ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54611

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, -0.001, 0.003, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.003 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
O4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2' A 0, -0.031, 0.172, 0.375, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.172 std_dev=0.203
O4' A 0, -0.064, 0.184, 0.433, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.184 std_dev=0.249
C4' A 0, 0.048, 0.301, 0.554, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.301 std_dev=0.253
OP1 B 0, 0.110, 0.385, 0.660, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.385 std_dev=0.275
N2 B 0, 0.104, 0.400, 0.697, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.400 std_dev=0.296
N1 B 0, 0.095, 0.400, 0.705, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.400 std_dev=0.305
C2 B 0, 0.103, 0.411, 0.718, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.411 std_dev=0.307
O2' A 0, 0.025, 0.336, 0.646, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.336 std_dev=0.310
C6 B 0, 0.093, 0.416, 0.739, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.416 std_dev=0.323
N3 B 0, 0.112, 0.437, 0.762, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.437 std_dev=0.325
O6 B 0, 0.084, 0.410, 0.735, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.410 std_dev=0.325
O2' B 0, 0.121, 0.454, 0.787, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.454 std_dev=0.333
C4 B 0, 0.111, 0.449, 0.786, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.449 std_dev=0.338
C5 B 0, 0.102, 0.441, 0.780, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.441 std_dev=0.339
C3' A 0, 0.000, 0.340, 0.680, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.340 std_dev=0.340
N9 B 0, 0.120, 0.474, 0.828, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.474 std_dev=0.354
N7 B 0, 0.104, 0.463, 0.822, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.463 std_dev=0.359
C2' B 0, 0.132, 0.494, 0.856, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.494 std_dev=0.362
C1' B 0, 0.130, 0.494, 0.857, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.494 std_dev=0.364
C8 B 0, 0.116, 0.482, 0.848, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.482 std_dev=0.366
P A 0, 0.136, 0.526, 0.917, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.526 std_dev=0.390
O3' A 0, 0.065, 0.490, 0.914, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.490 std_dev=0.424
O4' B 0, 0.152, 0.579, 1.005, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.579 std_dev=0.427
C3' B 0, 0.177, 0.653, 1.129, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.653 std_dev=0.476
O3' B 0, 0.164, 0.669, 1.174, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.669 std_dev=0.505
C4' B 0, 0.199, 0.738, 1.277, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.738 std_dev=0.539
P B 0, 0.128, 0.668, 1.208, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.668 std_dev=0.540
C5' A 0, 0.077, 0.636, 1.194, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.636 std_dev=0.559
OP1 A 0, 0.155, 0.750, 1.344, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.750 std_dev=0.595
C5' B 0, 0.274, 1.024, 1.774, 1.775 max_d=1.775 avg_d=1.024 std_dev=0.750
OP2 A 0, 0.057, 0.862, 1.666, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.862 std_dev=0.804
OP2 B 0, 0.352, 1.269, 2.186, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.269 std_dev=0.917
O5' A 0, 0.014, 0.937, 1.860, 2.193 max_d=2.193 avg_d=0.937 std_dev=0.923
O5' B 0, 0.379, 1.412, 2.445, 2.444 max_d=2.444 avg_d=1.412 std_dev=1.033

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.21 0.10 0.71 0.18
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.10 0.00 0.05 0.40 0.09 0.64 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.05 0.08 0.01 0.04 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.15 0.53 0.13
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.02 0.11 0.00 0.00 0.03 0.00 0.15 0.38 0.43 0.09
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.65 0.10 0.43 0.03
C4' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.35 0.56 0.09
C5 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.10 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.74 0.01 0.40 0.07
C5' 0.05 0.14 0.05 0.00 0.26 0.00 0.30 0.00 0.27 0.17 0.20 0.08 0.03 0.04 0.28 0.00 0.00 0.40 0.33 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.09 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.04 0.68 0.05 0.53 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.45 0.03 0.65 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.08 0.00 0.04 0.52 0.13 0.55 0.10
O2 0.02 0.00 0.12 0.11 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.16 0.00 0.08 0.25 0.11 0.67 0.21
O2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.03 0.06 0.04 0.12 0.23 0.00 0.01 0.08 0.01 0.04 0.16 0.44 0.12
O3' 0.04 0.10 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.16 0.01 0.00 0.04 0.06 0.19 0.46 0.43 0.09
O4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00 0.01 0.68 0.14 0.36 0.02
