ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54610

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.018, 0.060, 0.103, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.060 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.019, 0.066, 0.112, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.066 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.030, 0.106, 0.182, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.106 std_dev=0.076
C5' A 0, 0.069, 0.242, 0.415, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.242 std_dev=0.173
C3' A 0, 0.071, 0.246, 0.422, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.246 std_dev=0.175
O2' A 0, 0.075, 0.256, 0.438, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.256 std_dev=0.182
N3 B 0, 0.140, 0.478, 0.817, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.478 std_dev=0.339
C4 B 0, 0.153, 0.526, 0.899, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.526 std_dev=0.373
O3' A 0, 0.155, 0.539, 0.922, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.539 std_dev=0.383
O5' A 0, 0.156, 0.543, 0.930, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.543 std_dev=0.387
C2 B 0, 0.168, 0.575, 0.982, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.575 std_dev=0.407
C5 B 0, 0.195, 0.666, 1.137, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.666 std_dev=0.471
N9 B 0, 0.196, 0.669, 1.143, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.669 std_dev=0.474
N2 B 0, 0.208, 0.711, 1.214, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.711 std_dev=0.503
N1 B 0, 0.215, 0.735, 1.254, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.735 std_dev=0.520
C6 B 0, 0.231, 0.790, 1.349, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.790 std_dev=0.559
C8 B 0, 0.239, 0.817, 1.394, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.817 std_dev=0.578
N7 B 0, 0.242, 0.825, 1.408, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.825 std_dev=0.583
C1' B 0, 0.244, 0.832, 1.420, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.832 std_dev=0.588
P A 0, 0.259, 0.885, 1.512, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.885 std_dev=0.627
C2' B 0, 0.282, 0.962, 1.643, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.962 std_dev=0.681
OP2 A 0, 0.296, 1.017, 1.738, 1.583 max_d=1.583 avg_d=1.017 std_dev=0.721
O6 B 0, 0.304, 1.037, 1.769, 1.556 max_d=1.556 avg_d=1.037 std_dev=0.733
O2' B 0, 0.358, 1.222, 2.085, 1.855 max_d=1.855 avg_d=1.222 std_dev=0.864
O4' B 0, 0.379, 1.295, 2.210, 1.950 max_d=1.950 avg_d=1.295 std_dev=0.916
C3' B 0, 0.389, 1.331, 2.273, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.331 std_dev=0.942
OP1 A 0, 0.393, 1.345, 2.298, 2.071 max_d=2.071 avg_d=1.345 std_dev=0.952
O5' B 0, 0.453, 1.548, 2.643, 2.332 max_d=2.332 avg_d=1.548 std_dev=1.095
C4' B 0, 0.467, 1.594, 2.721, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.594 std_dev=1.127
O3' B 0, 0.506, 1.731, 2.956, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.731 std_dev=1.225
C5' B 0, 0.570, 1.947, 3.323, 2.927 max_d=2.927 avg_d=1.947 std_dev=1.376
P B 0, 0.633, 2.160, 3.687, 3.252 max_d=3.252 avg_d=2.160 std_dev=1.527
OP2 B 0, 0.694, 2.370, 4.047, 3.572 max_d=3.572 avg_d=2.370 std_dev=1.676
OP1 B 0, 0.730, 2.495, 4.259, 3.775 max_d=3.775 avg_d=2.495 std_dev=1.764

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.13 0.03
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.19 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.05 0.16 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.10 0.06
C4 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02 0.08 0.10 0.22 0.10
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.02 0.07 0.10 0.21 0.10
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.07 0.06 0.17 0.07
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.03 0.17 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.07 0.07 0.22 0.08
O2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.19 0.05
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.12 0.04
O3' 0.03 0.02 0.02 0.00 0.09 0.03 0.11 0.03 0.09 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.10 0.04 0.07 0.01 0.09 0.06
O4 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.02 0.09 0.12 0.23 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.09 0.05 0.05
O5' 0.04 0.06 0.06 0.06 0.08 0.02 0.07 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.03 0.07 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.02 0.04 0.05 0.04 0.10 0.06 0.10 0.07 0.06 0.03 0.07 0.02 0.04 0.01 0.12 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.19 0.16 0.10 0.22 0.05 0.21 0.03 0.17 0.17 0.22 0.19 0.12 0.09 0.23 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.07 0.06 0.10 0.03 0.10 0.02 0.07 0.05 0.08 0.05 0.04 0.06 0.11 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.21 0.06 0.08 0.19 0.13 0.19 0.16 0.20 0.17 0.20 0.20 0.20 0.18 0.17 0.03 0.05 0.17 0.14 0.19 0.08 0.03 0.11
