ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54641

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.007, 0.027, 0.048, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.021 std_dev=0.022
C4 A 0, -0.001, 0.021, 0.043, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.021 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.028 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.010, 0.057, 0.104, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.057 std_dev=0.047
N4 A 0, -0.009, 0.058, 0.125, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.058 std_dev=0.067
O4' A 0, -0.010, 0.210, 0.429, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.210 std_dev=0.219
C2' A 0, -0.024, 0.219, 0.462, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.219 std_dev=0.243
C4' A 0, 0.037, 0.349, 0.661, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.349 std_dev=0.312
O2' A 0, -0.034, 0.304, 0.642, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.304 std_dev=0.338
C3' A 0, 0.048, 0.393, 0.737, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.393 std_dev=0.345
OP2 B 0, 0.115, 0.474, 0.834, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.474 std_dev=0.359
OP1 B 0, 0.263, 0.626, 0.989, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.626 std_dev=0.363
O5' A 0, 0.131, 0.550, 0.970, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.550 std_dev=0.420
O3' A 0, 0.141, 0.566, 0.991, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.566 std_dev=0.425
P B 0, 0.127, 0.568, 1.009, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.568 std_dev=0.441
C5' A 0, 0.033, 0.596, 1.160, 2.381 max_d=2.381 avg_d=0.596 std_dev=0.563
P A 0, -0.022, 0.686, 1.393, 2.741 max_d=2.741 avg_d=0.686 std_dev=0.707
OP2 A 0, 0.053, 0.777, 1.501, 2.673 max_d=2.673 avg_d=0.777 std_dev=0.724
O5' B 0, -0.057, 0.770, 1.597, 3.164 max_d=3.164 avg_d=0.770 std_dev=0.827
OP1 A 0, 0.013, 0.962, 1.912, 3.671 max_d=3.671 avg_d=0.962 std_dev=0.950
C5' B 0, -0.399, 1.013, 2.425, 5.469 max_d=5.469 avg_d=1.013 std_dev=1.412
C6 B 0, -0.535, 0.966, 2.468, 5.987 max_d=5.987 avg_d=0.966 std_dev=1.501
C5 B 0, -0.704, 1.004, 2.712, 6.793 max_d=6.793 avg_d=1.004 std_dev=1.708
O4' B 0, -0.592, 1.133, 2.857, 6.700 max_d=6.700 avg_d=1.133 std_dev=1.725
N1 B 0, -0.741, 1.105, 2.950, 7.220 max_d=7.220 avg_d=1.105 std_dev=1.846
C4' B 0, -0.713, 1.141, 2.994, 7.217 max_d=7.217 avg_d=1.141 std_dev=1.854
C1' B 0, -0.838, 1.212, 3.261, 7.973 max_d=7.973 avg_d=1.212 std_dev=2.049
C3' B 0, -0.943, 1.133, 3.209, 8.110 max_d=8.110 avg_d=1.133 std_dev=2.076
C4 B 0, -0.936, 1.154, 3.244, 8.209 max_d=8.209 avg_d=1.154 std_dev=2.090
C2 B 0, -0.969, 1.234, 3.436, 8.518 max_d=8.518 avg_d=1.234 std_dev=2.203
N3 B 0, -0.998, 1.226, 3.451, 8.635 max_d=8.635 avg_d=1.226 std_dev=2.225
C2' B 0, -1.071, 1.220, 3.511, 8.909 max_d=8.909 avg_d=1.220 std_dev=2.291
O4 B 0, -1.116, 1.312, 3.740, 9.561 max_d=9.561 avg_d=1.312 std_dev=2.428
O2 B 0, -1.095, 1.468, 4.030, 9.924 max_d=9.924 avg_d=1.468 std_dev=2.562
O3' B 0, -1.402, 1.321, 4.044, 10.567 max_d=10.567 avg_d=1.321 std_dev=2.723
O2' B 0, -1.410, 1.505, 4.419, 11.355 max_d=11.355 avg_d=1.505 std_dev=2.914

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.08 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.10 0.01 0.15 0.58 0.19 0.14
