ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54653

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.003, 0.029, 0.054, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.029 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.027, 0.057, 0.088, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.057 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.012, 0.064, 0.116, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.084, 0.185, 0.285, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.185 std_dev=0.100
C2' A 0, 0.062, 0.189, 0.315, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.189 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.074, 0.234, 0.395, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.234 std_dev=0.160
C3' A 0, 0.131, 0.316, 0.501, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.316 std_dev=0.185
C4' A 0, 0.117, 0.305, 0.493, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.305 std_dev=0.188
P B 0, 0.239, 0.478, 0.716, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.478 std_dev=0.238
O3' A 0, 0.196, 0.446, 0.697, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.446 std_dev=0.251
C5' A 0, 0.159, 0.503, 0.847, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.503 std_dev=0.344
O5' A 0, 0.177, 0.547, 0.918, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.547 std_dev=0.371
O3' B 0, 0.377, 0.752, 1.128, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.752 std_dev=0.375
OP2 B 0, 0.353, 0.775, 1.198, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.775 std_dev=0.422
O5' B 0, 0.358, 0.837, 1.316, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.837 std_dev=0.479
OP1 B 0, 0.500, 0.992, 1.485, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.992 std_dev=0.492
C3' B 0, 0.397, 0.907, 1.416, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.907 std_dev=0.510
P A 0, 0.274, 0.826, 1.379, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.826 std_dev=0.552
O2' B 0, 0.559, 1.189, 1.819, 1.971 max_d=1.971 avg_d=1.189 std_dev=0.630
C5' B 0, 0.477, 1.226, 1.975, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.226 std_dev=0.749
OP2 A 0, 0.177, 1.025, 1.874, 2.763 max_d=2.763 avg_d=1.025 std_dev=0.849
C2' B 0, 0.572, 1.455, 2.337, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.455 std_dev=0.883
C4' B 0, 0.447, 1.356, 2.265, 2.882 max_d=2.882 avg_d=1.356 std_dev=0.909
OP1 A 0, 0.075, 1.202, 2.330, 3.568 max_d=3.568 avg_d=1.202 std_dev=1.128
O4' B 0, 0.901, 2.363, 3.826, 4.668 max_d=4.668 avg_d=2.363 std_dev=1.462
C1' B 0, 0.798, 2.368, 3.938, 5.092 max_d=5.092 avg_d=2.368 std_dev=1.570
N1 B 0, 1.328, 3.612, 5.897, 7.081 max_d=7.081 avg_d=3.612 std_dev=2.285
C6 B 0, 1.387, 3.832, 6.278, 7.369 max_d=7.369 avg_d=3.832 std_dev=2.446
C2 B 0, 1.846, 4.873, 7.900, 8.985 max_d=8.985 avg_d=4.873 std_dev=3.027
O2 B 0, 1.976, 5.031, 8.086, 8.855 max_d=8.855 avg_d=5.031 std_dev=3.055
C5 B 0, 1.786, 5.048, 8.309, 9.637 max_d=9.637 avg_d=5.048 std_dev=3.262
N3 B 0, 2.266, 6.135, 10.004, 11.180 max_d=11.180 avg_d=6.135 std_dev=3.869
C4 B 0, 2.240, 6.274, 10.308, 11.738 max_d=11.738 avg_d=6.274 std_dev=4.034
O4 B 0, 2.662, 7.538, 12.414, 13.973 max_d=13.973 avg_d=7.538 std_dev=4.876

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.10 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.16 0.09
