ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54626

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.001, 0.020, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.001, 0.023, 0.045, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.005, 0.028, 0.052, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.003, 0.029, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C2 A 0, -0.003, 0.027, 0.057, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.027 std_dev=0.030
N3 A 0, -0.002, 0.028, 0.058, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.028 std_dev=0.030
C1' A 0, -0.006, 0.031, 0.069, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.031 std_dev=0.038
N2 A 0, -0.006, 0.046, 0.098, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.046 std_dev=0.052
O2' B 0, 0.191, 0.441, 0.691, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.441 std_dev=0.250
C3' B 0, 0.305, 0.717, 1.129, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.717 std_dev=0.412
C2' B 0, 0.249, 0.754, 1.259, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.754 std_dev=0.505
C5' B 0, 0.357, 1.189, 2.021, 2.244 max_d=2.244 avg_d=1.189 std_dev=0.832
C4' B 0, 0.218, 1.065, 1.913, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.065 std_dev=0.847
O4' A 0, -0.269, 0.581, 1.431, 2.397 max_d=2.397 avg_d=0.581 std_dev=0.850
C2' A 0, -0.271, 0.658, 1.587, 2.613 max_d=2.613 avg_d=0.658 std_dev=0.929
O3' B 0, 0.072, 1.069, 2.065, 2.902 max_d=2.902 avg_d=1.069 std_dev=0.997
C4' A 0, -0.232, 0.789, 1.809, 2.864 max_d=2.864 avg_d=0.789 std_dev=1.021
O5' B 0, 0.328, 1.533, 2.737, 3.482 max_d=3.482 avg_d=1.533 std_dev=1.204
C3' A 0, -0.302, 0.929, 2.160, 3.443 max_d=3.443 avg_d=0.929 std_dev=1.231
C1' B 0, 0.045, 1.371, 2.698, 3.885 max_d=3.885 avg_d=1.371 std_dev=1.327
O4' B 0, 0.137, 1.511, 2.886, 4.170 max_d=4.170 avg_d=1.511 std_dev=1.374
O2' A 0, -0.459, 1.003, 2.466, 4.015 max_d=4.015 avg_d=1.003 std_dev=1.463
O3' A 0, -0.240, 1.267, 2.775, 4.047 max_d=4.047 avg_d=1.267 std_dev=1.507
P B 0, 0.022, 1.838, 3.654, 5.203 max_d=5.203 avg_d=1.838 std_dev=1.816
OP1 B 0, 0.084, 2.049, 4.015, 5.070 max_d=5.070 avg_d=2.049 std_dev=1.965
C5' A 0, -0.675, 1.375, 3.425, 5.830 max_d=5.830 avg_d=1.375 std_dev=2.050
C6 B 0, 0.034, 2.150, 4.266, 6.072 max_d=6.072 avg_d=2.150 std_dev=2.116
N1 B 0, -0.105, 2.016, 4.137, 5.866 max_d=5.866 avg_d=2.016 std_dev=2.121
OP2 B 0, -0.429, 1.964, 4.356, 7.061 max_d=7.061 avg_d=1.964 std_dev=2.393
O5' A 0, -0.870, 1.553, 3.977, 6.854 max_d=6.854 avg_d=1.553 std_dev=2.423
C5 B 0, -0.107, 2.831, 5.768, 8.155 max_d=8.155 avg_d=2.831 std_dev=2.938
OP1 A 0, -0.689, 2.276, 5.242, 8.424 max_d=8.424 avg_d=2.276 std_dev=2.965
C2 B 0, -0.402, 2.595, 5.592, 7.793 max_d=7.793 avg_d=2.595 std_dev=2.997
