ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54654

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.001, 0.021, 0.041, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C3' A 0, 0.031, 0.079, 0.127, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.079 std_dev=0.048
O3' A 0, 0.025, 0.113, 0.200, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.113 std_dev=0.088
C4' A 0, 0.025, 0.115, 0.206, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.115 std_dev=0.090
O4' A 0, -0.007, 0.092, 0.191, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.092 std_dev=0.099
C5' B 0, 0.060, 0.162, 0.265, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.162 std_dev=0.103
C2' A 0, -0.005, 0.104, 0.213, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.104 std_dev=0.109
O5' B 0, 0.044, 0.196, 0.349, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.196 std_dev=0.152
C5' A 0, 0.049, 0.219, 0.389, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.219 std_dev=0.170
OP1 B 0, 0.028, 0.238, 0.449, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.238 std_dev=0.211
P B 0, 0.030, 0.250, 0.470, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.250 std_dev=0.220
O2' A 0, -0.018, 0.207, 0.431, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.207 std_dev=0.224
C4' B 0, 0.012, 0.238, 0.465, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.238 std_dev=0.226
O5' A 0, 0.049, 0.279, 0.509, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.279 std_dev=0.230
O3' B 0, 0.038, 0.270, 0.502, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.270 std_dev=0.232
C3' B 0, 0.014, 0.288, 0.561, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.288 std_dev=0.273
OP2 B 0, -0.003, 0.324, 0.650, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.324 std_dev=0.327
O4' B 0, -0.049, 0.286, 0.622, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.286 std_dev=0.335
OP2 A 0, 0.055, 0.402, 0.750, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.402 std_dev=0.347
P A 0, -0.011, 0.370, 0.751, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.370 std_dev=0.381
C2' B 0, -0.025, 0.374, 0.773, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.374 std_dev=0.399
C1' B 0, -0.064, 0.359, 0.781, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.359 std_dev=0.423
O2' B 0, -0.024, 0.410, 0.843, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.410 std_dev=0.434
C6 B 0, -0.062, 0.398, 0.858, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.398 std_dev=0.460
N1 B 0, -0.077, 0.402, 0.882, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.402 std_dev=0.479
C5 B 0, -0.077, 0.465, 1.006, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.465 std_dev=0.541
OP1 A 0, -0.099, 0.472, 1.043, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.472 std_dev=0.571
C2 B 0, -0.107, 0.479, 1.065, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.479 std_dev=0.586
O2 B 0, -0.128, 0.507, 1.142, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.507 std_dev=0.635
C4 B 0, -0.105, 0.536, 1.177, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.536 std_dev=0.641
N3 B 0, -0.116, 0.537, 1.190, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.537 std_dev=0.653
O4 B 0, -0.111, 0.610, 1.331, 2.137 max_d=2.137 avg_d=0.610 std_dev=0.721

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.10 0.14 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.02 0.06 0.15 0.16 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.14 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.14 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.11 0.11 0.05
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.13 0.04
