Doublet Group distance statistics: 54656

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3	A	0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N4	A	0, 0.023, 0.046, 0.070, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.046 std_dev=0.023
O2	A	0, 0.023, 0.047, 0.072, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.047 std_dev=0.025
O4'	B	0, 0.305, 0.618, 0.930, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.618 std_dev=0.313
O5'	B	0, 0.271, 0.619, 0.967, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.619 std_dev=0.348
OP1	B	0, 0.316, 0.674, 1.033, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.674 std_dev=0.358
P	B	0, 0.293, 0.667, 1.041, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.667 std_dev=0.374
O4'	A	0, 0.353, 0.759, 1.165, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.759 std_dev=0.406
C2'	A	0, 0.407, 0.852, 1.297, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.852 std_dev=0.445
C4'	B	0, 0.439, 0.950, 1.461, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.950 std_dev=0.511
OP2	B	0, 0.386, 0.907, 1.428, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.907 std_dev=0.521
C4'	A	0, 0.576, 1.218, 1.860, 1.757 max_d=1.757 avg_d=1.218 std_dev=0.642
C3'	A	0, 0.625, 1.273, 1.920, 1.732 max_d=1.732 avg_d=1.273 std_dev=0.648
C1'	B	0, 0.589, 1.245, 1.900, 1.800 max_d=1.800 avg_d=1.245 std_dev=0.656
C3'	B	0, 0.656, 1.313, 1.970, 1.670 max_d=1.670 avg_d=1.313 std_dev=0.657
C2'	B	0, 0.672, 1.413, 2.153, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.413 std_dev=0.741
C2	B	0, 0.752, 1.508, 2.264, 1.959 max_d=1.959 avg_d=1.508 std_dev=0.756
O3'	B	0, 0.754, 1.539, 2.324, 2.117 max_d=2.117 avg_d=1.539 std_dev=0.785
O2'	B	0, 0.681, 1.475, 2.269, 2.191 max_d=2.191 avg_d=1.475 std_dev=0.794
O2'	A	0, 0.775, 1.578, 2.382, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.578 std_dev=0.803
C5'	A	0, 0.676, 1.525, 2.374, 2.335 max_d=2.335 avg_d=1.525 std_dev=0.849
N3	B	0, 0.864, 1.729, 2.595, 2.211 max_d=2.211 avg_d=1.729 std_dev=0.865
N1	B	0, 0.822, 1.703, 2.584, 2.391 max_d=2.391 avg_d=1.703 std_dev=0.881
C5'	B	0, 0.932, 1.886, 2.839, 2.546 max_d=2.546 avg_d=1.886 std_dev=0.954
O3'	A	0, 0.967, 1.934, 2.901, 2.434 max_d=2.434 avg_d=1.934 std_dev=0.967
O2	B	0, 1.210, 2.456, 3.701, 3.305 max_d=3.305 avg_d=2.456 std_dev=1.246
C4	B	0, 1.404, 2.852, 4.299, 3.855 max_d=3.855 avg_d=2.852 std_dev=1.448
O5'	A	0, 1.285, 2.793, 4.302, 4.140 max_d=4.140 avg_d=2.793 std_dev=1.508
C6	B	0, 1.608, 3.270, 4.931, 4.424 max_d=4.424 avg_d=3.270 std_dev=1.662
O4	B	0, 1.632, 3.302, 4.972, 4.424 max_d=4.424 avg_d=3.302 std_dev=1.670
P	A	0, 1.716, 3.510, 5.304, 4.820 max_d=4.820 avg_d=3.510 std_dev=1.794
C5	B	0, 1.935, 3.919, 5.904, 5.256 max_d=5.256 avg_d=3.919 std_dev=1.985
OP2	A	0, 2.411, 4.844, 7.277, 6.321 max_d=6.321 avg_d=4.844 std_dev=2.433
OP1	A	0, 2.556, 5.183, 7.810, 6.981 max_d=6.981 avg_d=5.183 std_dev=2.627

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.12	0.00	0.13	0.29	0.32	0.18
C2	0.01	0.00	0.08	0.11	0.01	0.03	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.10	0.03	0.05	0.19	0.34	0.49	0.24
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.00	0.07	0.08	0.08	0.01	0.06	0.01	0.14	0.00	0.00	0.01	0.12	0.18	0.14	0.07
