ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54644

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.018, 0.040, 0.061, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.040 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.009, 0.035, 0.062, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.035 std_dev=0.027
O2' A 0, 0.054, 0.206, 0.358, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.206 std_dev=0.152
C2' A 0, 0.005, 0.181, 0.356, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.181 std_dev=0.175
O4' A 0, 0.016, 0.195, 0.373, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.195 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.263, 0.501, 0.738, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.501 std_dev=0.237
C3' A 0, 0.073, 0.355, 0.638, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.355 std_dev=0.282
P B 0, 0.242, 0.534, 0.826, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.534 std_dev=0.292
C4' A 0, 0.050, 0.351, 0.652, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.351 std_dev=0.301
O3' A 0, 0.200, 0.531, 0.861, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.531 std_dev=0.331
P A 0, 0.334, 0.691, 1.049, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.691 std_dev=0.357
OP2 B 0, 0.522, 0.906, 1.290, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.906 std_dev=0.384
OP1 B 0, 0.389, 0.799, 1.210, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.799 std_dev=0.411
O5' B 0, 0.344, 0.772, 1.200, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.772 std_dev=0.428
O3' B 0, 0.519, 0.958, 1.396, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.958 std_dev=0.438
C4' B 0, 0.432, 0.892, 1.351, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.892 std_dev=0.459
C3' B 0, 0.652, 1.121, 1.590, 1.515 max_d=1.515 avg_d=1.121 std_dev=0.469
OP1 A 0, 0.403, 0.906, 1.409, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.906 std_dev=0.503
O4' B 0, 0.437, 1.016, 1.595, 2.006 max_d=2.006 avg_d=1.016 std_dev=0.579
C5' B 0, 0.511, 1.090, 1.669, 2.051 max_d=2.051 avg_d=1.090 std_dev=0.579
C5' A 0, 0.043, 0.642, 1.240, 2.131 max_d=2.131 avg_d=0.642 std_dev=0.598
OP2 A 0, 0.730, 1.369, 2.008, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.369 std_dev=0.639
C1' B 0, 0.561, 1.315, 2.068, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.315 std_dev=0.754
C2' B 0, 0.867, 1.693, 2.519, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.693 std_dev=0.826
N1 B 0, 0.542, 1.453, 2.364, 3.421 max_d=3.421 avg_d=1.453 std_dev=0.911
C6 B 0, 0.663, 1.705, 2.748, 3.102 max_d=3.102 avg_d=1.705 std_dev=1.042
C2 B 0, 0.458, 1.620, 2.783, 4.247 max_d=4.247 avg_d=1.620 std_dev=1.163
C5 B 0, 0.657, 1.897, 3.137, 3.521 max_d=3.521 avg_d=1.897 std_dev=1.240
C4 B 0, 0.580, 1.873, 3.166, 4.289 max_d=4.289 avg_d=1.873 std_dev=1.293
N3 B 0, 0.480, 1.796, 3.112, 4.618 max_d=4.618 avg_d=1.796 std_dev=1.316
O2' B 0, 0.947, 2.297, 3.647, 4.270 max_d=4.270 avg_d=2.297 std_dev=1.350
O2 B 0, 0.483, 1.843, 3.202, 4.646 max_d=4.646 avg_d=1.843 std_dev=1.359
O4 B 0, 0.596, 2.070, 3.543, 4.643 max_d=4.643 avg_d=2.070 std_dev=1.474

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.14 0.19 0.22 0.14
