ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54643

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 2, 4, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.017, 0.026, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.026 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.014, 0.024, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.024 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.022, 0.034, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.019, 0.034, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.023, 0.053, 0.083, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.053 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.056, 0.091, 0.125, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.091 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.056, 0.157, 0.258, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.157 std_dev=0.101
O4' A 0, 0.073, 0.186, 0.298, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.186 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.119, 0.259, 0.399, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.259 std_dev=0.140
C4' A 0, 0.101, 0.248, 0.394, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.248 std_dev=0.147
C3' A 0, 0.102, 0.263, 0.424, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.263 std_dev=0.161
P B 0, 0.197, 0.393, 0.590, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.393 std_dev=0.196
O3' A 0, 0.163, 0.413, 0.663, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.413 std_dev=0.250
C5' A 0, 0.217, 0.479, 0.741, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.479 std_dev=0.262
OP2 B 0, 0.244, 0.514, 0.783, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.514 std_dev=0.269
OP1 B 0, 0.536, 0.861, 1.186, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.861 std_dev=0.325
O5' B 0, 0.513, 0.846, 1.180, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.846 std_dev=0.334
C4' B 0, 0.275, 0.626, 0.978, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.626 std_dev=0.351
C3' B 0, 0.549, 0.918, 1.287, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.918 std_dev=0.369
P A 0, 0.470, 0.861, 1.253, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.861 std_dev=0.392
OP2 A 0, 0.492, 0.930, 1.367, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.930 std_dev=0.438
C6 B 0, 0.738, 1.208, 1.677, 1.633 max_d=1.633 avg_d=1.208 std_dev=0.470
C5' B 0, 0.699, 1.175, 1.652, 1.782 max_d=1.782 avg_d=1.175 std_dev=0.476
O5' A 0, 0.421, 0.900, 1.380, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.900 std_dev=0.479
O4' B 0, 0.540, 1.025, 1.511, 1.768 max_d=1.768 avg_d=1.025 std_dev=0.486
C1' B 0, 0.490, 0.976, 1.463, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.976 std_dev=0.486
C2' B 0, 0.223, 0.719, 1.214, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.719 std_dev=0.496
N1 B 0, 0.670, 1.204, 1.739, 1.940 max_d=1.940 avg_d=1.204 std_dev=0.535
OP1 A 0, 0.855, 1.409, 1.962, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.409 std_dev=0.553
C5 B 0, 0.934, 1.506, 2.078, 2.091 max_d=2.091 avg_d=1.506 std_dev=0.572
O3' B 0, 1.327, 1.972, 2.617, 2.506 max_d=2.506 avg_d=1.972 std_dev=0.645
C2 B 0, 0.778, 1.550, 2.321, 2.872 max_d=2.872 avg_d=1.550 std_dev=0.771
C4 B 0, 1.028, 1.802, 2.575, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.802 std_dev=0.774
