ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54657

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.016, 0.042, 0.068, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.042 std_dev=0.026
C6 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.018, 0.048, 0.077, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.048 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.018, 0.048, 0.078, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.048 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.018, 0.054, 0.089, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.054 std_dev=0.035
C1' A 0, 0.025, 0.067, 0.108, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.067 std_dev=0.041
O2 A 0, 0.049, 0.136, 0.224, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.136 std_dev=0.087
OP2 B 0, 0.144, 0.583, 1.021, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.583 std_dev=0.439
OP1 B 0, 0.297, 0.813, 1.330, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.813 std_dev=0.516
P B 0, 0.162, 0.711, 1.259, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.711 std_dev=0.548
C2' A 0, 0.552, 1.396, 2.240, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.396 std_dev=0.844
O4' A 0, 0.562, 1.421, 2.281, 2.142 max_d=2.142 avg_d=1.421 std_dev=0.859
O5' B 0, 0.516, 1.403, 2.289, 2.460 max_d=2.460 avg_d=1.403 std_dev=0.887
C3' A 0, 0.821, 1.989, 3.158, 2.925 max_d=2.925 avg_d=1.989 std_dev=1.169
O3' A 0, 0.852, 2.050, 3.247, 2.889 max_d=2.889 avg_d=2.050 std_dev=1.198
O2' A 0, 0.659, 1.902, 3.144, 3.138 max_d=3.138 avg_d=1.902 std_dev=1.243
C4' A 0, 0.896, 2.255, 3.615, 3.395 max_d=3.395 avg_d=2.255 std_dev=1.359
C5' B 0, 0.978, 2.437, 3.895, 3.864 max_d=3.864 avg_d=2.437 std_dev=1.458
C3' B 0, 1.071, 2.571, 4.070, 3.643 max_d=3.643 avg_d=2.571 std_dev=1.500
C4' B 0, 0.890, 2.508, 4.126, 4.434 max_d=4.434 avg_d=2.508 std_dev=1.618
O5' A 0, 1.202, 2.878, 4.555, 4.080 max_d=4.080 avg_d=2.878 std_dev=1.676
O4' B 0, 0.835, 2.513, 4.191, 4.633 max_d=4.633 avg_d=2.513 std_dev=1.678
C1' B 0, 1.066, 2.772, 4.478, 4.587 max_d=4.587 avg_d=2.772 std_dev=1.706
OP2 A 0, 1.251, 2.998, 4.744, 4.380 max_d=4.380 avg_d=2.998 std_dev=1.746
N1 B 0, 1.274, 3.030, 4.785, 4.272 max_d=4.272 avg_d=3.030 std_dev=1.755
C2' B 0, 1.184, 2.939, 4.695, 4.378 max_d=4.378 avg_d=2.939 std_dev=1.756
O3' B 0, 1.233, 3.119, 5.005, 4.739 max_d=4.739 avg_d=3.119 std_dev=1.886
P A 0, 1.405, 3.324, 5.243, 4.479 max_d=4.479 avg_d=3.324 std_dev=1.919
C2 B 0, 1.260, 3.211, 5.163, 5.117 max_d=5.117 avg_d=3.211 std_dev=1.952
C5' A 0, 1.510, 3.640, 5.770, 5.226 max_d=5.226 avg_d=3.640 std_dev=2.130
C6 B 0, 1.338, 3.503, 5.668, 5.393 max_d=5.393 avg_d=3.503 std_dev=2.165
N3 B 0, 1.486, 3.737, 5.987, 6.026 max_d=6.026 avg_d=3.737 std_dev=2.250
O2 B 0, 0.978, 3.231, 5.484, 5.838 max_d=5.838 avg_d=3.231 std_dev=2.253
O2' B 0, 1.194, 3.567, 5.940, 5.865 max_d=5.865 avg_d=3.567 std_dev=2.373
C4 B 0, 1.599, 4.054, 6.510, 6.075 max_d=6.075 avg_d=4.054 std_dev=2.456
C5 B 0, 1.387, 3.930, 6.472, 6.432 max_d=6.432 avg_d=3.930 std_dev=2.543
OP1 A 0, 1.853, 4.545, 7.237, 6.776 max_d=6.776 avg_d=4.545 std_dev=2.692
O4 B 0, 1.842, 4.657, 7.471, 6.966 max_d=6.966 avg_d=4.657 std_dev=2.814

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.02 0.27 0.00 0.20 0.23 0.62 0.28
C2 0.04 0.00 0.17 0.32 0.01 0.18 0.01 0.35 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.17 0.05 0.39 0.28 0.55 0.24
