ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54615

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O4 A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O2 A 0, 0.000, 0.073, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C6 B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.000, 0.246, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.246 std_dev=0.246
N7 B 0, 0.000, 0.246, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.246 std_dev=0.246
N1 B 0, 0.000, 0.252, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.252 std_dev=0.252
C4' A 0, 0.000, 0.252, 0.504, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.252 std_dev=0.252
O6 B 0, 0.000, 0.255, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C4 B 0, 0.000, 0.256, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C8 B 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
N9 B 0, 0.000, 0.262, 0.525, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C2 B 0, 0.000, 0.270, 0.541, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.270 std_dev=0.270
N3 B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
O2' A 0, 0.000, 0.277, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.277 std_dev=0.277
N2 B 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
C1' B 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
O4' B 0, 0.000, 0.305, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.305 std_dev=0.305
C3' A 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
O5' B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
P B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
C4' B 0, 0.000, 0.419, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.419 std_dev=0.419
O2' B 0, 0.000, 0.424, 0.848, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.424 std_dev=0.424
OP1 A 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C2' B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
C3' B 0, 0.000, 0.472, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.472 std_dev=0.472
C5' B 0, 0.000, 0.472, 0.944, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.472 std_dev=0.472
C5' A 0, 0.000, 0.492, 0.985, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.492 std_dev=0.492
P A 0, 0.000, 0.512, 1.023, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.512 std_dev=0.512
OP2 B 0, 0.000, 0.519, 1.039, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.519 std_dev=0.519
O3' B 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
O3' A 0, 0.000, 0.561, 1.122, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.561 std_dev=0.561
OP1 B 0, 0.000, 0.572, 1.144, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.572 std_dev=0.572
O5' A 0, 0.000, 0.883, 1.766, 1.766 max_d=1.766 avg_d=0.883 std_dev=0.883
OP2 A 0, 0.000, 1.069, 2.138, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.069 std_dev=1.069

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.19 0.06 0.71 0.23
C2 0.04 0.00 0.03 0.12 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.38 0.10 0.58 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.70 0.24
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.18 0.00 0.18 0.02 0.17 0.12 0.15 0.09 0.00 0.01 0.18 0.01 0.04 0.11 0.53 0.16
C4 0.03 0.00 0.04 0.18 0.00 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.19 0.00 0.04 0.53 0.15 0.34 0.03
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.13 0.09 0.11 0.08 0.06 0.01 0.13 0.00 0.05 0.16 0.51 0.13
C5 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.00 0.03 0.56 0.13 0.32 0.01
C5' 0.06 0.18 0.03 0.02 0.27 0.01 0.28 0.00 0.26 0.18 0.22 0.14 0.07 0.01 0.27 0.04 0.01 0.29 0.21 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.17 0.01 0.13 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.00 0.03 0.51 0.09 0.49 0.07
N1 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.04 0.38 0.08 0.61 0.15
N3 0.04 0.00 0.04 0.15 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.00 0.05 0.46 0.14 0.47 0.09
O2 0.07 0.00 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.07 0.31 0.08 0.62 0.16
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.07 0.00 0.04 0.07 0.08 0.00 0.02 0.05 0.06 0.09 0.12 0.64 0.16
O3' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.19 0.01 0.20 0.01 0.18 0.11 0.14 0.06 0.02 0.00 0.19 0.00 0.03 0.30 0.36 0.04
O4 0.03 0.00 0.04 0.18 0.00 0.13 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.19 0.00 0.04 0.54 0.19 0.25 0.01