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02 0.02 0.07 0.09 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.03 0.02 0.07 0.10 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.11 0.13 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.14 0.15 0.08
N4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.11 0.10 0.05
O2 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.03 0.05 0.09 0.18 0.19 0.11
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.02 0.07 0.02 0.04 0.05 0.13 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.15 0.03
O3' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.16 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.11 0.13 0.06
O5' 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.09 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.15 0.06 0.04 0.11 0.06 0.07 0.02 0.07 0.11 0.14 0.11 0.18 0.05 0.09 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.16 0.14 0.14 0.11 0.13 0.09 0.07 0.10 0.13 0.15 0.10 0.19 0.15 0.16 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.06 0.08 0.05 0.11 0.03 0.07 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.17 0.12 0.11 0.13 0.13 0.07 0.12 0.07 0.12 0.17 0.21 0.14 0.11 0.16 0.12 0.08 0.13 0.15 0.11
C2 0.20 0.25 0.20 0.18 0.20 0.18 0.15 0.15 0.15 0.20 0.25 0.29 0.22 0.18 0.23 0.19 0.10 0.11 0.13 0.10
C2' 0.10 0.16 0.10 0.10 0.12 0.11 0.06 0.11 0.06 0.11 0.16 0.20 0.11 0.10 0.16 0.11 0.07 0.12 0.15 0.11
C3' 0.10 0.16 0.10 0.10 0.12 0.11 0.06 0.12 0.06 0.10 0.16 0.20 0.10 0.10 0.16 0.11 0.08 0.14 0.18 0.13
C4 0.13 0.15 0.11 0.09 0.11 0.13 0.08 0.12 0.08 0.12 0.14 0.18 0.15 0.07 0.12 0.13 0.07 0.07 0.07 0.06
C4' 0.12 0.17 0.11 0.11 0.13 0.13 0.08 0.14 0.07 0.12 0.17 0.21 0.12 0.11 0.17 0.13 0.10 0.17 0.21 0.16
C5 0.07 0.09 0.06 0.06 0.04 0.09 0.03 0.09 0.03 0.06 0.07 0.12 0.10 0.04 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.07
C5' 0.13 0.18 0.11 0.13 0.15 0.15 0.10 0.17 0.09 0.13 0.19 0.21 0.12 0.12 0.19 0.14 0.14 0.21 0.25 0.20
C6 0.08 0.11 0.07 0.07 0.06 0.10 0.03 0.10 0.04 0.07 0.10 0.14 0.10 0.06 0.08 0.09 0.06 0.12 0.11 0.09
N1 0.13 0.18 0.13 0.12 0.13 0.14 0.08 0.13 0.08 0.13 0.17 0.21 0.15 0.11 0.16 0.13 0.08 0.12 0.13 0.10
N3 0.20 0.24 0.20 0.17 0.19 0.19 0.15 0.15 0.15 0.20 0.23 0.27 0.23 0.16 0.21 0.19 0.10 0.09 0.10 0.09
N4 0.11 0.12 0.09 0.06 0.08 0.10 0.06 0.09 0.07 0.10 0.11 0.15 0.13 0.03 0.09 0.11 0.06 0.04 0.04 0.04
O2 0.25 0.31 0.26 0.23 0.27 0.21 0.21 0.16 0.20 0.25 0.32 0.36 0.28 0.23 0.30 0.22 0.12 0.11 0.15 0.11
O2' 0.09 0.15 0.09 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.15 0.19 0.09 0.08 0.14 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07
O3' 0.08 0.13 0.08 0.07 0.10 0.08 0.05 0.08 0.06 0.08 0.14 0.17 0.09 0.07 0.13 0.08 0.05 0.11 0.14 0.09
O4' 0.12 0.17 0.12 0.11 0.12 0.13 0.07 0.13 0.07 0.12 0.16 0.21 0.14 0.11 0.16 0.13 0.09 0.15 0.17 0.13
O5' 0.10 0.15 0.09 0.10 0.11 0.12 0.07 0.14 0.07 0.10 0.14 0.18 0.11 0.09 0.14 0.12 0.11 0.16 0.21 0.16
OP1 0.11 0.15 0.10 0.10 0.12 0.12 0.09 0.14 0.09 0.12 0.16 0.18 0.09 0.09 0.16 0.12 0.12 0.14 0.22 0.16
OP2 0.10 0.14 0.09 0.10 0.13 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.15 0.17 0.07 0.10 0.17 0.10 0.10 0.14 0.18 0.13
P 0.10 0.16 0.09 0.10 0.13 0.12 0.08 0.13 0.07 0.11 0.16 0.19 0.09 0.09 0.17 0.12 0.11 0.15 0.22 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.06 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.05 0.07 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02
N3 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04
O2 0.03 0.01 0.08 0.08 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.07 0.03 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.08 0.10 0.02 0.00 0.09 0.01 0.03 0.08 0.04 0.04
O4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03
O5' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03 0.08 0.01 0.07 0.05 0.05 0.02 0.03 0.04 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00