ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54631

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C2 A 0, -0.002, 0.015, 0.031, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N9 A 0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C4 A 0, -0.005, 0.018, 0.040, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.022
N3 A 0, -0.007, 0.017, 0.040, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.017 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.007, 0.039, 0.070, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.039 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.005, 0.042, 0.079, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.042 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.048, 0.098, 0.148, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.098 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.045, 0.117, 0.189, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.117 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.081, 0.164, 0.247, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.164 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.092, 0.184, 0.277, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.184 std_dev=0.092
C4' A 0, 0.080, 0.192, 0.304, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.192 std_dev=0.112
O3' A 0, 0.066, 0.229, 0.392, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.229 std_dev=0.163
C5' A 0, 0.168, 0.360, 0.551, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.360 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.174, 0.423, 0.672, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.423 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.208, 0.495, 0.782, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.495 std_dev=0.287
C1' B 0, 0.282, 0.572, 0.862, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.572 std_dev=0.290
C4 B 0, 0.286, 0.579, 0.872, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.579 std_dev=0.293
O2' B 0, 0.202, 0.505, 0.808, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.505 std_dev=0.303
O5' A 0, 0.162, 0.467, 0.772, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.467 std_dev=0.305
P A 0, 0.218, 0.524, 0.830, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.524 std_dev=0.306
N9 B 0, 0.313, 0.633, 0.952, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.633 std_dev=0.319
C2 B 0, 0.221, 0.553, 0.884, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.553 std_dev=0.332
C3' B 0, 0.172, 0.518, 0.863, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.518 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.347, 0.697, 1.046, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.697 std_dev=0.350
N1 B 0, 0.275, 0.627, 0.979, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.627 std_dev=0.352
C6 B 0, 0.339, 0.692, 1.044, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.692 std_dev=0.352
O4' B 0, 0.333, 0.710, 1.086, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.710 std_dev=0.376
O3' B 0, 0.155, 0.538, 0.920, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.538 std_dev=0.382
N6 B 0, 0.400, 0.810, 1.220, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.810 std_dev=0.410
OP1 A 0, 0.249, 0.660, 1.071, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.660 std_dev=0.411
C8 B 0, 0.372, 0.794, 1.216, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.794 std_dev=0.422
N7 B 0, 0.393, 0.830, 1.268, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.830 std_dev=0.437
C4' B 0, 0.260, 0.710, 1.160, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.710 std_dev=0.450
OP2 A 0, 0.275, 0.726, 1.178, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.726 std_dev=0.452
C5' B 0, 0.292, 0.885, 1.477, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.885 std_dev=0.593
O5' B 0, 0.157, 0.850, 1.544, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.850 std_dev=0.694
