ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54642

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 3, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.009, 0.014, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.021, 0.032, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.032 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.024, 0.036, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.036 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.024, 0.036, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.036 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.023, 0.036, 0.049, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.036 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.026, 0.039, 0.053, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.039 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.059, 0.091, 0.122, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.091 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.059, 0.093, 0.127, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.093 std_dev=0.034
OP1 B 0, 0.390, 0.652, 0.914, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.652 std_dev=0.262
P B 0, 0.243, 0.506, 0.770, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.506 std_dev=0.264
C4' A 0, 0.607, 0.880, 1.152, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.880 std_dev=0.272
OP2 B 0, 0.298, 0.588, 0.877, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.588 std_dev=0.289
C3' A 0, 0.630, 0.952, 1.274, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.952 std_dev=0.322
O4' A 0, 0.455, 0.818, 1.181, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.818 std_dev=0.363
O5' B 0, 0.803, 1.207, 1.612, 1.619 max_d=1.619 avg_d=1.207 std_dev=0.404
C2' A 0, 0.765, 1.189, 1.613, 1.474 max_d=1.474 avg_d=1.189 std_dev=0.424
C5' A 0, 1.036, 1.516, 1.997, 1.883 max_d=1.883 avg_d=1.516 std_dev=0.480
O3' A 0, 0.222, 0.812, 1.401, 2.653 max_d=2.653 avg_d=0.812 std_dev=0.590
C4' B 0, 0.891, 1.565, 2.239, 2.601 max_d=2.601 avg_d=1.565 std_dev=0.674
O3' B 0, 1.313, 1.988, 2.663, 2.825 max_d=2.825 avg_d=1.988 std_dev=0.675
C2' B 0, 0.730, 1.441, 2.152, 2.657 max_d=2.657 avg_d=1.441 std_dev=0.711
O4' B 0, 1.109, 1.868, 2.627, 3.299 max_d=3.299 avg_d=1.868 std_dev=0.759
O2' A 0, 1.447, 2.207, 2.967, 2.677 max_d=2.677 avg_d=2.207 std_dev=0.760
C1' B 0, 1.023, 1.794, 2.565, 3.202 max_d=3.202 avg_d=1.794 std_dev=0.771
C3' B 0, 0.529, 1.314, 2.100, 2.823 max_d=2.823 avg_d=1.314 std_dev=0.786
O2' B 0, 1.246, 2.123, 2.999, 3.276 max_d=3.276 avg_d=2.123 std_dev=0.876
O5' A 0, 1.260, 2.166, 3.073, 3.725 max_d=3.725 avg_d=2.166 std_dev=0.907
C5' B 0, 0.450, 1.378, 2.306, 3.031 max_d=3.031 avg_d=1.378 std_dev=0.928
N1 B 0, 1.068, 2.134, 3.200, 4.899 max_d=4.899 avg_d=2.134 std_dev=1.066
C6 B 0, 2.004, 3.149, 4.293, 5.269 max_d=5.269 avg_d=3.149 std_dev=1.145
P A 0, -0.018, 1.370, 2.758, 4.370 max_d=4.370 avg_d=1.370 std_dev=1.388
C2 B 0, 1.579, 3.023, 4.467, 6.496 max_d=6.496 avg_d=3.023 std_dev=1.444
O2 B 0, 2.636, 4.122, 5.608, 6.207 max_d=6.207 avg_d=4.122 std_dev=1.486
C5 B 0, 2.371, 3.913, 5.456, 7.221 max_d=7.221 avg_d=3.913 std_dev=1.542
OP1 A 0, -0.016, 1.777, 3.571, 5.712 max_d=5.712 avg_d=1.777 std_dev=1.793
N3 B 0, 1.579, 3.530, 5.481, 8.559 max_d=8.559 avg_d=3.530 std_dev=1.951
OP2 A 0, -0.006, 1.974, 3.954, 6.277 max_d=6.277 avg_d=1.974 std_dev=1.980