C2 0.02 0.00 0.06 0.12 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.03 0.24 0.26 0.49 0.26
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.03 0.08 0.02 0.05 0.04 0.12 0.00 0.02 0.01 0.22 0.32 0.23 0.21
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.09 0.05 0.11 0.08 0.17 0.02 0.01 0.02 0.29 0.46 0.18 0.25
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.09 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03 0.32 0.30 0.75 0.38
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.09 0.10 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.17 0.24 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.09 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.04 0.34 0.30 0.76 0.40
C5' 0.04 0.19 0.03 0.03 0.25 0.00 0.23 0.00 0.19 0.15 0.23 0.27 0.17 0.04 0.03 0.01 0.01 0.31 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.04 0.31 0.27 0.58 0.33
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.24 0.25 0.43 0.25
N3 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.28 0.29 0.63 0.33
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.10 0.03 0.33 0.32 0.84 0.41
O2 0.03 0.00 0.12 0.17 0.01 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.17 0.05 0.20 0.24 0.39 0.21
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.07 0.09 0.00 0.03 0.04 0.09 0.22 0.18 0.09
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.10 0.03 0.10 0.03 0.10 0.05 0.12 0.10 0.17 0.03 0.00 0.02 0.24 0.54 0.18 0.22
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.08 0.18 0.12 0.08
O5' 0.14 0.24 0.22 0.29 0.32 0.01 0.34 0.01 0.31 0.24 0.28 0.33 0.20 0.09 0.24 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.26 0.32 0.46 0.30 0.17 0.30 0.31 0.27 0.25 0.29 0.32 0.24 0.22 0.54 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.49 0.23 0.18 0.75 0.24 0.76 0.31 0.58 0.43 0.63 0.84 0.39 0.18 0.18 0.12 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.26 0.21 0.25 0.38 0.03 0.40 0.02 0.33 0.25 0.33 0.41 0.21 0.09 0.22 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.56 1.10 0.71 0.42 0.87 0.35 0.62 0.60 0.60 0.59 1.20 1.55 1.15 0.21 1.01 0.42 0.26 0.21 0.40 0.10
C2 0.60 1.02 0.84 0.40 0.83 0.36 0.79 0.62 0.79 0.64 1.10 1.43 1.23 0.26 0.94 0.48 0.29 0.20 0.37 0.09
C2' 0.45 0.98 0.60 0.40 0.77 0.34 0.57 0.58 0.56 0.47 1.09 1.43 0.96 0.18 0.92 0.34 0.31 0.22 0.37 0.11
C3' 0.36 0.83 0.46 0.38 0.62 0.31 0.46 0.53 0.48 0.36 0.92 1.27 0.76 0.14 0.75 0.28 0.25 0.19 0.41 0.10
C4 0.61 0.91 0.87 0.40 0.75 0.37 0.84 0.59 0.85 0.64 0.95 1.26 1.12 0.31 0.81 0.54 0.31 0.23 0.36 0.11
C4' 0.44 0.97 0.46 0.40 0.73 0.31 0.48 0.56 0.44 0.49 1.04 1.40 0.79 0.10 0.85 0.34 0.21 0.20 0.46 0.15
C5 0.57 0.91 0.82 0.40 0.68 0.38 0.68 0.62 0.72 0.57 0.94 1.29 1.04 0.32 0.74 0.52 0.29 0.23 0.40 0.09
C5' 0.38 0.81 0.34 0.40 0.58 0.32 0.38 0.57 0.35 0.40 0.84 1.20 0.57 0.16 0.67 0.32 0.24 0.32 0.56 0.28
C6 0.55 1.00 0.77 0.40 0.73 0.37 0.60 0.62 0.63 0.56 1.05 1.43 1.08 0.29 0.83 0.47 0.27 0.23 0.41 0.10
N1 0.57 1.04 0.78 0.41 0.80 0.36 0.67 0.62 0.67 0.59 1.12 1.47 1.17 0.26 0.92 0.45 0.28 0.21 0.39 0.09
N3 0.62 0.97 0.89 0.40 0.81 0.36 0.87 0.60 0.87 0.66 1.03 1.34 1.20 0.29 0.89 0.52 0.30 0.22 0.36 0.11
N4 0.62 0.84 0.88 0.39 0.76 0.37 0.94 0.53 0.94 0.67 0.87 1.13 1.05 0.33 0.80 0.58 0.32 0.27 0.34 0.16