OP2 B 0, 0.082, 0.846, 1.610, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.846 std_dev=0.764
P B 0, 0.104, 0.912, 1.720, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.912 std_dev=0.808
OP1 B 0, 0.174, 1.042, 1.909, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.042 std_dev=0.867

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.03 0.07 0.05 0.02
C2 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.17 0.09 0.08 0.02 0.09 0.13 0.07
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.03 0.08 0.10 0.09
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.08 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.05 0.07 0.02 0.09 0.07 0.04
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.10 0.08 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.02
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.04 0.07 0.02 0.07 0.09 0.04
C5' 0.02 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.07 0.11 0.08 0.04 0.02 0.05 0.05 0.01 0.00 0.07 0.02 0.06 0.01
C6 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.11 0.06 0.09 0.00 0.08 0.13 0.07
C8 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.08 0.03 0.07 0.07 0.03
N1 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.15 0.07 0.09 0.01 0.09 0.14 0.07
N2 0.05 0.00 0.04 0.08 0.02 0.10 0.03 0.11 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.20 0.11 0.10 0.03 0.10 0.15 0.08
N3 0.05 0.01 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.17 0.09 0.08 0.01 0.10 0.10 0.07
N7 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03 0.06 0.08 0.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.03 0.09 0.05 0.02
O2' 0.01 0.09 0.01 0.03 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.09 0.08 0.04 0.02 0.00 0.06 0.01 0.11 0.06 0.10 0.11 0.12
O3' 0.08 0.17 0.02 0.01 0.12 0.03 0.09 0.05 0.11 0.04 0.15 0.20 0.17 0.05 0.08 0.06 0.00 0.04 0.03 0.09 0.05 0.05 0.03
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.07 0.11 0.09 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.08 0.07 0.04
O5' 0.04 0.08 0.10 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.06 0.11 0.03 0.05 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.09 0.06 0.11 0.00 0.09 0.17 0.11
OP1 0.07 0.09 0.08 0.05 0.09 0.05 0.07 0.02 0.08 0.07 0.09 0.10 0.10 0.06 0.09 0.10 0.05 0.08 0.02 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.13 0.10 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.13 0.07 0.14 0.15 0.10 0.08 0.05 0.11 0.05 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.09 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.07 0.03 0.07 0.08 0.07 0.04 0.02 0.12 0.03 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.07 0.14 0.17 0.09 0.16 0.11 0.21 0.09 0.17 0.07 0.06 0.10 0.15 0.13 0.16 0.16 0.14 0.14 0.12 0.16 0.13
C2 0.08 0.13 0.07 0.12 0.07 0.11 0.07 0.16 0.08 0.12 0.10 0.12 0.08 0.11 0.08 0.15 0.15 0.10 0.08 0.07 0.10 0.07
C2' 0.12 0.10 0.13 0.18 0.09 0.18 0.10 0.22 0.09 0.14 0.09 0.09 0.10 0.13 0.12 0.13 0.17 0.14 0.17 0.15 0.19 0.17
C3' 0.11 0.09 0.12 0.14 0.08 0.13 0.09 0.17 0.08 0.14 0.08 0.08 0.09 0.13 0.11 0.14 0.13 0.11 0.12 0.09 0.13 0.11
C4 0.09 0.09 0.11 0.16 0.06 0.14 0.08 0.20 0.07 0.14 0.07 0.07 0.08 0.12 0.10 0.13 0.17 0.11 0.11 0.09 0.13 0.11
C4' 0.13 0.08 0.15 0.17 0.09 0.16 0.11 0.20 0.09 0.18 0.07 0.07 0.10 0.16 0.13 0.16 0.16 0.14 0.13 0.13 0.16 0.13
C5 0.08 0.08 0.10 0.14 0.04 0.12 0.06 0.17 0.04 0.13 0.06 0.06 0.05 0.11 0.09 0.11 0.17 0.09 0.07 0.06 0.10 0.07
C5' 0.12 0.09 0.14 0.17 0.08 0.16 0.10 0.20 0.08 0.17 0.08 0.07 0.09 0.15 0.12 0.14 0.17 0.13 0.12 0.13 0.16 0.13
C6 0.08 0.10 0.08 0.10 0.04 0.07 0.06 0.12 0.04 0.13 0.07 0.08 0.04 0.11 0.09 0.12 0.14 0.06 0.05 0.02 0.07 0.03
C8 0.12 0.06 0.13 0.17 0.08 0.16 0.09 0.20 0.06 0.15 0.05 0.05 0.07 0.14 0.12 0.13 0.17 0.13 0.11 0.09 0.14 0.11
N1 0.08 0.13 0.08 0.10 0.06 0.08 0.06 0.13 0.06 0.13 0.10 0.12 0.06 0.11 0.08 0.16 0.14 0.08 0.06 0.02 0.07 0.04
