08 0.51 0.10 0.09 0.04 0.07 0.07 0.14 0.01 0.26 0.42 0.22 0.40 0.16 0.55 0.04 0.07
O5' 0.06 0.16 0.07 0.10 0.11 0.12 0.09 0.16 0.11 0.03 0.14 0.19 0.15 0.05 0.07 0.07 0.03 0.12 0.18 0.09 0.45 0.04 0.11
OP1 0.06 0.05 0.10 0.18 0.02 0.23 0.03 0.31 0.00 0.10 0.04 0.09 0.02 0.08 0.06 0.06 0.13 0.17 0.30 0.00 0.25 0.33 0.15
OP2 0.08 0.03 0.14 0.19 0.02 0.21 0.04 0.24 0.07 0.03 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03 0.16 0.14 0.17 0.23 0.12 0.51 0.05 0.08
P 0.07 0.02 0.12 0.18 0.04 0.21 0.01 0.26 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.12 0.12 0.17 0.25 0.04 0.43 0.13 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.52 0.05 0.17
C2 0.01 0.00 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.26 0.20 0.06 0.18 0.01 0.31 0.02 0.08
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.00 0.02 0.02 0.06 0.08 0.12 0.20 0.16 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.37 0.10 0.05
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.17 0.04 0.15 0.10 0.15 0.06 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.23 0.20 0.06
C4 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.06 0.05 0.20 0.00 0.35 0.02 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.10 0.03 0.03 0.01 0.10 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.39 0.07 0.08
C5 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.03 0.04 0.28 0.00 0.22 0.01 0.02
C5' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.18 0.19 0.14 0.06 0.07 0.22 0.11 0.03 0.01 0.02 0.00 0.22 0.18 0.10 0.01
C6 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.01 0.05 0.29 0.00 0.15 0.02 0.01
C8 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.17 0.01 0.29 0.01 0.33 0.02 0.06
N1 0.01 0.00 0.12 0.04 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.11 0.06 0.24 0.01 0.22 0.01 0.03
N2 0.02 0.00 0.20 0.15 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.32 0.28 0.07 0.15 0.02 0.33 0.02 0.09
N3 0.01 0.00 0.16 0.10 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.25 0.19 0.06 0.15 0.01 0.38 0.03 0.11
N7 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.02 0.33 0.01 0.17 0.02 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.19 0.00 0.42 0.03 0.12
O2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.14 0.03 0.10 0.03 0.14 0.04 0.22 0.32 0.25 0.01 0.03 0.00 0.06 0.04 0.05 0.12 0.41 0.12 0.04
O3' 0.04 0.20 0.03 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.17 0.11 0.28 0.19 0.15 0.03 0.06 0.00 0.02 0.04 0.04 0.13 0.36 0.17
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.60 0.12 0.25
O5' 0.08 0.18 0.05 0.03 0.20 0.01 0.28 0.00 0.29 0.29 0.24 0.15 0.15 0.33 0.19 0.05 0.04 0.03 0.00 0.33 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.04 0.05 0.33 0.00 0.05 0.05 0.06
OP1 0.52 0.31 0.37 0.23 0.35 0.39 0.22 0.18 0.15 0.33 0.22 0.33 0.38 0.17 0.42 0.41 0.13 0.60 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.02 0.10 0.20 0.02 0.07 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.12 0.36 0.12 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.08 0.05 0.06 0.09 0.08 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.09 0.11 0.01 0.12 0.04 0.17 0.25 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00