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.08 0.01 0.16 0.19 0.19 0.04 0.13 0.08 0.33 0.00 0.03 0.02 0.42 0.68 1.04 0.75
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.30 0.00 0.25 0.00 0.21 0.19 0.34 0.33 0.39 0.02 0.01 0.03 0.24 0.37 0.58 0.40
C4 0.03 0.01 0.08 0.30 0.00 0.14 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.15 0.02 0.51 0.31 0.64 0.24
C4' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.14 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.19 0.15 0.21 0.28 0.01 0.01 0.01 0.28 0.31 0.12
C5 0.01 0.01 0.16 0.25 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.17 0.02 0.52 0.15 0.61 0.10
C5' 0.08 0.35 0.19 0.00 0.30 0.00 0.16 0.00 0.08 0.18 0.39 0.33 0.38 0.10 0.20 0.00 0.01 0.39 0.22 0.00
C6 0.02 0.00 0.19 0.21 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.31 0.14 0.05 0.47 0.11 0.57 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.19 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.20 0.10 0.01 0.37 0.15 0.53 0.16
N3 0.03 0.00 0.13 0.34 0.00 0.19 0.01 0.39 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.16 0.05 0.47 0.37 0.61 0.29
N4 0.03 0.01 0.08 0.33 0.00 0.15 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.19 0.02 0.55 0.38 0.70 0.31
O2 0.08 0.00 0.33 0.39 0.01 0.21 0.01 0.38 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.27 0.05 0.33 0.31 0.54 0.26
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.34 0.28 0.36 0.10 0.31 0.20 0.26 0.36 0.14 0.00 0.02 0.20 0.30 0.66 1.18 0.73
O3' 0.27 0.17 0.03 0.01 0.15 0.01 0.17 0.20 0.14 0.10 0.16 0.19 0.27 0.02 0.00 0.19 0.19 0.34 0.49 0.28
O4' 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.20 0.19 0.00 0.27 0.20 0.38 0.02
O5' 0.20 0.39 0.42 0.24 0.51 0.01 0.52 0.01 0.47 0.37 0.47 0.55 0.33 0.30 0.19 0.27 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.28 0.68 0.37 0.31 0.28 0.15 0.39 0.11 0.15 0.37 0.38 0.31 0.66 0.34 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.62 0.55 1.04 0.58 0.64 0.31 0.61 0.22 0.57 0.53 0.61 0.70 0.54 1.18 0.49 0.38 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.24 0.75 0.40 0.24 0.12 0.10 0.00 0.08 0.16 0.29 0.31 0.26 0.73 0.28 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.13 2.18 0.96 0.27 2.51 0.20 2.15 0.47 1.81 1.71 2.57 2.24 0.97 0.17 2.73 0.70 0.26 0.24 0.28 0.20
C2 1.32 2.43 1.04 0.40 3.27 0.35 2.88 0.56 2.34 2.06 3.05 2.21 0.95 0.19 3.64 0.92 0.25 0.14 0.13 0.14
C2' 0.53 1.62 0.41 0.26 2.04 0.40 1.66 0.71 1.27 1.12 2.05 1.72 0.50 0.67 2.33 0.17 0.36 0.41 0.45 0.35
C3' 0.57 1.47 0.54 0.19 1.63 0.20 1.34 0.40 1.10 1.00 1.73 1.72 0.55 0.32 1.83 0.33 0.55 0.52 0.48 0.46
C4 1.27 2.15 0.96 0.44 3.27 0.41 3.13 0.59 2.52 2.02 2.77 1.72 0.83 0.25 3.60 0.97 0.24 0.08 0.05 0.10
C4' 0.71 1.41 0.72 0.19 1.30 0.11 1.11 0.35 1.02 0.95 1.54 1.78 0.97 0.15 1.42 0.39 0.37 0.32 0.33 0.26
C5 1.20 1.94 0.93 0.42 2.81 0.39 2.78 0.58 2.34 1.89 2.42 1.54 0.81 0.20 2.96 0.91 0.25 0.13 0.14 0.13
C5' 0.42 0.91 0.50 0.12 0.59 0.10 0.51 0.34 0.59 0.39 0.95 1.43 0.95 0.28 0.68 0.20 0.33 0.28 0.36 0.22
C6 1.20 2.04 0.99 0.39 2.61 0.33 2.46 0.54 2.10 1.84 2.43 1.79 0.90 0.16 2.74 0.83 0.27 0.19 0.23 0.17
N1 1.24 2.27 1.02 0.37 2.85 0.31 2.53 0.53 2.11 1.91 2.75 2.13 0.96 0.14 3.08 0.83 0.27 0.19 0.21 0.17
N3 1.33 2.37 1.01 0.43 3.46 0.40 3.13 0.59 2.51 2.10 3.05 2.02 0.90 0.25 3.89 0.97 0.24 0.09 0.06 0.11
