ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54655

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.001, 0.022, 0.042, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.064, 0.265, 0.466, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.265 std_dev=0.201
C2' A 0, 0.058, 0.268, 0.477, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.268 std_dev=0.210
O2' A 0, 0.040, 0.278, 0.517, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.278 std_dev=0.239
P B 0, 0.138, 0.393, 0.649, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.393 std_dev=0.256
OP1 B 0, 0.162, 0.437, 0.712, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.437 std_dev=0.275
C4' A 0, 0.109, 0.406, 0.704, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.406 std_dev=0.297
C3' A 0, 0.109, 0.433, 0.757, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.433 std_dev=0.324
OP1 A 0, 0.177, 0.528, 0.879, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.528 std_dev=0.351
O3' A 0, 0.159, 0.616, 1.072, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.616 std_dev=0.457
C5' A 0, 0.163, 0.673, 1.182, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.673 std_dev=0.509
O5' A 0, 0.097, 0.700, 1.304, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.700 std_dev=0.603
OP2 B 0, 0.014, 0.669, 1.324, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.669 std_dev=0.655
P A 0, 0.073, 0.813, 1.553, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.813 std_dev=0.740
O5' B 0, 0.097, 0.979, 1.862, 2.183 max_d=2.183 avg_d=0.979 std_dev=0.883
C5 B 0, -0.048, 0.838, 1.725, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.838 std_dev=0.887
C6 B 0, -0.074, 0.885, 1.843, 2.276 max_d=2.276 avg_d=0.885 std_dev=0.958
C3' B 0, 0.014, 1.068, 2.123, 2.557 max_d=2.557 avg_d=1.068 std_dev=1.054
C4' B 0, -0.014, 1.128, 2.270, 2.739 max_d=2.739 avg_d=1.128 std_dev=1.142
N1 B 0, -0.050, 1.141, 2.332, 2.832 max_d=2.832 avg_d=1.141 std_dev=1.191
C4 B 0, -0.044, 1.218, 2.481, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.218 std_dev=1.262
O4' B 0, -0.062, 1.205, 2.473, 2.992 max_d=2.992 avg_d=1.205 std_dev=1.267
C1' B 0, -0.060, 1.219, 2.499, 3.038 max_d=3.038 avg_d=1.219 std_dev=1.279
OP2 A 0, -0.091, 1.209, 2.510, 3.045 max_d=3.045 avg_d=1.209 std_dev=1.301
O3' B 0, -0.107, 1.217, 2.542, 3.107 max_d=3.107 avg_d=1.217 std_dev=1.325
C5' B 0, -0.084, 1.320, 2.724, 3.299 max_d=3.299 avg_d=1.320 std_dev=1.404
O4 B 0, -0.047, 1.387, 2.820, 3.410 max_d=3.410 avg_d=1.387 std_dev=1.434
C2' B 0, -0.096, 1.420, 2.935, 3.580 max_d=3.580 avg_d=1.420 std_dev=1.515
C2 B 0, -0.053, 1.548, 3.150, 3.785 max_d=3.785 avg_d=1.548 std_dev=1.602
N3 B 0, -0.062, 1.599, 3.260, 3.914 max_d=3.914 avg_d=1.599 std_dev=1.661
O2 B 0, -0.069, 1.928, 3.925, 4.711 max_d=4.711 avg_d=1.928 std_dev=1.997
O2' B 0, -0.334, 2.092, 4.517, 5.548 max_d=5.548 avg_d=2.092 std_dev=2.426

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.21 0.04 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.10 0.22 0.28 0.13
