ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54646

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.015, 0.030, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.027, 0.061, 0.096, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.061 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.013, 0.069, 0.124, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.069 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.037, 0.117, 0.197, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.117 std_dev=0.080
O4' A 0, 0.039, 0.121, 0.204, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.121 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.058, 0.172, 0.285, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.172 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.059, 0.189, 0.318, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.189 std_dev=0.129
C3' A 0, 0.073, 0.206, 0.339, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.206 std_dev=0.133
C5' A 0, 0.117, 0.299, 0.481, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.299 std_dev=0.182
O3' A 0, 0.096, 0.296, 0.496, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.296 std_dev=0.200
P B 0, 0.266, 0.537, 0.808, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.537 std_dev=0.271
O5' A 0, 0.321, 0.604, 0.887, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.604 std_dev=0.283
O5' B 0, 0.282, 0.578, 0.874, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.578 std_dev=0.296
OP2 B 0, 0.389, 0.726, 1.063, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.726 std_dev=0.337
OP1 B 0, 0.463, 0.860, 1.256, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.860 std_dev=0.396
P A 0, 0.415, 0.856, 1.296, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.856 std_dev=0.440
C6 B 0, 0.516, 1.002, 1.489, 1.697 max_d=1.697 avg_d=1.002 std_dev=0.486
OP2 A 0, 0.317, 0.810, 1.302, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.810 std_dev=0.492
C5 B 0, 0.591, 1.087, 1.584, 1.782 max_d=1.782 avg_d=1.087 std_dev=0.496
C1' B 0, 0.595, 1.148, 1.701, 1.849 max_d=1.849 avg_d=1.148 std_dev=0.553
C3' B 0, 0.719, 1.280, 1.842, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.280 std_dev=0.562
N1 B 0, 0.652, 1.219, 1.786, 1.947 max_d=1.947 avg_d=1.219 std_dev=0.567
C5' B 0, 0.641, 1.229, 1.816, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.229 std_dev=0.588
C4' B 0, 0.623, 1.214, 1.805, 1.870 max_d=1.870 avg_d=1.214 std_dev=0.591
C2' B 0, 0.613, 1.228, 1.843, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.228 std_dev=0.615
O3' B 0, 0.581, 1.235, 1.889, 2.346 max_d=2.346 avg_d=1.235 std_dev=0.654
O4' B 0, 0.633, 1.289, 1.944, 2.223 max_d=2.223 avg_d=1.289 std_dev=0.656
C4 B 0, 0.774, 1.453, 2.131, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.453 std_dev=0.679
OP1 A 0, 0.717, 1.409, 2.102, 2.120 max_d=2.120 avg_d=1.409 std_dev=0.692
O4 B 0, 0.823, 1.572, 2.321, 2.501 max_d=2.501 avg_d=1.572 std_dev=0.749
C2 B 0, 0.922, 1.699, 2.475, 2.533 max_d=2.533 avg_d=1.699 std_dev=0.776
N3 B 0, 0.942, 1.769, 2.597, 2.756 max_d=2.756 avg_d=1.769 std_dev=0.827
O2' B 0, 0.573, 1.404, 2.235, 2.613 max_d=2.613 avg_d=1.404 std_dev=0.831