N4 1.23 2.00 0.90 0.45 3.27 0.44 3.25 0.58 2.58 1.97 2.63 1.50 0.76 0.29 3.67 1.00 0.24 0.08 0.12 0.10
O2 1.34 2.52 1.06 0.40 3.30 0.34 2.85 0.55 2.30 2.07 3.15 2.38 0.99 0.19 3.73 0.92 0.26 0.14 0.13 0.14
O2' 0.66 1.86 0.51 0.19 2.29 0.37 1.83 0.74 1.41 1.30 2.33 1.96 0.41 0.64 2.63 0.18 0.32 0.53 0.59 0.44
O3' 0.60 1.45 0.60 0.26 1.52 0.21 1.26 0.37 1.06 0.96 1.69 1.77 0.59 0.18 1.72 0.38 0.67 0.67 0.57 0.57
O4' 1.20 1.98 1.14 0.45 1.95 0.37 1.72 0.39 1.58 1.56 2.14 2.20 1.29 0.15 2.04 0.79 0.38 0.28 0.29 0.24
O5' 0.44 1.12 0.63 0.33 0.98 0.26 0.77 0.56 0.69 0.70 1.19 1.47 0.57 0.02 1.06 0.29 0.55 0.43 0.26 0.42
OP1 0.40 1.02 0.63 0.26 0.77 0.28 0.43 0.18 0.29 0.56 1.04 1.40 0.66 0.01 0.85 0.34 0.49 0.66 0.66 0.49
OP2 0.34 0.29 0.23 0.37 0.74 0.37 0.95 0.40 0.85 0.43 0.49 0.50 0.26 0.01 0.83 0.37 0.99 1.20 1.18 1.09
P 0.08 0.59 0.19 0.01 0.49 0.12 0.47 0.07 0.41 0.23 0.62 0.95 0.15 0.01 0.57 0.13 0.60 0.66 0.59 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.09 0.01 0.27 0.02 0.00 0.21 0.10 0.38 0.18
C2 0.04 0.00 0.24 0.35 0.01 0.25 0.01 0.51 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.24 0.01 0.33 0.62 0.65 0.44 0.38
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.09 0.01 0.26 0.18 0.30 0.04 0.13 0.51 0.00 0.02 0.09 0.02 0.56 0.50 0.70 0.58
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.26 0.01 0.34 0.01 0.35 0.17 0.31 0.60 0.02 0.01 0.28 0.02 0.42 0.43 0.51 0.43
C4 0.02 0.01 0.09 0.26 0.00 0.11 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.42 0.13 0.00 0.04 0.28 0.25 1.18 0.55
C4' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.11 0.00 0.33 0.00 0.38 0.06 0.16 0.51 0.27 0.00 0.11 0.00 0.02 0.11 0.15 0.07
C5 0.03 0.01 0.26 0.34 0.00 0.33 0.00 0.45 0.00 0.00 0.01 0.00 0.71 0.34 0.01 0.28 0.47 0.73 1.55 0.98
C5' 0.07 0.51 0.18 0.01 0.09 0.00 0.45 0.00 0.50 0.05 0.37 0.93 0.08 0.21 0.10 0.01 0.01 0.28 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.30 0.35 0.01 0.38 0.00 0.50 0.00 0.00 0.01 0.02 0.70 0.39 0.01 0.36 0.47 0.67 1.32 0.91
N1 0.01 0.01 0.04 0.17 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.20 0.11 0.01 0.02 0.24 0.11 0.70 0.33
N3 0.03 0.00 0.13 0.31 0.00 0.16 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.18 0.01 0.21 0.50 0.50 0.68 0.31
O2 0.09 0.00 0.51 0.60 0.02 0.51 0.00 0.93 0.02 0.03 0.02 0.00 0.60 0.56 0.02 0.61 0.98 1.21 0.40 0.79
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.42 0.27 0.71 0.08 0.70 0.20 0.11 0.60 0.00 0.02 0.44 0.18 0.33 0.29 0.64 0.45
O3' 0.27 0.24 0.02 0.01 0.13 0.00 0.34 0.21 0.39 0.11 0.18 0.56 0.02 0.00 0.15 0.18 0.49 0.48 0.27 0.39
O4 0.02 0.01 0.09 0.28 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.44 0.15 0.00 0.04 0.29 0.29 1.29 0.58
O4' 0.00 0.33 0.02 0.02 0.04 0.00 0.28 0.01 0.36 0.02 0.21 0.61 0.18 0.18 0.04 0.00 0.20 0.16 0.23 0.22
O5' 0.21 0.62 0.56 0.42 0.28 0.02 0.47 0.01 0.47 0.24 0.50 0.98 0.33 0.49 0.29 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.65 0.50 0.43 0.25 0.11 0.73 0.28 0.67 0.11 0.50 1.21 0.29 0.48 0.29 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.44 0.70 0.51 1.18 0.15 1.55 0.29 1.32 0.70 0.68 0.40 0.64 0.27 1.29 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.38 0.58 0.43 0.55 0.07 0.98 0.02 0.91 0.33 0.31 0.79 0.45 0.39 0.58 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00