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.23 0.08
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.05 0.04 0.09 0.01 0.00 0.01 0.05 0.37 0.36 0.10
C4 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.13 0.25 0.61 0.22
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.16 0.22 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04 0.14 0.25 0.67 0.24
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.18 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.05 0.12 0.23 0.46 0.19
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.22 0.25 0.12
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.12 0.24 0.44 0.17
N4 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.13 0.25 0.72 0.25
O2 0.00 0.00 0.12 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.12 0.06 0.08 0.21 0.15 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.33 0.32 0.07
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.08 0.03 0.07 0.06 0.12 0.01 0.00 0.01 0.09 0.44 0.60 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.05
O5' 0.05 0.10 0.02 0.05 0.13 0.01 0.14 0.01 0.12 0.09 0.12 0.13 0.08 0.01 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 0.22 0.35 0.37 0.25 0.16 0.25 0.01 0.23 0.22 0.24 0.25 0.21 0.33 0.44 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.28 0.23 0.36 0.61 0.22 0.67 0.18 0.46 0.25 0.44 0.72 0.15 0.32 0.60 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.08 0.10 0.22 0.02 0.24 0.01 0.19 0.12 0.17 0.25 0.09 0.07 0.15 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 1.31 0.09 0.16 1.14 0.44 0.55 0.95 0.28 0.60 1.50 1.74 0.71 0.10 1.35 0.51 0.23 0.21 0.55 0.11
C2 0.37 1.48 0.14 0.19 1.23 0.58 0.57 1.09 0.31 0.72 1.65 1.94 0.60 0.25 1.45 0.74 0.38 0.10 0.47 0.08
C2' 0.13 1.13 0.03 0.20 0.99 0.41 0.46 0.94 0.21 0.50 1.31 1.52 0.51 0.16 1.19 0.40 0.22 0.18 0.66 0.16
C3' 0.05 0.95 0.11 0.20 0.82 0.31 0.37 0.80 0.15 0.39 1.09 1.29 0.41 0.13 0.98 0.25 0.18 0.18 0.73 0.20
C4 0.58 1.59 0.16 0.27 1.28 0.70 0.64 1.17 0.42 0.88 1.71 2.05 0.32 0.37 1.47 0.93 0.51 0.05 0.45 0.07
C4' 0.05 0.94 0.08 0.09 0.85 0.21 0.38 0.67 0.13 0.35 1.12 1.29 0.72 0.09 1.02 0.18 0.18 0.22 0.66 0.16
C5 0.59 1.58 0.21 0.32 1.26 0.70 0.67 1.20 0.46 0.89 1.66 2.03 0.26 0.37 1.42 0.89 0.41 0.13 0.56 0.08
C5' 0.14 0.78 0.10 0.07 0.69 0.07 0.29 0.45 0.06 0.25 0.92 1.10 0.68 0.22 0.82 0.02 0.28 0.21 0.70 0.21
C6 0.45 1.50 0.15 0.28 1.22 0.60 0.64 1.10 0.40 0.79 1.61 1.96 0.37 0.28 1.39 0.73 0.29 0.19 0.58 0.10
N1 0.34 1.44 0.10 0.20 1.21 0.54 0.59 1.06 0.33 0.71 1.60 1.90 0.57 0.21 1.41 0.67 0.30 0.17 0.54 0.10
N3 0.48 1.55 0.14 0.22 1.27 0.64 0.60 1.13 0.36 0.80 1.70 2.02 0.47 0.31 1.48 0.85 0.47 0.04 0.41 0.07
N4 0.67 1.62 0.19 0.28 1.30 0.73 0.66 1.13 0.46 0.93 1.72 2.05 0.25 0.41 1.48 1.02 0.62 0.03 0.33 0.10
O2 0.29 1.42 0.18 0.15 1.20 0.54 0.53 1.06 0.26 0.66 1.61 1.88 0.73 0.20 1.44 0.68 0.37 0.09 0.45 0.08
