ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54630

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.022, 0.045, 0.068, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.045 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.024, 0.048, 0.073, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.048 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.024, 0.049, 0.074, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.049 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.021, 0.046, 0.071, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.046 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.024, 0.053, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.053 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.026, 0.055, 0.083, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.055 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.008, 0.040, 0.073, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.040 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.046, 0.092, 0.138, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.092 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.112, 0.305, 0.498, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.305 std_dev=0.193
C2' A 0, 0.011, 0.241, 0.471, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.241 std_dev=0.230
C4' A 0, 0.331, 0.667, 1.003, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.667 std_dev=0.336
C3' A 0, 0.324, 0.711, 1.098, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.711 std_dev=0.387
O2' A 0, 0.335, 0.831, 1.326, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.831 std_dev=0.495
C5' A 0, 0.255, 0.865, 1.474, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.865 std_dev=0.610
O2' B 0, 0.474, 1.124, 1.774, 1.779 max_d=1.779 avg_d=1.124 std_dev=0.650
C2' B 0, 0.402, 1.070, 1.738, 1.792 max_d=1.792 avg_d=1.070 std_dev=0.668
O3' A 0, 0.457, 1.261, 2.065, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.261 std_dev=0.804
C3' B 0, 1.060, 2.124, 3.189, 2.740 max_d=2.740 avg_d=2.124 std_dev=1.064
O5' A 0, 0.976, 2.145, 3.314, 3.203 max_d=3.203 avg_d=2.145 std_dev=1.169
C1' B 0, 1.178, 2.808, 4.438, 4.439 max_d=4.439 avg_d=2.808 std_dev=1.630
C4' B 0, 1.770, 3.555, 5.340, 4.632 max_d=4.632 avg_d=3.555 std_dev=1.785
O3' B 0, 1.809, 3.707, 5.606, 5.095 max_d=5.095 avg_d=3.707 std_dev=1.898
N9 B 0, 1.968, 3.943, 5.918, 5.071 max_d=5.071 avg_d=3.943 std_dev=1.975
O4' B 0, 1.925, 4.046, 6.167, 5.780 max_d=5.780 avg_d=4.046 std_dev=2.121
P A 0, 1.236, 3.415, 5.594, 5.784 max_d=5.784 avg_d=3.415 std_dev=2.179
O5' B 0, 1.759, 4.071, 6.382, 6.324 max_d=6.324 avg_d=4.071 std_dev=2.312
OP2 A 0, 0.891, 3.271, 5.650, 6.030 max_d=6.030 avg_d=3.271 std_dev=2.380
C5' B 0, 1.883, 4.282, 6.681, 6.575 max_d=6.575 avg_d=4.282 std_dev=2.399
C4 B 0, 2.407, 4.825, 7.243, 6.220 max_d=6.220 avg_d=4.825 std_dev=2.418
N3 B 0, 2.508, 5.029, 7.549, 6.488 max_d=6.488 avg_d=5.029 std_dev=2.521
C8 B 0, 2.509, 5.032, 7.554, 6.504 max_d=6.504 avg_d=5.032 std_dev=2.522
