ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54648

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.015, 0.026, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.018, 0.032, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.021, 0.041, 0.061, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.041 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.048, 0.085, 0.122, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.085 std_dev=0.037
O2 A 0, 0.043, 0.084, 0.124, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.084 std_dev=0.040
OP2 B 0, 0.111, 0.239, 0.367, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.239 std_dev=0.128
O4' A 0, 0.220, 0.437, 0.654, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.437 std_dev=0.217
C2' A 0, 0.267, 0.513, 0.758, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.513 std_dev=0.246
P B 0, 0.175, 0.464, 0.752, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.464 std_dev=0.288
C4' A 0, 0.318, 0.629, 0.939, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.629 std_dev=0.310
O2' A 0, 0.342, 0.660, 0.978, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.660 std_dev=0.318
C3' A 0, 0.389, 0.754, 1.119, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.754 std_dev=0.365
OP1 B 0, 0.360, 0.794, 1.228, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.794 std_dev=0.434
O3' A 0, 0.564, 1.101, 1.637, 1.640 max_d=1.640 avg_d=1.101 std_dev=0.536
C5' A 0, 0.576, 1.135, 1.694, 1.717 max_d=1.717 avg_d=1.135 std_dev=0.559
O5' B 0, 0.463, 1.059, 1.655, 2.197 max_d=2.197 avg_d=1.059 std_dev=0.596
O5' A 0, 0.782, 1.469, 2.155, 2.052 max_d=2.052 avg_d=1.469 std_dev=0.686
P A 0, 0.870, 1.677, 2.485, 2.961 max_d=2.961 avg_d=1.677 std_dev=0.807
C3' B 0, 0.947, 1.787, 2.626, 3.079 max_d=3.079 avg_d=1.787 std_dev=0.840
O3' B 0, 0.827, 1.676, 2.524, 3.136 max_d=3.136 avg_d=1.676 std_dev=0.849
O2' B 0, 0.834, 1.687, 2.541, 3.145 max_d=3.145 avg_d=1.687 std_dev=0.853
C5' B 0, 1.224, 2.112, 3.001, 2.787 max_d=2.787 avg_d=2.112 std_dev=0.888
C2' B 0, 0.920, 1.818, 2.716, 3.332 max_d=3.332 avg_d=1.818 std_dev=0.898
OP2 A 0, 0.944, 1.843, 2.741, 3.322 max_d=3.322 avg_d=1.843 std_dev=0.899
OP1 A 0, 0.792, 1.754, 2.715, 3.516 max_d=3.516 avg_d=1.754 std_dev=0.961
C4' B 0, 1.180, 2.360, 3.540, 3.911 max_d=3.911 avg_d=2.360 std_dev=1.180
C6 B 0, 1.839, 3.433, 5.027, 5.486 max_d=5.486 avg_d=3.433 std_dev=1.594
C1' B 0, 1.115, 2.753, 4.391, 5.150 max_d=5.150 avg_d=2.753 std_dev=1.638
O4' B 0, 1.169, 2.818, 4.467, 5.059 max_d=5.059 avg_d=2.818 std_dev=1.649
N1 B 0, 1.487, 3.433, 5.379, 6.042 max_d=6.042 avg_d=3.433 std_dev=1.946
C5 B 0, 2.379, 4.496, 6.613, 6.806 max_d=6.806 avg_d=4.496 std_dev=2.117
C2 B 0, 1.578, 4.460, 7.342, 7.883 max_d=7.883 avg_d=4.460 std_dev=2.882
C4 B 0, 2.584, 5.652, 8.720, 8.856 max_d=8.856 avg_d=5.652 std_dev=3.068
O2 B 0, 1.375, 4.664, 7.953, 8.558 max_d=8.558 avg_d=4.664 std_dev=3.289
N3 B 0, 2.159, 5.519, 8.879, 9.167 max_d=9.167 avg_d=5.519 std_dev=3.360
O4 B 0, 3.109, 6.798, 10.486, 10.371 max_d=10.371 avg_d=6.798 std_dev=3.688

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.16 0.07 0.05
C2 0.05 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.07 0.05 0.17 0.11 0.09