O4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.17 0.08 0.85 0.27
O5' 0.21 0.40 0.07 0.15 0.65 0.01 0.74 0.00 0.68 0.45 0.52 0.25 0.04 0.19 0.68 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.10 0.09 0.15 0.38 0.10 0.35 0.01 0.40 0.05 0.03 0.13 0.11 0.16 0.46 0.14 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.71 0.64 0.53 0.43 0.43 0.56 0.40 0.33 0.53 0.65 0.55 0.67 0.44 0.43 0.36 0.85 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.15 0.13 0.09 0.03 0.09 0.07 0.01 0.04 0.11 0.10 0.21 0.12 0.09 0.02 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.11 0.20 0.19 0.15 0.17 0.08 0.12 0.06 0.18 0.09 0.11 0.15 0.10 0.20 0.22 0.20 0.23 0.03 0.10 0.13 0.12 0.02
C2 0.25 0.18 0.22 0.21 0.23 0.18 0.20 0.14 0.15 0.23 0.15 0.16 0.21 0.21 0.24 0.24 0.22 0.22 0.08 0.08 0.14 0.03 0.07
C2' 0.13 0.10 0.12 0.14 0.07 0.09 0.06 0.04 0.06 0.17 0.10 0.14 0.06 0.12 0.12 0.12 0.17 0.13 0.08 0.05 0.10 0.02 0.01
C3' 0.06 0.17 0.06 0.12 0.06 0.05 0.05 0.02 0.11 0.09 0.17 0.21 0.12 0.05 0.04 0.06 0.14 0.07 0.13 0.11 0.15 0.03 0.01
C4 0.23 0.20 0.23 0.21 0.21 0.15 0.18 0.07 0.15 0.21 0.17 0.19 0.22 0.18 0.22 0.25 0.21 0.18 0.04 0.08 0.12 0.10 0.01
C4' 0.02 0.26 0.04 0.10 0.17 0.07 0.20 0.05 0.26 0.05 0.29 0.27 0.20 0.13 0.06 0.05 0.11 0.08 0.14 0.26 0.23 0.17 0.01
C5 0.22 0.15 0.21 0.19 0.18 0.14 0.14 0.05 0.08 0.18 0.09 0.15 0.19 0.14 0.20 0.24 0.19 0.17 0.12 0.02 0.12 0.17 0.06
C5' 0.10 0.53 0.06 0.05 0.36 0.06 0.36 0.10 0.44 0.15 0.52 0.57 0.46 0.24 0.21 0.03 0.05 0.02 0.18 0.43 0.40 0.13 0.08
C6 0.22 0.11 0.20 0.19 0.17 0.14 0.11 0.05 0.03 0.17 0.04 0.11 0.17 0.13 0.19 0.23 0.19 0.18 0.12 0.05 0.12 0.18 0.06
N1 0.24 0.14 0.21 0.20 0.19 0.16 0.14 0.09 0.06 0.20 0.09 0.13 0.18 0.15 0.22 0.23 0.20 0.21 0.02 0.04 0.13 0.11 0.02
N3 0.24 0.21 0.23 0.21 0.23 0.17 0.21 0.12 0.18 0.23 0.18 0.19 0.23 0.21 0.24 0.24 0.22 0.21 0.05 0.12 0.13 0.04 0.06
O2 0.25 0.18 0.22 0.21 0.23 0.20 0.21 0.19 0.17 0.25 0.16 0.16 0.21 0.23 0.25 0.23 0.23 0.24 0.18 0.12 0.16 0.06 0.13
O2' 0.19 0.11 0.17 0.18 0.17 0.10 0.19 0.05 0.16 0.26 0.12 0.11 0.12 0.26 0.20 0.16 0.21 0.15 0.02 0.16 0.04 0.06 0.02
O3' 0.11 0.11 0.11 0.15 0.08 0.08 0.10 0.05 0.11 0.17 0.12 0.14 0.08 0.14 0.11 0.10 0.19 0.11 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
O4 0.23 0.22 0.23 0.21 0.22 0.15 0.19 0.07 0.16 0.21 0.19 0.22 0.23 0.19 0.22 0.25 0.21 0.18 0.04 0.11 0.12 0.10 0.01
O4' 0.09 0.17 0.07 0.12 0.11 0.09 0.24 0.04 0.30 0.12 0.26 0.15 0.09 0.23 0.04 0.10 0.13 0.14 0.13 0.34 0.16 0.28 0.07
O5' 0.18 0.90 0.10 0.07 0.56 0.13 0.55 0.26 0.72 0.21 0.88 1.01 0.74 0.34 0.31 0.10 0.12 0.03 0.20 0.70 0.66 0.32 0.33
OP1 0.58 0.51 0.63 0.68 0.50 0.70 0.42 0.74 0.37 0.44 0.42 0.54 0.56 0.39 0.52 0.64 0.73 0.64 0.87 0.30 0.47 0.49 0.56
OP2 0.52 0.36 0.50 0.47 0.52 0.40 0.56 0.35 0.49 0.64 0.40 0.25 0.41 0.63 0.57 0.47 0.42 0.46 0.35 0.50 0.40 0.39 0.37
P 0.09 0.35 0.09 0.12 0.17 0.11 0.12 0.17 0.18 0.01 0.30 0.45 0.29 0.02 0.08 0.10 0.13 0.09 0.38 0.15 0.18 0.15 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.14 0.37 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.20 0.00 0.22 0.30 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.03 0.04 0.46 0.11
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.04 0.06 0.47 0.16
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.16 0.30 0.07
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.06 0.10 0.07 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.32 0.06
C5 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.19 0.01 0.13 0.25 0.06
C5' 0.03 0.13 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.11 0.14 0.12 0.15 0.11 0.14 0.08 0.03 0.05 0.01 0.00 0.11 0.12 0.15 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.19 0.00 0.16 0.23 0.10
C8 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.26 0.02 0.12 0.29 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.07 0.19 0.00 0.20 0.26 0.14
N2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.11 0.23 0.01 0.25 0.31 0.18
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.18 0.01 0.20 0.32 0.12
N7 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.25 0.02 0.10 0.23 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.16 0.02 0.13 0.33 0.01
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.07 0.45 0.11
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.00 0.00 0.12 0.07 0.14 0.50 0.22
O4' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.11 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.18 0.32 0.05
O5' 0.08 0.20 0.09 0.10 0.16 0.01 0.19 0.00 0.19 0.26 0.19 0.23 0.18 0.25 0.16 0.04 0.12 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.19 0.00 0.13 0.19 0.09
OP1 0.14 0.22 0.04 0.06 0.16 0.11 0.13 0.12 0.16 0.12 0.20 0.25 0.20 0.10 0.13 0.07 0.14 0.18 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.30 0.46 0.47 0.30 0.32 0.25 0.15 0.23 0.29 0.26 0.31 0.32 0.23 0.33 0.45 0.50 0.32 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.11 0.16 0.07 0.06 0.06 0.01 0.10 0.05 0.14 0.18 0.12 0.04 0.01 0.11 0.22 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00