C4 B 0, 1.628, 3.692, 5.755, 9.088 max_d=9.088 avg_d=3.692 std_dev=2.064
O4 B 0, 1.820, 4.418, 7.017, 11.048 max_d=11.048 avg_d=4.418 std_dev=2.598

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.00 0.18 0.33 0.39 0.25
C2 0.01 0.00 0.11 0.20 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.14 0.07 0.04 0.19 0.25 0.69 0.29
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.13 0.11 0.02 0.09 0.05 0.20 0.00 0.01 0.01 0.45 0.87 0.78 0.65
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.25 0.01 0.20 0.02 0.14 0.14 0.25 0.27 0.18 0.02 0.01 0.02 0.30 0.83 0.39 0.42
C4 0.01 0.01 0.04 0.25 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.14 0.02 0.21 0.26 0.95 0.31
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.04 0.04 0.07 0.08 0.06 0.22 0.02 0.00 0.01 0.29 0.32 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.12 0.02 0.21 0.26 0.90 0.28
C5' 0.06 0.05 0.13 0.02 0.08 0.00 0.09 0.00 0.09 0.06 0.06 0.08 0.03 0.09 0.16 0.01 0.01 0.33 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.14 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.06 0.03 0.21 0.20 0.71 0.26
N1 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.06 0.01 0.19 0.23 0.60 0.26
N3 0.01 0.00 0.09 0.25 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.11 0.03 0.21 0.24 0.85 0.31
N4 0.02 0.02 0.05 0.27 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.24 0.18 0.02 0.22 0.31 1.06 0.33
O2 0.02 0.00 0.20 0.18 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.09 0.05 0.17 0.29 0.60 0.28
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.22 0.22 0.22 0.09 0.18 0.13 0.19 0.24 0.09 0.00 0.02 0.15 0.43 0.98 0.96 0.72
O3' 0.19 0.07 0.01 0.01 0.14 0.02 0.12 0.16 0.06 0.06 0.11 0.18 0.09 0.02 0.00 0.13 0.28 0.74 0.39 0.33
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.15 0.13 0.00 0.10 0.17 0.17 0.13
O5' 0.18 0.19 0.45 0.30 0.21 0.01 0.21 0.01 0.21 0.19 0.21 0.22 0.17 0.43 0.28 0.10 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.33 0.25 0.87 0.83 0.26 0.29 0.26 0.33 0.20 0.23 0.24 0.31 0.29 0.98 0.74 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.69 0.78 0.39 0.95 0.32 0.90 0.34 0.71 0.60 0.85 1.06 0.60 0.96 0.39 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.29 0.65 0.42 0.31 0.05 0.28 0.01 0.26 0.26 0.31 0.33 0.28 0.72 0.33 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.96 1.63 0.85 0.52 2.21 0.24 2.17 0.35 1.84 1.43 2.02 1.61 0.74 0.21 2.42 0.62 0.67 0.29 0.26 0.35
C2 0.93 1.48 0.86 0.57 2.37 0.26 2.38 0.34 1.95 1.43 1.95 1.28 0.79 0.28 2.67 0.63 0.69 0.28 0.30 0.40
C2' 0.71 1.37 0.67 0.53 1.95 0.28 1.90 0.55 1.59 1.17 1.76 1.36 0.45 0.38 2.19 0.42 0.72 0.39 0.37 0.45
C3' 0.74 1.30 0.70 0.49 1.71 0.21 1.76 0.33 1.51 1.11 1.57 1.39 0.48 0.21 1.89 0.46 0.64 0.29 0.11 0.29
C4 0.81 1.14 0.81 0.59 2.07 0.26 2.22 0.32 1.84 1.26 1.57 0.84 0.77 0.32 2.30 0.58 0.64 0.29 0.35 0.42
C4' 0.76 1.28 0.72 0.41 1.59 0.20 1.72 0.34 1.52 1.10 1.47 1.47 0.60 0.15 1.71 0.47 0.59 0.29 0.23 0.27
C5 0.80 1.08 0.80 0.59 1.91 0.25 2.10 0.31 1.79 1.23 1.45 0.78 0.75 0.31 2.06 0.58 0.67 0.28 0.26 0.39
C5' 0.58 0.88 0.60 0.37 1.19 0.17 1.45 0.36 1.33 0.84 1.01 1.10 0.46 0.18 1.26 0.33 0.53 0.31 0.30 0.27
C6 0.88 1.28 0.83 0.58 2.01 0.24 2.13 0.32 1.84 1.34 1.63 1.06 0.75 0.27 2.14 0.61 0.68 0.28 0.25 0.36
N1 0.94 1.49 0.85 0.56 2.25 0.25 2.26 0.34 1.90 1.42 1.91 1.32 0.77 0.25 2.46 0.63 0.69 0.28 0.26 0.37