O2 B 0, -0.540, 2.546, 5.633, 7.820 max_d=7.820 avg_d=2.546 std_dev=3.086
P A 0, -1.202, 1.987, 5.176, 8.982 max_d=8.982 avg_d=1.987 std_dev=3.189
OP2 A 0, -1.168, 2.618, 6.405, 10.554 max_d=10.554 avg_d=2.618 std_dev=3.786
N3 B 0, -0.523, 3.299, 7.121, 9.830 max_d=9.830 avg_d=3.299 std_dev=3.822
C4 B 0, -0.408, 3.472, 7.352, 10.223 max_d=10.223 avg_d=3.472 std_dev=3.880
O4 B 0, -0.551, 4.162, 8.875, 12.271 max_d=12.271 avg_d=4.162 std_dev=4.713

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.06 0.09 0.08 0.02 0.01 0.01 0.26 0.01 0.17 0.02 0.61 0.19 0.28
C2 0.08 0.00 0.26 0.29 0.01 0.42 0.02 0.92 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.17 0.08 0.35 1.22 0.02 1.58 1.01 1.42
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.14 0.03 0.06 0.17 0.11 0.14 0.20 0.30 0.27 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.34 0.07 0.46 0.24 0.37
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.23 0.00 0.31 0.02 0.31 0.41 0.28 0.34 0.28 0.42 0.23 0.02 0.00 0.03 0.20 0.34 0.17 0.18 0.17
C4 0.04 0.01 0.14 0.23 0.00 0.16 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.19 0.53 0.00 1.07 0.21 0.67
C4' 0.01 0.42 0.03 0.00 0.16 0.00 0.04 0.01 0.10 0.34 0.28 0.55 0.41 0.25 0.07 0.32 0.02 0.00 0.01 0.04 0.34 0.25 0.13
C5 0.02 0.02 0.06 0.31 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.25 0.14 0.08 0.22 0.01 0.98 0.30 0.38
C5' 0.07 0.92 0.17 0.02 0.38 0.01 0.13 0.00 0.31 0.51 0.67 1.21 0.86 0.37 0.07 0.14 0.21 0.02 0.00 0.20 0.32 0.35 0.02
C6 0.04 0.02 0.11 0.31 0.01 0.10 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.21 0.16 0.14 0.44 0.00 1.16 0.13 0.62
C8 0.02 0.02 0.14 0.41 0.00 0.34 0.01 0.51 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.39 0.14 0.24 0.64 0.02 0.74 1.03 0.60
N1 0.06 0.01 0.20 0.28 0.01 0.28 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.09 0.11 0.26 0.90 0.01 1.42 0.59 1.10
N2 0.09 0.01 0.30 0.34 0.02 0.55 0.03 1.21 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.30 0.12 0.42 1.57 0.02 1.84 1.52 1.82
N3 0.08 0.01 0.27 0.28 0.00 0.41 0.01 0.86 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.18 0.10 0.35 1.13 0.01 1.44 0.89 1.27
N7 0.02 0.03 0.09 0.42 0.01 0.25 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.40 0.20 0.15 0.47 0.03 0.86 0.99 0.48
N9 0.01 0.02 0.02 0.23 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.20 0.05 0.03 0.15 0.01 0.73 0.30 0.26
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.11 0.32 0.25 0.14 0.21 0.39 0.09 0.30 0.18 0.40 0.20 0.00 0.06 0.19 0.24 0.28 0.31 0.20 0.27
O3' 0.26 0.08 0.02 0.00 0.06 0.02 0.14 0.21 0.16 0.14 0.11 0.12 0.10 0.20 0.05 0.06 0.00 0.17 0.37 0.21 0.64 0.40 0.42
O4' 0.01 0.35 0.02 0.03 0.19 0.00 0.08 0.02 0.14 0.24 0.26 0.42 0.35 0.15 0.03 0.19 0.17 0.00 0.12 0.11 0.65 0.26 0.30