O2' 0.06 1.06 0.04 0.15 0.98 0.35 0.45 0.90 0.19 0.44 1.27 1.41 0.65 0.07 1.20 0.34 0.21 0.19 0.63 0.14
O3' 0.10 0.74 0.17 0.21 0.68 0.24 0.29 0.71 0.11 0.27 0.89 1.01 0.34 0.14 0.83 0.13 0.19 0.17 0.77 0.23
O4' 0.13 1.23 0.14 0.10 1.09 0.34 0.52 0.81 0.25 0.53 1.42 1.65 0.85 0.08 1.28 0.40 0.17 0.28 0.54 0.12
O5' 0.01 0.84 0.08 0.11 0.64 0.14 0.24 0.46 0.06 0.32 0.91 1.22 0.33 0.01 0.75 0.11 0.31 0.14 0.80 0.29
OP1 0.21 0.76 0.74 0.33 0.76 0.05 0.56 0.18 0.42 0.49 0.85 0.87 0.69 0.00 0.82 0.08 0.41 0.18 0.79 0.25
OP2 0.45 0.17 0.09 0.36 0.10 0.64 0.44 0.49 0.55 0.27 0.18 0.52 0.18 0.02 0.05 0.64 1.24 0.99 1.77 1.29
P 0.14 0.48 0.22 0.02 0.32 0.16 0.04 0.07 0.10 0.11 0.52 0.75 0.20 0.01 0.38 0.22 0.57 0.15 0.99 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.33 0.01 0.00 0.17 1.17 0.46 0.66
C2 0.01 0.00 0.20 0.52 0.01 0.37 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.07 0.01 0.18 0.71 1.59 1.20 1.30
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.04 0.01 0.20 0.23 0.24 0.02 0.12 0.41 0.00 0.02 0.05 0.03 0.26 0.50 0.30 0.07
C3' 0.02 0.52 0.00 0.00 0.21 0.01 0.08 0.02 0.18 0.12 0.46 0.86 0.01 0.01 0.24 0.02 0.29 0.30 0.40 0.10
C4 0.01 0.01 0.04 0.21 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.10 0.00 0.02 0.36 1.31 1.07 1.02
C4' 0.00 0.37 0.01 0.01 0.05 0.00 0.23 0.01 0.31 0.03 0.29 0.66 0.25 0.02 0.08 0.01 0.02 0.51 0.08 0.26
C5 0.01 0.00 0.20 0.08 0.00 0.23 0.00 0.54 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.27 0.01 0.14 0.07 0.95 0.59 0.55
C5' 0.08 0.46 0.23 0.02 0.07 0.01 0.54 0.00 0.64 0.09 0.35 0.93 0.03 0.25 0.04 0.01 0.00 0.11 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.24 0.18 0.01 0.31 0.00 0.64 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.35 0.01 0.20 0.17 0.91 0.39 0.41
N1 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.20 0.01 0.01 0.26 1.27 0.71 0.83
N3 0.01 0.00 0.12 0.46 0.00 0.29 0.00 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.07 0.01 0.14 0.68 1.57 1.32 1.33
O2 0.02 0.00 0.41 0.86 0.01 0.66 0.01 0.93 0.01 0.01 0.01 0.00 0.33 0.29 0.01 0.31 1.02 1.75 1.42 1.55
O2' 0.02 0.31 0.00 0.01 0.35 0.25 0.27 0.03 0.20 0.19 0.36 0.33 0.00 0.03 0.39 0.16 0.01 0.80 0.20 0.17
O3' 0.33 0.07 0.02 0.01 0.10 0.02 0.27 0.25 0.35 0.20 0.07 0.29 0.03 0.00 0.07 0.23 0.12 0.35 0.34 0.01
O4 0.01 0.01 0.05 0.24 0.00 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.07 0.00 0.04 0.44 1.35 1.23 1.12
O4' 0.00 0.18 0.03 0.02 0.02 0.01 0.14 0.01 0.20 0.01 0.14 0.31 0.16 0.23 0.04 0.00 0.38 1.24 0.72 0.88
O5' 0.17 0.71 0.26 0.29 0.36 0.02 0.07 0.00 0.17 0.26 0.68 1.02 0.01 0.12 0.44 0.38 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 1.17 1.59 0.50 0.30 1.31 0.51 0.95 0.11 0.91 1.27 1.57 1.75 0.80 0.35 1.35 1.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 1.20 0.30 0.40 1.07 0.08 0.59 0.06 0.39 0.71 1.32 1.42 0.20 0.34 1.23 0.72 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.66 1.30 0.07 0.10 1.02 0.26 0.55 0.01 0.41 0.83 1.33 1.55 0.17 0.01 1.12 0.88 0.00 0.00 0.00 0.00