C2 0.04 0.00 0.09 0.15 0.02 0.09 0.02 0.16 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.16 0.04 0.26 0.39 0.57 0.34
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.06 0.18 0.00 0.01 0.01 0.05 0.31 0.15 0.08
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.14 0.10 0.23 0.02 0.01 0.01 0.04 0.36 0.25 0.07
C4 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.08 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.06 0.29 0.37 0.81 0.39
C4' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.09 0.09 0.14 0.03 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.01
C5 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.23 0.21 0.70 0.29
C5' 0.03 0.16 0.02 0.01 0.19 0.01 0.17 0.00 0.12 0.11 0.19 0.22 0.18 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.18 0.02
C6 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.16 0.13 0.46 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.17 0.23 0.40 0.21
N3 0.03 0.01 0.07 0.14 0.01 0.09 0.02 0.19 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.16 0.04 0.30 0.45 0.75 0.41
N4 0.02 0.03 0.06 0.10 0.01 0.09 0.01 0.22 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.12 0.06 0.31 0.42 0.93 0.44
O2 0.10 0.01 0.18 0.23 0.02 0.14 0.03 0.18 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.14 0.25 0.10 0.26 0.43 0.51 0.34
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.08 0.07 0.14 0.00 0.03 0.06 0.04 0.29 0.20 0.06
O3' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.10 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.16 0.12 0.25 0.03 0.00 0.01 0.05 0.46 0.43 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.04 0.06 0.10 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.03
O5' 0.07 0.26 0.05 0.04 0.29 0.01 0.23 0.01 0.16 0.17 0.30 0.31 0.26 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.16 0.39 0.31 0.36 0.37 0.14 0.21 0.04 0.13 0.23 0.45 0.42 0.43 0.29 0.46 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.57 0.15 0.25 0.81 0.17 0.70 0.18 0.46 0.40 0.75 0.93 0.51 0.20 0.43 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.34 0.08 0.07 0.39 0.01 0.29 0.02 0.18 0.21 0.41 0.44 0.34 0.06 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.89 1.89 0.76 0.31 2.20 0.26 1.82 0.34 1.48 1.43 2.26 1.97 0.63 0.10 2.43 0.62 0.28 0.18 0.29 0.15
C2 1.02 2.16 0.80 0.39 2.72 0.30 2.32 0.37 1.85 1.67 2.66 2.22 0.65 0.23 3.05 0.74 0.36 0.19 0.24 0.21
C2' 0.73 1.61 0.72 0.28 1.98 0.17 1.68 0.31 1.36 1.23 1.98 1.67 0.60 0.10 2.23 0.45 0.21 0.12 0.34 0.09
C3' 0.54 1.22 0.63 0.21 1.50 0.09 1.31 0.29 1.07 0.93 1.49 1.28 0.54 0.06 1.68 0.27 0.17 0.12 0.30 0.07
C4 0.98 2.10 0.70 0.37 2.78 0.27 2.53 0.34 1.99 1.67 2.59 2.20 0.56 0.24 3.09 0.75 0.38 0.23 0.26 0.26
C4' 0.53 1.22 0.59 0.20 1.40 0.14 1.15 0.36 0.93 0.90 1.45 1.29 0.50 0.13 1.55 0.31 0.22 0.15 0.27 0.14
C5 0.96 1.99 0.70 0.37 2.44 0.28 2.26 0.31 1.88 1.60 2.36 2.14 0.56 0.22 2.61 0.75 0.35 0.22 0.29 0.21
C5' 0.30 0.82 0.45 0.22 0.90 0.15 0.73 0.40 0.58 0.57 0.97 0.94 0.44 0.26 1.00 0.15 0.25 0.22 0.25 0.20
C6 0.97 1.97 0.78 0.37 2.26 0.30 1.99 0.31 1.69 1.55 2.29 2.12 0.63 0.19 2.42 0.72 0.31 0.20 0.30 0.16
N1 0.98 2.04 0.80 0.37 2.42 0.29 2.07 0.34 1.70 1.58 2.44 2.13 0.66 0.18 2.66 0.71 0.32 0.18 0.28 0.17
