Doublet Group distance statistics: 54651

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O2	A	0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N4	A	0, 0.016, 0.037, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.037 std_dev=0.021
C3'	A	0, 0.070, 0.138, 0.206, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.138 std_dev=0.068
O4'	A	0, 0.052, 0.137, 0.221, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.137 std_dev=0.085
C2'	A	0, 0.040, 0.135, 0.230, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.135 std_dev=0.095
O3'	A	0, 0.083, 0.199, 0.314, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.199 std_dev=0.115
C4'	A	0, 0.093, 0.227, 0.360, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.227 std_dev=0.134
O2'	A	0, 0.071, 0.259, 0.448, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.259 std_dev=0.188
OP1	B	0, 0.157, 0.367, 0.576, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.367 std_dev=0.209
C5'	A	0, 0.150, 0.397, 0.645, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.397 std_dev=0.248
O5'	A	0, 0.165, 0.462, 0.759, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.462 std_dev=0.297
P	B	0, 0.162, 0.478, 0.795, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.478 std_dev=0.316
O5'	B	0, 0.143, 0.511, 0.879, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.511 std_dev=0.368
OP2	B	0, 0.247, 0.630, 1.013, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.630 std_dev=0.383
C6	B	0, 0.202, 0.587, 0.972, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.587 std_dev=0.385
C5	B	0, 0.215, 0.600, 0.986, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.600 std_dev=0.385
P	A	0, 0.251, 0.650, 1.048, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.650 std_dev=0.398
C5'	B	0, 0.203, 0.614, 1.024, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.614 std_dev=0.411
C4	B	0, 0.246, 0.663, 1.080, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.663 std_dev=0.417
OP1	A	0, 0.292, 0.709, 1.127, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.709 std_dev=0.417
O4'	B	0, 0.222, 0.647, 1.072, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.647 std_dev=0.425
N1	B	0, 0.218, 0.646, 1.075, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.646 std_dev=0.428
O4	B	0, 0.286, 0.719, 1.153, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.719 std_dev=0.433
OP2	A	0, 0.194, 0.631, 1.069, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.631 std_dev=0.437
N3	B	0, 0.249, 0.694, 1.138, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.694 std_dev=0.444
C2	B	0, 0.239, 0.696, 1.153, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.696 std_dev=0.457
C4'	B	0, 0.228, 0.686, 1.144, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.686 std_dev=0.458
C1'	B	0, 0.238, 0.698, 1.158, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.698 std_dev=0.460
C3'	B	0, 0.226, 0.721, 1.217, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.721 std_dev=0.496
O2	B	0, 0.272, 0.769, 1.266, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.769 std_dev=0.497
C2'	B	0, 0.260, 0.781, 1.301, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.781 std_dev=0.520
O3'	B	0, 0.262, 0.820, 1.377, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.820 std_dev=0.558
O2'	B	0, 0.291, 0.852, 1.414, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.852 std_dev=0.561

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.00	0.05	0.06	0.12	0.05
C2	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.03	0.02	0.06	0.04	0.15	0.05
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.01	0.05	0.04	0.05	0.01	0.01	0.04	0.06	0.00	0.02	0.01	0.06	0.12	0.12	0.08
C3'	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.04	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.00	0.01	0.04	0.10	0.08	0.06
C4	0.01	0.00	0.03	0.02	0.00	0.04	0.00	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.07	0.02	0.03	0.10	0.06	0.15	0.08
C4'	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.06	0.02	0.02	0.05	0.03	0.02	0.03	0.01	0.02	0.03	0.06	0.02
C5	0.01	0.00	0.05	0.03	0.00	0.06	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.02	0.05	0.12	0.06	0.15	0.09
C5'	0.02	0.04	0.04	0.04	0.09	0.01	0.10	0.00	0.09	0.05	0.06	0.10	0.03	0.05	0.03	0.02	0.01	0.03	0.03	0.01
C6	0.01	0.00	0.05	0.03	0.01	0.06	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.08	0.03	0.05	0.10	0.05	0.13	0.07
N1	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.07	0.04	0.14	0.05
N3	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.03	0.02	0.08	0.05	0.15	0.06
N4	0.01	0.01	0.04	0.02	0.00	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.08	0.03	0.04	0.11	0.07	0.15	0.09
O2	0.02	0.01	0.06	0.02	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.10	0.04	0.04	0.05	0.06	0.15	0.05
