ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54637

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 2, 7, 2, 2, 0, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.005, 0.026, 0.046, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.003, 0.024, 0.046, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.024 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.012, 0.056, 0.100, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.056 std_dev=0.044
N4 A 0, 0.006, 0.069, 0.133, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.069 std_dev=0.064
O4' A 0, -0.006, 0.123, 0.252, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.123 std_dev=0.129
C4' A 0, 0.024, 0.194, 0.364, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.194 std_dev=0.170
C2' A 0, -0.032, 0.152, 0.336, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.152 std_dev=0.184
P B 0, 0.239, 0.494, 0.750, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.494 std_dev=0.256
OP2 B 0, 0.282, 0.549, 0.816, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.549 std_dev=0.267
OP1 B 0, 0.274, 0.599, 0.923, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.599 std_dev=0.324
O2' A 0, -0.136, 0.237, 0.609, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.237 std_dev=0.372
C5' A 0, -0.041, 0.399, 0.839, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.399 std_dev=0.440
C3' A 0, -0.187, 0.274, 0.736, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.274 std_dev=0.462
O5' B 0, 0.062, 0.593, 1.125, 2.845 max_d=2.845 avg_d=0.593 std_dev=0.532
C6 B 0, -0.048, 0.529, 1.106, 2.996 max_d=2.996 avg_d=0.529 std_dev=0.577
O5' A 0, -0.153, 0.507, 1.166, 3.379 max_d=3.379 avg_d=0.507 std_dev=0.659
C5 B 0, -0.242, 0.516, 1.273, 3.809 max_d=3.809 avg_d=0.516 std_dev=0.757
N1 B 0, -0.227, 0.573, 1.373, 4.096 max_d=4.096 avg_d=0.573 std_dev=0.800
O3' A 0, -0.394, 0.416, 1.226, 4.047 max_d=4.047 avg_d=0.416 std_dev=0.810
C4 B 0, -0.329, 0.512, 1.353, 4.141 max_d=4.141 avg_d=0.512 std_dev=0.841
O4' B 0, -0.181, 0.714, 1.610, 4.685 max_d=4.685 avg_d=0.714 std_dev=0.896
N3 B 0, -0.322, 0.577, 1.476, 4.453 max_d=4.453 avg_d=0.577 std_dev=0.899
C5' B 0, -0.179, 0.726, 1.631, 4.714 max_d=4.714 avg_d=0.726 std_dev=0.905
C2 B 0, -0.387, 0.627, 1.641, 5.111 max_d=5.111 avg_d=0.627 std_dev=1.014
C1' B 0, -0.310, 0.719, 1.747, 5.325 max_d=5.325 avg_d=0.719 std_dev=1.029
O4 B 0, -0.484, 0.561, 1.605, 5.128 max_d=5.128 avg_d=0.561 std_dev=1.044
C4' B 0, -0.379, 0.779, 1.937, 5.980 max_d=5.980 avg_d=0.779 std_dev=1.158
P A 0, -0.524, 0.671, 1.867, 6.048 max_d=6.048 avg_d=0.671 std_dev=1.195
OP1 A 0, -0.551, 0.735, 2.020, 6.542 max_d=6.542 avg_d=0.735 std_dev=1.286
C2' B 0, -0.488, 0.802, 2.093, 6.634 max_d=6.634 avg_d=0.802 std_dev=1.291
O2 B 0, -0.592, 0.786, 2.163, 6.939 max_d=6.939 avg_d=0.786 std_dev=1.377
C3' B 0, -0.583, 0.805, 2.192, 7.088 max_d=7.088 avg_d=0.805 std_dev=1.388
OP2 A 0, -0.495, 0.911, 2.318, 7.227 max_d=7.227 avg_d=0.911 std_dev=1.407
O2' B 0, -0.575, 0.893, 2.362, 7.526 max_d=7.526 avg_d=0.893 std_dev=1.468
O3' B 0, -0.945, 0.913, 2.771, 9.357 max_d=9.357 avg_d=0.913 std_dev=1.858

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.13 0.00 0.10 0.20 0.27 0.09
