ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54613

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C5 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C6 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O2' B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C1' B 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C2' B 0, 0.000, 0.150, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C3' B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
O3' A 0, 0.000, 0.206, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.206 std_dev=0.206
O3' B 0, 0.000, 0.207, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.207 std_dev=0.207
C4' B 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
N9 B 0, 0.000, 0.242, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.242 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.000, 0.251, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.251 std_dev=0.251
N3 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C4 B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C3' A 0, 0.000, 0.297, 0.595, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C5' B 0, 0.000, 0.302, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.302 std_dev=0.302
O4' A 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
C8 B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
OP1 A 0, 0.000, 0.349, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C2 B 0, 0.000, 0.373, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.373 std_dev=0.373
O5' B 0, 0.000, 0.377, 0.755, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C2' A 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C5 B 0, 0.000, 0.387, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.387 std_dev=0.387
N7 B 0, 0.000, 0.411, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.411 std_dev=0.411
N2 B 0, 0.000, 0.432, 0.864, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.432 std_dev=0.432
P B 0, 0.000, 0.448, 0.896, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.448 std_dev=0.448
N1 B 0, 0.000, 0.467, 0.935, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.467 std_dev=0.467
OP2 B 0, 0.000, 0.468, 0.936, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C6 B 0, 0.000, 0.475, 0.951, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.475 std_dev=0.475
OP1 B 0, 0.000, 0.536, 1.073, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.536 std_dev=0.536
P A 0, 0.000, 0.565, 1.130, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.565 std_dev=0.565
O6 B 0, 0.000, 0.569, 1.137, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.569 std_dev=0.569
C4' A 0, 0.000, 0.605, 1.210, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.605 std_dev=0.605
O2' A 0, 0.000, 0.689, 1.379, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.689 std_dev=0.689
OP2 A 0, 0.000, 0.841, 1.682, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.841 std_dev=0.841
O5' A 0, 0.000, 0.906, 1.812, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.906 std_dev=0.906
C5' A 0, 0.000, 1.085, 2.169, 2.169 max_d=2.169 avg_d=1.085 std_dev=1.085

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.13 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.11 0.44 0.19
C2 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.21 0.09 0.34 0.08
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.10 0.15 0.02 0.04 0.16 0.01 0.02 0.04 0.02 0.22 0.37 0.57 0.42
C3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.28 0.17 0.36 0.29
C4 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.01 0.31 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.06 0.01 0.02 0.38 0.03 0.29 0.02
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.06 0.06 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02 0.20 0.13 0.02
C5 0.04 0.02 0.13 0.03 0.01 0.09 0.00 0.28 0.00 0.02 0.01 0.02 0.22 0.05 0.01 0.00 0.40 0.02 0.34 0.01
C5' 0.13 0.26 0.10 0.02 0.31 0.01 0.28 0.00 0.25 0.25 0.30 0.22 0.08 0.01 0.32 0.02 0.01 0.17 0.02 0.04
C6 0.03 0.01 0.15 0.05 0.02 0.08 0.00 0.25 0.00 0.01 0.03 0.00 0.22 0.04 0.02 0.02 0.31 0.05 0.42 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.01 0.21 0.08 0.39 0.09
N3 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.30 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.31 0.05 0.29 0.01
O2 0.00 0.01 0.16 0.04 0.02 0.00 0.02 0.22 0.00 0.00 0.02 0.00 0.20 0.10 0.01 0.08 0.12 0.11 0.33 0.11
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.13 0.00 0.22 0.08 0.22 0.08 0.02 0.20 0.00 0.03 0.12 0.01 0.31 0.57 0.68 0.55
