ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54627

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2' B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
O4' B 0, 0.000, 0.270, 0.540, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.270 std_dev=0.270
C3' B 0, 0.000, 0.424, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.424 std_dev=0.424
O3' B 0, 0.000, 0.518, 1.036, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.518 std_dev=0.518
O4' A 0, 0.000, 0.548, 1.096, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.548 std_dev=0.548
O2' B 0, 0.000, 0.562, 1.123, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.562 std_dev=0.562
C2' A 0, 0.000, 0.641, 1.282, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.641 std_dev=0.641
C1' B 0, 0.000, 0.672, 1.343, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.672 std_dev=0.672
C4' A 0, 0.000, 0.792, 1.585, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.792 std_dev=0.792
C4' B 0, 0.000, 0.797, 1.595, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.797 std_dev=0.797
C3' A 0, 0.000, 0.835, 1.670, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.835 std_dev=0.835
O2' A 0, 0.000, 1.008, 2.017, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.008 std_dev=1.008
O5' A 0, 0.000, 1.015, 2.029, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.015 std_dev=1.015
C5' A 0, 0.000, 1.119, 2.237, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.119 std_dev=1.119
O3' A 0, 0.000, 1.231, 2.463, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.231 std_dev=1.231
P A 0, 0.000, 1.258, 2.516, 2.516 max_d=2.516 avg_d=1.258 std_dev=1.258
OP2 A 0, 0.000, 1.278, 2.556, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.278 std_dev=1.278
OP1 A 0, 0.000, 1.326, 2.652, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.326 std_dev=1.326
N1 B 0, 0.000, 1.428, 2.856, 2.856 max_d=2.856 avg_d=1.428 std_dev=1.428
C5' B 0, 0.000, 1.466, 2.932, 2.932 max_d=2.932 avg_d=1.466 std_dev=1.466
O5' B 0, 0.000, 1.629, 3.258, 3.258 max_d=3.258 avg_d=1.629 std_dev=1.629
C6 B 0, 0.000, 1.785, 3.571, 3.571 max_d=3.571 avg_d=1.785 std_dev=1.785
C2 B 0, 0.000, 2.059, 4.117, 4.117 max_d=4.117 avg_d=2.059 std_dev=2.059
O2 B 0, 0.000, 2.116, 4.233, 4.233 max_d=4.233 avg_d=2.116 std_dev=2.116
OP2 B 0, 0.000, 2.322, 4.645, 4.645 max_d=4.645 avg_d=2.322 std_dev=2.322
P B 0, 0.000, 2.515, 5.030, 5.030 max_d=5.030 avg_d=2.515 std_dev=2.515
C5 B 0, 0.000, 2.660, 5.321, 5.321 max_d=5.321 avg_d=2.660 std_dev=2.660
N3 B 0, 0.000, 2.826, 5.652, 5.652 max_d=5.652 avg_d=2.826 std_dev=2.826
OP1 B 0, 0.000, 3.039, 6.078, 6.078 max_d=6.078 avg_d=3.039 std_dev=3.039
C4 B 0, 0.000, 3.174, 6.347, 6.347 max_d=6.347 avg_d=3.174 std_dev=3.174
O4 B 0, 0.000, 3.891, 7.782, 7.782 max_d=7.782 avg_d=3.891 std_dev=3.891

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.00 0.18 0.00 0.22 0.27 0.18
C2 0.00 0.00 0.27 0.23 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.03 0.16 0.22 0.00 0.27 0.41 0.29
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.13 0.02 0.04 0.14 0.10 0.16 0.20 0.34 0.27 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.34 0.07 0.44 0.46 0.39
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.21 0.00 0.23 0.01 0.26 0.15 0.26 0.23 0.20 0.20 0.15 0.00 0.00 0.04 0.04 0.27 0.10 0.05 0.01
C4 0.00 0.01 0.13 0.21 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.09 0.23 0.00 0.29 0.40 0.29