O2'	0.02	0.03	0.00	0.03	0.07	0.02	0.10	0.05	0.08	0.03	0.03	0.08	0.10	0.00	0.09	0.02	0.06	0.15	0.13	0.09
O3'	0.03	0.03	0.02	0.00	0.02	0.03	0.02	0.03	0.03	0.02	0.03	0.03	0.04	0.09	0.00	0.05	0.04	0.07	0.07	0.03
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.05	0.02	0.05	0.02	0.02	0.04	0.04	0.02	0.05	0.00	0.05	0.04	0.11	0.05
O5'	0.05	0.06	0.06	0.04	0.10	0.02	0.12	0.01	0.10	0.07	0.08	0.11	0.05	0.06	0.04	0.05	0.00	0.01	0.04	0.00
OP1	0.06	0.04	0.12	0.10	0.06	0.03	0.06	0.03	0.05	0.04	0.05	0.07	0.06	0.15	0.07	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.12	0.15	0.12	0.08	0.15	0.06	0.15	0.03	0.13	0.14	0.15	0.15	0.15	0.13	0.07	0.11	0.04	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.05	0.08	0.06	0.08	0.02	0.09	0.01	0.07	0.05	0.06	0.09	0.05	0.09	0.03	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.13	0.18	0.11	0.05	0.20	0.03	0.18	0.06	0.15	0.15	0.20	0.18	0.13	0.04	0.22	0.07	0.08	0.11	0.13	0.08
C2	0.05	0.08	0.04	0.03	0.12	0.05	0.12	0.08	0.07	0.05	0.10	0.08	0.06	0.04	0.15	0.04	0.08	0.13	0.16	0.10
C2'	0.17	0.22	0.16	0.11	0.25	0.09	0.22	0.08	0.19	0.19	0.24	0.22	0.17	0.10	0.26	0.11	0.08	0.11	0.08	0.08
C3'	0.18	0.24	0.16	0.11	0.25	0.09	0.22	0.08	0.20	0.21	0.26	0.25	0.18	0.08	0.26	0.13	0.09	0.12	0.10	0.09
C4	0.05	0.10	0.02	0.03	0.13	0.06	0.11	0.11	0.06	0.07	0.12	0.09	0.04	0.05	0.15	0.05	0.10	0.16	0.19	0.13
C4'	0.14	0.19	0.11	0.06	0.20	0.05	0.18	0.08	0.16	0.16	0.20	0.19	0.13	0.03	0.21	0.10	0.08	0.12	0.12	0.09
C5	0.11	0.17	0.07	0.03	0.19	0.02	0.18	0.08	0.15	0.15	0.19	0.16	0.07	0.02	0.20	0.07	0.07	0.13	0.17	0.10
C5'	0.10	0.14	0.08	0.05	0.14	0.05	0.12	0.09	0.11	0.12	0.14	0.14	0.11	0.04	0.14	0.08	0.09	0.14	0.11	0.10
C6	0.14	0.19	0.11	0.06	0.20	0.03	0.19	0.05	0.17	0.17	0.20	0.18	0.11	0.03	0.21	0.10	0.07	0.11	0.14	0.09
N1	0.10	0.14	0.08	0.03	0.17	0.02	0.16	0.06	0.12	0.12	0.17	0.14	0.09	0.02	0.19	0.05	0.08	0.11	0.14	0.09
N3	0.05	0.05	0.04	0.05	0.09	0.07	0.09	0.10	0.05	0.03	0.07	0.07	0.05	0.06	0.12	0.06	0.10	0.16	0.18	0.12
N4	0.05	0.08	0.03	0.06	0.11	0.09	0.08	0.13	0.04	0.05	0.11	0.08	0.03	0.08	0.14	0.06	0.12	0.21	0.22	0.16
O2	0.04	0.05	0.04	0.04	0.12	0.06	0.12	0.09	0.08	0.03	0.08	0.06	0.06	0.05	0.14	0.05	0.09	0.13	0.15	0.10
O2'	0.22	0.28	0.22	0.17	0.29	0.13	0.25	0.09	0.21	0.24	0.30	0.29	0.24	0.16	0.31	0.15	0.08	0.07	0.06	0.07
O3'	0.19	0.26	0.18	0.12	0.27	0.08	0.22	0.07	0.20	0.22	0.28	0.28	0.20	0.09	0.28	0.13	0.08	0.11	0.11	0.08
O4'	0.13	0.17	0.11	0.06	0.18	0.05	0.16	0.07	0.14	0.15	0.18	0.17	0.13	0.04	0.19	0.09	0.09	0.11	0.14	0.10
O5'	0.13	0.15	0.11	0.07	0.14	0.07	0.12	0.07	0.11	0.13	0.15	0.16	0.14	0.06	0.14	0.11	0.08	0.08	0.11	0.08
OP1	0.14	0.14	0.12	0.08	0.13	0.11	0.12	0.08	0.12	0.13	0.13	0.14	0.13	0.05	0.13	0.13	0.09	0.11	0.08	0.08
OP2	0.16	0.16	0.13	0.09	0.15	0.11	0.15	0.09	0.15	0.16	0.16	0.16	0.14	0.08	0.15	0.16	0.10	0.08	0.08	0.06
P	0.13	0.13	0.11	0.06	0.11	0.08	0.10	0.04	0.10	0.12	0.13	0.14	0.13	0.05	0.11	0.12	0.04	0.06	0.06	0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.06	0.03	0.02
C2	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.07	0.04	0.02
C2'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.06	0.06	0.03
C3'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.04	0.01	0.03	0.05	0.07	0.04
C4	0.00	0.00	0.02	0.04	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.00	0.01	0.03	0.07	0.05	0.05
C4'	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.03	0.02
C5	0.00	0.01	0.02	0.04	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01	0.04	0.07	0.04	0.06
C5'	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.00	0.03	0.03	0.01
C6	0.00	0.01	0.02	0.04	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.03	0.06	0.04	0.04
N1	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.07	0.04	0.02
N3	0.00	0.00	0.02	0.03	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.07	0.05	0.03
O2	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.08	0.04	0.02
O2'	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.03	0.06	0.07	0.04
O3'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.04	0.01	0.05	0.03	0.04	0.02	0.04	0.02	0.03	0.00	0.05	0.01	0.04	0.05	0.10	0.04
O4	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.00	0.01	0.04	0.08	0.06	0.06
O4'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.04	0.04	0.02
O5'	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.04	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.03	0.04	0.04	0.02	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.06	0.07	0.06	0.05	0.07	0.03	0.07	0.03	0.06	0.07	0.07	0.08	0.06	0.05	0.08	0.04	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.03	0.04	0.06	0.07	0.05	0.03	0.04	0.03	0.04	0.04	0.05	0.04	0.07	0.10	0.06	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.02	0.02	0.03	0.04	0.05	0.02	0.06	0.01	0.04	0.02	0.03	0.02	0.04	0.04	0.06	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00