ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54635

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 6, 13, 5, 8, 2, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.009, 0.014, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.018 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.042, 0.076, 0.109, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.076 std_dev=0.033
N4 A 0, 0.027, 0.077, 0.127, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.077 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.007, 0.087, 0.167, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.087 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.018, 0.135, 0.252, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.135 std_dev=0.117
C4' A 0, 0.016, 0.168, 0.320, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.168 std_dev=0.152
P B 0, 0.204, 0.375, 0.545, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.375 std_dev=0.170
OP2 B 0, 0.271, 0.460, 0.649, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.460 std_dev=0.189
O3' B 0, 0.182, 0.423, 0.664, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.423 std_dev=0.241
C5' A 0, 0.020, 0.267, 0.514, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.267 std_dev=0.247
C3' B 0, 0.133, 0.407, 0.682, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.407 std_dev=0.275
OP1 B 0, 0.239, 0.518, 0.796, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.518 std_dev=0.278
O5' B 0, 0.092, 0.395, 0.698, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.395 std_dev=0.303
P A 0, 0.092, 0.411, 0.729, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.411 std_dev=0.318
O2' A 0, -0.061, 0.271, 0.604, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.271 std_dev=0.332
C3' A 0, -0.110, 0.247, 0.604, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.247 std_dev=0.357
OP1 A 0, 0.110, 0.469, 0.828, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.469 std_dev=0.359
O5' A 0, -0.050, 0.363, 0.776, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.363 std_dev=0.413
O2' B 0, 0.176, 0.608, 1.040, 2.500 max_d=2.500 avg_d=0.608 std_dev=0.432
OP2 A 0, 0.038, 0.506, 0.974, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.506 std_dev=0.468
C5' B 0, -0.073, 0.482, 1.038, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.482 std_dev=0.555
C2' B 0, -0.008, 0.578, 1.164, 2.971 max_d=2.971 avg_d=0.578 std_dev=0.586
C4' B 0, -0.072, 0.521, 1.113, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.521 std_dev=0.592
O3' A 0, -0.303, 0.401, 1.106, 3.160 max_d=3.160 avg_d=0.401 std_dev=0.705
O4' B 0, -0.309, 0.665, 1.639, 4.228 max_d=4.228 avg_d=0.665 std_dev=0.974
C1' B 0, -0.312, 0.715, 1.743, 4.715 max_d=4.715 avg_d=0.715 std_dev=1.027
N1 B 0, -0.634, 0.812, 2.258, 6.197 max_d=6.197 avg_d=0.812 std_dev=1.446
C6 B 0, -0.773, 0.847, 2.468, 6.728 max_d=6.728 avg_d=0.847 std_dev=1.621
C2 B 0, -0.742, 1.093, 2.928, 8.254 max_d=8.254 avg_d=1.093 std_dev=1.835
O2 B 0, -0.610, 1.300, 3.211, 8.645 max_d=8.645 avg_d=1.300 std_dev=1.911
C5 B 0, -1.088, 1.012, 3.112, 8.647 max_d=8.647 avg_d=1.012 std_dev=2.100
N3 B 0, -1.082, 1.201, 3.484, 9.911 max_d=9.911 avg_d=1.201 std_dev=2.283
C4 B 0, -1.339, 1.105, 3.548, 9.683 max_d=9.683 avg_d=1.105 std_dev=2.443
O4 B 0, -1.635, 1.281, 4.197, 11.439 max_d=11.439 avg_d=1.281 std_dev=2.916

