ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54658

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N4 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
O3' A 0, 0.003, 0.030, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.027
C3' A 0, 0.002, 0.046, 0.089, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.005, 0.061, 0.117, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.061 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.003, 0.059, 0.116, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.059 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.005, 0.080, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.080 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.013, 0.108, 0.202, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.108 std_dev=0.095
N1 B 0, 0.005, 0.122, 0.238, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.122 std_dev=0.117
C6 B 0, 0.004, 0.124, 0.243, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.124 std_dev=0.119
OP2 B 0, 0.007, 0.134, 0.260, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.134 std_dev=0.127
P B 0, 0.006, 0.147, 0.288, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.147 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.007, 0.157, 0.306, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.157 std_dev=0.150
C1' B 0, 0.009, 0.163, 0.317, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.163 std_dev=0.154
C2' B 0, 0.014, 0.180, 0.345, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.180 std_dev=0.166
OP1 B 0, 0.010, 0.182, 0.353, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.182 std_dev=0.171
O2' B 0, 0.018, 0.207, 0.396, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.207 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.003, 0.197, 0.390, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.193
O5' B 0, 0.008, 0.216, 0.424, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.216 std_dev=0.208
O5' A 0, 0.013, 0.234, 0.456, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.234 std_dev=0.222
C5 B 0, 0.005, 0.228, 0.450, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.228 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.005, 0.242, 0.478, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.242 std_dev=0.236
O4' B 0, 0.009, 0.248, 0.486, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.248 std_dev=0.238
P A 0, 0.013, 0.252, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.252 std_dev=0.239
OP1 A 0, 0.013, 0.273, 0.533, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.273 std_dev=0.260
C4 B 0, 0.007, 0.272, 0.536, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.265
OP2 A 0, 0.015, 0.281, 0.547, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.281 std_dev=0.266
O2 B 0, 0.002, 0.270, 0.537, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.270 std_dev=0.267
C3' B 0, 0.016, 0.286, 0.556, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.286 std_dev=0.270
C4' B 0, 0.010, 0.308, 0.606, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.308 std_dev=0.298
O3' B 0, 0.022, 0.348, 0.674, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.348 std_dev=0.326
C5' B 0, 0.005, 0.335, 0.665, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.335 std_dev=0.330
O4 B 0, 0.011, 0.366, 0.722, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.366 std_dev=0.356

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02 0.07 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.11 0.05 0.10 0.09
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.11 0.04 0.09 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03
N4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.03 0.08 0.07
O2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03
O5' 0.03 0.03 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.06 0.05 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.03 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.00 0.09 0.05 0.04 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.15 0.07 0.10 0.08 0.15 0.00 0.18 0.02 0.10 0.14 0.19 0.03 0.10 0.07 0.15 0.13 0.01 0.01 0.05
C2 0.12 0.15 0.08 0.13 0.00 0.19 0.08 0.21 0.02 0.09 0.12 0.21 0.03 0.12 0.04 0.18 0.13 0.03 0.04 0.04
C2' 0.07 0.11 0.04 0.07 0.05 0.12 0.02 0.15 0.01 0.06 0.11 0.15 0.02 0.07 0.05 0.11 0.11 0.03 0.01 0.03
C3' 0.07 0.12 0.05 0.07 0.09 0.11 0.03 0.14 0.02 0.08 0.13 0.15 0.01 0.06 0.10 0.11 0.11 0.03 0.04 0.05
C4 0.13 0.12 0.10 0.16 0.09 0.22 0.14 0.24 0.06 0.07 0.04 0.21 0.06 0.17 0.15 0.20 0.13 0.05 0.07 0.04
C4' 0.10 0.14 0.07 0.08 0.12 0.12 0.06 0.15 0.06 0.10 0.15 0.16 0.02 0.07 0.13 0.13 0.14 0.02 0.07 0.08
C5 0.13 0.11 0.12 0.17 0.05 0.21 0.10 0.23 0.03 0.08 0.05 0.18 0.08 0.17 0.09 0.19 0.14 0.05 0.07 0.04
C5' 0.09 0.12 0.06 0.08 0.11 0.11 0.07 0.14 0.06 0.09 0.13 0.14 0.02 0.06 0.11 0.12 0.14 0.04 0.12 0.11
C6 0.12 0.13 0.10 0.14 0.01 0.18 0.05 0.20 0.01 0.09 0.09 0.18 0.06 0.14 0.02 0.17 0.14 0.03 0.05 0.05
N1 0.11 0.14 0.08 0.12 0.03 0.17 0.05 0.20 0.00 0.09 0.12 0.19 0.04 0.12 0.01 0.17 0.14 0.02 0.03 0.05
N3 0.12 0.14 0.09 0.15 0.06 0.20 0.13 0.23 0.05 0.08 0.08 0.22 0.04 0.15 0.12 0.20 0.13 0.04 0.06 0.04
N4 0.13 0.09 0.11 0.18 0.16 0.23 0.17 0.24 0.08 0.05 0.02 0.20 0.07 0.19 0.22 0.21 0.11 0.07 0.08 0.03
O2 0.11 0.16 0.07 0.11 0.02 0.18 0.07 0.21 0.02 0.09 0.13 0.22 0.01 0.11 0.01 0.18 0.13 0.02 0.03 0.04
O2' 0.06 0.11 0.04 0.07 0.03 0.11 0.04 0.14 0.02 0.05 0.10 0.15 0.02 0.07 0.03 0.11 0.09 0.06 0.05 0.01
O3' 0.09 0.15 0.06 0.07 0.11 0.12 0.05 0.14 0.04 0.09 0.16 0.18 0.02 0.06 0.12 0.13 0.11 0.03 0.02 0.04
O4' 0.11 0.16 0.08 0.10 0.11 0.14 0.05 0.17 0.05 0.11 0.16 0.18 0.03 0.09 0.11 0.15 0.14 0.02 0.03 0.07
O5' 0.18 0.21 0.15 0.15 0.21 0.19 0.19 0.21 0.17 0.19 0.22 0.22 0.10 0.13 0.21 0.20 0.22 0.12 0.17 0.17
OP1 0.06 0.08 0.05 0.05 0.10 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.03 0.03 0.11 0.08 0.12 0.07 0.14 0.11
OP2 0.15 0.19 0.12 0.10 0.24 0.14 0.23 0.16 0.20 0.18 0.22 0.18 0.08 0.08 0.26 0.16 0.17 0.10 0.16 0.14
P 0.12 0.16 0.10 0.09 0.19 0.13 0.18 0.15 0.15 0.15 0.18 0.16 0.06 0.07 0.20 0.14 0.16 0.09 0.16 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.04 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.05
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.04
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.05 0.07
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
O5' 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.02 0.05 0.08 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.01 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.02 0.02 0.05 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00