ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54649

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.006, 0.031, 0.056, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.031 std_dev=0.025
C6 A 0, 0.005, 0.036, 0.067, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.036 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.006, 0.038, 0.069, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.038 std_dev=0.032
N1 A 0, 0.005, 0.043, 0.081, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.043 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.017, 0.065, 0.114, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.065 std_dev=0.048
N4 A 0, 0.016, 0.075, 0.134, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.075 std_dev=0.059
OP2 B 0, 0.092, 0.332, 0.572, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.332 std_dev=0.240
P B 0, 0.087, 0.403, 0.719, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.403 std_dev=0.316
OP1 B 0, 0.123, 0.652, 1.181, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.652 std_dev=0.529
O5' B 0, 0.099, 0.685, 1.270, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.685 std_dev=0.586
C3' A 0, 0.098, 1.104, 2.111, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.104 std_dev=1.006
O5' A 0, 0.152, 1.241, 2.331, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.241 std_dev=1.089
O4' A 0, -0.164, 0.929, 2.022, 2.467 max_d=2.467 avg_d=0.929 std_dev=1.093
C4' A 0, -0.173, 0.943, 2.059, 2.518 max_d=2.518 avg_d=0.943 std_dev=1.116
OP2 A 0, 0.202, 1.320, 2.437, 2.780 max_d=2.780 avg_d=1.320 std_dev=1.117
C2' A 0, -0.181, 0.951, 2.083, 2.555 max_d=2.555 avg_d=0.951 std_dev=1.132
P A 0, 0.186, 1.340, 2.493, 2.815 max_d=2.815 avg_d=1.340 std_dev=1.154
C5' B 0, -0.026, 1.128, 2.283, 3.390 max_d=3.390 avg_d=1.128 std_dev=1.154
C5' A 0, 0.051, 1.261, 2.470, 2.889 max_d=2.889 avg_d=1.261 std_dev=1.210
O3' A 0, 0.048, 1.543, 3.037, 3.993 max_d=3.993 avg_d=1.543 std_dev=1.494
OP1 A 0, 0.112, 1.619, 3.127, 4.172 max_d=4.172 avg_d=1.619 std_dev=1.508
C3' B 0, 0.108, 1.629, 3.151, 4.276 max_d=4.276 avg_d=1.629 std_dev=1.522
O3' B 0, 0.159, 1.707, 3.255, 4.040 max_d=4.040 avg_d=1.707 std_dev=1.548
C4' B 0, -0.007, 1.691, 3.390, 4.949 max_d=4.949 avg_d=1.691 std_dev=1.698
O2' A 0, -0.132, 1.728, 3.588, 4.328 max_d=4.328 avg_d=1.728 std_dev=1.860
O4' B 0, -0.058, 2.048, 4.154, 6.207 max_d=6.207 avg_d=2.048 std_dev=2.106
C2' B 0, 0.066, 2.259, 4.452, 6.298 max_d=6.298 avg_d=2.259 std_dev=2.193
C1' B 0, -0.165, 2.292, 4.750, 7.279 max_d=7.279 avg_d=2.292 std_dev=2.457
C6 B 0, -0.922, 1.719, 4.360, 7.594 max_d=7.594 avg_d=1.719 std_dev=2.641
N1 B 0, -0.592, 2.101, 4.795, 7.971 max_d=7.971 avg_d=2.101 std_dev=2.694
O2' B 0, 0.284, 3.222, 6.160, 7.598 max_d=7.598 avg_d=3.222 std_dev=2.938
C5 B 0, -0.857, 2.101, 5.060, 8.651 max_d=8.651 avg_d=2.101 std_dev=2.958
C2 B 0, -0.304, 3.003, 6.310, 9.768 max_d=9.768 avg_d=3.003 std_dev=3.307
C4 B 0, -0.878, 2.523, 5.924, 10.014 max_d=10.014 avg_d=2.523 std_dev=3.401
N3 B 0, -0.471, 3.072, 6.615, 10.538 max_d=10.538 avg_d=3.072 std_dev=3.543
O4 B 0, -0.660, 3.063, 6.787, 11.131 max_d=11.131 avg_d=3.063 std_dev=3.723
O2 B 0, -0.042, 3.859, 7.760, 11.088 max_d=11.088 avg_d=3.859 std_dev=3.901

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.28 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.02 0.27 0.02 0.58 0.31 0.61 0.45