N2 0.11 0.17 0.06 0.11 0.11 0.13 0.10 0.18 0.11 0.11 0.14 0.17 0.11 0.11 0.10 0.16 0.12 0.14 0.11 0.07 0.10 0.08
N3 0.09 0.11 0.09 0.15 0.07 0.14 0.09 0.20 0.08 0.13 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.13 0.16 0.11 0.12 0.10 0.14 0.12
N7 0.10 0.07 0.11 0.15 0.06 0.13 0.07 0.17 0.04 0.14 0.05 0.04 0.05 0.12 0.11 0.11 0.17 0.10 0.08 0.06 0.11 0.08
N9 0.12 0.08 0.13 0.18 0.08 0.16 0.10 0.21 0.08 0.16 0.07 0.07 0.09 0.14 0.12 0.14 0.17 0.13 0.13 0.11 0.15 0.13
O2' 0.12 0.12 0.12 0.18 0.11 0.18 0.11 0.22 0.11 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.17 0.14 0.21 0.18 0.21 0.20
O3' 0.13 0.12 0.14 0.06 0.11 0.07 0.13 0.07 0.11 0.17 0.11 0.11 0.11 0.16 0.14 0.19 0.03 0.12 0.05 0.03 0.04 0.03
O4' 0.14 0.07 0.16 0.18 0.10 0.17 0.12 0.21 0.09 0.19 0.07 0.06 0.11 0.18 0.14 0.17 0.17 0.15 0.12 0.12 0.16 0.13
O5' 0.13 0.12 0.15 0.18 0.10 0.16 0.11 0.20 0.10 0.17 0.11 0.11 0.11 0.15 0.13 0.15 0.19 0.14 0.13 0.12 0.16 0.13
O6 0.11 0.11 0.09 0.05 0.08 0.04 0.08 0.07 0.06 0.15 0.09 0.10 0.05 0.13 0.12 0.13 0.12 0.07 0.08 0.05 0.06 0.05
OP1 0.05 0.13 0.08 0.15 0.03 0.13 0.03 0.18 0.06 0.09 0.12 0.10 0.06 0.07 0.05 0.05 0.19 0.06 0.09 0.12 0.14 0.10
OP2 0.11 0.16 0.14 0.23 0.10 0.19 0.10 0.25 0.12 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.11 0.10 0.25 0.13 0.15 0.17 0.20 0.16
P 0.09 0.12 0.11 0.18 0.06 0.15 0.07 0.20 0.07 0.13 0.11 0.09 0.08 0.11 0.09 0.10 0.20 0.11 0.11 0.12 0.16 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.09 0.08 0.15 0.10
C2 0.05 0.00 0.15 0.12 0.01 0.07 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.21 0.17 0.02 0.05 0.07 0.12 0.07
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.06 0.13 0.15 0.08 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.14 0.09 0.12 0.07 0.13 0.05 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.07 0.08
C4 0.03 0.01 0.08 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.07 0.01 0.06 0.08 0.14 0.08
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.12 0.05 0.07 0.06 0.11 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01
C5 0.01 0.02 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.03 0.08 0.11 0.15 0.10
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.07 0.14 0.05 0.07 0.10 0.15 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.08 0.02 0.09 0.12 0.16 0.11
C8 0.03 0.02 0.06 0.14 0.01 0.12 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.15 0.06 0.10 0.11 0.15 0.09
N1 0.04 0.00 0.13 0.09 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.13 0.02 0.06 0.09 0.14 0.09
N3 0.05 0.00 0.15 0.12 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.20 0.16 0.03 0.06 0.08 0.13 0.08
N6 0.03 0.01 0.08 0.07 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.12 0.07 0.03 0.12 0.16 0.20 0.16
N7 0.02 0.02 0.03 0.13 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.13 0.06 0.13 0.14 0.17 0.13
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.06 0.08 0.15 0.09
O2' 0.03 0.21 0.00 0.01 0.11 0.04 0.07 0.03 0.13 0.04 0.18 0.20 0.12 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.02 0.07 0.05 0.03
O3' 0.03 0.17 0.03 0.01 0.07 0.03 0.06 0.02 0.08 0.15 0.13 0.16 0.07 0.13 0.05 0.05 0.00 0.02 0.16 0.17 0.14 0.15
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.14 0.12 0.17 0.13
O5' 0.09 0.05 0.03 0.11 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.10 0.06 0.06 0.12 0.13 0.06 0.02 0.16 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.08 0.07 0.04 0.08 0.08 0.03 0.11 0.05 0.12 0.11 0.09 0.08 0.16 0.14 0.08 0.07 0.17 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.12 0.06 0.07 0.14 0.05 0.15 0.02 0.16 0.15 0.14 0.13 0.20 0.17 0.15 0.05 0.14 0.17 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.07 0.02 0.08 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.09 0.08 0.16 0.13 0.09 0.03 0.15 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00