C2 0.02 0.00 0.04 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.06 0.02 0.20 0.18 0.25 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.03 0.05 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.25 0.44 0.41 0.31
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.23 0.01 0.27 0.03 0.24 0.13 0.16 0.26 0.08 0.02 0.01 0.02 0.23 0.37 0.18 0.18
C4 0.03 0.01 0.08 0.23 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.14 0.03 0.30 0.21 0.34 0.26
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.11 0.03 0.16 0.02 0.01 0.01 0.18 0.25 0.05
C5 0.02 0.01 0.09 0.27 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.03 0.36 0.34 0.52 0.41
C5' 0.03 0.07 0.08 0.03 0.13 0.01 0.17 0.00 0.14 0.06 0.09 0.16 0.09 0.08 0.12 0.01 0.01 0.13 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.24 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.03 0.31 0.25 0.42 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.05 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.03 0.01 0.18 0.10 0.23 0.08
N3 0.02 0.01 0.05 0.16 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.07 0.02 0.23 0.12 0.21 0.10
N4 0.03 0.02 0.09 0.26 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.16 0.18 0.04 0.33 0.28 0.41 0.32
O2 0.03 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.29 0.16 0.04 0.23 0.36 0.41 0.25
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.15 0.16 0.08 0.08 0.05 0.09 0.20 0.16 0.29 0.00 0.05 0.11 0.15 0.41 0.47 0.29
O3' 0.13 0.06 0.03 0.01 0.14 0.02 0.17 0.12 0.12 0.03 0.07 0.18 0.16 0.05 0.00 0.09 0.24 0.33 0.13 0.17
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.11 0.09 0.00 0.06 0.08 0.30 0.11
O5' 0.10 0.20 0.25 0.23 0.30 0.01 0.36 0.01 0.31 0.18 0.23 0.33 0.23 0.15 0.24 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.18 0.44 0.37 0.21 0.18 0.34 0.13 0.25 0.10 0.12 0.28 0.36 0.41 0.33 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.25 0.41 0.18 0.34 0.25 0.52 0.28 0.42 0.23 0.21 0.41 0.41 0.47 0.13 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.31 0.18 0.26 0.05 0.41 0.02 0.33 0.08 0.10 0.32 0.25 0.29 0.17 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.83 0.94 1.05 1.11 0.63 0.69 0.51 0.43 0.60 0.80 0.86 1.06 1.05 1.25 0.54 0.54 0.45 0.20 0.15 0.19
C2 0.57 0.72 0.74 0.81 0.83 0.39 0.75 0.21 0.67 0.66 0.81 0.69 0.73 0.89 0.88 0.29 0.36 0.22 0.15 0.17
C2' 0.86 0.92 1.13 1.22 0.61 0.77 0.50 0.51 0.60 0.80 0.83 1.07 1.17 1.42 0.54 0.57 0.53 0.20 0.19 0.24
C3' 1.01 0.95 1.33 1.47 0.49 1.04 0.42 0.79 0.60 0.86 0.77 1.14 1.36 1.75 0.35 0.78 0.75 0.31 0.38 0.46
C4 0.34 0.47 0.45 0.56 0.72 0.21 0.74 0.16 0.60 0.47 0.58 0.38 0.44 0.63 0.79 0.15 0.29 0.26 0.14 0.16
C4' 1.10 1.05 1.39 1.48 0.47 1.07 0.36 0.77 0.58 0.91 0.82 1.30 1.45 1.75 0.31 0.85 0.66 0.17 0.23 0.32
C5 0.47 0.54 0.58 0.74 0.61 0.39 0.63 0.24 0.59 0.54 0.58 0.50 0.56 0.84 0.61 0.28 0.37 0.24 0.13 0.16
C5' 1.34 1.20 1.66 1.78 0.56 1.38 0.46 1.04 0.73 1.10 0.92 1.46 1.76 2.14 0.36 1.12 0.86 0.27 0.33 0.46
C6 0.68 0.73 0.83 0.98 0.61 0.59 0.58 0.38 0.63 0.70 0.70 0.75 0.80 1.09 0.55 0.46 0.44 0.21 0.15 0.18
N1 0.71 0.82 0.89 0.98 0.72 0.56 0.64 0.34 0.65 0.74 0.82 0.85 0.87 1.08 0.67 0.44 0.42 0.21 0.15 0.18
N3 0.41 0.56 0.55 0.63 0.81 0.23 0.79 0.15 0.64 0.53 0.69 0.47 0.53 0.68 0.92 0.16 0.30 0.25 0.16 0.16
N4 0.18 0.32 0.25 0.34 0.67 0.16 0.73 0.27 0.54 0.33 0.47 0.22 0.25 0.39 0.80 0.18 0.22 0.30 0.17 0.18
