ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54650

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.035 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.017, 0.048, 0.079, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.048 std_dev=0.031
O4' A 0, -0.009, 0.230, 0.469, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.230 std_dev=0.239
O5' A 0, 0.140, 0.392, 0.644, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.392 std_dev=0.252
P A 0, 0.137, 0.420, 0.704, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.420 std_dev=0.284
C2' A 0, -0.023, 0.265, 0.554, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.265 std_dev=0.289
C2 B 0, 0.190, 0.541, 0.892, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.541 std_dev=0.351
C4' B 0, 0.200, 0.555, 0.910, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.555 std_dev=0.355
OP1 B 0, 0.184, 0.547, 0.911, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.547 std_dev=0.364
C4' A 0, 0.141, 0.507, 0.873, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.507 std_dev=0.366
N1 B 0, 0.189, 0.569, 0.949, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.569 std_dev=0.380
O4' B 0, 0.109, 0.490, 0.871, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.490 std_dev=0.381
N3 B 0, 0.181, 0.572, 0.964, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.572 std_dev=0.391
O5' B 0, 0.176, 0.570, 0.964, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.570 std_dev=0.394
P B 0, 0.212, 0.622, 1.031, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.622 std_dev=0.410
C5' B 0, 0.223, 0.636, 1.049, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.636 std_dev=0.413
C3' B 0, 0.148, 0.567, 0.986, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.567 std_dev=0.419
C1' B 0, 0.237, 0.678, 1.119, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.678 std_dev=0.441
O3' B 0, 0.104, 0.589, 1.074, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.589 std_dev=0.485
OP1 A 0, 0.156, 0.655, 1.155, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.655 std_dev=0.499
C3' A 0, 0.053, 0.565, 1.077, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.565 std_dev=0.512
O2 B 0, 0.259, 0.782, 1.304, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.782 std_dev=0.523
C5' A 0, 0.174, 0.724, 1.275, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.724 std_dev=0.551
O2' A 0, 0.103, 0.667, 1.232, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.667 std_dev=0.564
C6 B 0, 0.291, 0.863, 1.435, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.863 std_dev=0.572
C4 B 0, 0.322, 0.961, 1.600, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.961 std_dev=0.639
OP2 A 0, 0.290, 1.011, 1.733, 1.784 max_d=1.784 avg_d=1.011 std_dev=0.722
C5 B 0, 0.355, 1.126, 1.897, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.126 std_dev=0.771
OP2 B 0, 0.200, 0.983, 1.767, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.983 std_dev=0.783
O4 B 0, 0.374, 1.192, 2.009, 1.979 max_d=1.979 avg_d=1.192 std_dev=0.818
C2' B 0, 0.059, 0.975, 1.890, 2.225 max_d=2.225 avg_d=0.975 std_dev=0.915
O3' A 0, 0.063, 1.048, 2.034, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.048 std_dev=0.986
O2' B 0, -0.153, 1.523, 3.198, 3.867 max_d=3.867 avg_d=1.523 std_dev=1.675

