ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54625

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 9, 7, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.013, 0.023, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.023, 0.045, 0.066, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.045 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.025, 0.050, 0.076, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.028, 0.056, 0.084, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.056 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.112, 0.202, 0.293, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.202 std_dev=0.091
O4' A 0, 0.106, 0.200, 0.294, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.086, 0.186, 0.286, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.186 std_dev=0.100
C1' B 0, 0.186, 0.305, 0.425, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.305 std_dev=0.120
N1 B 0, 0.109, 0.231, 0.353, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.231 std_dev=0.122
C2 B 0, 0.102, 0.229, 0.356, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.229 std_dev=0.127
C2' B 0, 0.204, 0.337, 0.470, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.337 std_dev=0.133
O4' B 0, 0.211, 0.353, 0.495, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.353 std_dev=0.142
O2 B 0, 0.191, 0.335, 0.479, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.335 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.173, 0.321, 0.469, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.321 std_dev=0.148
N3 B 0, 0.075, 0.225, 0.375, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.225 std_dev=0.150
P A 0, 0.203, 0.354, 0.506, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.354 std_dev=0.151
C3' A 0, 0.185, 0.338, 0.491, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.338 std_dev=0.153
O2' B 0, 0.142, 0.300, 0.459, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.300 std_dev=0.158
O5' B 0, 0.238, 0.410, 0.583, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.410 std_dev=0.173
C6 B 0, 0.107, 0.282, 0.457, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.282 std_dev=0.175
C4 B 0, 0.029, 0.205, 0.381, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.205 std_dev=0.176
OP2 A 0, 0.231, 0.409, 0.586, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.409 std_dev=0.177
C5' B 0, 0.303, 0.481, 0.659, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.481 std_dev=0.178
C4' B 0, 0.225, 0.408, 0.592, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.408 std_dev=0.183
O4 B 0, 0.089, 0.274, 0.458, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.274 std_dev=0.184
C5 B 0, 0.071, 0.268, 0.465, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.268 std_dev=0.197
O5' A 0, 0.233, 0.448, 0.662, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.448 std_dev=0.214
C3' B 0, 0.173, 0.397, 0.620, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.397 std_dev=0.224
P B 0, 0.131, 0.357, 0.582, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.357 std_dev=0.226
O3' A 0, 0.285, 0.516, 0.747, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.516 std_dev=0.231
C5' A 0, 0.245, 0.477, 0.710, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.477 std_dev=0.233
OP2 B 0, 0.150, 0.394, 0.638, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.394 std_dev=0.244
OP1 A 0, 0.315, 0.559, 0.804, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.559 std_dev=0.245
OP1 B 0, 0.137, 0.409, 0.681, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.409 std_dev=0.272
O3' B 0, 0.207, 0.630, 1.054, 2.553 max_d=2.553 avg_d=0.630 std_dev=0.424

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.11 0.05 0.07 0.02 0.09 0.12 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.09 0.07 0.03
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.11 0.10 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.08 0.01 0.09 0.11 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.10 0.01 0.12 0.14 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.04 0.10 0.01 0.13 0.15 0.12
C8 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.10 0.02 0.11 0.12 0.11
N1 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.04 0.09 0.01 0.11 0.14 0.11
N2 0.04 0.01 0.10 0.09 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.13 0.05 0.07 0.02 0.08 0.12 0.09
N3 0.03 0.01 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.10 0.04 0.06 0.02 0.07 0.11 0.09
N7 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.12 0.02 0.13 0.15 0.13
N9 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.10 0.09
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.08 0.11 0.08 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.05 0.10 0.06 0.04
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.10 0.07 0.11 0.13 0.10 0.08 0.05 0.06 0.00 0.02 0.08 0.10 0.19 0.16 0.13
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.08 0.07