O2 0.60 0.77 0.79 0.83 0.87 0.40 0.76 0.20 0.68 0.68 0.87 0.76 0.79 0.90 0.96 0.30 0.36 0.21 0.15 0.17
O2' 0.80 0.87 1.10 1.13 0.56 0.66 0.45 0.38 0.53 0.73 0.78 1.04 1.17 1.32 0.50 0.48 0.42 0.18 0.16 0.16
O3' 0.75 0.63 1.10 1.27 0.21 0.84 0.18 0.63 0.29 0.55 0.43 0.85 1.16 1.58 0.28 0.54 0.59 0.25 0.32 0.35
O4' 1.03 1.08 1.26 1.30 0.57 0.90 0.43 0.60 0.61 0.92 0.90 1.28 1.27 1.48 0.42 0.74 0.53 0.19 0.16 0.21
O5' 1.46 1.27 1.76 1.97 0.74 1.54 0.70 1.24 0.95 1.24 1.02 1.44 1.83 2.35 0.56 1.27 1.11 0.52 0.59 0.70
OP1 1.67 1.29 2.00 2.30 0.66 1.95 0.68 1.69 1.01 1.32 0.97 1.51 2.17 2.85 0.41 1.56 1.45 0.96 0.82 1.05
OP2 1.69 1.36 1.95 2.31 0.94 1.96 1.02 1.79 1.28 1.45 1.12 1.46 2.02 2.72 0.74 1.61 1.68 1.24 1.08 1.30
P 1.74 1.41 2.04 2.36 0.85 1.98 0.88 1.71 1.18 1.45 1.12 1.57 2.14 2.85 0.63 1.62 1.51 0.96 0.86 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.14 0.01 0.01 0.05 0.08 0.11 0.05
C2 0.02 0.00 0.15 0.15 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.01 0.11 0.12 0.11 0.17 0.12
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.07 0.12 0.02 0.12 0.25 0.00 0.02 0.05 0.02 0.17 0.26 0.15 0.18
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.19 0.00 0.17 0.01 0.14 0.11 0.18 0.14 0.02 0.01 0.21 0.02 0.08 0.06 0.10 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.19 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.09 0.00 0.03 0.28 0.18 0.40 0.30
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.15 0.01 0.15 0.05 0.04 0.11 0.14 0.03 0.10 0.00 0.01 0.11 0.11 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.15 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.09 0.01 0.08 0.33 0.19 0.48 0.36
C5' 0.02 0.07 0.07 0.01 0.15 0.01 0.22 0.00 0.20 0.07 0.08 0.13 0.08 0.08 0.16 0.01 0.01 0.20 0.17 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.14 0.01 0.15 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.06 0.01 0.11 0.28 0.14 0.36 0.29
N1 0.01 0.00 0.02 0.11 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.02 0.14 0.09 0.18 0.14
N3 0.02 0.00 0.12 0.18 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.01 0.08 0.19 0.14 0.26 0.20
O2 0.03 0.00 0.25 0.14 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.14 0.01 0.18 0.07 0.11 0.15 0.07
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.17 0.14 0.27 0.08 0.27 0.10 0.09 0.25 0.00 0.05 0.18 0.09 0.11 0.23 0.11 0.14
O3' 0.14 0.09 0.02 0.01 0.09 0.03 0.09 0.08 0.06 0.05 0.09 0.14 0.05 0.00 0.11 0.09 0.14 0.19 0.22 0.14
O4 0.01 0.01 0.05 0.21 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.11 0.00 0.03 0.31 0.21 0.46 0.35
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.03 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.08 0.18 0.09 0.09 0.03 0.00 0.07 0.10 0.14 0.08
O5' 0.05 0.12 0.17 0.08 0.28 0.01 0.33 0.01 0.28 0.14 0.19 0.07 0.11 0.14 0.31 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.08 0.11 0.26 0.06 0.18 0.11 0.19 0.20 0.14 0.09 0.14 0.11 0.23 0.19 0.21 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.17 0.15 0.10 0.40 0.11 0.48 0.17 0.36 0.18 0.26 0.15 0.11 0.22 0.46 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.12 0.18 0.08 0.30 0.02 0.36 0.02 0.29 0.14 0.20 0.07 0.14 0.14 0.35 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00