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.00 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.07 0.06 0.25 0.00 0.36 0.47 0.35
C5' 0.07 0.14 0.14 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.17 0.15 0.16 0.12 0.12 0.17 0.12 0.11 0.21 0.00 0.00 0.18 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.10 0.26 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.09 0.09 0.25 0.00 0.36 0.49 0.36
C8 0.01 0.01 0.16 0.15 0.00 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.05 0.05 0.27 0.00 0.38 0.45 0.34
N1 0.00 0.00 0.20 0.26 0.01 0.01 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.24 0.00 0.32 0.46 0.34
N2 0.00 0.00 0.34 0.23 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.06 0.18 0.20 0.01 0.23 0.39 0.27
N3 0.00 0.00 0.27 0.20 0.01 0.00 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.08 0.15 0.21 0.00 0.25 0.37 0.26
N7 0.01 0.01 0.10 0.20 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.10 0.01 0.27 0.00 0.41 0.51 0.38
N9 0.00 0.01 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.05 0.02 0.23 0.00 0.29 0.37 0.27
O2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.25 0.19 0.11 0.15 0.31 0.02 0.22 0.12 0.31 0.15 0.00 0.05 0.13 0.22 0.20 0.32 0.47 0.28
O3' 0.22 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.21 0.09 0.05 0.04 0.06 0.08 0.10 0.05 0.05 0.00 0.15 0.28 0.14 0.33 0.36 0.33
O4' 0.00 0.16 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.05 0.13 0.18 0.15 0.01 0.02 0.13 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01
O5' 0.18 0.22 0.34 0.04 0.23 0.01 0.25 0.00 0.25 0.27 0.24 0.20 0.21 0.27 0.23 0.22 0.28 0.01 0.00 0.26 0.02 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.07 0.27 0.00 0.00 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.14 0.07 0.26 0.00 0.39 0.51 0.39
OP1 0.22 0.27 0.44 0.10 0.29 0.01 0.36 0.04 0.36 0.38 0.32 0.23 0.25 0.41 0.29 0.32 0.33 0.01 0.02 0.39 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.41 0.46 0.05 0.40 0.00 0.47 0.01 0.49 0.45 0.46 0.39 0.37 0.51 0.37 0.47 0.36 0.04 0.01 0.51 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.29 0.39 0.01 0.29 0.01 0.35 0.01 0.36 0.34 0.34 0.27 0.26 0.38 0.27 0.28 0.33 0.01 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.13 0.18 0.17 0.46 0.25 0.35 0.03 0.17 0.05 0.36 0.01 0.06 0.30 0.67 0.17 0.42 0.39 0.99 0.72
C2 0.10 0.34 0.19 0.20 0.57 0.30 0.41 0.12 0.23 0.16 0.56 0.27 0.10 0.29 0.73 0.16 0.28 0.18 0.73 0.48
C2' 0.52 0.41 0.51 0.47 0.19 0.54 0.26 0.31 0.36 0.44 0.28 0.51 0.30 0.58 0.04 0.51 0.09 0.10 0.70 0.43
C3' 0.45 0.26 0.49 0.51 0.02 0.53 0.07 0.30 0.22 0.31 0.08 0.37 0.30 0.68 0.21 0.45 0.13 0.12 0.72 0.48
C4 0.07 0.36 0.18 0.20 0.60 0.31 0.42 0.15 0.23 0.18 0.58 0.30 0.06 0.32 0.79 0.15 0.26 0.14 0.79 0.49
C4' 0.16 0.12 0.22 0.25 0.48 0.29 0.36 0.06 0.17 0.04 0.36 0.02 0.08 0.41 0.71 0.17 0.37 0.35 0.91 0.69
C5 0.01 0.53 0.17 0.23 0.69 0.36 0.46 0.29 0.27 0.27 0.73 0.57 0.06 0.35 0.86 0.13 0.10 0.11 0.63 0.29
C5' 0.00 0.32 0.11 0.15 0.65 0.19 0.50 0.01 0.31 0.21 0.56 0.22 0.05 0.30 0.87 0.04 0.41 0.33 0.93 0.69
C6 0.07 0.65 0.17 0.25 0.73 0.40 0.48 0.37 0.30 0.34 0.82 0.77 0.07 0.36 0.87 0.12 0.01 0.26 0.48 0.13
C8 0.03 0.43 0.17 0.22 0.65 0.33 0.44 0.23 0.25 0.22 0.65 0.41 0.05 0.35 0.84 0.14 0.19 0.00 0.76 0.41
N1 0.02 0.58 0.18 0.25 0.68 0.37 0.46 0.29 0.29 0.30 0.75 0.66 0.10 0.33 0.81 0.14 0.08 0.11 0.53 0.23
N2 0.17 0.18 0.17 0.16 0.48 0.23 0.38 0.01 0.21 0.08 0.41 0.01 0.10 0.22 0.63 0.17 0.40 0.36 0.77 0.60