O3' 0.04 0.08 0.02 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.07 0.10 0.03 0.00 0.05 0.07 0.22 0.08 0.32 0.21
O4 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.32 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.00 0.02 0.42 0.02 0.25 0.05
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.02 0.00 0.13 0.13 0.31 0.02
O5' 0.03 0.21 0.22 0.28 0.38 0.02 0.40 0.01 0.31 0.21 0.31 0.12 0.31 0.22 0.42 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.11 0.09 0.37 0.17 0.03 0.20 0.02 0.17 0.05 0.08 0.05 0.11 0.57 0.08 0.02 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.34 0.57 0.36 0.29 0.13 0.34 0.02 0.42 0.39 0.29 0.33 0.68 0.32 0.25 0.31 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.08 0.42 0.29 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.09 0.01 0.11 0.55 0.21 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.16 0.03 0.04 0.09 0.09 0.15 0.07 0.23 0.00 0.22 0.17 0.10 0.10 0.00 0.06 0.04 0.13 0.03 0.28 0.01 0.13 0.04
C2 0.08 0.12 0.05 0.06 0.02 0.09 0.03 0.08 0.12 0.10 0.15 0.15 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.12 0.05 0.14 0.04 0.12 0.06
C2' 0.18 0.15 0.16 0.18 0.04 0.25 0.13 0.24 0.25 0.08 0.24 0.16 0.06 0.06 0.08 0.20 0.19 0.28 0.17 0.34 0.08 0.31 0.18
C3' 0.13 0.12 0.12 0.14 0.04 0.19 0.10 0.19 0.19 0.05 0.19 0.13 0.05 0.06 0.05 0.14 0.15 0.21 0.13 0.25 0.08 0.27 0.16
C4 0.07 0.04 0.06 0.06 0.02 0.07 0.03 0.04 0.02 0.09 0.05 0.06 0.02 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02
C4' 0.09 0.07 0.11 0.15 0.02 0.16 0.05 0.18 0.11 0.06 0.11 0.08 0.04 0.01 0.04 0.10 0.17 0.15 0.16 0.14 0.19 0.27 0.22
C5 0.04 0.08 0.04 0.04 0.05 0.06 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.09 0.06 0.03 0.00 0.05 0.04 0.07 0.02 0.11 0.04 0.05 0.01
C5' 0.11 0.16 0.17 0.28 0.07 0.32 0.11 0.41 0.19 0.06 0.21 0.17 0.10 0.03 0.03 0.15 0.33 0.23 0.39 0.22 0.46 0.65 0.53
C6 0.03 0.14 0.02 0.02 0.10 0.06 0.14 0.03 0.19 0.03 0.19 0.14 0.11 0.11 0.04 0.04 0.03 0.08 0.02 0.21 0.05 0.07 0.01
N1 0.06 0.14 0.04 0.04 0.07 0.08 0.11 0.06 0.18 0.03 0.19 0.15 0.09 0.05 0.01 0.06 0.05 0.12 0.02 0.22 0.01 0.11 0.03
N3 0.07 0.07 0.06 0.07 0.02 0.08 0.04 0.06 0.03 0.12 0.08 0.10 0.03 0.11 0.08 0.05 0.07 0.10 0.03 0.03 0.04 0.09 0.05
O2 0.09 0.12 0.06 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.10 0.13 0.15 0.16 0.06 0.10 0.08 0.06 0.08 0.14 0.08 0.13 0.09 0.15 0.10
O2' 0.18 0.20 0.13 0.13 0.07 0.23 0.18 0.20 0.33 0.05 0.32 0.22 0.09 0.12 0.06 0.19 0.13 0.28 0.11 0.45 0.01 0.26 0.11
O3' 0.03 0.14 0.01 0.02 0.09 0.03 0.14 0.01 0.20 0.04 0.19 0.15 0.10 0.12 0.03 0.02 0.02 0.08 0.05 0.25 0.12 0.04 0.06
O4 0.08 0.03 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.05 0.05 0.11 0.03 0.00 0.04 0.10 0.10 0.08 0.09 0.07 0.02 0.04 0.01 0.06 0.03
O4' 0.10 0.05 0.09 0.10 0.01 0.12 0.05 0.10 0.10 0.05 0.10 0.06 0.02 0.02 0.05 0.10 0.10 0.15 0.07 0.14 0.04 0.13 0.08
O5' 0.31 0.40 0.28 0.22 0.37 0.21 0.36 0.16 0.38 0.31 0.40 0.41 0.39 0.32 0.34 0.29 0.19 0.26 0.17 0.37 0.04 0.09 0.02
OP1 0.08 0.14 0.10 0.14 0.15 0.13 0.18 0.19 0.20 0.17 0.18 0.12 0.12 0.20 0.13 0.06 0.15 0.08 0.25 0.23 0.33 0.23 0.27
OP2 0.42 0.29 0.43 0.44 0.33 0.45 0.30 0.42 0.25 0.37 0.25 0.29 0.33 0.32 0.38 0.43 0.45 0.44 0.38 0.21 0.31 0.41 0.38
P 0.00 0.08 0.01 0.02 0.07 0.03 0.09 0.02 0.11 0.04 0.11 0.08 0.06 0.07 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.13 0.02 0.09 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.04 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.07
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.07 0.10
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.00 0.02 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.09 0.11
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.10 0.01 0.07 0.07 0.09
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.07 0.09
N2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05
N7 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.08 0.11
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03
O5' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.02 0.04 0.10 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.12 0.10 0.13
OP1 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.07 0.09 0.04 0.05 0.10 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01
OP2 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.07 0.07 0.02 0.03 0.08 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01
P 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.09 0.09 0.04 0.05 0.11 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00