N3 0.88 1.32 0.84 0.59 2.28 0.26 2.35 0.33 1.93 1.36 1.79 1.05 0.79 0.31 2.58 0.61 0.66 0.29 0.35 0.42
N4 0.74 1.01 0.79 0.58 1.94 0.26 2.11 0.30 1.75 1.16 1.43 0.71 0.75 0.34 2.18 0.54 0.57 0.31 0.42 0.42
O2 0.96 1.58 0.87 0.56 2.47 0.25 2.42 0.34 1.98 1.47 2.08 1.44 0.80 0.26 2.83 0.64 0.69 0.28 0.30 0.40
O2' 0.84 1.61 0.79 0.57 2.13 0.29 2.00 0.58 1.66 1.32 2.02 1.65 0.58 0.40 2.41 0.49 0.76 0.49 0.54 0.54
O3' 0.76 1.28 0.73 0.50 1.67 0.25 1.76 0.30 1.51 1.10 1.53 1.45 0.57 0.23 1.86 0.49 0.65 0.33 0.13 0.31
O4' 0.99 1.57 0.90 0.50 1.93 0.32 2.02 0.35 1.77 1.38 1.81 1.66 0.84 0.24 2.05 0.65 0.63 0.28 0.24 0.30
O5' 0.41 0.68 0.45 0.29 0.89 0.16 1.11 0.40 1.04 0.61 0.78 0.93 0.34 0.01 0.96 0.24 0.59 0.41 0.21 0.32
OP1 0.60 1.29 0.55 0.39 0.96 0.37 0.62 0.57 0.57 0.75 1.31 1.72 0.62 0.01 1.05 0.53 0.33 0.33 0.60 0.48
OP2 0.28 0.55 0.16 0.24 0.47 0.70 0.36 0.99 0.28 0.24 0.60 0.79 0.27 0.01 0.56 0.56 1.13 1.34 0.93 1.08
P 0.21 0.64 0.21 0.01 0.40 0.21 0.37 0.34 0.38 0.21 0.64 1.01 0.26 0.00 0.47 0.18 0.44 0.51 0.15 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.23 0.01 0.00 0.15 0.46 0.22 0.23
C2 0.02 0.00 0.30 0.42 0.01 0.26 0.01 0.41 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.43 0.01 0.23 0.32 0.94 0.29 0.58
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.04 0.02 0.18 0.14 0.26 0.03 0.23 0.50 0.00 0.04 0.06 0.03 0.38 0.42 0.56 0.45
C3' 0.03 0.42 0.00 0.00 0.21 0.00 0.28 0.02 0.32 0.12 0.35 0.70 0.02 0.00 0.23 0.02 0.28 0.37 0.39 0.27
C4 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.14 0.00 0.02 0.44 0.83 0.76 0.73
C4' 0.01 0.26 0.02 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.24 0.05 0.19 0.49 0.18 0.02 0.10 0.00 0.02 0.29 0.28 0.03
C5 0.01 0.01 0.18 0.28 0.00 0.21 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.25 0.01 0.17 0.63 0.76 1.00 0.85
C5' 0.05 0.41 0.14 0.02 0.12 0.01 0.30 0.00 0.34 0.06 0.33 0.77 0.08 0.13 0.15 0.01 0.02 0.33 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.26 0.32 0.01 0.24 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.01 0.40 0.32 0.01 0.23 0.60 0.67 0.85 0.76
N1 0.01 0.00 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.14 0.01 0.01 0.26 0.61 0.34 0.42
N3 0.01 0.00 0.23 0.35 0.01 0.19 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.37 0.01 0.16 0.34 0.98 0.48 0.68
O2 0.04 0.00 0.50 0.70 0.01 0.49 0.01 0.77 0.01 0.01 0.01 0.00 0.45 0.73 0.02 0.41 0.60 1.20 0.61 0.81
O2' 0.01 0.24 0.00 0.02 0.26 0.18 0.39 0.08 0.40 0.14 0.22 0.45 0.00 0.07 0.27 0.12 0.25 0.22 0.63 0.37
O3' 0.23 0.43 0.04 0.00 0.14 0.02 0.25 0.13 0.32 0.14 0.37 0.73 0.07 0.00 0.16 0.15 0.24 0.35 0.38 0.19
O4 0.01 0.01 0.06 0.23 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.16 0.00 0.03 0.47 0.88 0.88 0.81
O4' 0.00 0.23 0.03 0.02 0.02 0.00 0.17 0.01 0.23 0.01 0.16 0.41 0.12 0.15 0.03 0.00 0.06 0.49 0.09 0.18
O5' 0.15 0.32 0.38 0.28 0.44 0.02 0.63 0.02 0.60 0.26 0.34 0.60 0.25 0.24 0.47 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.46 0.94 0.42 0.37 0.83 0.29 0.76 0.33 0.67 0.61 0.98 1.20 0.22 0.35 0.88 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.29 0.56 0.39 0.76 0.28 1.00 0.25 0.85 0.34 0.48 0.61 0.63 0.38 0.88 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.58 0.45 0.27 0.73 0.03 0.85 0.02 0.76 0.42 0.68 0.81 0.37 0.19 0.81 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00