C2 0.23 0.09 0.16 0.20 0.21 0.28 0.18 0.33 0.12 0.23 0.08 0.03 0.16 0.21 0.23 0.13 0.18 0.31 0.27 0.09 0.24 0.15 0.26
C2' 0.13 0.19 0.06 0.09 0.17 0.14 0.17 0.16 0.17 0.14 0.18 0.20 0.18 0.15 0.15 0.03 0.07 0.17 0.12 0.16 0.09 0.04 0.12
C3' 0.11 0.24 0.02 0.05 0.20 0.10 0.22 0.14 0.25 0.18 0.26 0.25 0.21 0.21 0.16 0.04 0.02 0.15 0.12 0.27 0.08 0.03 0.12
C4 0.24 0.03 0.15 0.21 0.20 0.32 0.24 0.41 0.16 0.31 0.04 0.09 0.10 0.30 0.26 0.10 0.17 0.35 0.38 0.15 0.35 0.29 0.37
C4' 0.09 0.25 0.01 0.01 0.20 0.06 0.22 0.09 0.26 0.17 0.28 0.27 0.20 0.20 0.15 0.09 0.05 0.11 0.10 0.28 0.03 0.07 0.07
C5 0.20 0.08 0.10 0.15 0.21 0.26 0.26 0.34 0.23 0.29 0.14 0.04 0.13 0.30 0.24 0.05 0.10 0.30 0.32 0.25 0.27 0.21 0.30
C5' 0.09 0.25 0.02 0.02 0.20 0.06 0.24 0.10 0.29 0.18 0.30 0.27 0.19 0.23 0.16 0.10 0.06 0.12 0.12 0.32 0.05 0.06 0.08
C6 0.17 0.14 0.07 0.11 0.21 0.20 0.25 0.27 0.24 0.25 0.19 0.05 0.16 0.26 0.21 0.03 0.06 0.25 0.25 0.25 0.19 0.12 0.22
N1 0.18 0.16 0.09 0.13 0.21 0.20 0.21 0.25 0.19 0.22 0.17 0.09 0.18 0.22 0.21 0.05 0.09 0.24 0.22 0.18 0.17 0.08 0.20
N3 0.26 0.03 0.18 0.24 0.20 0.34 0.20 0.41 0.10 0.29 0.03 0.06 0.12 0.26 0.26 0.15 0.22 0.36 0.36 0.07 0.34 0.27 0.35
O2 0.25 0.08 0.20 0.24 0.18 0.30 0.12 0.32 0.06 0.18 0.04 0.05 0.16 0.14 0.22 0.19 0.23 0.31 0.24 0.04 0.22 0.12 0.23
O2' 0.06 0.17 0.03 0.04 0.10 0.05 0.09 0.05 0.10 0.07 0.14 0.22 0.15 0.07 0.08 0.01 0.05 0.07 0.03 0.09 0.04 0.14 0.03
O3' 0.05 0.20 0.08 0.06 0.14 0.04 0.17 0.05 0.22 0.11 0.23 0.22 0.15 0.15 0.10 0.14 0.11 0.07 0.03 0.24 0.02 0.08 0.04
O4 0.25 0.04 0.17 0.25 0.19 0.37 0.23 0.47 0.12 0.34 0.05 0.14 0.08 0.33 0.27 0.12 0.21 0.38 0.44 0.12 0.43 0.39 0.45
O4' 0.09 0.25 0.01 0.02 0.20 0.06 0.23 0.10 0.26 0.17 0.27 0.27 0.20 0.21 0.15 0.09 0.04 0.12 0.11 0.27 0.04 0.07 0.06
O5' 0.15 0.30 0.06 0.08 0.26 0.13 0.31 0.18 0.36 0.25 0.36 0.30 0.25 0.30 0.22 0.04 0.05 0.18 0.19 0.39 0.11 0.09 0.16
OP1 0.21 0.37 0.13 0.15 0.32 0.18 0.37 0.23 0.43 0.30 0.43 0.37 0.30 0.35 0.28 0.04 0.09 0.23 0.25 0.46 0.17 0.10 0.20
OP2 0.07 0.15 0.06 0.05 0.14 0.08 0.20 0.13 0.25 0.15 0.23 0.12 0.10 0.20 0.11 0.13 0.07 0.11 0.15 0.30 0.10 0.04 0.12
P 0.16 0.29 0.07 0.09 0.26 0.14 0.32 0.20 0.37 0.26 0.37 0.28 0.24 0.31 0.23 0.04 0.03 0.19 0.22 0.42 0.14 0.07 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.11 0.24 0.09
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.13 0.04 0.06 0.01 0.16 0.30 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.11 0.30 0.10
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.08 0.11 0.09 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.12 0.31 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.05 0.02 0.13 0.27 0.13
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.18 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.11 0.22 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.06 0.07 0.01
C6 0.04 0.01 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.08 0.05 0.07 0.00 0.12 0.23 0.13
C8 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.07 0.14 0.08
N1 0.04 0.00 0.07 0.08 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.05 0.06 0.01 0.14 0.27 0.14
N2 0.04 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.16 0.04 0.06 0.01 0.18 0.33 0.16
N3 0.03 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.06 0.01 0.16 0.31 0.14
N7 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.07 0.13 0.08
N9 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.11 0.23 0.10
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.08 0.12 0.08 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.09 0.28 0.07
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.02 0.05 0.03 0.08 0.03 0.11 0.16 0.11 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.09 0.08 0.11 0.32 0.10
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.05 0.09 0.16 0.06
O5' 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.09 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.04 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.08 0.05 0.08 0.00 0.12 0.19 0.12
OP1 0.11 0.16 0.11 0.12 0.13 0.09 0.11 0.06 0.12 0.07 0.14 0.18 0.16 0.07 0.11 0.09 0.11 0.09 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.30 0.30 0.31 0.27 0.18 0.22 0.07 0.23 0.14 0.27 0.33 0.31 0.13 0.23 0.28 0.32 0.16 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.15 0.10 0.10 0.13 0.04 0.12 0.01 0.13 0.08 0.14 0.16 0.14 0.08 0.10 0.07 0.10 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00