ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54645

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.010, 0.025, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.002, 0.033, 0.064, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.033 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.089, 0.246, 0.402, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.246 std_dev=0.156
O2' A 0, -0.026, 0.143, 0.312, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.143 std_dev=0.169
O4' A 0, 0.082, 0.269, 0.456, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.269 std_dev=0.187
P B 0, 0.208, 0.496, 0.784, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.496 std_dev=0.288
C3' A 0, 0.166, 0.470, 0.774, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.470 std_dev=0.304
C4' A 0, 0.152, 0.461, 0.771, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.461 std_dev=0.310
OP1 B 0, 0.154, 0.591, 1.028, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.591 std_dev=0.437
O3' A 0, 0.291, 0.750, 1.209, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.750 std_dev=0.459
C5' A 0, 0.196, 0.704, 1.211, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.704 std_dev=0.507
OP2 B 0, 0.400, 1.101, 1.802, 1.742 max_d=1.742 avg_d=1.101 std_dev=0.701
O5' A 0, 0.019, 0.797, 1.574, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.797 std_dev=0.778
O5' B 0, 0.307, 1.162, 2.017, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.162 std_dev=0.855
OP2 A 0, 0.339, 1.285, 2.230, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.285 std_dev=0.945
P A 0, 0.197, 1.347, 2.497, 3.978 max_d=3.978 avg_d=1.347 std_dev=1.150
C5' B 0, 0.131, 1.323, 2.516, 4.130 max_d=4.130 avg_d=1.323 std_dev=1.192
C3' B 0, 0.114, 1.449, 2.783, 4.615 max_d=4.615 avg_d=1.449 std_dev=1.335
O3' B 0, 0.148, 1.588, 3.027, 4.966 max_d=4.966 avg_d=1.588 std_dev=1.439
C4' B 0, 0.025, 1.699, 3.373, 5.766 max_d=5.766 avg_d=1.699 std_dev=1.674
OP1 A 0, 0.150, 1.845, 3.540, 5.857 max_d=5.857 avg_d=1.845 std_dev=1.695
C2' B 0, -0.017, 1.860, 3.737, 6.451 max_d=6.451 avg_d=1.860 std_dev=1.877
O2' B 0, 0.074, 2.189, 4.305, 7.290 max_d=7.290 avg_d=2.189 std_dev=2.116
O4' B 0, -0.162, 2.041, 4.245, 7.525 max_d=7.525 avg_d=2.041 std_dev=2.203
C1' B 0, -0.306, 2.220, 4.747, 8.578 max_d=8.578 avg_d=2.220 std_dev=2.526
C6 B 0, -0.304, 2.586, 5.475, 9.837 max_d=9.837 avg_d=2.586 std_dev=2.889
N1 B 0, -0.601, 2.397, 5.396, 10.064 max_d=10.064 avg_d=2.397 std_dev=2.999
C5 B 0, -0.694, 2.850, 6.394, 11.906 max_d=11.906 avg_d=2.850 std_dev=3.544
C2 B 0, -1.048, 2.667, 6.383, 12.287 max_d=12.287 avg_d=2.667 std_dev=3.715
O2 B 0, -0.975, 2.878, 6.730, 12.814 max_d=12.814 avg_d=2.878 std_dev=3.852
N3 B 0, -1.381, 2.934, 7.248, 14.159 max_d=14.159 avg_d=2.934 std_dev=4.315
C4 B 0, -1.364, 2.966, 7.297, 14.225 max_d=14.225 avg_d=2.966 std_dev=4.330
O4 B 0, -1.749, 3.269, 8.287, 16.365 max_d=16.365 avg_d=3.269 std_dev=5.018

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.51 0.12
C2 0.02 0.00 0.07 0.13 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.14 0.02 0.14 0.42 0.67 0.29
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.51 0.21