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.06 0.09 0.00 0.01 0.01 0.04 0.33 0.18 0.13
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.04 0.04 0.07 0.08 0.01 0.01 0.00 0.05 0.39 0.24 0.19
C4 0.04 0.01 0.06 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.09 0.05 0.10 0.16 0.18 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.04 0.06 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.20 0.09 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.02 0.13 0.17 0.21 0.14
C5' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.06 0.07 0.08 0.08 0.03 0.02 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.11 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.11 0.16 0.17 0.13
N1 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.15 0.11 0.09
N3 0.05 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.05 0.06 0.07 0.17 0.14 0.10
N4 0.04 0.01 0.06 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.10 0.05 0.10 0.16 0.19 0.12
O2 0.08 0.00 0.09 0.08 0.02 0.08 0.02 0.08 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.10 0.11 0.04 0.17 0.09 0.09
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.07 0.07 0.13 0.00 0.03 0.03 0.03 0.37 0.19 0.14
O3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.13 0.04 0.05 0.10 0.10 0.03 0.00 0.02 0.06 0.55 0.36 0.30
O4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.11 0.03 0.02 0.00 0.05 0.07 0.07 0.08
O5' 0.02 0.05 0.04 0.05 0.10 0.01 0.13 0.00 0.11 0.05 0.07 0.10 0.04 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.16 0.17 0.33 0.39 0.16 0.20 0.17 0.09 0.16 0.15 0.17 0.16 0.17 0.37 0.55 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.11 0.18 0.24 0.18 0.09 0.21 0.05 0.17 0.11 0.14 0.19 0.09 0.19 0.36 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.13 0.19 0.12 0.06 0.14 0.01 0.13 0.09 0.10 0.12 0.09 0.14 0.30 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.21 2.51 0.94 0.58 3.23 0.57 2.76 0.57 2.21 2.04 3.10 2.26 0.34 0.32 3.57 1.02 0.35 0.34 0.11 0.09
C2 1.38 2.82 0.89 0.57 3.99 0.61 3.48 0.61 2.70 2.36 3.61 2.45 0.35 0.32 4.51 1.21 0.36 0.24 0.08 0.06
C2' 0.89 2.13 0.77 0.41 2.94 0.36 2.51 0.48 1.94 1.71 2.75 1.88 0.26 0.18 3.33 0.71 0.22 0.34 0.17 0.07
C3' 0.52 1.54 0.57 0.24 2.21 0.16 1.90 0.35 1.44 1.22 2.04 1.31 0.22 0.10 2.52 0.36 0.20 0.36 0.23 0.14
C4 1.24 2.45 0.66 0.45 3.62 0.54 3.38 0.59 2.63 2.16 3.14 2.04 0.27 0.25 4.04 1.16 0.34 0.19 0.06 0.06
C4' 0.62 1.52 0.67 0.35 1.96 0.30 1.68 0.39 1.33 1.20 1.89 1.36 0.23 0.20 2.17 0.49 0.22 0.36 0.20 0.12
C5 1.08 2.13 0.59 0.42 3.07 0.50 2.91 0.59 2.34 1.92 2.68 1.74 0.21 0.24 3.33 1.02 0.33 0.28 0.09 0.07
C5' 0.27 0.86 0.43 0.18 1.19 0.14 1.03 0.29 0.79 0.67 1.11 0.73 0.24 0.15 1.33 0.18 0.19 0.37 0.24 0.15
C6 1.11 2.22 0.73 0.50 3.02 0.53 2.77 0.58 2.25 1.94 2.75 1.86 0.24 0.28 3.27 1.00 0.34 0.33 0.11 0.09
N1 1.26 2.57 0.87 0.56 3.49 0.58 3.06 0.60 2.43 2.16 3.23 2.23 0.31 0.31 3.85 1.09 0.35 0.30 0.09 0.07
N3 1.37 2.76 0.80 0.52 4.04 0.60 3.62 0.61 2.79 2.36 3.55 2.35 0.33 0.29 4.59 1.24 0.36 0.19 0.06 0.06
N4 1.18 2.32 0.56 0.38 3.52 0.50 3.34 0.54 2.58 2.07 3.00 1.92 0.25 0.22 3.97 1.14 0.32 0.12 0.03 0.08