N3 1.02 2.19 0.75 0.38 2.88 0.28 2.51 0.37 1.97 1.71 2.72 2.26 0.60 0.24 3.26 0.75 0.39 0.21 0.23 0.25
N4 0.94 2.04 0.62 0.35 2.82 0.25 2.63 0.32 2.02 1.62 2.54 2.15 0.50 0.26 3.20 0.73 0.38 0.26 0.26 0.30
O2 1.03 2.18 0.83 0.40 2.74 0.32 2.31 0.39 1.83 1.67 2.70 2.22 0.69 0.25 3.12 0.73 0.37 0.18 0.23 0.21
O2' 0.72 1.64 0.69 0.26 2.03 0.17 1.67 0.32 1.32 1.23 2.03 1.66 0.53 0.06 2.30 0.46 0.22 0.11 0.34 0.10
O3' 0.41 0.94 0.54 0.16 1.26 0.07 1.11 0.28 0.89 0.73 1.21 0.97 0.46 0.04 1.43 0.15 0.18 0.20 0.30 0.10
O4' 0.81 1.69 0.72 0.27 1.86 0.26 1.52 0.35 1.25 1.27 1.96 1.79 0.61 0.10 2.04 0.58 0.27 0.23 0.30 0.18
O5' 0.40 0.87 0.57 0.15 0.92 0.06 0.81 0.36 0.71 0.63 0.99 1.07 0.62 0.02 1.00 0.17 0.20 0.15 0.26 0.17
OP1 0.57 0.24 0.56 0.18 0.42 0.27 0.61 0.25 0.66 0.48 0.26 0.16 0.86 0.02 0.39 0.48 0.21 0.12 0.30 0.07
OP2 0.30 0.51 0.08 0.28 0.21 0.62 0.29 0.90 0.33 0.12 0.47 0.94 0.29 0.03 0.28 0.56 0.63 0.58 0.82 0.68
P 0.25 0.31 0.32 0.02 0.34 0.19 0.47 0.40 0.48 0.21 0.35 0.61 0.49 0.01 0.39 0.21 0.19 0.15 0.33 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.02 0.01 0.25 0.49 0.41 0.26
C2 0.01 0.00 0.16 0.42 0.01 0.31 0.02 0.36 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.22 0.01 0.22 0.95 1.00 1.04 0.96
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.07 0.01 0.13 0.18 0.15 0.05 0.12 0.29 0.01 0.04 0.08 0.01 0.12 0.25 0.37 0.18
C3' 0.01 0.42 0.00 0.00 0.30 0.01 0.43 0.02 0.45 0.17 0.36 0.76 0.02 0.01 0.32 0.03 0.16 0.15 0.35 0.21
C4 0.02 0.01 0.07 0.30 0.00 0.15 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.20 0.00 0.02 0.61 0.55 1.39 0.83
C4' 0.02 0.31 0.01 0.01 0.15 0.00 0.38 0.01 0.43 0.08 0.22 0.63 0.25 0.02 0.16 0.01 0.01 0.25 0.13 0.06
C5 0.03 0.02 0.13 0.43 0.01 0.38 0.00 0.72 0.00 0.01 0.02 0.03 0.20 0.44 0.02 0.20 0.61 0.51 1.61 0.98
C5' 0.07 0.36 0.18 0.02 0.30 0.01 0.72 0.00 0.75 0.16 0.23 0.85 0.08 0.20 0.32 0.02 0.01 0.14 0.29 0.02
C6 0.03 0.02 0.15 0.45 0.01 0.43 0.00 0.75 0.00 0.01 0.02 0.03 0.16 0.44 0.01 0.26 0.57 0.40 1.34 0.85
N1 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.16 0.01 0.01 0.41 0.49 0.81 0.49
N3 0.01 0.01 0.12 0.36 0.01 0.22 0.02 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.11 0.01 0.15 0.90 0.91 1.22 0.97
O2 0.02 0.01 0.29 0.76 0.02 0.63 0.03 0.85 0.03 0.02 0.01 0.00 0.37 0.56 0.02 0.40 1.43 1.44 1.37 1.42
O2' 0.02 0.29 0.01 0.02 0.25 0.25 0.20 0.08 0.16 0.15 0.29 0.37 0.00 0.07 0.27 0.15 0.10 0.26 0.28 0.14
O3' 0.29 0.22 0.04 0.01 0.20 0.02 0.44 0.20 0.44 0.16 0.11 0.56 0.07 0.00 0.21 0.20 0.35 0.33 0.41 0.35
O4 0.02 0.01 0.08 0.32 0.00 0.16 0.02 0.32 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.21 0.00 0.02 0.66 0.60 1.54 0.93
O4' 0.01 0.22 0.01 0.03 0.02 0.01 0.20 0.02 0.26 0.01 0.15 0.40 0.15 0.20 0.02 0.00 0.40 0.62 0.39 0.39
O5' 0.25 0.95 0.12 0.16 0.61 0.01 0.61 0.01 0.57 0.41 0.90 1.43 0.10 0.35 0.66 0.40 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.49 1.00 0.25 0.15 0.55 0.25 0.51 0.14 0.40 0.49 0.91 1.44 0.26 0.33 0.60 0.62 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 1.04 0.37 0.35 1.39 0.13 1.61 0.29 1.34 0.81 1.22 1.37 0.28 0.41 1.54 0.39 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.96 0.18 0.21 0.83 0.06 0.98 0.02 0.85 0.49 0.97 1.42 0.14 0.35 0.93 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00