O5' 0.04 0.07 0.03 0.04 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.06 0.12 0.07 0.04 0.08 0.05 0.00 0.12 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.10 0.04 0.12 0.00 0.15 0.17 0.14
OP1 0.06 0.09 0.09 0.11 0.09 0.07 0.12 0.07 0.13 0.11 0.11 0.08 0.07 0.13 0.08 0.10 0.19 0.06 0.02 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.12 0.07 0.10 0.11 0.03 0.14 0.02 0.15 0.12 0.14 0.12 0.11 0.15 0.10 0.06 0.16 0.08 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.03 0.06 0.10 0.01 0.12 0.02 0.12 0.11 0.11 0.09 0.09 0.13 0.09 0.04 0.13 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.13 0.12 0.17 0.07 0.12 0.11 0.11 0.09 0.08 0.12 0.19 0.10 0.21 0.11 0.09 0.13 0.19 0.19 0.16
C2 0.06 0.10 0.10 0.13 0.11 0.09 0.16 0.08 0.13 0.05 0.08 0.19 0.10 0.17 0.14 0.07 0.12 0.17 0.16 0.13
C2' 0.08 0.09 0.11 0.15 0.08 0.09 0.12 0.09 0.10 0.08 0.09 0.12 0.09 0.16 0.11 0.07 0.12 0.18 0.20 0.15
C3' 0.11 0.11 0.09 0.13 0.14 0.07 0.16 0.08 0.14 0.11 0.12 0.12 0.11 0.15 0.17 0.09 0.12 0.18 0.20 0.15
C4 0.06 0.12 0.11 0.17 0.07 0.11 0.13 0.10 0.10 0.06 0.10 0.19 0.12 0.21 0.13 0.07 0.13 0.18 0.18 0.15
C4' 0.07 0.09 0.10 0.16 0.10 0.08 0.14 0.08 0.11 0.08 0.10 0.14 0.10 0.19 0.15 0.06 0.12 0.19 0.19 0.15
C5 0.08 0.12 0.12 0.20 0.12 0.13 0.18 0.10 0.15 0.09 0.11 0.17 0.14 0.25 0.17 0.08 0.13 0.19 0.17 0.15
C5' 0.09 0.10 0.08 0.15 0.14 0.07 0.18 0.08 0.14 0.10 0.11 0.14 0.10 0.19 0.19 0.07 0.13 0.20 0.19 0.16
C6 0.11 0.10 0.12 0.21 0.14 0.13 0.21 0.09 0.19 0.12 0.10 0.15 0.16 0.26 0.17 0.09 0.13 0.18 0.16 0.14
C8 0.08 0.13 0.12 0.21 0.11 0.14 0.14 0.13 0.11 0.09 0.13 0.17 0.14 0.25 0.16 0.09 0.15 0.21 0.20 0.17
N1 0.08 0.08 0.10 0.16 0.12 0.11 0.18 0.07 0.17 0.08 0.07 0.15 0.13 0.21 0.15 0.07 0.13 0.17 0.16 0.14
N2 0.09 0.12 0.12 0.11 0.14 0.10 0.16 0.09 0.14 0.09 0.11 0.21 0.09 0.15 0.16 0.09 0.13 0.17 0.16 0.14
N3 0.06 0.12 0.11 0.14 0.09 0.10 0.13 0.09 0.10 0.06 0.10 0.20 0.10 0.18 0.14 0.07 0.12 0.17 0.17 0.14
N7 0.10 0.13 0.13 0.22 0.14 0.14 0.18 0.13 0.15 0.11 0.14 0.16 0.15 0.27 0.19 0.09 0.15 0.21 0.19 0.17
N9 0.07 0.12 0.12 0.19 0.07 0.12 0.12 0.11 0.09 0.07 0.12 0.19 0.12 0.23 0.13 0.08 0.13 0.19 0.19 0.16
O2' 0.11 0.13 0.15 0.18 0.12 0.14 0.14 0.13 0.12 0.11 0.13 0.17 0.10 0.20 0.12 0.12 0.14 0.18 0.21 0.16
O3' 0.15 0.15 0.11 0.14 0.17 0.11 0.18 0.10 0.16 0.15 0.16 0.14 0.13 0.15 0.19 0.14 0.14 0.18 0.21 0.16
O4' 0.07 0.12 0.13 0.19 0.08 0.13 0.12 0.12 0.10 0.08 0.11 0.19 0.12 0.24 0.13 0.09 0.14 0.20 0.19 0.16
O5' 0.12 0.12 0.06 0.12 0.17 0.06 0.20 0.08 0.17 0.13 0.14 0.14 0.12 0.16 0.21 0.09 0.14 0.21 0.19 0.16
O6 0.15 0.12 0.15 0.25 0.17 0.17 0.25 0.12 0.24 0.16 0.12 0.13 0.18 0.32 0.19 0.13 0.16 0.18 0.16 0.16
OP1 0.14 0.15 0.07 0.14 0.18 0.08 0.21 0.10 0.19 0.15 0.17 0.16 0.12 0.17 0.21 0.11 0.15 0.23 0.21 0.18
OP2 0.15 0.14 0.11 0.18 0.18 0.09 0.21 0.10 0.20 0.16 0.16 0.14 0.15 0.23 0.21 0.10 0.14 0.22 0.19 0.17
P 0.14 0.13 0.08 0.16 0.18 0.08 0.21 0.09 0.19 0.15 0.15 0.13 0.13 0.20 0.21 0.10 0.14 0.22 0.19 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.14 0.01 0.01 0.10 0.08 0.14 0.11
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.15 0.01 0.05 0.09 0.09 0.17 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.02 0.08 0.07 0.08 0.04 0.07 0.08 0.00 0.06 0.07 0.02 0.16 0.14 0.08 0.12
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.09 0.00 0.12 0.03 0.11 0.03 0.05 0.07 0.02 0.01 0.09 0.01 0.08 0.08 0.10 0.04
C4 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.01 0.03 0.12 0.14 0.21 0.14
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.02 0.08 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.01 0.07 0.13 0.15 0.23 0.15
C5' 0.05 0.05 0.07 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.08 0.04 0.05 0.09 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.11 0.13 0.22 0.14
N1 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.02 0.09 0.10 0.17 0.12
N3 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.01 0.03 0.10 0.11 0.19 0.12
O2 0.03 0.01 0.08 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.19 0.02 0.11 0.09 0.08 0.15 0.10
O2' 0.03 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.15 0.00 0.09 0.06 0.03 0.15 0.16 0.12 0.14
O3' 0.14 0.15 0.06 0.01 0.12 0.04 0.13 0.05 0.12 0.12 0.13 0.19 0.09 0.00 0.12 0.11 0.08 0.08 0.12 0.06
O4 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.12 0.00 0.04 0.13 0.16 0.22 0.15
O4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.11 0.03 0.11 0.04 0.00 0.09 0.08 0.13 0.09
O5' 0.10 0.09 0.16 0.08 0.12 0.01 0.13 0.01 0.11 0.09 0.10 0.09 0.15 0.08 0.13 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.09 0.14 0.08 0.14 0.07 0.15 0.06 0.13 0.10 0.11 0.08 0.16 0.08 0.16 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.17 0.08 0.10 0.21 0.07 0.23 0.04 0.22 0.17 0.19 0.15 0.12 0.12 0.22 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.11 0.12 0.04 0.14 0.02 0.15 0.01 0.14 0.12 0.12 0.10 0.14 0.06 0.15 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00