N3 0.13 0.22 0.18 0.18 0.53 0.27 0.39 0.06 0.20 0.10 0.46 0.10 0.08 0.29 0.71 0.16 0.36 0.30 0.85 0.61
N7 0.03 0.55 0.17 0.23 0.71 0.37 0.47 0.32 0.28 0.29 0.75 0.60 0.05 0.36 0.89 0.12 0.07 0.17 0.62 0.25
N9 0.08 0.30 0.17 0.19 0.58 0.29 0.41 0.13 0.22 0.15 0.53 0.23 0.05 0.32 0.77 0.15 0.30 0.19 0.86 0.56
O2' 0.42 0.52 0.28 0.17 0.37 0.26 0.32 0.02 0.35 0.44 0.47 0.64 0.05 0.23 0.28 0.35 0.40 0.50 1.07 0.79
O3' 0.23 0.12 0.24 0.27 0.15 0.25 0.11 0.01 0.02 0.12 0.04 0.25 0.04 0.49 0.33 0.19 0.44 0.48 1.01 0.81
O4' 0.05 0.42 0.04 0.07 0.83 0.13 0.67 0.08 0.44 0.31 0.70 0.27 0.06 0.22 1.07 0.01 0.54 0.48 1.06 0.82
O5' 0.11 0.46 0.02 0.08 0.71 0.13 0.54 0.00 0.36 0.31 0.67 0.41 0.15 0.23 0.91 0.04 0.40 0.27 0.95 0.67
O6 0.15 0.77 0.15 0.27 0.78 0.44 0.50 0.50 0.33 0.42 0.91 0.95 0.06 0.36 0.91 0.09 0.16 0.50 0.31 0.08
OP1 0.15 0.44 0.02 0.02 0.62 0.08 0.47 0.04 0.33 0.30 0.60 0.42 0.23 0.16 0.79 0.09 0.42 0.27 0.98 0.69
OP2 0.39 0.79 0.19 0.11 0.94 0.04 0.73 0.09 0.57 0.58 0.96 0.82 0.38 0.02 1.11 0.28 0.45 0.21 0.99 0.66
P 0.23 0.60 0.06 0.00 0.82 0.06 0.64 0.03 0.46 0.43 0.80 0.58 0.24 0.14 1.01 0.14 0.42 0.24 0.96 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.25 0.03 0.00 0.04 0.08 0.04 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.09 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.28 0.17 0.01 0.03 0.04 0.09 0.18 0.00
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.29 0.23 0.50 0.36
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.24 0.00 0.29 0.01 0.27 0.15 0.15 0.03 0.01 0.00 0.23 0.03 0.02 0.01 0.35 0.12
C4 0.02 0.00 0.03 0.24 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.06 0.00 0.03 0.10 0.02 0.67 0.21
C4' 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.24 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.20 0.02
C5 0.02 0.01 0.01 0.29 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.00 0.03 0.20 0.05 0.85 0.34
C5' 0.04 0.06 0.11 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.08 0.12 0.18 0.04 0.01 0.00 0.03 0.17 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.27 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01 0.03 0.18 0.04 0.65 0.29
N1 0.01 0.00 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.09 0.01 0.03 0.03 0.05 0.27 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.15 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.38 0.07
O2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.33 0.00 0.03 0.11 0.14 0.04 0.11
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.27 0.24 0.18 0.12 0.10 0.14 0.32 0.33 0.00 0.06 0.32 0.14 0.18 0.06 0.58 0.29
O3' 0.25 0.17 0.03 0.00 0.06 0.02 0.15 0.18 0.10 0.09 0.07 0.33 0.06 0.00 0.08 0.17 0.17 0.33 0.21 0.11
O4 0.03 0.01 0.05 0.23 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.08 0.00 0.03 0.08 0.04 0.73 0.20
O4' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.14 0.17 0.03 0.00 0.10 0.00 0.12 0.14
O5' 0.04 0.04 0.29 0.02 0.10 0.00 0.20 0.00 0.18 0.03 0.01 0.11 0.18 0.17 0.08 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.09 0.23 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.07 0.14 0.06 0.33 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.18 0.50 0.35 0.67 0.20 0.85 0.17 0.65 0.27 0.38 0.04 0.58 0.21 0.73 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.00 0.36 0.12 0.21 0.02 0.34 0.00 0.29 0.08 0.07 0.11 0.29 0.11 0.20 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00