C3'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.13	0.00	0.10	0.00	0.08	0.08	0.13	0.14	0.10	0.00	0.00	0.01	0.15	0.21	0.14	0.12
C4	0.00	0.01	0.01	0.13	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.14	0.03	0.01	0.31	0.43	0.69	0.34
C4'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.06	0.03	0.03	0.05	0.05	0.11	0.01	0.00	0.00	0.13	0.28	0.11
C5	0.00	0.00	0.07	0.10	0.00	0.06	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.04	0.05	0.36	0.46	0.70	0.36
C5'	0.03	0.02	0.08	0.00	0.07	0.00	0.09	0.00	0.08	0.04	0.04	0.08	0.01	0.03	0.09	0.01	0.00	0.10	0.15	0.00
C6	0.01	0.00	0.08	0.08	0.00	0.06	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.15	0.01	0.06	0.34	0.43	0.57	0.32
N1	0.00	0.00	0.01	0.08	0.01	0.03	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.08	0.04	0.00	0.22	0.35	0.46	0.24
N3	0.01	0.00	0.06	0.13	0.00	0.03	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.12	0.02	0.03	0.24	0.38	0.60	0.28
N4	0.01	0.01	0.01	0.14	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.16	0.05	0.01	0.32	0.45	0.76	0.36
O2	0.02	0.00	0.14	0.10	0.01	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.14	0.07	0.09	0.11	0.29	0.42	0.18
O2'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.14	0.11	0.16	0.03	0.15	0.08	0.12	0.16	0.14	0.00	0.01	0.08	0.14	0.20	0.15	0.10
O3'	0.12	0.03	0.00	0.00	0.03	0.01	0.04	0.09	0.01	0.04	0.02	0.05	0.07	0.01	0.00	0.08	0.18	0.28	0.23	0.16
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.05	0.01	0.06	0.00	0.03	0.01	0.09	0.08	0.08	0.00	0.09	0.29	0.35	0.19
O5'	0.13	0.19	0.12	0.15	0.31	0.00	0.36	0.00	0.34	0.22	0.24	0.32	0.11	0.14	0.18	0.09	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.29	0.34	0.18	0.21	0.43	0.13	0.46	0.10	0.43	0.35	0.38	0.45	0.29	0.20	0.28	0.29	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.32	0.49	0.14	0.14	0.69	0.28	0.70	0.15	0.57	0.46	0.60	0.76	0.42	0.15	0.23	0.35	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.18	0.24	0.07	0.12	0.34	0.11	0.36	0.00	0.32	0.24	0.28	0.36	0.18	0.10	0.16	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.28	0.16	0.34	0.25	0.44	0.17	0.61	0.19	0.56	0.34	0.23	0.13	0.29	0.19	0.47	0.18	0.10	0.11	0.12	0.07
C2	0.28	0.16	0.34	0.29	0.48	0.21	0.70	0.24	0.63	0.35	0.23	0.27	0.25	0.23	0.52	0.21	0.16	0.09	0.04	0.06
C2'	0.27	0.17	0.28	0.24	0.30	0.29	0.43	0.31	0.40	0.26	0.16	0.26	0.28	0.23	0.32	0.28	0.22	0.01	0.04	0.05
C3'	0.21	0.09	0.24	0.20	0.24	0.16	0.37	0.13	0.36	0.21	0.10	0.16	0.23	0.17	0.25	0.17	0.09	0.20	0.23	0.15
C4	0.25	0.16	0.31	0.29	0.47	0.20	0.71	0.24	0.65	0.33	0.20	0.35	0.19	0.21	0.50	0.20	0.18	0.08	0.09	0.07
C4'	0.19	0.05	0.24	0.15	0.24	0.05	0.36	0.10	0.36	0.20	0.10	0.11	0.24	0.11	0.24	0.09	0.02	0.19	0.24	0.15
C5	0.24	0.14	0.30	0.28	0.43	0.19	0.67	0.22	0.62	0.31	0.18	0.32	0.18	0.20	0.46	0.20	0.16	0.10	0.03	0.05
C5'	0.13	0.07	0.17	0.11	0.11	0.04	0.22	0.09	0.23	0.12	0.05	0.19	0.18	0.11	0.10	0.05	0.06	0.21	0.29	0.17
C6	0.26	0.13	0.32	0.28	0.43	0.19	0.63	0.21	0.59	0.32	0.19	0.25	0.23	0.21	0.45	0.20	0.13	0.11	0.10	0.07
N1	0.28	0.15	0.34	0.28	0.45	0.19	0.65	0.22	0.60	0.34	0.21	0.22	0.26	0.22	0.48	0.20	0.13	0.10	0.07	0.06
N3	0.27	0.17	0.33	0.29	0.49	0.21	0.73	0.25	0.66	0.34	0.22	0.32	0.22	0.22	0.53	0.21	0.17	0.08	0.09	0.07
N4	0.23	0.18	0.28	0.28	0.47	0.19	0.73	0.23	0.65	0.31	0.20	0.40	0.15	0.20	0.51	0.20	0.18	0.07	0.18	0.09
