ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54639

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 3, 6, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.020, 0.029, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.029 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.030, 0.042, 0.054, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.042 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.033, 0.065, 0.096, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.065 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.018, 0.053, 0.088, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.053 std_dev=0.035
P B 0, 0.414, 0.620, 0.825, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.620 std_dev=0.205
OP2 B 0, 0.345, 0.564, 0.783, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.564 std_dev=0.219
O4' A 0, 0.021, 0.390, 0.759, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.390 std_dev=0.369
O3' A 0, 0.794, 1.210, 1.627, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.210 std_dev=0.416
C4' A 0, 0.405, 0.827, 1.249, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.827 std_dev=0.422
C3' A 0, 0.430, 0.855, 1.281, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.855 std_dev=0.425
C2' A 0, -0.027, 0.412, 0.850, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.412 std_dev=0.439
OP1 B 0, 0.993, 1.640, 2.287, 2.456 max_d=2.456 avg_d=1.640 std_dev=0.647
O5' A 0, 0.649, 1.312, 1.975, 2.786 max_d=2.786 avg_d=1.312 std_dev=0.663
C5' A 0, 0.549, 1.270, 1.991, 3.101 max_d=3.101 avg_d=1.270 std_dev=0.721
O2' A 0, -0.254, 0.489, 1.232, 2.526 max_d=2.526 avg_d=0.489 std_dev=0.743
P A 0, 1.389, 2.426, 3.464, 3.485 max_d=3.485 avg_d=2.426 std_dev=1.037
O5' B 0, 0.886, 1.987, 3.088, 3.139 max_d=3.139 avg_d=1.987 std_dev=1.101
OP2 A 0, 1.460, 2.654, 3.849, 3.894 max_d=3.894 avg_d=2.654 std_dev=1.195
OP1 A 0, 1.638, 2.953, 4.269, 4.254 max_d=4.254 avg_d=2.953 std_dev=1.315
O3' B 0, 1.724, 3.084, 4.444, 4.465 max_d=4.465 avg_d=3.084 std_dev=1.360
C3' B 0, 1.612, 3.230, 4.847, 4.762 max_d=4.762 avg_d=3.230 std_dev=1.618
C5' B 0, 1.440, 3.346, 5.253, 5.103 max_d=5.103 avg_d=3.346 std_dev=1.907
C2' B 0, 2.111, 4.352, 6.593, 6.271 max_d=6.271 avg_d=4.352 std_dev=2.241
O2' B 0, 2.471, 4.722, 6.974, 6.699 max_d=6.699 avg_d=4.722 std_dev=2.251
C4' B 0, 1.890, 4.280, 6.671, 6.414 max_d=6.414 avg_d=4.280 std_dev=2.390
O4' B 0, 2.308, 5.519, 8.729, 8.241 max_d=8.241 avg_d=5.519 std_dev=3.210
C1' B 0, 2.466, 5.736, 9.005, 8.465 max_d=8.465 avg_d=5.736 std_dev=3.269
C6 B 0, 2.439, 5.770, 9.101, 8.528 max_d=8.528 avg_d=5.770 std_dev=3.331
N1 B 0, 2.615, 6.404, 10.194, 9.472 max_d=9.472 avg_d=6.404 std_dev=3.789
C5 B 0, 2.907, 6.805, 10.703, 9.938 max_d=9.938 avg_d=6.805 std_dev=3.898
C2 B 0, 3.224, 8.008, 12.791, 11.741 max_d=11.741 avg_d=8.008 std_dev=4.784
O2 B 0, 3.606, 8.697, 13.788, 12.639 max_d=12.639 avg_d=8.697 std_dev=5.091
C4 B 0, 3.481, 8.576, 13.671, 12.558 max_d=12.558 avg_d=8.576 std_dev=5.095
N3 B 0, 3.545, 8.969, 14.393, 13.155 max_d=13.155 avg_d=8.969 std_dev=5.424
O4 B 0, 4.056, 9.840, 15.623, 14.355 max_d=14.355 avg_d=9.840 std_dev=5.784

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.00 0.11 0.22 0.18 0.11
C2 0.03 0.00 0.21 0.26 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.20 0.13 0.15 0.35 0.35 0.21
