ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54652

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.021, 0.041, 0.062, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.041 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.018, 0.042, 0.067, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.025
OP2 B 0, 0.086, 0.371, 0.657, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.371 std_dev=0.285
P B 0, 0.314, 0.632, 0.950, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.632 std_dev=0.318
OP1 B 0, 0.430, 0.961, 1.492, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.961 std_dev=0.531
C5' B 0, 0.685, 1.263, 1.842, 1.687 max_d=1.687 avg_d=1.263 std_dev=0.578
O5' B 0, 0.895, 1.675, 2.455, 2.172 max_d=2.172 avg_d=1.675 std_dev=0.780
C4' B 0, 1.018, 1.889, 2.761, 2.541 max_d=2.541 avg_d=1.889 std_dev=0.872
O4' A 0, 0.487, 1.463, 2.438, 2.241 max_d=2.241 avg_d=1.463 std_dev=0.975
P A 0, 0.669, 1.690, 2.712, 2.574 max_d=2.574 avg_d=1.690 std_dev=1.021
C2' A 0, 0.498, 1.520, 2.542, 2.286 max_d=2.286 avg_d=1.520 std_dev=1.022
C4' A 0, 0.593, 1.715, 2.838, 2.646 max_d=2.646 avg_d=1.715 std_dev=1.123
C3' B 0, 1.080, 2.280, 3.480, 3.298 max_d=3.298 avg_d=2.280 std_dev=1.200
O3' B 0, 0.889, 2.094, 3.299, 3.268 max_d=3.268 avg_d=2.094 std_dev=1.205
O5' A 0, 0.654, 1.870, 3.086, 2.969 max_d=2.969 avg_d=1.870 std_dev=1.216
OP2 A 0, 0.704, 2.071, 3.438, 3.237 max_d=3.237 avg_d=2.071 std_dev=1.367
O2' A 0, 0.667, 2.061, 3.456, 3.195 max_d=3.195 avg_d=2.061 std_dev=1.394
C3' A 0, 0.737, 2.194, 3.651, 3.314 max_d=3.314 avg_d=2.194 std_dev=1.457
O4' B 0, 1.716, 3.175, 4.634, 4.145 max_d=4.145 avg_d=3.175 std_dev=1.459
C5' A 0, 0.773, 2.235, 3.697, 3.412 max_d=3.412 avg_d=2.235 std_dev=1.462
OP1 A 0, 1.201, 2.809, 4.416, 4.017 max_d=4.017 avg_d=2.809 std_dev=1.608
C2' B 0, 1.746, 3.559, 5.372, 4.894 max_d=4.894 avg_d=3.559 std_dev=1.813
C1' B 0, 2.100, 3.988, 5.876, 5.293 max_d=5.293 avg_d=3.988 std_dev=1.888
O3' A 0, 1.038, 3.040, 5.042, 4.601 max_d=4.601 avg_d=3.040 std_dev=2.002
C6 B 0, 2.715, 4.986, 7.257, 6.304 max_d=6.304 avg_d=4.986 std_dev=2.271
N1 B 0, 2.756, 5.114, 7.472, 6.542 max_d=6.542 avg_d=5.114 std_dev=2.358
O2' B 0, 1.781, 4.268, 6.756, 6.263 max_d=6.263 avg_d=4.268 std_dev=2.488
C5 B 0, 3.306, 6.014, 8.721, 7.452 max_d=7.452 avg_d=6.014 std_dev=2.708
C2 B 0, 3.481, 6.412, 9.342, 8.120 max_d=8.120 avg_d=6.412 std_dev=2.930
O2 B 0, 3.621, 6.669, 9.717, 8.457 max_d=8.457 avg_d=6.669 std_dev=3.048
C4 B 0, 4.027, 7.325, 10.624, 9.057 max_d=9.057 avg_d=7.325 std_dev=3.298
N3 B 0, 4.067, 7.435, 10.804, 9.299 max_d=9.299 avg_d=7.435 std_dev=3.368
O4 B 0, 4.594, 8.327, 12.061, 10.255 max_d=10.255 avg_d=8.327 std_dev=3.734

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.09 0.01 0.55 0.44 0.75 0.68
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.20 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.49 0.21 0.39 0.32 0.85 0.60
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.03 0.09 0.19 0.09 0.04 0.05 0.05 0.12 0.01 0.09 0.02 0.59 0.47 0.32 0.53
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.23 0.04 0.44 0.06 0.45 0.16 0.02 0.24 0.40 0.01 0.01 0.02 0.28 0.25 0.18 0.16