OP1 A 0, 1.773, 4.369, 6.966, 7.043 max_d=7.043 avg_d=4.369 std_dev=2.597
P B 0, 2.303, 5.421, 8.539, 8.519 max_d=8.519 avg_d=5.421 std_dev=3.118
C5 B 0, 2.970, 6.108, 9.246, 8.443 max_d=8.443 avg_d=6.108 std_dev=3.138
C2 B 0, 3.046, 6.200, 9.354, 8.402 max_d=8.402 avg_d=6.200 std_dev=3.154
OP2 B 0, 2.989, 6.217, 9.444, 8.772 max_d=8.772 avg_d=6.217 std_dev=3.228
N7 B 0, 3.158, 6.387, 9.616, 8.527 max_d=8.527 avg_d=6.387 std_dev=3.229
OP1 B 0, 2.738, 5.990, 9.242, 8.916 max_d=8.916 avg_d=5.990 std_dev=3.252
N1 B 0, 3.304, 7.125, 10.945, 10.454 max_d=10.454 avg_d=7.125 std_dev=3.820
C6 B 0, 3.394, 7.241, 11.088, 10.506 max_d=10.506 avg_d=7.241 std_dev=3.847
N6 B 0, 4.066, 8.728, 13.389, 12.745 max_d=12.745 avg_d=8.728 std_dev=4.662

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.26 0.00 0.09 0.04 0.26 0.13 0.08
C2 0.03 0.00 0.11 0.09 0.02 0.00 0.02 0.23 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.12 0.12 0.08 0.25 0.01 0.76 0.12 0.38
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.23 0.01 0.14 0.06 0.15 0.13 0.11 0.05 0.01 0.03 0.01 0.18 0.04 0.18 0.28 0.22
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.06 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.06 0.03 0.02 0.01 0.14 0.11 0.23 0.36 0.16
C4 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.29 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.12 0.13 0.06 0.30 0.02 0.82 0.12 0.48
C4' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.11 0.18 0.05 0.04 0.02 0.17 0.07 0.19 0.05 0.00 0.03 0.14 0.14 0.11 0.08
C5 0.02 0.02 0.03 0.10 0.00 0.11 0.00 0.40 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.11 0.07 0.44 0.02 1.17 0.30 0.77
C5' 0.13 0.23 0.23 0.06 0.29 0.01 0.40 0.00 0.41 0.46 0.33 0.17 0.19 0.49 0.29 0.03 0.13 0.02 0.01 0.47 0.27 0.37 0.04
C6 0.03 0.01 0.01 0.10 0.02 0.11 0.02 0.41 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.18 0.10 0.09 0.46 0.00 1.26 0.31 0.82
C8 0.03 0.03 0.14 0.09 0.01 0.18 0.01 0.46 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.19 0.14 0.06 0.48 0.04 1.11 0.38 0.82
N1 0.03 0.00 0.06 0.10 0.02 0.05 0.02 0.33 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.14 0.09 0.09 0.37 0.01 1.04 0.16 0.61
N2 0.03 0.00 0.15 0.09 0.02 0.04 0.02 0.17 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.14 0.13 0.08 0.19 0.01 0.62 0.20 0.24
N3 0.02 0.01 0.13 0.08 0.01 0.02 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.15 0.06 0.20 0.01 0.61 0.14 0.27
N7 0.03 0.02 0.11 0.10 0.00 0.17 0.01 0.49 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.12 0.07 0.54 0.04 1.36 0.47 0.98
N9 0.01 0.04 0.05 0.06 0.02 0.07 0.02 0.29 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.12 0.16 0.03 0.28 0.04 0.72 0.12 0.44
O2' 0.01 0.12 0.01 0.03 0.12 0.19 0.17 0.03 0.18 0.19 0.14 0.14 0.10 0.21 0.12 0.00 0.05 0.11 0.13 0.21 0.22 0.08 0.17
O3' 0.26 0.12 0.03 0.02 0.13 0.05 0.11 0.13 0.10 0.14 0.09 0.13 0.15 0.12 0.16 0.05 0.00 0.22 0.11 0.10 0.49 0.29 0.25