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.03 0.03 0.15 0.10 0.20 0.02 0.16 0.03 0.37 0.00 0.04 0.01 0.25 0.39 0.37 0.29
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.27 0.00 0.20 0.02 0.15 0.17 0.29 0.29 0.27 0.03 0.02 0.02 0.05 0.41 0.32 0.25
C4 0.02 0.01 0.03 0.27 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.20 0.26 0.03 0.19 0.35 0.39 0.26
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.15 0.06 0.06 0.11 0.07 0.22 0.03 0.00 0.01 0.21 0.14 0.08
C5 0.01 0.01 0.15 0.20 0.00 0.15 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.20 0.12 0.20 0.29 0.30 0.24
C5' 0.06 0.14 0.10 0.02 0.13 0.00 0.16 0.00 0.15 0.08 0.14 0.14 0.18 0.11 0.13 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.20 0.15 0.01 0.15 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.13 0.16 0.17 0.24 0.21 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.11 0.01 0.12 0.27 0.24 0.15
N3 0.03 0.01 0.16 0.29 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.27 0.09 0.17 0.37 0.40 0.24
N4 0.02 0.01 0.03 0.29 0.00 0.11 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.30 0.03 0.20 0.37 0.42 0.28
O2 0.06 0.00 0.37 0.27 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.29 0.22 0.21 0.16 0.37 0.36 0.21
O2' 0.02 0.06 0.00 0.03 0.20 0.22 0.35 0.11 0.35 0.11 0.04 0.22 0.29 0.00 0.04 0.15 0.15 0.39 0.39 0.25
O3' 0.07 0.20 0.04 0.02 0.26 0.03 0.20 0.13 0.13 0.11 0.27 0.30 0.22 0.04 0.00 0.05 0.14 0.61 0.46 0.40
O4' 0.00 0.13 0.01 0.02 0.03 0.00 0.12 0.02 0.16 0.01 0.09 0.03 0.21 0.15 0.05 0.00 0.04 0.11 0.11 0.07
O5' 0.11 0.15 0.25 0.05 0.19 0.01 0.20 0.01 0.17 0.12 0.17 0.20 0.16 0.15 0.14 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.22 0.35 0.39 0.41 0.35 0.21 0.29 0.06 0.24 0.27 0.37 0.37 0.37 0.39 0.61 0.11 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.35 0.37 0.32 0.39 0.14 0.30 0.03 0.21 0.24 0.40 0.42 0.36 0.39 0.46 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.21 0.29 0.25 0.26 0.08 0.24 0.01 0.17 0.15 0.24 0.28 0.21 0.25 0.40 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.50 2.91 1.21 0.58 3.62 0.39 3.09 0.11 2.49 2.37 3.51 2.71 0.89 0.23 3.98 1.03 0.39 0.29 0.17 0.32
C2 1.59 3.23 1.17 0.56 4.37 0.31 3.73 0.16 2.87 2.63 4.05 2.95 0.89 0.23 4.93 1.08 0.44 0.30 0.17 0.25
C2' 1.23 2.55 1.09 0.50 3.33 0.24 2.87 0.20 2.27 2.08 3.16 2.34 0.78 0.24 3.74 0.77 0.50 0.51 0.26 0.31
C3' 0.81 1.90 0.82 0.24 2.54 0.12 2.20 0.26 1.71 1.53 2.39 1.70 0.56 0.07 2.86 0.39 0.21 0.26 0.15 0.27
C4 1.12 2.49 0.72 0.32 3.67 0.16 3.31 0.41 2.46 2.07 3.22 2.17 0.52 0.14 4.16 0.72 0.33 0.25 0.17 0.21
C4' 1.07 2.07 1.02 0.42 2.48 0.27 2.14 0.12 1.75 1.69 2.43 1.94 0.75 0.12 2.70 0.68 0.24 0.19 0.23 0.37
C5 0.81 1.97 0.49 0.20 2.95 0.17 2.72 0.47 2.05 1.66 2.57 1.66 0.30 0.13 3.29 0.48 0.23 0.22 0.16 0.27
C5' 0.70 1.37 0.77 0.30 1.68 0.17 1.49 0.07 1.24 1.16 1.62 1.24 0.53 0.09 1.82 0.43 0.16 0.16 0.20 0.36
C6 0.99 2.17 0.70 0.32 3.02 0.14 2.75 0.31 2.15 1.84 2.73 1.88 0.44 0.14 3.33 0.64 0.27 0.24 0.17 0.32
N1 1.40 2.83 1.06 0.50 3.75 0.26 3.26 0.15 2.57 2.34 3.50 2.55 0.75 0.18 4.13 0.94 0.38 0.28 0.17 0.30
N3 1.47 3.06 1.03 0.49 4.33 0.24 3.75 0.27 2.82 2.50 3.90 2.75 0.78 0.21 4.94 0.99 0.42 0.29 0.17 0.21
N4 0.99 2.30 0.60 0.28 3.51 0.27 3.17 0.53 2.30 1.89 3.02 1.98 0.46 0.16 4.04 0.64 0.31 0.23 0.17 0.17