C2 0.05 0.00 0.17 0.21 0.01 0.18 0.02 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.38 0.14 0.47 0.11 0.42 0.17
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.10 0.05 0.26 0.16 0.28 0.04 0.09 0.11 0.37 0.01 0.07 0.02 0.39 0.56 0.43 0.14
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.36 0.05 0.57 0.08 0.57 0.22 0.21 0.39 0.46 0.03 0.03 0.06 0.07 0.57 0.92 0.46
C4 0.01 0.01 0.10 0.36 0.00 0.05 0.01 0.23 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.25 0.07 0.52 0.32 0.42 0.19
C4' 0.05 0.18 0.05 0.05 0.05 0.00 0.22 0.02 0.24 0.01 0.12 0.05 0.35 0.32 0.09 0.03 0.01 0.29 0.55 0.22
C5 0.01 0.02 0.26 0.57 0.01 0.22 0.00 0.35 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.18 0.56 0.13 0.59 0.39 0.45 0.24
C5' 0.28 0.20 0.16 0.08 0.23 0.02 0.35 0.00 0.32 0.16 0.17 0.25 0.32 0.40 0.16 0.05 0.01 0.27 0.30 0.01
C6 0.03 0.01 0.28 0.57 0.02 0.24 0.00 0.32 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.12 0.52 0.16 0.54 0.25 0.45 0.14
N1 0.01 0.01 0.04 0.22 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.01 0.06 0.46 0.11 0.45 0.17
N3 0.03 0.00 0.09 0.21 0.01 0.12 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.26 0.12 0.47 0.19 0.39 0.12
N4 0.01 0.01 0.11 0.39 0.00 0.05 0.02 0.25 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.31 0.07 0.55 0.41 0.43 0.25
O2 0.09 0.01 0.37 0.46 0.01 0.35 0.02 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.32 0.81 0.21 0.51 0.17 0.44 0.26
O2' 0.02 0.29 0.01 0.03 0.27 0.32 0.18 0.40 0.12 0.17 0.32 0.29 0.32 0.00 0.32 0.16 0.66 0.51 0.26 0.47
O3' 0.27 0.38 0.07 0.03 0.25 0.09 0.56 0.16 0.52 0.01 0.26 0.31 0.81 0.32 0.00 0.20 0.53 0.81 1.31 0.86
O4' 0.02 0.14 0.02 0.06 0.07 0.03 0.13 0.05 0.16 0.06 0.12 0.07 0.21 0.16 0.20 0.00 0.22 0.07 0.64 0.27
O5' 0.58 0.47 0.39 0.07 0.52 0.01 0.59 0.01 0.54 0.46 0.47 0.55 0.51 0.66 0.53 0.22 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.31 0.11 0.56 0.57 0.32 0.29 0.39 0.27 0.25 0.11 0.19 0.41 0.17 0.51 0.81 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.61 0.42 0.43 0.92 0.42 0.55 0.45 0.30 0.45 0.45 0.39 0.43 0.44 0.26 1.31 0.64 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.45 0.17 0.14 0.46 0.19 0.22 0.24 0.01 0.14 0.17 0.12 0.25 0.26 0.47 0.86 0.27 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.19 1.59 1.19 0.96 1.54 0.81 1.22 0.45 1.06 1.29 1.68 1.70 1.34 0.78 1.64 0.98 0.28 0.31 0.25 0.16
C2 1.56 2.22 1.39 0.97 2.50 0.83 2.20 0.36 1.93 1.95 2.48 2.13 1.50 0.68 2.61 1.31 0.35 0.23 0.13 0.07
C2' 0.82 1.24 0.81 0.55 1.30 0.33 1.04 0.16 0.84 0.97 1.36 1.31 1.07 0.35 1.42 0.63 0.29 0.59 0.29 0.27
C3' 0.88 1.27 0.75 0.70 1.37 0.65 1.23 0.71 1.04 1.07 1.38 1.33 0.65 0.51 1.47 0.88 0.85 1.20 0.60 0.82
C4 1.36 1.71 1.17 0.79 2.07 0.72 2.08 0.30 1.90 1.67 1.93 1.55 1.27 0.50 2.13 1.26 0.40 0.17 0.08 0.11
C4' 0.71 1.25 0.72 0.52 1.46 0.36 1.37 0.32 1.12 1.02 1.41 1.33 0.52 0.45 1.60 0.59 0.50 0.64 0.29 0.42
C5 1.03 1.17 0.96 0.66 1.35 0.58 1.37 0.25 1.33 1.18 1.30 1.07 1.04 0.39 1.39 0.99 0.34 0.21 0.16 0.07
C5' 0.43 0.84 0.64 0.42 1.24 0.19 1.36 0.39 1.17 0.81 1.04 0.83 0.43 0.36 1.36 0.29 0.63 0.59 0.59 0.59
C6 1.00 1.17 0.98 0.73 1.27 0.61 1.17 0.29 1.11 1.11 1.27 1.11 1.07 0.46 1.32 0.90 0.27 0.26 0.20 0.06
N1 1.29 1.72 1.21 0.90 1.82 0.74 1.58 0.35 1.43 1.52 1.86 1.69 1.32 0.63 1.89 1.08 0.29 0.26 0.18 0.07