C4 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.13 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.17 0.02 0.08 0.12 0.92 0.44
C4' 0.04 0.20 0.03 0.04 0.13 0.00 0.34 0.02 0.37 0.08 0.11 0.13 0.45 0.14 0.07 0.02 0.03 0.09 0.14 0.06
C5 0.01 0.01 0.09 0.44 0.01 0.34 0.00 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.20 0.18 0.12 0.11 0.90 0.38
C5' 0.21 0.13 0.19 0.06 0.32 0.02 0.53 0.00 0.47 0.10 0.10 0.37 0.38 0.39 0.21 0.05 0.01 0.28 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.45 0.01 0.37 0.01 0.47 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.25 0.24 0.07 0.13 0.87 0.43
N1 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.13 0.01 0.30 0.28 0.84 0.57
N3 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.42 0.14 0.26 0.23 0.89 0.53
N4 0.01 0.01 0.05 0.24 0.00 0.13 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.18 0.02 0.05 0.11 0.94 0.41
O2 0.04 0.01 0.12 0.40 0.01 0.45 0.02 0.38 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.85 0.38 0.57 0.44 0.79 0.67
O2' 0.04 0.08 0.01 0.01 0.17 0.14 0.20 0.39 0.19 0.09 0.10 0.18 0.16 0.00 0.33 0.13 0.84 0.68 0.30 0.73
O3' 0.09 0.49 0.09 0.01 0.17 0.07 0.20 0.21 0.25 0.13 0.42 0.18 0.85 0.33 0.00 0.17 0.14 0.14 0.70 0.35
O4' 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.02 0.18 0.05 0.24 0.01 0.14 0.02 0.38 0.13 0.17 0.00 0.05 0.10 0.43 0.21
O5' 0.55 0.39 0.59 0.28 0.08 0.03 0.12 0.01 0.07 0.30 0.26 0.05 0.57 0.84 0.14 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.44 0.32 0.47 0.25 0.12 0.09 0.11 0.28 0.13 0.28 0.23 0.11 0.44 0.68 0.14 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.75 0.85 0.32 0.18 0.92 0.14 0.90 0.10 0.87 0.84 0.89 0.94 0.79 0.30 0.70 0.43 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.68 0.60 0.53 0.16 0.44 0.06 0.38 0.01 0.43 0.57 0.53 0.41 0.67 0.73 0.35 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.02 0.92 1.22 1.06 0.58 0.85 0.51 0.53 0.60 0.83 0.78 1.11 1.47 0.90 0.52 0.75 0.23 0.11 0.11 0.11
C2 0.90 0.78 1.21 0.98 0.50 0.76 0.46 0.52 0.54 0.73 0.65 0.94 1.50 0.79 0.45 0.58 0.24 0.13 0.14 0.15
C2' 0.96 0.99 1.18 0.91 0.68 0.59 0.55 0.18 0.61 0.85 0.88 1.18 1.53 0.77 0.63 0.59 0.22 0.26 0.31 0.25
C3' 0.27 0.29 0.39 0.22 0.19 0.30 0.31 0.65 0.25 0.17 0.20 0.51 0.70 0.22 0.24 0.30 0.92 0.98 0.97 0.97
C4 0.71 0.58 1.09 0.82 0.39 0.64 0.38 0.53 0.45 0.57 0.47 0.69 1.34 0.60 0.37 0.40 0.29 0.20 0.21 0.22
C4' 0.10 0.10 0.04 0.08 0.45 0.26 0.58 0.56 0.49 0.21 0.22 0.20 0.27 0.12 0.52 0.28 0.97 0.92 0.87 0.98
C5 0.69 0.57 1.05 0.78 0.39 0.64 0.38 0.54 0.45 0.56 0.47 0.66 1.24 0.54 0.37 0.41 0.29 0.17 0.17 0.19
C5' 0.30 0.29 0.27 0.37 0.65 0.55 0.82 0.95 0.75 0.45 0.41 0.17 0.14 0.26 0.70 0.52 1.35 1.29 1.22 1.35
C6 0.80 0.68 1.11 0.88 0.45 0.72 0.42 0.55 0.50 0.65 0.57 0.80 1.30 0.63 0.41 0.52 0.25 0.12 0.11 0.13
N1 0.91 0.79 1.19 0.98 0.51 0.78 0.46 0.53 0.55 0.74 0.66 0.95 1.44 0.78 0.46 0.61 0.24 0.12 0.12 0.12
N3 0.81 0.69 1.17 0.91 0.44 0.70 0.42 0.52 0.50 0.65 0.56 0.82 1.46 0.71 0.41 0.48 0.27 0.17 0.18 0.19
N4 0.63 0.49 1.04 0.75 0.34 0.59 0.35 0.52 0.40 0.50 0.40 0.58 1.29 0.55 0.35 0.33 0.32 0.25 0.26 0.28