O2' B 0, 0.437, 1.258, 2.080, 3.149 max_d=3.149 avg_d=1.258 std_dev=0.822
N3 B 0, 0.954, 1.829, 2.704, 3.384 max_d=3.384 avg_d=1.829 std_dev=0.875
O2 B 0, 0.815, 1.704, 2.593, 3.267 max_d=3.267 avg_d=1.704 std_dev=0.889
O4 B 0, 1.234, 2.136, 3.039, 3.629 max_d=3.629 avg_d=2.136 std_dev=0.903

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.21 0.21 0.29 0.09
C2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.09 0.02 0.32 0.22 0.36 0.17
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.07 0.05 0.12 0.00 0.02 0.01 0.09 0.18 0.32 0.10
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.10 0.05 0.08 0.09 0.11 0.03 0.01 0.01 0.08 0.19 0.30 0.11
C4 0.02 0.02 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.03 0.39 0.26 0.46 0.26
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.05 0.07 0.06 0.07 0.02 0.02 0.02 0.21 0.23 0.04
C5 0.01 0.02 0.05 0.11 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.03 0.41 0.26 0.46 0.27
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.14 0.00 0.17 0.00 0.15 0.08 0.10 0.16 0.05 0.07 0.04 0.01 0.01 0.26 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.03 0.38 0.23 0.41 0.22
N1 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.31 0.21 0.35 0.16
N3 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.09 0.02 0.36 0.24 0.41 0.22
N4 0.02 0.03 0.05 0.09 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.11 0.03 0.41 0.29 0.49 0.29
O2 0.03 0.01 0.12 0.11 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.15 0.02 0.28 0.21 0.32 0.14
O2' 0.01 0.07 0.00 0.03 0.04 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.07 0.05 0.12 0.00 0.04 0.04 0.08 0.19 0.30 0.10
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.09 0.02 0.12 0.04 0.11 0.05 0.09 0.11 0.15 0.04 0.00 0.02 0.21 0.22 0.29 0.18
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.22 0.27 0.19 0.10
O5' 0.21 0.32 0.09 0.08 0.39 0.02 0.41 0.01 0.38 0.31 0.36 0.41 0.28 0.08 0.21 0.22 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.21 0.22 0.18 0.19 0.26 0.21 0.26 0.26 0.23 0.21 0.24 0.29 0.21 0.19 0.22 0.27 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.29 0.36 0.32 0.30 0.46 0.23 0.46 0.16 0.41 0.35 0.41 0.49 0.32 0.30 0.29 0.19 0.04 0.03 0.00 0.00
P 0.09 0.17 0.10 0.11 0.26 0.04 0.27 0.01 0.22 0.16 0.22 0.29 0.14 0.10 0.18 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 0.67 0.58 0.26 0.69 0.20 0.62 0.36 0.55 0.57 0.71 0.71 0.95 0.17 0.73 0.26 0.31 0.23 0.26 0.09
C2 0.43 0.65 0.60 0.24 0.73 0.20 0.67 0.38 0.58 0.56 0.73 0.67 0.94 0.18 0.79 0.25 0.32 0.28 0.22 0.11
C2' 0.41 0.56 0.53 0.27 0.60 0.23 0.55 0.43 0.49 0.48 0.60 0.58 0.85 0.18 0.64 0.21 0.27 0.21 0.24 0.09
C3' 0.35 0.43 0.45 0.27 0.47 0.24 0.45 0.44 0.42 0.40 0.47 0.45 0.71 0.19 0.50 0.19 0.22 0.20 0.28 0.11
C4 0.37 0.58 0.56 0.20 0.68 0.17 0.64 0.34 0.55 0.51 0.66 0.58 0.82 0.19 0.73 0.26 0.32 0.32 0.19 0.13
C4' 0.40 0.49 0.43 0.23 0.50 0.19 0.47 0.35 0.43 0.44 0.52 0.53 0.73 0.17 0.53 0.20 0.23 0.19 0.30 0.09
C5 0.40 0.58 0.57 0.19 0.64 0.15 0.61 0.32 0.55 0.52 0.63 0.58 0.82 0.18 0.67 0.27 0.33 0.27 0.25 0.10
C5' 0.35 0.38 0.36 0.22 0.40 0.19 0.40 0.34 0.39 0.36 0.39 0.39 0.58 0.18 0.41 0.21 0.22 0.23 0.37 0.17
C6 0.45 0.62 0.60 0.22 0.65 0.17 0.60 0.33 0.55 0.55 0.66 0.63 0.91 0.16 0.67 0.26 0.32 0.23 0.26 0.08
N1 0.46 0.65 0.60 0.24 0.69 0.19 0.63 0.36 0.56 0.56 0.70 0.67 0.95 0.16 0.74 0.25 0.32 0.25 0.25 0.09