C2 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.15 0.03 0.20 0.57 0.24 0.18
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.11 0.02 0.15 0.07 0.16 0.09 0.09 0.12 0.17 0.01 0.06 0.02 0.07 0.59 0.14 0.16
C3' 0.04 0.14 0.01 0.00 0.18 0.01 0.23 0.03 0.23 0.13 0.16 0.19 0.18 0.03 0.03 0.02 0.21 0.54 0.17 0.17
C4 0.03 0.01 0.11 0.18 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.21 0.04 0.23 0.50 0.28 0.23
C4' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.14 0.07 0.08 0.13 0.06 0.11 0.05 0.01 0.04 0.55 0.19 0.15
C5 0.03 0.01 0.15 0.23 0.01 0.15 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.27 0.05 0.23 0.47 0.28 0.25
C5' 0.08 0.13 0.07 0.03 0.21 0.01 0.24 0.00 0.22 0.14 0.17 0.23 0.12 0.07 0.10 0.02 0.02 0.34 0.30 0.03
C6 0.03 0.02 0.16 0.23 0.01 0.14 0.00 0.22 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.11 0.26 0.05 0.21 0.48 0.26 0.21
N1 0.02 0.01 0.09 0.13 0.02 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.15 0.02 0.19 0.53 0.24 0.18
N3 0.03 0.01 0.09 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.13 0.17 0.04 0.21 0.54 0.26 0.21
N4 0.03 0.01 0.12 0.19 0.01 0.13 0.02 0.23 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.16 0.22 0.05 0.24 0.50 0.29 0.25
O2 0.05 0.00 0.17 0.18 0.02 0.06 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.20 0.07 0.19 0.62 0.23 0.17
O2' 0.03 0.11 0.01 0.03 0.14 0.11 0.13 0.07 0.11 0.07 0.13 0.16 0.13 0.00 0.12 0.07 0.15 0.67 0.24 0.29
O3' 0.10 0.15 0.06 0.03 0.21 0.05 0.27 0.10 0.26 0.15 0.17 0.22 0.20 0.12 0.00 0.08 0.40 0.57 0.21 0.30
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.07 0.07 0.08 0.00 0.24 0.55 0.25 0.14
O5' 0.15 0.20 0.07 0.21 0.23 0.04 0.23 0.02 0.21 0.19 0.21 0.24 0.19 0.15 0.40 0.24 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.58 0.57 0.59 0.54 0.50 0.55 0.47 0.34 0.48 0.53 0.54 0.50 0.62 0.67 0.57 0.55 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.19 0.24 0.14 0.17 0.28 0.19 0.28 0.30 0.26 0.24 0.26 0.29 0.23 0.24 0.21 0.25 0.03 0.04 0.00 0.01
P 0.14 0.18 0.16 0.17 0.23 0.15 0.25 0.03 0.21 0.18 0.21 0.25 0.17 0.29 0.30 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.48 0.38 0.53 1.22 0.61 1.13 0.53 0.68 0.34 0.89 0.25 0.57 0.67 1.53 0.31 0.13 0.21 0.18 0.13
C2 0.40 0.99 0.34 0.16 1.56 0.14 1.43 0.26 1.06 0.84 1.33 0.82 0.26 0.18 1.80 0.19 0.21 0.27 0.23 0.18
C2' 0.22 0.64 0.36 0.58 1.51 0.67 1.40 0.58 0.88 0.50 1.12 0.38 0.55 0.83 1.89 0.32 0.12 0.26 0.26 0.19
C3' 0.40 0.36 0.61 0.85 1.31 0.89 1.25 0.71 0.71 0.27 0.86 0.14 0.82 1.16 1.69 0.51 0.18 0.30 0.32 0.20
C4 0.83 1.29 0.83 0.71 1.62 0.35 1.51 0.10 1.28 1.16 1.51 1.19 0.80 0.81 1.75 0.56 0.37 0.29 0.25 0.20
C4' 0.69 0.10 0.94 1.11 0.85 1.03 0.83 0.76 0.34 0.14 0.43 0.37 1.19 1.40 1.19 0.69 0.23 0.20 0.22 0.12
C5 0.59 1.03 0.49 0.41 1.41 0.19 1.36 0.10 1.11 0.93 1.25 0.89 0.42 0.47 1.55 0.42 0.32 0.29 0.24 0.19
C5' 0.95 0.39 1.22 1.38 0.55 1.22 0.58 0.84 0.16 0.41 0.19 0.71 1.46 1.71 0.85 0.89 0.30 0.28 0.34 0.20
C6 0.23 0.73 0.12 0.10 1.28 0.23 1.23 0.30 0.89 0.63 1.04 0.55 0.14 0.11 1.48 0.17 0.18 0.27 0.22 0.16
N1 0.17 0.74 0.09 0.16 1.36 0.32 1.28 0.37 0.89 0.61 1.09 0.54 0.16 0.21 1.62 0.14 0.16 0.25 0.21 0.16
N3 0.71 1.25 0.71 0.53 1.67 0.19 1.53 0.11 1.23 1.08 1.52 1.12 0.67 0.61 1.86 0.42 0.31 0.28 0.25 0.19