N3 1.59 2.19 1.36 0.93 2.63 0.82 2.47 0.34 2.16 2.01 2.49 2.02 1.47 0.61 2.75 1.38 0.40 0.19 0.09 0.10
N4 1.34 1.64 1.12 0.73 2.07 0.70 2.18 0.29 1.96 1.63 1.87 1.49 1.22 0.46 2.15 1.28 0.43 0.15 0.09 0.15
O2 1.68 2.53 1.49 1.03 2.83 0.88 2.36 0.38 2.02 2.11 2.86 2.50 1.62 0.75 3.02 1.36 0.35 0.23 0.12 0.08
O2' 1.42 1.54 1.56 1.20 1.32 0.87 1.04 0.42 1.05 1.31 1.53 1.72 2.04 1.08 1.37 1.03 0.43 0.31 0.33 0.30
O3' 0.92 1.23 0.79 0.84 1.35 0.87 1.26 1.00 1.07 1.07 1.33 1.29 0.67 0.76 1.47 1.02 1.11 1.65 0.81 1.13
O4' 1.06 1.64 1.03 0.72 1.70 0.57 1.47 0.24 1.21 1.32 1.76 1.75 0.93 0.60 1.83 0.84 0.31 0.32 0.29 0.23
O5' 0.20 0.20 0.13 0.21 0.67 0.28 0.84 0.52 0.73 0.36 0.41 0.17 0.20 0.02 0.75 0.24 0.68 0.65 0.82 0.68
OP1 0.49 0.61 0.05 0.06 0.22 0.24 0.21 0.54 0.19 0.35 0.46 0.94 0.14 0.02 0.19 0.48 0.53 1.04 0.45 0.68
OP2 0.26 0.20 0.14 0.17 0.32 0.22 0.31 0.24 0.24 0.20 0.26 0.20 0.06 0.03 0.37 0.24 0.43 0.68 0.37 0.47
P 0.28 0.20 0.01 0.01 0.13 0.11 0.27 0.31 0.22 0.10 0.08 0.43 0.06 0.01 0.17 0.24 0.35 0.64 0.36 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.13 0.03 0.03 0.06 0.08 0.01 0.31 0.06 0.01 0.22 0.48 0.16 0.20
C2 0.06 0.00 0.19 0.13 0.02 0.23 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.29 0.03 0.32 0.55 1.20 0.46 0.79
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.14 0.02 0.29 0.26 0.33 0.07 0.12 0.38 0.00 0.03 0.14 0.02 0.58 0.51 0.61 0.60
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.20 0.00 0.24 0.04 0.23 0.13 0.17 0.14 0.01 0.01 0.21 0.03 0.16 0.08 0.26 0.17
C4 0.06 0.02 0.14 0.20 0.00 0.12 0.00 0.32 0.01 0.03 0.01 0.03 0.44 0.14 0.01 0.07 0.40 1.03 0.17 0.57
C4' 0.01 0.23 0.02 0.00 0.12 0.00 0.11 0.02 0.14 0.08 0.21 0.34 0.28 0.03 0.13 0.00 0.03 0.19 0.09 0.02
C5 0.04 0.01 0.29 0.24 0.00 0.11 0.00 0.39 0.01 0.02 0.01 0.02 0.46 0.26 0.01 0.19 0.45 1.05 0.55 0.64
C5' 0.13 0.41 0.26 0.04 0.32 0.02 0.39 0.00 0.43 0.24 0.40 0.60 0.07 0.18 0.34 0.03 0.02 0.05 0.20 0.02
C6 0.03 0.01 0.33 0.23 0.01 0.14 0.01 0.43 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.27 0.02 0.26 0.53 0.94 0.62 0.66
N1 0.03 0.01 0.07 0.13 0.03 0.08 0.02 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.19 0.04 0.06 0.31 0.75 0.10 0.38
N3 0.06 0.01 0.12 0.17 0.01 0.21 0.01 0.40 0.01 0.02 0.00 0.03 0.40 0.19 0.02 0.23 0.56 1.23 0.48 0.82
O2 0.08 0.01 0.38 0.14 0.03 0.34 0.02 0.60 0.02 0.02 0.03 0.00 0.48 0.48 0.04 0.53 0.74 1.60 0.81 1.12
O2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.44 0.28 0.46 0.07 0.41 0.23 0.40 0.48 0.00 0.06 0.47 0.16 0.46 0.31 0.59 0.51
O3' 0.31 0.29 0.03 0.01 0.14 0.03 0.26 0.18 0.27 0.19 0.19 0.48 0.06 0.00 0.12 0.23 0.04 0.24 0.11 0.05
O4 0.06 0.03 0.14 0.21 0.01 0.13 0.01 0.34 0.02 0.04 0.02 0.04 0.47 0.12 0.00 0.07 0.42 1.10 0.24 0.63
O4' 0.01 0.32 0.02 0.03 0.07 0.00 0.19 0.03 0.26 0.06 0.23 0.53 0.16 0.23 0.07 0.00 0.06 0.43 0.24 0.15
O5' 0.22 0.55 0.58 0.16 0.40 0.03 0.45 0.02 0.53 0.31 0.56 0.74 0.46 0.04 0.42 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.48 1.20 0.51 0.08 1.03 0.19 1.05 0.05 0.94 0.75 1.23 1.60 0.31 0.24 1.10 0.43 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.46 0.61 0.26 0.17 0.09 0.55 0.20 0.62 0.10 0.48 0.81 0.59 0.11 0.24 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.79 0.60 0.17 0.57 0.02 0.64 0.02 0.66 0.38 0.82 1.12 0.51 0.05 0.63 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00