O2 0.95 0.85 1.24 1.01 0.54 0.78 0.48 0.50 0.57 0.78 0.71 1.04 1.56 0.85 0.48 0.63 0.23 0.12 0.13 0.13
O2' 1.53 1.63 1.70 1.35 1.32 1.01 1.16 0.58 1.21 1.46 1.54 1.82 2.09 1.17 1.27 1.11 0.45 0.31 0.16 0.30
O3' 0.31 0.28 0.16 0.27 0.38 0.60 0.48 0.93 0.45 0.31 0.28 0.34 0.30 0.43 0.41 0.58 1.09 1.09 0.92 1.02
O4' 0.26 0.13 0.37 0.31 0.35 0.26 0.46 0.08 0.31 0.08 0.13 0.33 0.58 0.24 0.46 0.11 0.56 0.52 0.52 0.61
O5' 0.02 0.07 0.10 0.13 0.45 0.17 0.60 0.47 0.52 0.21 0.21 0.20 0.22 0.02 0.51 0.16 0.89 0.85 0.74 0.91
OP1 0.09 0.19 0.52 0.27 0.57 0.14 0.68 0.07 0.59 0.30 0.35 0.20 0.50 0.02 0.64 0.20 0.52 0.51 0.43 0.62
OP2 0.47 0.38 0.15 0.39 0.27 0.71 0.26 0.65 0.30 0.37 0.32 0.46 0.17 0.01 0.23 0.69 0.34 0.48 0.57 0.37
P 0.17 0.11 0.14 0.01 0.19 0.21 0.27 0.05 0.22 0.04 0.05 0.29 0.19 0.00 0.23 0.25 0.36 0.31 0.16 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.23 0.02 0.00 0.23 0.28 0.14 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.25 0.01 0.05 0.34 0.24 0.15 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.20 0.09 0.02 0.03 0.08 0.01 0.02 0.06 0.01 0.35 0.02 0.43 0.23
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.13 0.00 0.16 0.02 0.15 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.15 0.03 0.09 0.28 0.12 0.14
C4 0.02 0.02 0.05 0.13 0.00 0.02 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.03 0.24 0.08 0.00 0.04 0.39 0.17 0.20 0.24
C4' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.18 0.02 0.03 0.00 0.03 0.29 0.12 0.12
C5 0.01 0.02 0.09 0.16 0.00 0.02 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.03 0.00 0.08 0.39 0.15 0.21 0.24
C5' 0.09 0.15 0.20 0.02 0.20 0.00 0.21 0.00 0.20 0.16 0.18 0.13 0.05 0.18 0.22 0.01 0.00 0.16 0.19 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.02 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.03 0.01 0.09 0.39 0.13 0.19 0.20
N1 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.15 0.01 0.01 0.34 0.21 0.16 0.15
N3 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.02 0.18 0.01 0.01 0.00 0.03 0.16 0.19 0.01 0.03 0.38 0.20 0.17 0.20
O2 0.04 0.01 0.08 0.04 0.03 0.05 0.02 0.13 0.02 0.02 0.03 0.00 0.09 0.38 0.03 0.12 0.31 0.28 0.15 0.14
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.24 0.18 0.29 0.05 0.25 0.13 0.16 0.09 0.00 0.06 0.25 0.07 0.28 0.07 0.46 0.23
O3' 0.23 0.25 0.02 0.01 0.08 0.02 0.03 0.18 0.03 0.15 0.19 0.38 0.06 0.00 0.07 0.16 0.29 0.36 0.10 0.29
O4 0.02 0.01 0.06 0.15 0.00 0.03 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.03 0.25 0.07 0.00 0.05 0.39 0.19 0.22 0.26
O4' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.03 0.12 0.07 0.16 0.05 0.00 0.04 0.47 0.09 0.26
O5' 0.23 0.34 0.35 0.09 0.39 0.03 0.39 0.00 0.39 0.34 0.38 0.31 0.28 0.29 0.39 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.28 0.24 0.02 0.28 0.17 0.29 0.15 0.16 0.13 0.21 0.20 0.28 0.07 0.36 0.19 0.47 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.15 0.43 0.12 0.20 0.12 0.21 0.19 0.19 0.16 0.17 0.15 0.46 0.10 0.22 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.16 0.23 0.14 0.24 0.12 0.24 0.01 0.20 0.15 0.20 0.14 0.23 0.29 0.26 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00