N3 0.39 0.62 0.58 0.22 0.72 0.19 0.66 0.37 0.56 0.53 0.70 0.62 0.89 0.19 0.78 0.25 0.32 0.31 0.19 0.14
N4 0.31 0.54 0.51 0.19 0.66 0.17 0.62 0.31 0.51 0.46 0.62 0.52 0.74 0.20 0.72 0.27 0.30 0.37 0.16 0.18
O2 0.45 0.67 0.60 0.26 0.76 0.22 0.69 0.40 0.59 0.57 0.76 0.69 0.96 0.18 0.83 0.25 0.32 0.27 0.21 0.12
O2' 0.43 0.60 0.52 0.26 0.64 0.22 0.57 0.41 0.51 0.51 0.65 0.64 0.85 0.18 0.69 0.20 0.27 0.22 0.24 0.09
O3' 0.32 0.37 0.40 0.27 0.42 0.27 0.41 0.48 0.38 0.35 0.40 0.38 0.61 0.22 0.45 0.20 0.21 0.22 0.28 0.16
O4' 0.50 0.65 0.54 0.26 0.64 0.20 0.57 0.32 0.53 0.56 0.68 0.71 0.92 0.18 0.67 0.28 0.30 0.21 0.28 0.09
O5' 0.20 0.25 0.21 0.17 0.21 0.22 0.17 0.41 0.16 0.20 0.24 0.29 0.42 0.02 0.22 0.16 0.24 0.35 0.52 0.31
OP1 0.25 0.26 0.16 0.08 0.24 0.18 0.22 0.32 0.22 0.24 0.26 0.30 0.26 0.03 0.24 0.24 0.22 0.30 0.45 0.27
OP2 0.21 0.21 0.13 0.14 0.20 0.36 0.19 0.51 0.20 0.20 0.19 0.24 0.15 0.03 0.19 0.33 0.34 0.38 0.55 0.38
P 0.14 0.13 0.07 0.05 0.10 0.16 0.08 0.32 0.09 0.11 0.12 0.18 0.17 0.01 0.09 0.14 0.16 0.23 0.45 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.28 0.19 0.23 0.18
C2 0.02 0.00 0.12 0.09 0.03 0.03 0.02 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.13 0.02 0.06 0.39 0.28 0.30 0.29
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.15 0.15 0.17 0.04 0.06 0.26 0.01 0.03 0.06 0.02 0.44 0.38 0.30 0.33
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.15 0.03 0.02 0.04 0.01 0.23 0.22 0.34 0.18
C4 0.02 0.03 0.07 0.04 0.00 0.07 0.00 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.12 0.01 0.04 0.47 0.39 0.41 0.40
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.05 0.06 0.10 0.03 0.08 0.01 0.01 0.11 0.32 0.04
C5 0.02 0.02 0.15 0.06 0.00 0.10 0.00 0.30 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.12 0.01 0.08 0.48 0.40 0.41 0.41
C5' 0.09 0.16 0.15 0.01 0.27 0.01 0.30 0.00 0.28 0.19 0.22 0.11 0.09 0.10 0.28 0.02 0.01 0.23 0.31 0.02
C6 0.02 0.02 0.17 0.07 0.01 0.10 0.00 0.28 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.13 0.01 0.09 0.46 0.35 0.32 0.36
N1 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.13 0.00 0.03 0.39 0.28 0.27 0.28
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.05 0.02 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06 0.43 0.33 0.36 0.34
O2 0.05 0.01 0.26 0.15 0.02 0.06 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.26 0.18 0.01 0.09 0.34 0.24 0.29 0.25
O2' 0.01 0.09 0.01 0.03 0.18 0.10 0.24 0.09 0.23 0.09 0.09 0.26 0.00 0.06 0.18 0.05 0.35 0.38 0.37 0.32
O3' 0.16 0.13 0.03 0.02 0.12 0.03 0.12 0.10 0.13 0.13 0.12 0.18 0.06 0.00 0.11 0.15 0.14 0.16 0.38 0.16
O4 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.08 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.11 0.00 0.05 0.47 0.41 0.44 0.42
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.06 0.09 0.05 0.15 0.05 0.00 0.27 0.28 0.37 0.27
O5' 0.28 0.39 0.44 0.23 0.47 0.01 0.48 0.01 0.46 0.39 0.43 0.34 0.35 0.14 0.47 0.27 0.00 0.02 0.05 0.01
OP1 0.19 0.28 0.38 0.22 0.39 0.11 0.40 0.23 0.35 0.28 0.33 0.24 0.38 0.16 0.41 0.28 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.23 0.30 0.30 0.34 0.41 0.32 0.41 0.31 0.32 0.27 0.36 0.29 0.37 0.38 0.44 0.37 0.05 0.04 0.00 0.01
P 0.18 0.29 0.33 0.18 0.40 0.04 0.41 0.02 0.36 0.28 0.34 0.25 0.32 0.16 0.42 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00