ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54638

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 6, 2, 5, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.011, 0.017, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.018, 0.034, 0.050, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.034 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.017, 0.034, 0.050, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.027 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.052, 0.092, 0.132, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.092 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.035, 0.082, 0.129, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.082 std_dev=0.047
P B 0, 0.252, 0.494, 0.736, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.494 std_dev=0.242
OP1 B 0, 0.748, 1.120, 1.493, 1.731 max_d=1.731 avg_d=1.120 std_dev=0.373
C2' A 0, 0.372, 0.755, 1.137, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.755 std_dev=0.382
O4' A 0, 0.344, 0.743, 1.142, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.743 std_dev=0.399
O2' A 0, 0.984, 1.418, 1.852, 1.943 max_d=1.943 avg_d=1.418 std_dev=0.434
OP2 B 0, 1.149, 1.590, 2.030, 2.182 max_d=2.182 avg_d=1.590 std_dev=0.441
C3' A 0, 1.257, 1.716, 2.176, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.716 std_dev=0.459
O5' B 0, 0.509, 0.997, 1.484, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.997 std_dev=0.487
C4' A 0, 0.977, 1.501, 2.026, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.501 std_dev=0.525
C5' B 0, 1.177, 1.718, 2.259, 2.471 max_d=2.471 avg_d=1.718 std_dev=0.541
OP2 A 0, 1.485, 2.111, 2.738, 3.238 max_d=3.238 avg_d=2.111 std_dev=0.627
C4' B 0, 1.340, 2.037, 2.734, 3.358 max_d=3.358 avg_d=2.037 std_dev=0.697
O5' A 0, 1.101, 1.806, 2.512, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.806 std_dev=0.705
O3' A 0, 2.072, 2.780, 3.487, 3.144 max_d=3.144 avg_d=2.780 std_dev=0.707
C3' B 0, 1.757, 2.546, 3.336, 3.940 max_d=3.940 avg_d=2.546 std_dev=0.790
C5' A 0, 1.087, 1.883, 2.679, 3.250 max_d=3.250 avg_d=1.883 std_dev=0.796
C6 B 0, 1.435, 2.263, 3.091, 3.553 max_d=3.553 avg_d=2.263 std_dev=0.828
O4' B 0, 1.187, 2.020, 2.854, 3.655 max_d=3.655 avg_d=2.020 std_dev=0.833
P A 0, 1.354, 2.208, 3.061, 3.906 max_d=3.906 avg_d=2.208 std_dev=0.854
O3' B 0, 2.101, 3.030, 3.960, 4.611 max_d=4.611 avg_d=3.030 std_dev=0.929
C5 B 0, 1.704, 2.640, 3.575, 4.123 max_d=4.123 avg_d=2.640 std_dev=0.935
C2' B 0, 1.949, 3.015, 4.081, 4.882 max_d=4.882 avg_d=3.015 std_dev=1.066
C1' B 0, 1.601, 2.667, 3.732, 4.604 max_d=4.604 avg_d=2.667 std_dev=1.066
N1 B 0, 1.584, 2.695, 3.807, 4.492 max_d=4.492 avg_d=2.695 std_dev=1.111
OP1 A 0, 1.879, 3.141, 4.403, 5.588 max_d=5.588 avg_d=3.141 std_dev=1.262
O2' B 0, 2.210, 3.496, 4.782, 5.842 max_d=5.842 avg_d=3.496 std_dev=1.286
C4 B 0, 1.910, 3.320, 4.730, 5.578 max_d=5.578 avg_d=3.320 std_dev=1.410
C2 B 0, 2.233, 3.647, 5.060, 5.907 max_d=5.907 avg_d=3.647 std_dev=1.414
N3 B 0, 2.328, 3.843, 5.358, 6.387 max_d=6.387 avg_d=3.843 std_dev=1.515
O4 B 0, 2.131, 3.770, 5.410, 6.300 max_d=6.300 avg_d=3.770 std_dev=1.639
O2 B 0, 2.805, 4.445, 6.084, 7.041 max_d=7.041 avg_d=4.445 std_dev=1.640

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.11 0.19 0.14