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.00 0.42 0.16 0.57 0.36
C2 0.01 0.00 0.10 0.17 0.00 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.21 0.06 0.42 0.10 0.67 0.36
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.22 0.08 0.01 0.08 0.03 0.16 0.00 0.02 0.02 0.62 0.57 0.87 0.66
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.37 0.00 0.43 0.04 0.39 0.23 0.26 0.40 0.05 0.02 0.01 0.02 0.17 0.38 0.41 0.24
C4 0.00 0.00 0.02 0.37 0.00 0.18 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.16 0.03 0.39 0.12 0.76 0.34
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.18 0.00 0.25 0.01 0.24 0.11 0.10 0.19 0.06 0.30 0.02 0.00 0.02 0.14 0.21 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.43 0.00 0.25 0.00 0.39 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.31 0.07 0.37 0.11 0.76 0.34
C5' 0.09 0.18 0.22 0.04 0.33 0.01 0.39 0.00 0.33 0.19 0.25 0.37 0.12 0.07 0.18 0.02 0.01 0.07 0.25 0.00
C6 0.01 0.01 0.08 0.39 0.00 0.24 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.32 0.26 0.08 0.40 0.08 0.72 0.36
N1 0.00 0.01 0.01 0.23 0.00 0.11 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.09 0.02 0.42 0.10 0.67 0.37
N3 0.01 0.00 0.08 0.26 0.00 0.10 0.01 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.10 0.05 0.41 0.11 0.72 0.35
N4 0.01 0.00 0.03 0.40 0.00 0.19 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.39 0.21 0.04 0.37 0.15 0.78 0.33
O2 0.02 0.00 0.16 0.05 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.44 0.10 0.41 0.11 0.61 0.34
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.36 0.30 0.38 0.07 0.32 0.20 0.28 0.39 0.11 0.00 0.02 0.22 0.37 0.38 0.69 0.46
O3' 0.30 0.21 0.02 0.01 0.16 0.02 0.31 0.18 0.26 0.09 0.10 0.21 0.44 0.02 0.00 0.21 0.35 0.09 0.50 0.29
O4' 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.04 0.10 0.22 0.21 0.00 0.24 0.11 0.29 0.13
O5' 0.42 0.42 0.62 0.17 0.39 0.02 0.37 0.01 0.40 0.42 0.41 0.37 0.41 0.37 0.35 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.10 0.57 0.38 0.12 0.14 0.11 0.07 0.08 0.10 0.11 0.15 0.11 0.38 0.09 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.57 0.67 0.87 0.41 0.76 0.21 0.76 0.25 0.72 0.67 0.72 0.78 0.61 0.69 0.50 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.36 0.36 0.66 0.24 0.34 0.02 0.34 0.00 0.36 0.37 0.35 0.33 0.34 0.46 0.29 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.14 0.67 0.43 0.65 0.33 0.90 0.22 0.59 0.06 0.18 0.52 1.31 0.33 0.83 0.18 0.07 0.44 0.30 0.16
C2 0.43 0.17 0.87 0.48 0.59 0.34 0.78 0.28 0.44 0.08 0.15 0.49 1.51 0.34 0.79 0.17 0.08 0.48 0.50 0.12
C2' 0.60 0.36 0.82 0.67 0.40 0.58 0.62 0.43 0.34 0.20 0.05 0.73 1.32 0.50 0.57 0.44 0.06 0.24 0.34 0.05
C3' 0.07 0.06 0.21 0.03 0.77 0.09 1.06 0.34 0.85 0.30 0.33 0.36 0.76 0.04 0.90 0.15 0.71 0.93 0.46 0.80
C4 0.46 0.21 0.97 0.49 0.37 0.34 0.49 0.31 0.20 0.16 0.05 0.42 1.48 0.31 0.55 0.16 0.19 0.51 0.61 0.15
C4' 0.21 0.13 0.28 0.15 0.73 0.14 1.05 0.27 0.86 0.31 0.28 0.47 0.89 0.13 0.84 0.17 0.57 0.81 0.34 0.63
C5 0.46 0.21 0.95 0.49 0.36 0.35 0.50 0.30 0.23 0.15 0.05 0.42 1.40 0.30 0.51 0.18 0.14 0.55 0.48 0.14
C5' 0.36 0.26 0.32 0.34 0.74 0.35 1.05 0.45 0.93 0.44 0.35 0.48 0.76 0.27 0.81 0.38 0.72 0.86 0.60 0.76
C6 0.44 0.18 0.87 0.49 0.47 0.35 0.67 0.27 0.39 0.08 0.10 0.46 1.38 0.32 0.62 0.19 0.04 0.51 0.36 0.15
N1 0.42 0.17 0.82 0.48 0.57 0.34 0.79 0.26 0.48 0.05 0.14 0.50 1.43 0.33 0.75 0.18 0.03 0.49 0.39 0.14