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.02 0.09 0.06 0.09 0.08 0.06 0.07 0.03 0.11 0.22 0.00 0.05 0.10 0.15 0.24 0.07
O5' 0.09 0.25 0.18 0.14 0.30 0.03 0.44 0.01 0.46 0.48 0.37 0.19 0.20 0.54 0.28 0.13 0.11 0.05 0.00 0.54 0.03 0.03 0.01
O6 0.04 0.01 0.04 0.11 0.02 0.14 0.02 0.47 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.21 0.10 0.10 0.54 0.00 1.47 0.43 0.99
OP1 0.26 0.76 0.18 0.23 0.82 0.14 1.17 0.27 1.26 1.11 1.04 0.62 0.61 1.36 0.72 0.22 0.49 0.15 0.03 1.47 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.12 0.28 0.36 0.12 0.11 0.30 0.37 0.31 0.38 0.16 0.20 0.14 0.47 0.12 0.08 0.29 0.24 0.03 0.43 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.38 0.22 0.16 0.48 0.08 0.77 0.04 0.82 0.82 0.61 0.24 0.27 0.98 0.44 0.17 0.25 0.07 0.01 0.99 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.89 3.50 0.50 0.34 2.54 0.44 3.08 0.43 3.84 1.94 4.05 2.68 4.22 2.68 1.78 0.21 0.24 0.33 0.30 0.36 0.60 0.41
C2 0.81 2.39 0.47 0.35 2.07 0.40 2.36 0.29 2.65 1.65 2.66 2.04 2.75 2.10 1.57 0.22 0.21 0.29 0.38 0.52 0.57 0.52
C2' 0.97 4.00 0.41 0.51 2.77 0.56 3.28 0.65 4.15 1.96 4.53 3.05 4.51 2.74 1.88 0.10 0.36 0.40 0.05 0.20 0.54 0.15
C3' 0.96 4.04 0.43 0.47 2.78 0.57 3.29 0.70 4.21 1.95 4.60 3.07 4.63 2.75 1.87 0.15 0.28 0.36 0.07 0.27 0.54 0.15
C4 0.72 3.03 0.43 0.40 2.37 0.57 2.93 0.46 3.53 1.90 3.58 2.35 3.84 2.61 1.67 0.25 0.16 0.14 0.32 0.53 0.53 0.45
C4' 0.91 3.71 0.48 0.37 2.64 0.48 3.24 0.52 4.10 2.01 4.35 2.80 4.60 2.81 1.83 0.21 0.22 0.33 0.22 0.24 0.56 0.31
C5 0.47 2.70 0.32 0.50 2.19 0.76 2.91 0.58 3.49 1.92 3.36 2.03 3.91 2.70 1.53 0.30 0.25 0.13 0.32 0.69 0.46 0.46
C5' 1.12 4.00 0.70 0.20 2.95 0.31 3.65 0.32 4.57 2.37 4.76 3.04 5.19 3.25 2.12 0.47 0.19 0.53 0.48 0.54 0.66 0.54
C6 0.28 2.11 0.22 0.57 1.87 0.86 2.58 0.59 2.95 1.81 2.70 1.60 3.31 2.53 1.34 0.31 0.37 0.29 0.35 0.81 0.44 0.52
C8 0.58 3.17 0.37 0.46 2.40 0.72 3.16 0.60 3.95 2.01 3.95 2.33 4.52 2.87 1.64 0.28 0.18 0.04 0.28 0.60 0.47 0.40
N1 0.48 1.97 0.31 0.50 1.84 0.66 2.30 0.42 2.52 1.69 2.36 1.61 2.70 2.20 1.41 0.30 0.27 0.09 0.39 0.72 0.48 0.55
N2 0.99 2.01 0.57 0.26 1.79 0.19 1.87 0.09 2.04 1.38 2.10 1.85 2.06 1.66 1.44 0.15 0.35 0.55 0.43 0.46 0.65 0.58
N3 0.88 2.92 0.50 0.33 2.31 0.39 2.68 0.32 3.15 1.77 3.25 2.39 3.31 2.34 1.68 0.21 0.23 0.34 0.35 0.44 0.60 0.49
N7 0.42 2.82 0.29 0.53 2.21 0.83 3.04 0.65 3.76 1.97 3.62 2.05 4.36 2.84 1.51 0.30 0.28 0.21 0.29 0.72 0.43 0.43
N9 0.76 3.31 0.46 0.38 2.48 0.56 3.11 0.49 3.84 1.98 3.95 2.51 4.25 2.75 1.73 0.26 0.15 0.17 0.31 0.50 0.54 0.43
O2' 1.27 4.20 0.60 0.46 2.92 0.42 3.29 0.43 4.09 2.02 4.55 3.32 4.33 2.72 2.06 0.23 0.49 0.78 0.17 0.15 0.52 0.17
O3' 1.21 4.19 0.65 0.37 2.89 0.44 3.30 0.60 4.16 1.98 4.62 3.28 4.50 2.71 2.01 0.31 0.38 0.61 0.05 0.33 0.48 0.08
O4' 0.85 3.41 0.53 0.29 2.50 0.43 3.10 0.40 3.88 1.98 4.04 2.58 4.36 2.74 1.76 0.28 0.24 0.28 0.38 0.53 0.65 0.52
O5' 0.97 3.60 0.66 0.15 2.71 0.32 3.45 0.26 4.30 2.29 4.39 2.71 4.96 3.15 1.96 0.47 0.19 0.43 0.60 0.78 0.85 0.74
O6 0.10 1.62 0.08 0.66 1.48 1.04 2.30 0.68 2.62 1.70 2.25 1.15 3.10 2.46 1.04 0.33 0.54 0.60 0.37 0.98 0.46 0.57