C2 0.01 0.00 0.15 0.14 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.19 0.07 0.09 0.11 0.23 0.16
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.12 0.06 0.26 0.01 0.02 0.01 0.07 0.24 0.19 0.12
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.15 0.05 0.14 0.11 0.23 0.02 0.01 0.02 0.07 0.30 0.19 0.15
C4 0.02 0.02 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.11 0.04 0.12 0.14 0.24 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.14 0.08 0.04
C5 0.03 0.02 0.08 0.12 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.14 0.07 0.13 0.14 0.22 0.17
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.11 0.07 0.08 0.10 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.11 0.15 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.16 0.08 0.13 0.13 0.21 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.08 0.10 0.21 0.15
N3 0.02 0.01 0.12 0.14 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.18 0.06 0.10 0.13 0.25 0.17
N4 0.03 0.02 0.06 0.11 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.14 0.05 0.13 0.17 0.27 0.19
O2 0.03 0.01 0.26 0.23 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.23 0.31 0.10 0.10 0.12 0.25 0.17
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.06 0.06 0.07 0.05 0.09 0.03 0.11 0.07 0.23 0.00 0.04 0.04 0.04 0.25 0.19 0.11
O3' 0.03 0.19 0.02 0.01 0.11 0.02 0.14 0.03 0.16 0.04 0.18 0.14 0.31 0.04 0.00 0.03 0.11 0.47 0.32 0.27
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.05 0.10 0.04 0.03 0.00 0.10 0.12 0.23 0.20
O5' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.12 0.02 0.13 0.01 0.13 0.08 0.10 0.13 0.10 0.04 0.11 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.11 0.24 0.30 0.14 0.14 0.14 0.09 0.13 0.10 0.13 0.17 0.12 0.25 0.47 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.23 0.19 0.19 0.24 0.08 0.22 0.02 0.21 0.21 0.25 0.27 0.25 0.19 0.32 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.16 0.12 0.15 0.17 0.04 0.17 0.01 0.17 0.15 0.17 0.19 0.17 0.11 0.27 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.83 1.38 0.81 0.43 1.15 0.44 0.92 0.40 0.71 0.89 1.39 1.80 1.01 0.36 1.29 0.58 0.28 0.21 0.26 0.19
C2 0.65 1.23 0.70 0.37 0.87 0.35 0.66 0.43 0.41 0.65 1.22 1.69 0.85 0.34 1.08 0.40 0.23 0.27 0.29 0.21
C2' 0.70 1.32 0.68 0.29 1.12 0.26 0.88 0.30 0.66 0.79 1.37 1.74 0.89 0.23 1.32 0.41 0.31 0.44 0.25 0.25
C3' 0.51 1.06 0.51 0.15 0.95 0.11 0.82 0.28 0.63 0.63 1.11 1.40 0.69 0.13 1.12 0.24 0.38 0.47 0.25 0.30
C4 0.58 1.16 0.65 0.36 0.72 0.28 0.27 0.38 0.17 0.63 1.21 1.46 0.71 0.30 0.80 0.32 0.21 0.31 0.30 0.23
C4' 0.60 1.01 0.58 0.24 0.92 0.24 0.84 0.21 0.68 0.69 1.03 1.31 0.78 0.21 1.04 0.39 0.29 0.22 0.21 0.16
C5 0.59 1.14 0.67 0.38 0.76 0.29 0.45 0.35 0.29 0.66 1.13 1.40 0.71 0.32 0.83 0.33 0.23 0.29 0.28 0.21
C5' 0.39 0.66 0.39 0.14 0.73 0.11 0.76 0.17 0.65 0.51 0.70 0.82 0.51 0.13 0.83 0.23 0.30 0.20 0.20 0.15
C6 0.69 1.21 0.76 0.43 0.90 0.36 0.72 0.37 0.53 0.74 1.17 1.53 0.83 0.35 0.98 0.42 0.26 0.25 0.27 0.20
N1 0.71 1.28 0.75 0.40 1.01 0.38 0.81 0.41 0.57 0.76 1.27 1.70 0.89 0.35 1.15 0.46 0.26 0.25 0.27 0.20
N3 0.59 1.18 0.66 0.35 0.69 0.31 0.41 0.41 0.22 0.60 1.19 1.58 0.77 0.32 0.84 0.33 0.22 0.30 0.30 0.23
N4 0.58 1.12 0.63 0.35 0.82 0.28 0.23 0.36 0.27 0.66 1.23 1.35 0.65 0.29 0.88 0.37 0.22 0.33 0.31 0.24