N3 0.45 0.19 0.94 0.49 0.49 0.34 0.63 0.30 0.31 0.12 0.11 0.46 1.54 0.33 0.70 0.16 0.15 0.49 0.59 0.13
N4 0.45 0.22 0.98 0.47 0.25 0.32 0.30 0.32 0.05 0.21 0.03 0.38 1.44 0.29 0.42 0.14 0.25 0.46 0.70 0.20
O2 0.41 0.16 0.82 0.46 0.66 0.33 0.86 0.26 0.51 0.08 0.19 0.50 1.50 0.34 0.89 0.16 0.06 0.47 0.50 0.11
O2' 0.55 0.27 0.71 0.63 0.46 0.64 0.63 0.62 0.37 0.19 0.10 0.58 1.10 0.38 0.64 0.48 0.30 0.26 0.71 0.34
O3' 0.22 0.19 0.16 0.35 0.80 0.48 1.10 0.72 0.96 0.47 0.40 0.20 0.43 0.53 0.88 0.45 0.99 1.08 0.62 1.03
O4' 0.23 0.07 0.45 0.20 0.73 0.11 1.03 0.03 0.77 0.18 0.25 0.48 1.19 0.18 0.87 0.03 0.27 0.62 0.15 0.34
O5' 0.21 0.22 0.14 0.17 0.43 0.16 0.61 0.11 0.50 0.17 0.23 0.46 0.41 0.02 0.49 0.17 0.20 0.12 0.06 0.16
OP1 0.50 0.62 0.90 0.39 1.08 0.19 1.24 0.20 1.14 0.80 0.81 0.30 0.83 0.01 1.13 0.29 0.44 0.30 0.44 0.39
OP2 0.26 0.13 0.13 0.32 0.14 0.55 0.21 0.59 0.16 0.12 0.06 0.24 0.47 0.00 0.17 0.48 0.38 0.77 0.45 0.50
P 0.04 0.07 0.28 0.01 0.43 0.14 0.58 0.09 0.51 0.21 0.21 0.21 0.30 0.01 0.47 0.12 0.12 0.10 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.29 0.00 0.00 0.25 0.12 0.04 0.17
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.32 0.00 0.07 0.23 0.15 0.07 0.15
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.21 0.10 0.02 0.04 0.12 0.00 0.03 0.03 0.02 0.45 0.43 0.46 0.46
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.21 0.00 0.30 0.02 0.29 0.13 0.11 0.10 0.02 0.00 0.22 0.02 0.05 0.14 0.06 0.06
C4 0.00 0.00 0.03 0.21 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.04 0.00 0.01 0.25 0.29 0.26 0.22
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.25 0.02 0.03 0.00 0.02 0.19 0.28 0.01
C5 0.01 0.00 0.08 0.30 0.00 0.02 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.18 0.00 0.07 0.29 0.24 0.44 0.31
C5' 0.09 0.09 0.21 0.02 0.13 0.01 0.18 0.00 0.19 0.11 0.10 0.10 0.05 0.20 0.13 0.01 0.01 0.31 0.29 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.29 0.00 0.02 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.16 0.00 0.09 0.31 0.12 0.37 0.32
N1 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.14 0.00 0.01 0.26 0.07 0.10 0.20
N3 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.21 0.00 0.05 0.23 0.23 0.09 0.16
O2 0.01 0.00 0.12 0.10 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.54 0.00 0.13 0.20 0.13 0.19 0.12
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.30 0.25 0.25 0.05 0.19 0.17 0.31 0.29 0.00 0.01 0.33 0.15 0.34 0.43 0.45 0.39
O3' 0.29 0.32 0.03 0.00 0.04 0.02 0.18 0.20 0.16 0.14 0.21 0.54 0.01 0.00 0.04 0.20 0.28 0.17 0.25 0.27
O4 0.00 0.00 0.03 0.22 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.04 0.00 0.01 0.23 0.35 0.29 0.21
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.05 0.13 0.15 0.20 0.01 0.00 0.09 0.03 0.38 0.06
O5' 0.25 0.23 0.45 0.05 0.25 0.02 0.29 0.01 0.31 0.26 0.23 0.20 0.34 0.28 0.23 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.15 0.43 0.14 0.29 0.19 0.24 0.31 0.12 0.07 0.23 0.13 0.43 0.17 0.35 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.46 0.06 0.26 0.28 0.44 0.29 0.37 0.10 0.09 0.19 0.45 0.25 0.29 0.38 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.15 0.46 0.06 0.22 0.01 0.31 0.01 0.32 0.20 0.16 0.12 0.39 0.27 0.21 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00