OP1 1.57 3.99 1.29 0.55 3.25 0.41 4.05 0.47 4.86 2.98 4.82 3.15 5.61 3.86 2.56 1.19 0.78 1.04 1.34 1.63 1.53 1.52
OP2 0.66 3.18 0.32 0.38 2.38 0.49 3.21 0.34 4.09 2.11 4.07 2.28 4.87 3.00 1.67 0.13 0.14 0.21 0.48 0.81 0.71 0.65
P 1.16 3.69 0.82 0.13 2.89 0.13 3.71 0.09 4.56 2.59 4.55 2.80 5.32 3.48 2.18 0.65 0.35 0.66 0.91 1.19 1.10 1.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.07 0.14 0.01 0.07 0.19 0.20 0.08
C2 0.04 0.00 0.12 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.20 0.07 0.12 0.21 0.13 0.88 0.35
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.17 0.09 0.02 0.10 0.12 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.35 0.59 0.27 0.50
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.12 0.01 0.21 0.02 0.21 0.25 0.13 0.03 0.27 0.27 0.12 0.05 0.01 0.02 0.18 0.20 0.32 0.40
C4 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.05 0.23 0.11 0.83 0.36
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.10 0.20 0.02 0.08 0.17 0.20 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.17 0.32 0.10
C5 0.01 0.02 0.07 0.21 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.33 0.47 0.03 0.39 0.01 1.22 0.61
C5' 0.06 0.04 0.17 0.02 0.02 0.01 0.12 0.00 0.13 0.17 0.05 0.07 0.22 0.21 0.02 0.41 0.43 0.01 0.01 0.37 0.44 0.01
C6 0.00 0.01 0.09 0.21 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.25 0.43 0.01 0.42 0.03 1.36 0.68
C8 0.04 0.03 0.02 0.25 0.01 0.20 0.02 0.17 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.60 0.66 0.13 0.39 0.03 1.03 0.57
N1 0.03 0.00 0.10 0.13 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.18 0.07 0.32 0.05 1.17 0.53
N3 0.05 0.00 0.12 0.03 0.01 0.08 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.27 0.15 0.13 0.14 0.17 0.66 0.23
N6 0.02 0.01 0.09 0.27 0.01 0.17 0.02 0.22 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.38 0.61 0.06 0.53 0.14 1.65 0.86
N7 0.03 0.03 0.02 0.27 0.01 0.20 0.01 0.21 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.60 0.73 0.11 0.49 0.08 1.39 0.76
N9 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.24 0.23 0.01 0.18 0.14 0.64 0.28
O2' 0.07 0.20 0.00 0.05 0.07 0.04 0.33 0.41 0.25 0.60 0.04 0.27 0.38 0.60 0.24 0.00 0.14 0.02 0.92 1.43 0.83 1.18
O3' 0.14 0.07 0.01 0.01 0.17 0.03 0.47 0.43 0.43 0.66 0.18 0.15 0.61 0.73 0.23 0.14 0.00 0.04 0.57 0.64 0.51 0.41
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.13 0.07 0.13 0.06 0.11 0.01 0.02 0.04 0.00 0.14 0.16 0.10 0.18
O5' 0.07 0.21 0.35 0.18 0.23 0.02 0.39 0.01 0.42 0.39 0.32 0.14 0.53 0.49 0.18 0.92 0.57 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.13 0.59 0.20 0.11 0.17 0.01 0.37 0.03 0.03 0.05 0.17 0.14 0.08 0.14 1.43 0.64 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.88 0.27 0.32 0.83 0.32 1.22 0.44 1.36 1.03 1.17 0.66 1.65 1.39 0.64 0.83 0.51 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.35 0.50 0.40 0.36 0.10 0.61 0.01 0.68 0.57 0.53 0.23 0.86 0.76 0.28 1.18 0.41 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00