O2 0.66 1.22 0.69 0.38 0.91 0.37 0.72 0.45 0.46 0.66 1.21 1.72 0.89 0.35 1.19 0.43 0.22 0.26 0.29 0.21
O2' 0.83 1.46 0.76 0.34 1.23 0.34 0.93 0.30 0.71 0.91 1.51 1.91 1.01 0.26 1.43 0.54 0.29 0.40 0.24 0.22
O3' 0.46 1.04 0.45 0.09 0.97 0.10 0.81 0.37 0.64 0.61 1.12 1.37 0.61 0.16 1.16 0.19 0.44 0.60 0.27 0.38
O4' 0.80 1.19 0.78 0.46 0.99 0.49 0.89 0.41 0.73 0.83 1.14 1.52 0.99 0.41 1.07 0.61 0.31 0.11 0.28 0.22
O5' 0.27 0.52 0.32 0.14 0.60 0.11 0.67 0.26 0.60 0.39 0.58 0.68 0.37 0.03 0.69 0.16 0.35 0.26 0.22 0.19
OP1 0.15 0.34 0.23 0.04 0.38 0.19 0.36 0.38 0.31 0.23 0.39 0.42 0.27 0.02 0.46 0.13 0.23 0.25 0.31 0.19
OP2 0.20 0.40 0.15 0.16 0.32 0.35 0.17 0.57 0.13 0.19 0.43 0.52 0.09 0.02 0.41 0.34 0.32 0.25 0.35 0.20
P 0.06 0.31 0.15 0.02 0.32 0.15 0.33 0.31 0.29 0.16 0.35 0.44 0.18 0.01 0.41 0.09 0.23 0.14 0.27 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04 0.01 0.03 0.08 0.02 0.03 0.03 0.01 0.24 0.27 0.26 0.23
C2 0.04 0.00 0.13 0.15 0.01 0.06 0.02 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.02 0.06 0.36 0.41 0.49 0.42
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.04 0.14 0.03 0.09 0.24 0.01 0.02 0.09 0.02 0.14 0.21 0.35 0.19
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.17 0.01 0.22 0.03 0.22 0.09 0.16 0.22 0.02 0.01 0.21 0.02 0.12 0.19 0.31 0.16
C4 0.03 0.01 0.07 0.17 0.00 0.18 0.01 0.42 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.07 0.36 0.49 0.49 0.51
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.18 0.00 0.21 0.01 0.18 0.09 0.12 0.05 0.05 0.03 0.20 0.01 0.02 0.14 0.16 0.04
C5 0.03 0.02 0.12 0.22 0.01 0.21 0.00 0.44 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.24 0.02 0.12 0.29 0.40 0.27 0.40
C5' 0.07 0.23 0.04 0.03 0.42 0.01 0.44 0.00 0.37 0.23 0.33 0.14 0.04 0.06 0.46 0.02 0.01 0.25 0.16 0.02
C6 0.04 0.01 0.14 0.22 0.02 0.18 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.22 0.02 0.12 0.24 0.30 0.18 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.09 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.02 0.29 0.32 0.31 0.31
N3 0.03 0.01 0.09 0.16 0.01 0.12 0.02 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.16 0.01 0.04 0.39 0.48 0.56 0.51
O2 0.08 0.01 0.24 0.22 0.01 0.05 0.02 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.24 0.27 0.02 0.13 0.37 0.41 0.55 0.42
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.08 0.05 0.08 0.04 0.09 0.04 0.12 0.24 0.00 0.05 0.10 0.08 0.08 0.11 0.30 0.11
O3' 0.03 0.16 0.02 0.01 0.17 0.03 0.24 0.06 0.22 0.07 0.16 0.27 0.05 0.00 0.23 0.03 0.24 0.19 0.35 0.21
O4 0.03 0.02 0.09 0.21 0.00 0.20 0.02 0.46 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.23 0.00 0.07 0.38 0.55 0.54 0.56
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.12 0.02 0.12 0.02 0.04 0.13 0.08 0.03 0.07 0.00 0.27 0.29 0.22 0.24
O5' 0.24 0.36 0.14 0.12 0.36 0.02 0.29 0.01 0.24 0.29 0.39 0.37 0.08 0.24 0.38 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.27 0.41 0.21 0.19 0.49 0.14 0.40 0.25 0.30 0.32 0.48 0.41 0.11 0.19 0.55 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.49 0.35 0.31 0.49 0.16 0.27 0.16 0.18 0.31 0.56 0.55 0.30 0.35 0.54 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.42 0.19 0.16 0.51 0.04 0.40 0.02 0.28 0.31 0.51 0.42 0.11 0.21 0.56 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00