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.00 0.04 0.00 0.15 0.05 0.70 0.25
O5' 0.19 0.38 0.09 0.04 0.53 0.05 0.56 0.01 0.51 0.38 0.46 0.31 0.09 0.03 0.54 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.06 0.10 0.01 0.11 0.15 0.16 0.13 0.29 0.09 0.08 0.14 0.08 0.12 0.30 0.19 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.71 0.58 0.70 0.53 0.34 0.51 0.32 0.21 0.49 0.61 0.47 0.62 0.64 0.36 0.25 0.70 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.23 0.14 0.24 0.16 0.03 0.13 0.01 0.02 0.07 0.15 0.09 0.16 0.16 0.04 0.01 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.11 0.22 0.22 0.12 0.16 0.10 0.14 0.07 0.13 0.07 0.09 0.14 0.10 0.14 0.22 0.21 0.12 0.18 0.05 0.20 0.04 0.13
C2 0.15 0.07 0.19 0.19 0.13 0.13 0.11 0.12 0.07 0.14 0.04 0.01 0.12 0.12 0.15 0.18 0.17 0.11 0.19 0.05 0.19 0.03 0.14
C2' 0.20 0.11 0.28 0.26 0.14 0.20 0.11 0.18 0.07 0.15 0.07 0.09 0.16 0.12 0.17 0.29 0.24 0.17 0.23 0.05 0.26 0.06 0.17
C3' 0.19 0.07 0.28 0.26 0.10 0.20 0.04 0.17 0.01 0.09 0.00 0.07 0.12 0.04 0.13 0.31 0.26 0.15 0.20 0.05 0.22 0.00 0.13
C4 0.10 0.04 0.11 0.13 0.09 0.07 0.09 0.06 0.06 0.11 0.03 0.01 0.08 0.10 0.10 0.10 0.13 0.06 0.13 0.04 0.10 0.03 0.07
C4' 0.20 0.11 0.29 0.28 0.13 0.22 0.08 0.19 0.04 0.12 0.05 0.12 0.15 0.08 0.15 0.30 0.29 0.16 0.21 0.01 0.23 0.04 0.15
C5 0.13 0.12 0.16 0.18 0.13 0.12 0.12 0.10 0.11 0.13 0.10 0.09 0.13 0.12 0.13 0.14 0.19 0.09 0.15 0.09 0.13 0.00 0.10
C5' 0.11 0.02 0.21 0.21 0.03 0.15 0.03 0.11 0.08 0.02 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.24 0.23 0.09 0.11 0.13 0.13 0.07 0.05
C6 0.16 0.15 0.21 0.22 0.16 0.16 0.14 0.14 0.12 0.15 0.13 0.14 0.17 0.14 0.16 0.19 0.22 0.12 0.18 0.10 0.17 0.03 0.13
N1 0.17 0.12 0.22 0.22 0.15 0.16 0.12 0.14 0.09 0.15 0.09 0.09 0.16 0.13 0.16 0.20 0.21 0.13 0.19 0.07 0.20 0.04 0.14
N3 0.11 0.02 0.13 0.14 0.09 0.09 0.08 0.07 0.04 0.12 0.01 0.03 0.07 0.10 0.11 0.12 0.13 0.07 0.15 0.03 0.14 0.01 0.10
O2 0.18 0.04 0.21 0.20 0.13 0.15 0.11 0.14 0.06 0.16 0.02 0.03 0.11 0.14 0.17 0.20 0.17 0.14 0.23 0.05 0.24 0.07 0.17
O2' 0.36 0.20 0.43 0.41 0.27 0.37 0.24 0.35 0.18 0.30 0.16 0.15 0.27 0.26 0.32 0.44 0.38 0.34 0.41 0.15 0.45 0.25 0.35
O3' 0.29 0.12 0.39 0.37 0.16 0.32 0.09 0.28 0.03 0.16 0.03 0.12 0.19 0.10 0.21 0.45 0.38 0.25 0.30 0.03 0.34 0.09 0.22
O4 0.04 0.01 0.05 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.04 0.09 0.02
O4' 0.12 0.09 0.19 0.19 0.10 0.13 0.08 0.12 0.06 0.10 0.06 0.09 0.11 0.08 0.11 0.18 0.19 0.09 0.14 0.04 0.16 0.01 0.10
O5' 0.14 0.25 0.05 0.06 0.25 0.11 0.33 0.16 0.38 0.27 0.35 0.21 0.20 0.33 0.22 0.01 0.03 0.17 0.17 0.44 0.16 0.38 0.24
OP1 0.23 0.22 0.27 0.28 0.23 0.23 0.23 0.22 0.22 0.24 0.21 0.20 0.23 0.23 0.23 0.24 0.27 0.21 0.27 0.22 0.27 0.13 0.22
OP2 0.71 0.61 0.76 0.74 0.61 0.71 0.51 0.66 0.44 0.58 0.49 0.65 0.67 0.50 0.64 0.80 0.76 0.67 0.65 0.33 0.63 0.41 0.57
P 0.30 0.23 0.35 0.35 0.23 0.30 0.18 0.27 0.13 0.22 0.16 0.25 0.27 0.17 0.25 0.37 0.36 0.27 0.28 0.08 0.28 0.09 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.07 0.04 0.01
C2 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.04
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.02 0.05
C4 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.01
C5 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.03 0.10 0.04
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.02 0.00 0.05 0.11 0.05
C8 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.09 0.03
N1 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.05 0.02 0.01 0.03 0.10 0.04
N2 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03
N3 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02
N7 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.11 0.04
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.04 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01
O3' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.07 0.05 0.03 0.02 0.09 0.00 0.02 0.10 0.07 0.02 0.05 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.07 0.06 0.12 0.03 0.03
O5' 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00
O6 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.04 0.00 0.08 0.14 0.07
OP1 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.03 0.11 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.12 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.05 0.02 0.07 0.01 0.10 0.02 0.11 0.09 0.10 0.08 0.07 0.11 0.06 0.02 0.05 0.03 0.03 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00