O2	0.29	0.17	0.35	0.29	0.49	0.21	0.70	0.25	0.63	0.36	0.24	0.25	0.27	0.23	0.53	0.21	0.16	0.09	0.05	0.06
O2'	0.34	0.24	0.37	0.30	0.44	0.32	0.56	0.33	0.51	0.36	0.29	0.18	0.36	0.26	0.48	0.32	0.27	0.09	0.04	0.11
O3'	0.22	0.07	0.26	0.20	0.23	0.13	0.36	0.08	0.35	0.22	0.10	0.08	0.27	0.18	0.24	0.16	0.08	0.20	0.20	0.14
O4'	0.29	0.15	0.36	0.24	0.40	0.08	0.56	0.12	0.54	0.33	0.22	0.07	0.33	0.17	0.41	0.14	0.03	0.17	0.21	0.13
O5'	0.04	0.25	0.04	0.02	0.08	0.18	0.10	0.25	0.13	0.04	0.23	0.43	0.05	0.01	0.10	0.14	0.30	0.45	0.54	0.40
OP1	0.11	0.56	0.18	0.14	0.48	0.24	0.28	0.45	0.18	0.29	0.61	0.73	0.15	0.00	0.54	0.16	0.45	0.52	0.65	0.54
OP2	0.17	0.24	0.23	0.11	0.09	0.30	0.16	0.49	0.24	0.11	0.24	0.41	0.34	0.01	0.12	0.23	0.60	0.88	0.96	0.79
P	0.05	0.32	0.13	0.01	0.18	0.16	0.06	0.26	0.10	0.10	0.32	0.49	0.14	0.00	0.22	0.08	0.31	0.47	0.59	0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.07	0.05	0.22	0.13
C2	0.01	0.00	0.02	0.21	0.00	0.21	0.00	0.31	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.17	0.00	0.14	0.15	0.21	0.01	0.12
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.02	0.03	0.00	0.02	0.02	0.00	0.11	0.12	0.33	0.20
C3'	0.01	0.21	0.00	0.00	0.07	0.00	0.09	0.00	0.13	0.04	0.17	0.35	0.00	0.00	0.08	0.00	0.12	0.19	0.34	0.22
C4	0.01	0.00	0.02	0.07	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.07	0.00	0.01	0.18	0.26	0.38	0.31
C4'	0.00	0.21	0.00	0.00	0.04	0.00	0.12	0.00	0.16	0.02	0.16	0.37	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.11	0.03
C5	0.01	0.00	0.03	0.09	0.00	0.12	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.08	0.00	0.10	0.43	0.50	0.65	0.59
C5'	0.00	0.31	0.00	0.00	0.05	0.00	0.20	0.00	0.24	0.02	0.25	0.57	0.03	0.03	0.07	0.00	0.00	0.08	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.03	0.13	0.00	0.16	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.11	0.01	0.13	0.45	0.47	0.63	0.57
N1	0.00	0.00	0.01	0.04	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.00	0.13	0.14	0.29	0.21
N3	0.01	0.00	0.02	0.17	0.00	0.16	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.16	0.00	0.09	0.07	0.17	0.10	0.09
O2	0.02	0.00	0.03	0.35	0.00	0.37	0.01	0.57	0.00	0.00	0.00	0.00	0.18	0.30	0.01	0.24	0.43	0.48	0.32	0.42
O2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.02	0.03	0.04	0.03	0.06	0.01	0.08	0.18	0.00	0.04	0.03	0.03	0.02	0.06	0.23	0.10
O3'	0.02	0.17	0.02	0.00	0.07	0.00	0.08	0.03	0.11	0.03	0.16	0.30	0.04	0.00	0.09	0.01	0.06	0.17	0.28	0.16
O4	0.01	0.00	0.02	0.08	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.09	0.00	0.01	0.17	0.28	0.38	0.31
O4'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.01	0.00	0.10	0.00	0.13	0.00	0.09	0.24	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.05	0.10	0.04
O5'	0.07	0.15	0.11	0.12	0.18	0.00	0.43	0.00	0.45	0.13	0.07	0.43	0.02	0.06	0.17	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.05	0.21	0.12	0.19	0.26	0.03	0.50	0.08	0.47	0.14	0.17	0.48	0.06	0.17	0.28	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00
OP2	0.22	0.01	0.33	0.34	0.38	0.11	0.65	0.02	0.63	0.29	0.10	0.32	0.23	0.28	0.38	0.10	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.13	0.12	0.20	0.22	0.31	0.03	0.59	0.01	0.57	0.21	0.09	0.42	0.10	0.16	0.31	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00