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.15 0.00 0.13 0.01 0.10 0.08 0.15 0.16 0.13 0.02 0.01 0.01 0.08 0.20 0.44 0.23
C4 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.11 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.19 0.05 0.21 0.53 0.66 0.35
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.12 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.11 0.40 0.08
C5 0.03 0.01 0.04 0.13 0.01 0.12 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.18 0.07 0.26 0.39 0.58 0.27
C5' 0.03 0.12 0.01 0.01 0.21 0.00 0.23 0.00 0.18 0.11 0.17 0.24 0.09 0.08 0.04 0.01 0.01 0.29 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.07 0.28 0.23 0.54 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.18 0.26 0.59 0.21
N3 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.18 0.02 0.17 0.54 0.70 0.35
N4 0.02 0.02 0.05 0.16 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.22 0.05 0.21 0.63 0.66 0.39
O2 0.04 0.01 0.11 0.13 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.14 0.04 0.08 0.43 0.68 0.30
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.06 0.07 0.03 0.08 0.02 0.04 0.08 0.07 0.11 0.00 0.04 0.06 0.06 0.16 0.48 0.18
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.19 0.01 0.18 0.04 0.13 0.08 0.18 0.22 0.14 0.04 0.00 0.01 0.24 0.27 0.40 0.30
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.02 0.05 0.04 0.06 0.01 0.00 0.21 0.15 0.40 0.07
O5' 0.15 0.14 0.02 0.08 0.21 0.01 0.26 0.01 0.28 0.18 0.17 0.21 0.08 0.06 0.24 0.21 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.09 0.42 0.22 0.20 0.53 0.11 0.39 0.29 0.23 0.26 0.54 0.63 0.43 0.16 0.27 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.51 0.67 0.51 0.44 0.66 0.40 0.58 0.31 0.54 0.59 0.70 0.66 0.68 0.48 0.40 0.40 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.12 0.29 0.21 0.23 0.35 0.08 0.27 0.02 0.19 0.21 0.35 0.39 0.30 0.18 0.30 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.18 2.23 1.01 0.40 2.69 0.20 2.32 0.24 1.88 1.81 2.63 2.18 0.86 0.21 2.93 0.72 0.33 0.30 0.44 0.23
C2 1.11 2.28 0.91 0.36 3.12 0.16 2.75 0.38 2.10 1.86 2.85 2.10 0.77 0.18 3.52 0.64 0.30 0.20 0.31 0.22
C2' 0.92 1.92 0.83 0.25 2.46 0.06 2.13 0.31 1.68 1.54 2.34 1.86 0.67 0.08 2.75 0.50 0.30 0.37 0.48 0.26
C3' 0.63 1.41 0.62 0.12 1.88 0.12 1.69 0.34 1.35 1.15 1.74 1.35 0.47 0.10 2.10 0.29 0.28 0.41 0.46 0.21
C4 0.75 1.67 0.61 0.26 2.54 0.29 2.41 0.55 1.80 1.42 2.17 1.42 0.50 0.19 2.88 0.37 0.20 0.12 0.21 0.20
C4' 0.77 1.47 0.73 0.19 1.71 0.08 1.49 0.26 1.24 1.18 1.70 1.49 0.62 0.08 1.86 0.43 0.24 0.33 0.48 0.19
C5 0.62 1.40 0.52 0.23 2.11 0.25 2.08 0.54 1.61 1.23 1.80 1.20 0.40 0.17 2.33 0.28 0.16 0.18 0.33 0.22
C5' 0.43 0.86 0.46 0.10 1.05 0.14 0.98 0.32 0.83 0.71 1.01 0.88 0.40 0.04 1.15 0.22 0.19 0.33 0.50 0.19
C6 0.82 1.65 0.69 0.28 2.24 0.08 2.14 0.39 1.73 1.43 2.01 1.48 0.54 0.17 2.43 0.43 0.25 0.26 0.42 0.23
N1 1.07 2.11 0.90 0.36 2.76 0.12 2.49 0.32 1.97 1.75 2.56 1.96 0.74 0.18 3.02 0.62 0.31 0.25 0.38 0.22
N3 0.97 2.07 0.79 0.32 3.01 0.22 2.72 0.47 2.04 1.72 2.66 1.83 0.66 0.19 3.44 0.53 0.25 0.14 0.22 0.21
N4 0.60 1.43 0.49 0.25 2.35 0.40 2.24 0.64 1.64 1.23 1.94 1.17 0.41 0.23 2.71 0.32 0.20 0.09 0.08 0.19
O2 1.24 2.53 1.01 0.40 3.36 0.20 2.86 0.34 2.19 2.01 3.15 2.38 0.88 0.18 3.85 0.74 0.33 0.21 0.31 0.22