O2 0.61 1.05 0.83 0.40 0.87 0.36 0.82 0.62 0.80 0.65 1.14 1.47 1.26 0.24 1.00 0.47 0.29 0.20 0.37 0.09
O2' 0.45 1.08 0.55 0.38 0.88 0.31 0.58 0.57 0.53 0.53 1.21 1.53 0.95 0.13 1.06 0.32 0.28 0.22 0.37 0.10
O3' 0.29 0.80 0.34 0.33 0.60 0.29 0.42 0.50 0.42 0.31 0.89 1.21 0.61 0.11 0.74 0.24 0.26 0.22 0.41 0.13
O4' 0.56 1.10 0.64 0.42 0.84 0.35 0.57 0.59 0.53 0.59 1.17 1.55 1.10 0.18 0.96 0.43 0.24 0.23 0.43 0.14
O5' 0.26 0.89 0.24 0.28 0.62 0.20 0.33 0.42 0.25 0.38 0.91 1.31 0.40 0.01 0.71 0.18 0.23 0.40 0.45 0.23
OP1 0.50 1.00 0.76 0.26 0.95 0.08 0.77 0.31 0.64 0.71 1.06 1.17 0.80 0.02 1.02 0.23 0.30 0.49 0.43 0.31
OP2 0.44 0.40 0.43 0.26 0.35 0.60 0.53 0.82 0.60 0.37 0.40 0.67 0.86 0.03 0.35 0.58 0.84 1.03 0.88 0.89
P 0.18 0.61 0.32 0.03 0.46 0.21 0.35 0.40 0.32 0.27 0.63 0.92 0.50 0.01 0.52 0.16 0.37 0.55 0.47 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.26 0.02 0.00 0.20 0.18 0.47 0.17
C2 0.03 0.00 0.19 0.43 0.00 0.27 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.31 0.01 0.14 0.28 0.23 0.51 0.24
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.07 0.02 0.21 0.21 0.25 0.04 0.11 0.39 0.01 0.03 0.08 0.02 0.55 0.57 0.42 0.44
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.32 0.00 0.38 0.03 0.38 0.20 0.40 0.70 0.02 0.01 0.35 0.02 0.39 0.45 0.25 0.28
C4 0.02 0.00 0.07 0.32 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.26 0.01 0.02 0.42 0.31 0.50 0.35
C4' 0.01 0.27 0.02 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.27 0.07 0.22 0.48 0.28 0.03 0.13 0.01 0.03 0.15 0.43 0.08
C5 0.01 0.01 0.21 0.38 0.00 0.23 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.40 0.01 0.13 0.63 0.63 0.78 0.63
C5' 0.09 0.39 0.21 0.03 0.20 0.01 0.37 0.00 0.41 0.14 0.34 0.67 0.14 0.18 0.22 0.01 0.01 0.13 0.40 0.02
C6 0.01 0.01 0.25 0.38 0.01 0.27 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.39 0.01 0.17 0.62 0.60 0.76 0.60
N1 0.01 0.01 0.04 0.20 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.14 0.01 0.01 0.29 0.16 0.47 0.21
N3 0.02 0.00 0.11 0.40 0.00 0.22 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.27 0.01 0.09 0.30 0.20 0.47 0.23
O2 0.05 0.00 0.39 0.70 0.01 0.48 0.01 0.67 0.01 0.02 0.01 0.00 0.39 0.61 0.00 0.24 0.44 0.54 0.72 0.48
O2' 0.01 0.27 0.01 0.02 0.34 0.28 0.35 0.14 0.30 0.19 0.31 0.39 0.00 0.10 0.37 0.20 0.40 0.50 0.41 0.35
O3' 0.26 0.31 0.03 0.01 0.26 0.03 0.40 0.18 0.39 0.14 0.27 0.61 0.10 0.00 0.30 0.20 0.39 0.48 0.36 0.37
O4 0.02 0.01 0.08 0.35 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.37 0.30 0.00 0.02 0.43 0.35 0.51 0.37
O4' 0.00 0.14 0.02 0.02 0.02 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.09 0.24 0.20 0.20 0.02 0.00 0.15 0.16 0.68 0.32
O5' 0.20 0.28 0.55 0.39 0.42 0.03 0.63 0.01 0.62 0.29 0.30 0.44 0.40 0.39 0.43 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.23 0.57 0.45 0.31 0.15 0.63 0.13 0.60 0.16 0.20 0.54 0.50 0.48 0.35 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.47 0.51 0.42 0.25 0.50 0.43 0.78 0.40 0.76 0.47 0.47 0.72 0.41 0.36 0.51 0.68 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.24 0.44 0.28 0.35 0.08 0.63 0.02 0.60 0.21 0.23 0.48 0.35 0.37 0.37 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00