ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54636

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 5, 4, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.015
O3' A 0, 0.061, 0.139, 0.217, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.139 std_dev=0.078
C3' A 0, 0.092, 0.176, 0.260, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.176 std_dev=0.084
O4' A 0, 0.067, 0.160, 0.253, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.160 std_dev=0.093
C2' A 0, 0.099, 0.198, 0.297, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.198 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.081, 0.192, 0.303, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.192 std_dev=0.111
O2' A 0, 0.156, 0.327, 0.498, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.327 std_dev=0.171
C5' A 0, 0.184, 0.375, 0.566, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.375 std_dev=0.191
O5' A 0, 0.192, 0.400, 0.608, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.400 std_dev=0.208
OP2 B 0, 0.136, 0.376, 0.616, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.376 std_dev=0.240
P A 0, 0.189, 0.432, 0.675, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.432 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.206, 0.472, 0.738, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.472 std_dev=0.266
O5' B 0, 0.080, 0.347, 0.614, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.347 std_dev=0.267
C5' B 0, 0.118, 0.386, 0.654, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.386 std_dev=0.268
C3' B 0, 0.195, 0.467, 0.740, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.467 std_dev=0.272
OP1 A 0, 0.247, 0.521, 0.795, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.521 std_dev=0.274
P B 0, 0.089, 0.375, 0.661, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.375 std_dev=0.286
OP2 A 0, 0.175, 0.462, 0.750, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.462 std_dev=0.288
C4' B 0, 0.085, 0.400, 0.715, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.400 std_dev=0.315
C2' B 0, 0.222, 0.571, 0.920, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.571 std_dev=0.349
OP1 B 0, 0.152, 0.502, 0.852, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.502 std_dev=0.350
O4' B 0, 0.038, 0.405, 0.772, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.405 std_dev=0.367
C1' B 0, 0.113, 0.501, 0.889, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.501 std_dev=0.388
O2' B 0, 0.240, 0.660, 1.080, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.660 std_dev=0.420
N1 B 0, 0.087, 0.508, 0.929, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.508 std_dev=0.421
C6 B 0, 0.258, 0.693, 1.127, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.693 std_dev=0.435
O2 B 0, 0.246, 0.720, 1.193, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.720 std_dev=0.474
C2 B 0, 0.059, 0.534, 1.009, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.534 std_dev=0.475
C5 B 0, 0.271, 0.765, 1.259, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.765 std_dev=0.494
N3 B 0, -0.018, 0.545, 1.108, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.545 std_dev=0.563
C4 B 0, 0.026, 0.612, 1.198, 2.314 max_d=2.314 avg_d=0.612 std_dev=0.586
O4 B 0, 0.036, 0.736, 1.436, 2.813 max_d=2.813 avg_d=0.736 std_dev=0.700

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.09 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.03 0.07 0.10 0.10 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.13 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.13 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.09 0.13 0.17 0.13
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.06 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.10 0.15 0.20 0.15
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.10 0.13 0.16 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.10 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.11 0.13 0.10
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.10 0.15 0.19 0.15
O2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.06 0.05 0.06 0.10 0.10 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.10 0.00 0.02 0.00 0.05 0.14 0.16 0.11
O3' 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02 0.13 0.14 0.09
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