O2' 1.04 2.10 0.89 0.27 2.55 0.12 2.13 0.26 1.68 1.63 2.52 2.11 0.75 0.08 2.87 0.61 0.30 0.31 0.47 0.23
O3' 0.45 1.17 0.48 0.10 1.65 0.20 1.49 0.36 1.16 0.94 1.50 1.13 0.32 0.21 1.88 0.20 0.30 0.45 0.44 0.19
O4' 1.17 2.01 1.04 0.43 2.22 0.29 1.93 0.17 1.64 1.66 2.25 2.02 0.90 0.29 2.36 0.75 0.34 0.32 0.46 0.22
O5' 0.34 0.69 0.44 0.18 1.06 0.08 1.11 0.06 0.95 0.68 0.89 0.58 0.24 0.03 1.16 0.22 0.51 0.80 0.64 0.48
OP1 0.22 0.13 0.20 0.03 0.37 0.27 0.51 0.22 0.43 0.17 0.16 0.33 0.29 0.02 0.43 0.29 0.27 0.83 0.61 0.44
OP2 0.23 0.17 0.08 0.18 0.47 0.44 0.59 0.41 0.46 0.15 0.27 0.33 0.07 0.02 0.55 0.36 0.36 0.86 0.68 0.52
P 0.09 0.15 0.14 0.02 0.50 0.21 0.62 0.17 0.52 0.21 0.30 0.23 0.14 0.01 0.57 0.16 0.36 0.82 0.61 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.02 0.17 0.05 0.00 0.09 0.22 0.15 0.11
C2 0.04 0.00 0.14 0.15 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.12 0.02 0.10 0.08 0.36 0.36 0.06
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.09 0.01 0.15 0.08 0.18 0.04 0.11 0.26 0.00 0.01 0.10 0.02 0.04 0.22 0.32 0.19
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.29 0.00 0.35 0.01 0.33 0.16 0.21 0.17 0.02 0.01 0.32 0.02 0.21 0.40 0.36 0.18
C4 0.04 0.02 0.09 0.29 0.00 0.14 0.01 0.20 0.02 0.03 0.01 0.02 0.21 0.18 0.01 0.05 0.18 0.39 0.73 0.19
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.14 0.00 0.21 0.01 0.20 0.07 0.06 0.10 0.21 0.02 0.16 0.00 0.01 0.23 0.23 0.04
C5 0.02 0.02 0.15 0.35 0.01 0.21 0.00 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.31 0.02 0.09 0.27 0.38 0.82 0.30
C5' 0.02 0.04 0.08 0.01 0.20 0.01 0.27 0.00 0.24 0.08 0.10 0.09 0.13 0.11 0.22 0.01 0.01 0.28 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.33 0.02 0.20 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.03 0.26 0.29 0.03 0.12 0.23 0.31 0.59 0.23
N1 0.01 0.02 0.04 0.16 0.03 0.07 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03 0.03 0.13 0.07 0.04 0.02 0.06 0.28 0.31 0.06
N3 0.04 0.01 0.11 0.21 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.03 0.00 0.01 0.13 0.05 0.01 0.07 0.08 0.39 0.53 0.05
O2 0.07 0.01 0.26 0.17 0.02 0.10 0.02 0.09 0.03 0.03 0.01 0.00 0.19 0.30 0.02 0.18 0.15 0.38 0.35 0.16
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.21 0.21 0.29 0.13 0.26 0.13 0.13 0.19 0.00 0.03 0.22 0.14 0.09 0.21 0.32 0.10
O3' 0.17 0.12 0.01 0.01 0.18 0.02 0.31 0.11 0.29 0.07 0.05 0.30 0.03 0.00 0.21 0.10 0.37 0.71 0.46 0.36
O4 0.05 0.02 0.10 0.32 0.01 0.16 0.02 0.22 0.03 0.04 0.01 0.02 0.22 0.21 0.00 0.05 0.21 0.42 0.84 0.24
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.05 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.07 0.18 0.14 0.10 0.05 0.00 0.16 0.20 0.12 0.14
O5' 0.09 0.08 0.04 0.21 0.18 0.01 0.27 0.01 0.23 0.06 0.08 0.15 0.09 0.37 0.21 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.36 0.22 0.40 0.39 0.23 0.38 0.28 0.31 0.28 0.39 0.38 0.21 0.71 0.42 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.36 0.32 0.36 0.73 0.23 0.82 0.33 0.59 0.31 0.53 0.35 0.32 0.46 0.84 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.06 0.19 0.18 0.19 0.04 0.30 0.02 0.23 0.06 0.05 0.16 0.10 0.36 0.24 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00