O5' 0.17 1.22 0.34 0.20 0.53 0.01 0.22 0.00 0.44 0.64 0.90 1.57 1.13 0.47 0.15 0.24 0.37 0.12 0.00 0.29 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.07 0.34 0.00 0.04 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.28 0.21 0.11 0.29 0.00 1.13 0.32 0.47
OP1 0.61 1.58 0.46 0.17 1.07 0.34 0.98 0.32 1.16 0.74 1.42 1.84 1.44 0.86 0.73 0.31 0.64 0.65 0.01 1.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 1.01 0.24 0.18 0.21 0.25 0.30 0.35 0.13 1.03 0.59 1.52 0.89 0.99 0.30 0.20 0.40 0.26 0.02 0.32 0.01 0.00 0.00
P 0.28 1.42 0.37 0.17 0.67 0.13 0.38 0.02 0.62 0.60 1.10 1.82 1.27 0.48 0.26 0.27 0.42 0.30 0.01 0.47 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 0.64 0.16 0.39 0.65 0.36 0.54 0.37 0.50 0.53 0.71 0.72 0.11 0.89 0.70 0.52 0.27 0.36 0.94 0.56
C2 0.38 0.40 0.11 0.37 0.30 0.27 0.27 0.31 0.31 0.33 0.38 0.53 0.17 0.79 0.30 0.41 0.21 0.20 0.71 0.40
C2' 0.31 0.55 0.17 0.40 0.60 0.21 0.44 0.21 0.36 0.39 0.66 0.63 0.18 0.93 0.68 0.35 0.07 0.16 0.58 0.28
C3' 0.30 0.48 0.19 0.54 0.50 0.29 0.33 0.31 0.27 0.32 0.58 0.58 0.28 1.05 0.60 0.35 0.08 0.21 0.55 0.25
C4 0.54 0.67 0.18 0.45 0.63 0.41 0.55 0.40 0.53 0.58 0.69 0.76 0.13 0.91 0.65 0.54 0.29 0.42 0.97 0.55
C4' 0.60 0.47 0.37 0.85 0.43 0.73 0.41 0.78 0.49 0.48 0.50 0.56 0.53 1.28 0.47 0.70 0.54 0.60 1.13 0.77
C5 0.69 0.95 0.25 0.49 0.91 0.52 0.76 0.47 0.70 0.78 1.00 1.08 0.11 0.91 0.95 0.67 0.43 0.66 1.15 0.69
C5' 1.08 0.79 0.95 1.39 0.76 1.24 0.92 1.32 1.02 0.95 0.74 0.77 1.10 1.71 0.71 1.16 1.07 1.05 1.60 1.25
C6 0.73 1.01 0.28 0.48 0.94 0.52 0.79 0.47 0.73 0.82 1.04 1.14 0.09 0.84 0.98 0.69 0.47 0.69 1.11 0.68
C8 0.70 0.97 0.24 0.51 0.97 0.56 0.80 0.52 0.73 0.79 1.05 1.08 0.12 0.95 1.03 0.71 0.47 0.72 1.27 0.77
N1 0.52 0.60 0.19 0.42 0.55 0.34 0.51 0.34 0.51 0.54 0.59 0.67 0.12 0.79 0.54 0.46 0.25 0.39 0.83 0.44
N2 0.35 0.63 0.11 0.27 0.45 0.30 0.21 0.33 0.17 0.33 0.64 0.90 0.21 0.64 0.51 0.47 0.35 0.27 0.57 0.45
N3 0.43 0.49 0.12 0.40 0.42 0.33 0.35 0.36 0.37 0.41 0.50 0.62 0.17 0.85 0.44 0.47 0.27 0.26 0.79 0.48
N7 0.79 1.14 0.29 0.52 1.12 0.62 0.92 0.56 0.82 0.91 1.23 1.29 0.11 0.92 1.20 0.79 0.56 0.85 1.35 0.85
N9 0.57 0.74 0.18 0.46 0.72 0.44 0.62 0.43 0.58 0.62 0.78 0.82 0.13 0.93 0.76 0.58 0.33 0.49 1.06 0.62
O2' 0.65 0.82 0.35 0.11 0.90 0.37 0.80 0.40 0.74 0.74 0.91 0.84 0.17 0.62 0.96 0.70 0.49 0.43 0.89 0.71
O3' 0.53 0.72 0.25 0.23 0.79 0.23 0.63 0.21 0.55 0.59 0.83 0.78 0.13 0.76 0.90 0.61 0.36 0.21 0.58 0.48
O4' 0.69 0.60 0.41 0.87 0.57 0.79 0.56 0.83 0.62 0.61 0.62 0.67 0.46 1.28 0.58 0.78 0.65 0.73 1.35 0.92
O5' 1.42 1.19 1.28 1.71 1.20 1.57 1.31 1.65 1.39 1.32 1.17 1.16 1.39 1.99 1.17 1.49 1.41 1.35 1.95 1.57