O2 1.82 3.61 1.37 0.67 4.74 0.43 3.95 0.09 3.06 2.88 4.49 3.37 1.08 0.29 5.40 1.26 0.49 0.33 0.17 0.24
O2' 1.31 2.70 1.12 0.48 3.48 0.27 2.95 0.16 2.32 2.16 3.34 2.53 0.83 0.14 3.94 0.85 0.53 0.61 0.41 0.38
O3' 0.60 1.62 0.67 0.17 2.28 0.32 1.95 0.39 1.46 1.27 2.11 1.42 0.46 0.27 2.62 0.25 0.13 0.22 0.19 0.29
O4' 1.49 2.68 1.25 0.63 3.09 0.51 2.66 0.24 2.23 2.22 3.09 2.54 0.93 0.29 3.31 1.06 0.36 0.35 0.30 0.46
O5' 0.36 0.99 0.45 0.12 1.41 0.12 1.30 0.19 1.04 0.86 1.27 0.79 0.24 0.01 1.56 0.14 0.13 0.22 0.16 0.28
OP1 0.17 0.13 0.20 0.03 0.53 0.18 0.60 0.10 0.44 0.17 0.32 0.22 0.16 0.01 0.63 0.27 0.29 0.84 0.20 0.20
OP2 0.25 0.20 0.03 0.10 0.72 0.50 0.78 0.24 0.55 0.22 0.45 0.18 0.05 0.01 0.85 0.44 0.40 1.12 0.33 0.42
P 0.08 0.29 0.17 0.01 0.73 0.24 0.76 0.09 0.58 0.31 0.52 0.10 0.10 0.00 0.83 0.21 0.27 0.70 0.16 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.19 0.02 0.01 0.20 0.39 0.06 0.25
C2 0.02 0.00 0.13 0.20 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.08 0.01 0.08 0.06 0.49 0.45 0.07
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.03 0.03 0.19 0.04 0.05 0.12 0.18 0.01 0.02 0.09 0.01 0.43 0.65 0.34 0.63
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.39 0.01 0.42 0.03 0.36 0.23 0.30 0.08 0.02 0.01 0.42 0.02 0.05 0.06 0.15 0.23
C4 0.01 0.01 0.08 0.39 0.00 0.15 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.29 0.26 0.00 0.03 0.18 0.52 0.96 0.28
C4' 0.00 0.03 0.03 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.20 0.08 0.08 0.07 0.27 0.02 0.16 0.00 0.02 0.26 0.24 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.42 0.00 0.21 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.35 0.01 0.10 0.22 0.50 0.95 0.32
C5' 0.10 0.05 0.19 0.03 0.12 0.01 0.16 0.00 0.12 0.04 0.06 0.11 0.09 0.19 0.14 0.02 0.01 0.41 0.41 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.36 0.01 0.20 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.27 0.01 0.13 0.11 0.49 0.63 0.15
N1 0.00 0.00 0.05 0.23 0.01 0.08 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.05 0.01 0.01 0.06 0.47 0.35 0.07
N3 0.01 0.00 0.12 0.30 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.26 0.10 0.01 0.05 0.09 0.52 0.72 0.14
O2 0.03 0.01 0.18 0.08 0.02 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.27 0.02 0.15 0.12 0.48 0.28 0.14
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.29 0.27 0.26 0.09 0.22 0.18 0.26 0.17 0.00 0.06 0.31 0.16 0.29 0.52 0.32 0.54
O3' 0.19 0.08 0.02 0.01 0.26 0.02 0.35 0.19 0.27 0.05 0.10 0.27 0.06 0.00 0.30 0.14 0.21 0.50 0.12 0.07
O4 0.02 0.01 0.09 0.42 0.00 0.16 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.30 0.00 0.04 0.23 0.52 1.12 0.37
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.00 0.10 0.02 0.13 0.01 0.05 0.15 0.16 0.14 0.04 0.00 0.05 0.09 0.05 0.07
O5' 0.20 0.06 0.43 0.05 0.18 0.02 0.22 0.01 0.11 0.06 0.09 0.12 0.29 0.21 0.23 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.39 0.49 0.65 0.06 0.52 0.26 0.50 0.41 0.49 0.47 0.52 0.48 0.52 0.50 0.52 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.45 0.34 0.15 0.96 0.24 0.95 0.41 0.63 0.35 0.72 0.28 0.32 0.12 1.12 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.07 0.63 0.23 0.28 0.05 0.32 0.01 0.15 0.07 0.14 0.14 0.54 0.07 0.37 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00