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.10 0.09 0.33 0.12
C2 0.02 0.00 0.05 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.09 0.02 0.25 0.18 0.27 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.10 0.07 0.03 0.04 0.06 0.10 0.00 0.03 0.01 0.14 0.13 0.28 0.07
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.23 0.00 0.27 0.02 0.25 0.14 0.16 0.25 0.09 0.02 0.01 0.02 0.24 0.23 0.16 0.16
C4 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.17 0.02 0.37 0.27 0.28 0.25
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.10 0.05 0.17 0.02 0.00 0.02 0.08 0.28 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.27 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.24 0.04 0.40 0.28 0.28 0.26
C5' 0.04 0.06 0.10 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.09 0.06 0.08 0.11 0.06 0.08 0.10 0.01 0.01 0.12 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.25 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.20 0.04 0.34 0.22 0.27 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.01 0.24 0.16 0.29 0.15
N3 0.02 0.00 0.04 0.16 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.10 0.01 0.31 0.22 0.27 0.21
N4 0.01 0.01 0.06 0.25 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.21 0.03 0.40 0.30 0.30 0.29
O2 0.04 0.00 0.10 0.09 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.20 0.04 0.19 0.14 0.29 0.15
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.17 0.17 0.12 0.08 0.08 0.10 0.20 0.18 0.24 0.00 0.04 0.11 0.16 0.17 0.26 0.09
O3' 0.13 0.09 0.03 0.01 0.17 0.02 0.24 0.10 0.20 0.08 0.10 0.21 0.20 0.04 0.00 0.10 0.23 0.34 0.19 0.23
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.11 0.10 0.00 0.07 0.09 0.37 0.16
O5' 0.10 0.25 0.14 0.24 0.37 0.02 0.40 0.01 0.34 0.24 0.31 0.40 0.19 0.16 0.23 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.18 0.13 0.23 0.27 0.08 0.28 0.12 0.22 0.16 0.22 0.30 0.14 0.17 0.34 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.27 0.28 0.16 0.28 0.28 0.28 0.28 0.27 0.29 0.27 0.30 0.29 0.26 0.19 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.17 0.07 0.16 0.25 0.06 0.26 0.01 0.20 0.15 0.21 0.29 0.15 0.09 0.23 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.78 1.45 0.57 0.25 1.85 0.19 1.67 0.13 1.36 1.22 1.75 1.32 0.36 0.17 2.01 0.53 0.18 0.15 0.21 0.20
C2 0.80 1.42 0.51 0.27 2.15 0.20 2.03 0.09 1.60 1.29 1.83 1.18 0.34 0.20 2.39 0.59 0.18 0.17 0.20 0.18
C2' 0.71 1.40 0.56 0.25 1.82 0.13 1.61 0.15 1.29 1.15 1.72 1.31 0.37 0.12 2.03 0.45 0.22 0.15 0.20 0.19
C3' 0.67 1.27 0.61 0.36 1.59 0.23 1.42 0.17 1.16 1.05 1.52 1.21 0.38 0.24 1.75 0.47 0.27 0.32 0.24 0.20
C4 0.58 0.96 0.36 0.23 1.70 0.14 1.81 0.14 1.44 1.00 1.29 0.75 0.26 0.23 1.89 0.43 0.16 0.19 0.20 0.18
C4' 0.61 1.16 0.57 0.28 1.34 0.18 1.18 0.14 0.98 0.94 1.34 1.16 0.37 0.15 1.45 0.40 0.21 0.20 0.18 0.17
C5 0.48 0.81 0.33 0.22 1.41 0.09 1.55 0.19 1.28 0.86 1.07 0.65 0.24 0.22 1.53 0.32 0.16 0.17 0.23 0.20
C5' 0.53 0.94 0.59 0.33 1.07 0.19 0.96 0.15 0.82 0.78 1.06 0.95 0.45 0.23 1.15 0.34 0.23 0.29 0.19 0.17
C6 0.56 0.99 0.41 0.23 1.51 0.10 1.56 0.17 1.29 0.97 1.25 0.80 0.27 0.19 1.62 0.37 0.18 0.16 0.23 0.21
N1 0.73 1.31 0.50 0.25 1.88 0.16 1.80 0.12 1.46 1.19 1.65 1.11 0.33 0.18 2.03 0.51 0.18 0.16 0.21 0.20