O6 0.91 1.31 0.34 0.48 1.24 0.66 1.01 0.57 0.91 1.04 1.38 1.48 0.08 0.75 1.31 0.91 0.68 0.97 1.29 0.88
OP1 2.09 1.92 1.87 2.31 1.92 2.29 1.96 2.38 2.02 1.98 1.93 1.92 1.85 2.49 1.93 2.21 2.12 2.03 2.85 2.38
OP2 1.28 1.08 1.20 1.65 1.10 1.49 1.21 1.65 1.29 1.18 1.10 1.10 1.25 1.81 1.10 1.34 1.40 1.29 1.88 1.52
P 1.76 1.49 1.64 2.11 1.52 1.99 1.64 2.11 1.73 1.64 1.49 1.45 1.67 2.32 1.50 1.86 1.86 1.75 2.45 2.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.24 0.04 0.00 0.12 0.26 0.39 0.11
C2 0.02 0.00 0.19 0.27 0.02 0.07 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.11 0.23 0.49 0.51 0.13
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.08 0.03 0.11 0.15 0.14 0.03 0.16 0.30 0.00 0.02 0.09 0.02 0.20 0.21 0.29 0.06
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.38 0.01 0.34 0.03 0.28 0.22 0.35 0.22 0.02 0.02 0.41 0.03 0.35 0.41 0.20 0.20
C4 0.03 0.02 0.08 0.38 0.00 0.17 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.02 0.27 0.26 0.01 0.06 0.32 0.30 1.08 0.40
C4' 0.00 0.07 0.03 0.01 0.17 0.00 0.20 0.01 0.17 0.08 0.12 0.05 0.29 0.02 0.18 0.00 0.02 0.12 0.55 0.14
C5 0.03 0.02 0.11 0.34 0.01 0.20 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.27 0.02 0.10 0.38 0.19 1.26 0.57
C5' 0.06 0.13 0.15 0.03 0.22 0.01 0.23 0.00 0.18 0.11 0.18 0.11 0.12 0.19 0.25 0.01 0.01 0.32 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.28 0.02 0.17 0.01 0.18 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.18 0.02 0.12 0.36 0.14 0.99 0.47
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.02 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.05 0.03 0.03 0.24 0.28 0.57 0.19
N3 0.03 0.01 0.16 0.35 0.01 0.12 0.01 0.18 0.02 0.02 0.00 0.02 0.17 0.17 0.01 0.09 0.27 0.46 0.74 0.21
O2 0.02 0.01 0.30 0.22 0.02 0.05 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.18 0.02 0.17 0.22 0.63 0.39 0.19
O2' 0.03 0.08 0.00 0.02 0.27 0.29 0.34 0.12 0.31 0.17 0.17 0.11 0.00 0.07 0.29 0.22 0.19 0.23 0.31 0.14
O3' 0.24 0.10 0.02 0.02 0.26 0.02 0.27 0.19 0.18 0.05 0.17 0.18 0.07 0.00 0.31 0.17 0.41 0.61 0.21 0.28
O4 0.04 0.02 0.09 0.41 0.01 0.18 0.02 0.25 0.02 0.03 0.01 0.02 0.29 0.31 0.00 0.06 0.33 0.31 1.20 0.45
O4' 0.00 0.11 0.02 0.03 0.06 0.00 0.10 0.01 0.12 0.03 0.09 0.17 0.22 0.17 0.06 0.00 0.08 0.32 0.51 0.23
O5' 0.12 0.23 0.20 0.35 0.32 0.02 0.38 0.01 0.36 0.24 0.27 0.22 0.19 0.41 0.33 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.26 0.49 0.21 0.41 0.30 0.12 0.19 0.32 0.14 0.28 0.46 0.63 0.23 0.61 0.31 0.32 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.51 0.29 0.20 1.08 0.55 1.26 0.41 0.99 0.57 0.74 0.39 0.31 0.21 1.20 0.51 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.13 0.06 0.20 0.40 0.14 0.57 0.02 0.47 0.19 0.21 0.19 0.14 0.28 0.45 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00