O2 1.45 2.97 0.96 0.60 4.17 0.64 3.56 0.62 2.75 2.44 3.82 2.64 0.40 0.35 4.79 1.25 0.37 0.23 0.07 0.05
O2' 0.94 2.20 0.82 0.43 2.98 0.38 2.50 0.47 1.93 1.73 2.83 2.00 0.27 0.19 3.40 0.74 0.24 0.34 0.15 0.07
O3' 0.29 1.22 0.44 0.11 1.90 0.09 1.61 0.25 1.16 0.92 1.71 1.00 0.23 0.16 2.22 0.11 0.25 0.36 0.29 0.20
O4' 1.10 2.18 0.93 0.59 2.61 0.58 2.24 0.54 1.85 1.77 2.58 2.02 0.34 0.36 2.81 0.93 0.36 0.36 0.13 0.12
O5' 0.32 0.84 0.41 0.15 1.23 0.08 1.09 0.23 0.85 0.69 1.10 0.68 0.38 0.03 1.36 0.18 0.27 0.39 0.28 0.21
OP1 0.42 0.36 0.20 0.04 0.42 0.15 0.37 0.39 0.24 0.24 0.37 0.55 0.24 0.01 0.51 0.36 0.12 0.70 0.23 0.16
OP2 0.19 0.32 0.05 0.09 0.82 0.36 0.80 0.53 0.56 0.28 0.59 0.14 0.09 0.01 0.96 0.31 0.17 0.68 0.32 0.24
P 0.23 0.29 0.17 0.03 0.64 0.15 0.61 0.35 0.42 0.22 0.48 0.26 0.17 0.01 0.75 0.20 0.16 0.57 0.21 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.05 0.13 0.01 0.37 0.04 0.01 0.33 0.22 0.45 0.24
C2 0.07 0.00 0.17 0.25 0.02 0.07 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.20 0.03 0.10 0.65 0.42 1.05 0.59
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.13 0.24 0.16 0.02 0.13 0.29 0.00 0.02 0.11 0.02 0.18 0.24 0.21 0.32
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.39 0.01 0.36 0.01 0.29 0.22 0.33 0.18 0.02 0.01 0.42 0.02 0.21 0.17 0.16 0.21
C4 0.03 0.02 0.09 0.39 0.00 0.13 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.41 0.19 0.01 0.02 1.00 0.62 1.75 1.00
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.13 0.00 0.14 0.01 0.12 0.07 0.09 0.10 0.30 0.02 0.15 0.01 0.02 0.12 0.10 0.04
C5 0.02 0.02 0.13 0.36 0.00 0.14 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.40 0.20 0.01 0.07 1.04 0.59 1.79 1.04
C5' 0.10 0.05 0.24 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.09 0.06 0.07 0.09 0.06 0.24 0.14 0.03 0.01 0.12 0.18 0.02
C6 0.03 0.00 0.16 0.29 0.01 0.12 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.33 0.14 0.01 0.09 0.90 0.46 1.41 0.83
N1 0.02 0.01 0.02 0.22 0.02 0.07 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.23 0.16 0.02 0.02 0.65 0.36 0.99 0.57
N3 0.05 0.01 0.13 0.33 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.15 0.02 0.07 0.83 0.53 1.41 0.80
O2 0.13 0.01 0.29 0.18 0.01 0.10 0.02 0.09 0.02 0.03 0.01 0.00 0.19 0.33 0.01 0.18 0.48 0.36 0.78 0.43
O2' 0.01 0.25 0.00 0.02 0.41 0.30 0.40 0.06 0.33 0.23 0.34 0.19 0.00 0.05 0.44 0.21 0.13 0.11 0.25 0.23
O3' 0.37 0.20 0.02 0.01 0.19 0.02 0.20 0.24 0.14 0.16 0.15 0.33 0.05 0.00 0.23 0.25 0.25 0.48 0.14 0.21
O4 0.04 0.03 0.11 0.42 0.01 0.15 0.01 0.14 0.01 0.02 0.02 0.01 0.44 0.23 0.00 0.02 1.07 0.69 1.95 1.11
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.09 0.02 0.07 0.18 0.21 0.25 0.02 0.00 0.43 0.28 0.54 0.37
O5' 0.33 0.65 0.18 0.21 1.00 0.02 1.04 0.01 0.90 0.65 0.83 0.48 0.13 0.25 1.07 0.43 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.22 0.42 0.24 0.17 0.62 0.12 0.59 0.12 0.46 0.36 0.53 0.36 0.11 0.48 0.69 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.45 1.05 0.21 0.16 1.75 0.10 1.79 0.18 1.41 0.99 1.41 0.78 0.25 0.14 1.95 0.54 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.24 0.59 0.32 0.21 1.00 0.04 1.04 0.02 0.83 0.57 0.80 0.43 0.23 0.21 1.11 0.37 0.01 0.00 0.00 0.00