O2 B 0, 1.130, 2.117, 3.103, 3.330 max_d=3.330 avg_d=2.117 std_dev=0.987

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.18 0.20 0.23 0.17
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.04 0.03 0.23 0.30 0.31 0.26
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.09 0.00 0.02 0.01 0.04 0.15 0.14 0.10
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02 0.11 0.06 0.06 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.10 0.18 0.12 0.06
C4 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.11 0.05 0.31 0.42 0.37 0.33
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.12 0.13 0.05
C5 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.06 0.35 0.43 0.38 0.32
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.10 0.00 0.13 0.00 0.11 0.05 0.07 0.11 0.04 0.05 0.06 0.02 0.01 0.13 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.06 0.34 0.36 0.34 0.27
N1 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.26 0.28 0.29 0.23
N3 0.03 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.06 0.04 0.26 0.37 0.35 0.31
N4 0.03 0.03 0.04 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.12 0.05 0.31 0.46 0.38 0.35
O2 0.07 0.01 0.09 0.07 0.03 0.07 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.12 0.09 0.07 0.20 0.25 0.29 0.24
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.07 0.05 0.12 0.00 0.05 0.05 0.05 0.16 0.11 0.06
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.02 0.15 0.06 0.13 0.05 0.06 0.12 0.09 0.05 0.00 0.01 0.25 0.33 0.20 0.17
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.01 0.00 0.23 0.23 0.25 0.19
O5' 0.18 0.23 0.04 0.10 0.31 0.02 0.35 0.01 0.34 0.26 0.26 0.31 0.20 0.05 0.25 0.23 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.20 0.30 0.15 0.18 0.42 0.12 0.43 0.13 0.36 0.28 0.37 0.46 0.25 0.16 0.33 0.23 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.31 0.14 0.12 0.37 0.13 0.38 0.12 0.34 0.29 0.35 0.38 0.29 0.11 0.20 0.25 0.04 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.26 0.10 0.06 0.33 0.05 0.32 0.02 0.27 0.23 0.31 0.35 0.24 0.06 0.17 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.35 0.50 0.24 0.35 0.27 0.31 0.60 0.27 0.27 0.37 0.41 1.04 0.46 0.39 0.19 0.36 0.29 0.21 0.14
C2 0.26 0.38 0.54 0.25 0.44 0.27 0.37 0.62 0.30 0.29 0.45 0.42 1.02 0.62 0.49 0.30 0.34 0.29 0.12 0.12
C2' 0.33 0.36 0.47 0.28 0.37 0.34 0.34 0.67 0.30 0.29 0.38 0.40 0.94 0.45 0.41 0.25 0.31 0.27 0.18 0.14
C3' 0.35 0.36 0.41 0.32 0.38 0.38 0.35 0.70 0.32 0.32 0.39 0.39 0.80 0.35 0.40 0.30 0.31 0.28 0.27 0.19
C4 0.26 0.41 0.54 0.31 0.49 0.26 0.43 0.56 0.35 0.33 0.49 0.42 0.90 0.69 0.55 0.40 0.31 0.34 0.11 0.11
C4' 0.40 0.41 0.41 0.30 0.39 0.31 0.36 0.56 0.33 0.35 0.42 0.45 0.86 0.27 0.42 0.28 0.27 0.25 0.32 0.13
C5 0.25 0.36 0.54 0.29 0.42 0.27 0.37 0.60 0.30 0.29 0.42 0.37 0.89 0.63 0.46 0.36 0.37 0.33 0.19 0.15
C5' 0.44 0.43 0.39 0.34 0.43 0.31 0.40 0.49 0.38 0.40 0.44 0.45 0.70 0.21 0.44 0.36 0.20 0.22 0.44 0.14
C6 0.26 0.34 0.54 0.23 0.37 0.29 0.33 0.63 0.28 0.27 0.38 0.36 0.98 0.56 0.41 0.27 0.38 0.31 0.23 0.15
N1 0.27 0.35 0.52 0.23 0.38 0.28 0.33 0.63 0.28 0.27 0.39 0.39 1.02 0.55 0.43 0.25 0.36 0.30 0.18 0.14
N3 0.26 0.42 0.55 0.29 0.49 0.26 0.42 0.59 0.34 0.32 0.49 0.44 0.97 0.69 0.56 0.36 0.31 0.32 0.10 0.10