O5' 0.05 0.07 0.05 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.10 0.07 0.08 0.10 0.06 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.10 0.12 0.11 0.13 0.07 0.15 0.03 0.13 0.10 0.11 0.15 0.10 0.14 0.13 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.10 0.13 0.13 0.17 0.06 0.20 0.01 0.16 0.11 0.13 0.19 0.10 0.16 0.14 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.09 0.08 0.13 0.04 0.15 0.01 0.13 0.09 0.10 0.15 0.07 0.11 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.15 0.08 0.05 0.16 0.05 0.11 0.07 0.10 0.08 0.19 0.19 0.08 0.06 0.21 0.09 0.08 0.08 0.12 0.08
C2 0.10 0.22 0.10 0.08 0.20 0.08 0.12 0.10 0.11 0.10 0.26 0.28 0.08 0.08 0.27 0.12 0.12 0.11 0.13 0.10
C2' 0.07 0.16 0.08 0.06 0.18 0.06 0.13 0.08 0.11 0.10 0.20 0.19 0.09 0.07 0.22 0.07 0.07 0.09 0.13 0.09
C3' 0.10 0.15 0.11 0.07 0.19 0.05 0.17 0.07 0.15 0.12 0.19 0.16 0.10 0.04 0.22 0.08 0.08 0.09 0.14 0.10
C4 0.14 0.28 0.13 0.13 0.27 0.14 0.17 0.14 0.15 0.16 0.34 0.36 0.12 0.13 0.35 0.16 0.16 0.14 0.14 0.14
C4' 0.11 0.15 0.11 0.06 0.20 0.05 0.18 0.06 0.15 0.13 0.19 0.15 0.10 0.04 0.23 0.11 0.09 0.09 0.14 0.11
C5 0.13 0.26 0.13 0.13 0.25 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.31 0.33 0.13 0.14 0.32 0.15 0.15 0.11 0.11 0.11
C5' 0.11 0.16 0.11 0.07 0.21 0.06 0.20 0.06 0.17 0.14 0.19 0.15 0.10 0.06 0.24 0.11 0.10 0.10 0.15 0.12
C6 0.10 0.21 0.11 0.10 0.20 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.25 0.27 0.10 0.12 0.26 0.12 0.11 0.08 0.10 0.08
N1 0.09 0.19 0.09 0.08 0.18 0.08 0.10 0.09 0.10 0.09 0.23 0.25 0.08 0.08 0.24 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08
N3 0.12 0.26 0.11 0.10 0.25 0.11 0.16 0.12 0.14 0.14 0.31 0.33 0.10 0.10 0.32 0.14 0.14 0.13 0.14 0.13
N4 0.17 0.33 0.15 0.14 0.32 0.16 0.21 0.16 0.18 0.19 0.38 0.41 0.14 0.14 0.40 0.19 0.18 0.17 0.17 0.17
O2 0.09 0.20 0.09 0.07 0.19 0.07 0.11 0.09 0.11 0.09 0.24 0.26 0.08 0.06 0.25 0.10 0.11 0.11 0.13 0.10
O2' 0.08 0.17 0.09 0.07 0.17 0.08 0.12 0.10 0.11 0.10 0.20 0.21 0.10 0.08 0.22 0.08 0.08 0.11 0.13 0.09
O3' 0.11 0.15 0.12 0.07 0.20 0.05 0.19 0.07 0.16 0.13 0.19 0.16 0.12 0.04 0.23 0.09 0.07 0.08 0.13 0.09
O4' 0.09 0.14 0.10 0.06 0.17 0.05 0.13 0.07 0.11 0.09 0.18 0.17 0.09 0.06 0.21 0.11 0.09 0.09 0.13 0.10
O5' 0.07 0.15 0.07 0.05 0.19 0.03 0.17 0.05 0.14 0.11 0.19 0.16 0.06 0.01 0.22 0.06 0.07 0.08 0.14 0.09
OP1 0.03 0.08 0.05 0.02 0.14 0.06 0.15 0.08 0.12 0.07 0.11 0.06 0.05 0.02 0.17 0.04 0.07 0.11 0.14 0.09
OP2 0.08 0.16 0.04 0.04 0.15 0.11 0.10 0.14 0.08 0.10 0.18 0.20 0.05 0.02 0.18 0.11 0.14 0.19 0.16 0.16
P 0.01 0.10 0.02 0.01 0.13 0.05 0.11 0.07 0.09 0.06 0.12 0.10 0.03 0.00 0.15 0.03 0.07 0.10 0.12 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.17 0.07 0.10
C2 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.00 0.08 0.29 0.43 0.35 0.37
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.12 0.05 0.07
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.06 0.05 0.10 0.09 0.01 0.00 0.11 0.01 0.03 0.06 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.02 0.29 0.46 0.37 0.39
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.10 0.13 0.02 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.21 0.35 0.25 0.29
C5' 0.02 0.19 0.01 0.01 0.19 0.00 0.14 0.00 0.11 0.10 0.22 0.24 0.02 0.03 0.23 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.16 0.28 0.17 0.22
N1 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.17 0.28 0.18 0.21
N3 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.06 0.33 0.50 0.42 0.44
O2 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.01 0.14 0.35 0.49 0.42 0.43
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.11 0.00 0.02 0.06 0.04 0.04 0.11 0.05 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.07 0.05 0.08 0.05 0.02 0.00 0.11 0.01 0.04 0.05 0.08 0.04
O4 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.11 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.00 0.04 0.34 0.53 0.45 0.47
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.14 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.13 0.04 0.06
O5' 0.06 0.29 0.05 0.03 0.29 0.01 0.21 0.00 0.16 0.17 0.33 0.35 0.04 0.04 0.34 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.43 0.12 0.06 0.46 0.06 0.35 0.04 0.28 0.28 0.50 0.49 0.11 0.05 0.53 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.35 0.05 0.05 0.37 0.03 0.25 0.04 0.17 0.18 0.42 0.42 0.05 0.08 0.45 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.37 0.07 0.03 0.39 0.02 0.29 0.01 0.22 0.21 0.44 0.43 0.05 0.04 0.47 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00