N4 1.17 1.55 1.26 1.13 1.70 0.68 1.57 0.29 1.43 1.41 1.69 1.51 1.28 1.31 1.77 0.84 0.48 0.29 0.27 0.22
O2 0.33 0.97 0.28 0.09 1.59 0.22 1.43 0.32 1.03 0.80 1.34 0.79 0.19 0.10 1.87 0.13 0.18 0.26 0.23 0.17
O2' 0.37 0.61 0.53 0.73 1.47 0.77 1.33 0.62 0.79 0.45 1.09 0.42 0.76 1.01 1.88 0.43 0.11 0.23 0.23 0.16
O3' 0.54 0.32 0.74 1.00 1.34 1.03 1.27 0.79 0.69 0.25 0.84 0.24 0.98 1.40 1.77 0.65 0.26 0.38 0.43 0.28
O4' 0.53 0.12 0.76 0.88 0.83 0.84 0.79 0.67 0.37 0.10 0.49 0.21 0.98 1.03 1.13 0.56 0.28 0.23 0.17 0.16
O5' 1.30 0.72 1.68 1.78 0.29 1.45 0.28 1.01 0.34 0.77 0.34 1.02 1.99 2.13 0.57 1.13 0.54 0.20 0.29 0.21
OP1 1.93 1.51 2.32 2.12 0.79 1.66 0.73 1.10 1.10 1.52 1.16 1.77 2.82 2.42 0.55 1.55 0.79 0.34 0.47 0.38
OP2 1.89 1.39 2.18 2.18 0.46 1.81 0.39 1.20 0.82 1.36 0.93 1.77 2.62 2.75 0.24 1.61 0.73 0.22 0.28 0.27
P 1.83 1.32 2.18 2.16 0.46 1.74 0.39 1.15 0.83 1.32 0.90 1.64 2.58 2.63 0.21 1.53 0.73 0.17 0.31 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.17 0.02 0.01 0.10 0.10 0.21 0.07
C2 0.02 0.00 0.12 0.13 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.11 0.12 0.31 0.22 0.10
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.12 0.15 0.03 0.09 0.22 0.01 0.04 0.04 0.01 0.25 0.45 0.39 0.36
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.22 0.01 0.23 0.02 0.20 0.13 0.17 0.09 0.03 0.01 0.23 0.02 0.06 0.39 0.13 0.17
C4 0.02 0.01 0.04 0.22 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.22 0.12 0.01 0.05 0.19 0.71 0.24 0.30
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.18 0.06 0.04 0.11 0.17 0.04 0.10 0.01 0.01 0.24 0.24 0.04
C5 0.03 0.02 0.12 0.23 0.01 0.17 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.17 0.01 0.13 0.24 0.74 0.23 0.34
C5' 0.04 0.09 0.12 0.02 0.12 0.01 0.20 0.00 0.18 0.06 0.08 0.15 0.07 0.13 0.13 0.02 0.01 0.22 0.26 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.20 0.01 0.18 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.14 0.01 0.16 0.21 0.49 0.20 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.09 0.02 0.02 0.12 0.26 0.20 0.09
N3 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.01 0.07 0.14 0.52 0.22 0.19
O2 0.04 0.01 0.22 0.09 0.02 0.11 0.02 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.22 0.16 0.02 0.20 0.13 0.18 0.23 0.05
O2' 0.02 0.07 0.01 0.03 0.22 0.17 0.32 0.07 0.32 0.13 0.09 0.22 0.00 0.08 0.23 0.11 0.20 0.54 0.40 0.36
O3' 0.17 0.10 0.04 0.01 0.12 0.04 0.17 0.13 0.14 0.09 0.08 0.16 0.08 0.00 0.14 0.10 0.13 0.37 0.11 0.09
O4 0.02 0.02 0.04 0.23 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.23 0.14 0.00 0.05 0.21 0.84 0.27 0.35
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.05 0.01 0.13 0.02 0.16 0.02 0.07 0.20 0.11 0.10 0.05 0.00 0.07 0.12 0.39 0.14
O5' 0.10 0.12 0.25 0.06 0.19 0.01 0.24 0.01 0.21 0.12 0.14 0.13 0.20 0.13 0.21 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.10 0.31 0.45 0.39 0.71 0.24 0.74 0.22 0.49 0.26 0.52 0.18 0.54 0.37 0.84 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.22 0.39 0.13 0.24 0.24 0.23 0.26 0.20 0.20 0.22 0.23 0.40 0.11 0.27 0.39 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.36 0.17 0.30 0.04 0.34 0.02 0.23 0.09 0.19 0.05 0.36 0.09 0.35 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00