N4 0.29 0.45 0.52 0.34 0.57 0.26 0.51 0.49 0.41 0.38 0.54 0.45 0.82 0.69 0.64 0.48 0.26 0.38 0.14 0.10
O2 0.28 0.38 0.54 0.25 0.43 0.27 0.37 0.62 0.30 0.29 0.45 0.43 1.04 0.60 0.49 0.28 0.34 0.27 0.10 0.11
O2' 0.35 0.38 0.45 0.28 0.37 0.34 0.33 0.66 0.29 0.30 0.40 0.44 0.95 0.38 0.41 0.25 0.32 0.26 0.18 0.14
O3' 0.37 0.38 0.39 0.37 0.38 0.43 0.36 0.75 0.34 0.34 0.39 0.40 0.71 0.29 0.41 0.35 0.36 0.33 0.30 0.27
O4' 0.37 0.37 0.47 0.23 0.35 0.23 0.32 0.50 0.29 0.30 0.38 0.42 1.02 0.36 0.39 0.18 0.37 0.29 0.28 0.15
O5' 0.16 0.13 0.18 0.29 0.13 0.23 0.15 0.58 0.14 0.13 0.12 0.16 0.45 0.02 0.12 0.09 0.22 0.41 0.42 0.25
OP1 0.79 0.73 0.55 0.27 0.74 0.48 0.74 0.35 0.74 0.76 0.73 0.69 0.58 0.02 0.75 0.80 0.47 0.47 0.71 0.48
OP2 0.11 0.11 0.15 0.25 0.10 0.19 0.11 0.56 0.11 0.10 0.10 0.12 0.15 0.03 0.10 0.09 0.23 0.51 0.42 0.31
P 0.24 0.19 0.14 0.09 0.20 0.05 0.21 0.32 0.21 0.20 0.19 0.16 0.27 0.02 0.21 0.21 0.21 0.38 0.48 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.22 0.04 0.01 0.25 0.20 0.59 0.22
C2 0.03 0.00 0.15 0.08 0.02 0.03 0.02 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.03 0.10 0.31 0.27 0.67 0.30
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.11 0.01 0.22 0.14 0.24 0.05 0.10 0.33 0.01 0.04 0.12 0.04 0.51 0.38 0.32 0.29
C3' 0.03 0.08 0.00 0.00 0.15 0.01 0.21 0.02 0.20 0.06 0.09 0.18 0.02 0.04 0.16 0.02 0.39 0.39 0.54 0.34
C4 0.03 0.02 0.11 0.15 0.00 0.10 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.13 0.01 0.05 0.37 0.45 0.69 0.42
C4' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.15 0.05 0.04 0.10 0.15 0.06 0.11 0.01 0.02 0.14 0.52 0.11
C5 0.02 0.02 0.22 0.21 0.01 0.16 0.00 0.43 0.01 0.02 0.01 0.02 0.28 0.18 0.01 0.10 0.39 0.45 0.66 0.42
C5' 0.08 0.21 0.14 0.02 0.39 0.01 0.43 0.00 0.38 0.24 0.30 0.13 0.04 0.14 0.41 0.03 0.01 0.26 0.38 0.01
C6 0.02 0.00 0.24 0.20 0.01 0.15 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.18 0.01 0.12 0.35 0.34 0.65 0.34
N1 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.05 0.02 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.17 0.02 0.02 0.31 0.26 0.65 0.28
N3 0.03 0.01 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.16 0.03 0.07 0.34 0.36 0.69 0.36
O2 0.05 0.01 0.33 0.18 0.02 0.10 0.02 0.13 0.01 0.02 0.02 0.00 0.39 0.31 0.04 0.17 0.30 0.24 0.66 0.27
O2' 0.03 0.15 0.01 0.02 0.17 0.15 0.28 0.04 0.28 0.10 0.10 0.39 0.00 0.08 0.18 0.07 0.42 0.41 0.32 0.27
O3' 0.22 0.20 0.04 0.04 0.13 0.06 0.18 0.14 0.18 0.17 0.16 0.31 0.08 0.00 0.14 0.16 0.38 0.52 0.65 0.44
O4 0.04 0.03 0.12 0.16 0.01 0.11 0.01 0.41 0.01 0.02 0.03 0.04 0.18 0.14 0.00 0.05 0.37 0.52 0.69 0.45
O4' 0.01 0.10 0.04 0.02 0.05 0.01 0.10 0.03 0.12 0.02 0.07 0.17 0.07 0.16 0.05 0.00 0.31 0.39 0.79 0.45
O5' 0.25 0.31 0.51 0.39 0.37 0.02 0.39 0.01 0.35 0.31 0.34 0.30 0.42 0.38 0.37 0.31 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.20 0.27 0.38 0.39 0.45 0.14 0.45 0.26 0.34 0.26 0.36 0.24 0.41 0.52 0.52 0.39 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.59 0.67 0.32 0.54 0.69 0.52 0.66 0.38 0.65 0.65 0.69 0.66 0.32 0.65 0.69 0.79 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.30 0.29 0.34 0.42 0.11 0.42 0.01 0.34 0.28 0.36 0.27 0.27 0.44 0.45 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00