N3 0.73 1.24 0.44 0.26 2.04 0.19 2.03 0.10 1.59 1.19 1.64 0.98 0.31 0.21 2.30 0.55 0.17 0.19 0.19 0.17
N4 0.51 0.80 0.31 0.23 1.55 0.14 1.72 0.16 1.37 0.88 1.10 0.65 0.25 0.24 1.74 0.38 0.16 0.22 0.18 0.16
O2 0.89 1.60 0.56 0.28 2.34 0.24 2.10 0.08 1.65 1.39 2.06 1.38 0.38 0.19 2.66 0.66 0.18 0.17 0.19 0.18
O2' 0.85 1.57 0.68 0.32 1.95 0.22 1.69 0.13 1.37 1.28 1.89 1.52 0.50 0.23 2.17 0.57 0.21 0.16 0.26 0.23
O3' 0.59 1.16 0.54 0.33 1.44 0.22 1.25 0.18 1.00 0.92 1.39 1.14 0.34 0.26 1.60 0.40 0.27 0.33 0.22 0.19
O4' 0.72 1.30 0.58 0.26 1.51 0.20 1.36 0.15 1.16 1.09 1.49 1.23 0.37 0.18 1.60 0.49 0.20 0.16 0.22 0.21
O5' 0.23 0.56 0.25 0.17 0.77 0.09 0.73 0.13 0.60 0.47 0.70 0.51 0.17 0.02 0.84 0.15 0.26 0.40 0.31 0.24
OP1 0.28 0.22 0.16 0.12 0.22 0.33 0.20 0.33 0.18 0.16 0.23 0.29 0.22 0.06 0.26 0.35 0.27 0.47 0.37 0.32
OP2 0.10 0.19 0.06 0.07 0.46 0.21 0.54 0.25 0.44 0.20 0.30 0.24 0.09 0.06 0.52 0.16 0.30 0.59 0.40 0.40
P 0.09 0.21 0.07 0.04 0.36 0.17 0.37 0.20 0.29 0.14 0.30 0.23 0.11 0.01 0.42 0.14 0.21 0.44 0.32 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.06 0.25 0.10 0.11
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.15 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.18 0.30 0.79 0.25 0.48
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.07 0.02 0.05 0.12 0.00 0.02 0.04 0.01 0.20 0.26 0.16 0.25
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.20 0.01 0.29 0.01 0.28 0.12 0.11 0.17 0.02 0.01 0.21 0.02 0.06 0.09 0.11 0.07
C4 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.10 0.00 0.02 0.24 0.49 0.53 0.18
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.23 0.00 0.25 0.05 0.09 0.34 0.16 0.02 0.08 0.00 0.01 0.11 0.09 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.29 0.00 0.23 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.13 0.01 0.13 0.55 0.45 0.89 0.53
C5' 0.03 0.29 0.08 0.01 0.10 0.00 0.35 0.00 0.38 0.05 0.20 0.61 0.08 0.11 0.10 0.01 0.01 0.17 0.16 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.28 0.01 0.25 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.11 0.01 0.18 0.55 0.37 0.78 0.51
N1 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.05 0.01 0.01 0.12 0.34 0.26 0.10
N3 0.02 0.00 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.01 0.12 0.18 0.76 0.22 0.36
O2 0.06 0.01 0.12 0.17 0.01 0.34 0.02 0.61 0.02 0.03 0.01 0.00 0.17 0.17 0.01 0.32 0.70 1.21 0.69 0.94
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.17 0.16 0.24 0.08 0.23 0.10 0.09 0.17 0.00 0.04 0.18 0.10 0.14 0.16 0.15 0.20
O3' 0.14 0.10 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.11 0.11 0.05 0.10 0.17 0.04 0.00 0.13 0.10 0.11 0.29 0.21 0.14
O4 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.13 0.00 0.03 0.25 0.55 0.57 0.20
O4' 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.12 0.32 0.10 0.10 0.03 0.00 0.08 0.18 0.10 0.06
O5' 0.06 0.30 0.20 0.06 0.24 0.01 0.55 0.01 0.55 0.12 0.18 0.70 0.14 0.11 0.25 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.25 0.79 0.26 0.09 0.49 0.11 0.45 0.17 0.37 0.34 0.76 1.21 0.16 0.29 0.55 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.25 0.16 0.11 0.53 0.09 0.89 0.16 0.78 0.26 0.22 0.69 0.15 0.21 0.57 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.48 0.25 0.07 0.18 0.03 0.53 0.01 0.51 0.10 0.36 0.94 0.20 0.14 0.20 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00