ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54659

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, -0.001, 0.016, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N4 A 0, -0.006, 0.033, 0.071, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.033 std_dev=0.038
O2 A 0, -0.008, 0.049, 0.105, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.049 std_dev=0.057
P B 0, 0.010, 0.350, 0.691, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.350 std_dev=0.341
OP2 B 0, -0.016, 0.592, 1.199, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.592 std_dev=0.607
OP1 B 0, -0.263, 0.597, 1.457, 2.081 max_d=2.081 avg_d=0.597 std_dev=0.860
O4' A 0, -0.319, 0.555, 1.430, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.555 std_dev=0.875
C2' A 0, -0.362, 0.570, 1.501, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.570 std_dev=0.932
O5' B 0, -0.134, 0.815, 1.764, 2.378 max_d=2.378 avg_d=0.815 std_dev=0.949
C3' A 0, -0.440, 0.729, 1.899, 2.753 max_d=2.753 avg_d=0.729 std_dev=1.170
O3' A 0, -0.432, 0.745, 1.922, 2.781 max_d=2.781 avg_d=0.745 std_dev=1.177
C4' A 0, -0.466, 0.793, 2.051, 2.969 max_d=2.969 avg_d=0.793 std_dev=1.258
O5' A 0, -0.259, 1.032, 2.324, 3.180 max_d=3.180 avg_d=1.032 std_dev=1.291
O2' A 0, -0.528, 0.832, 2.191, 3.185 max_d=3.185 avg_d=0.832 std_dev=1.359
OP2 A 0, -0.529, 1.203, 2.935, 4.178 max_d=4.178 avg_d=1.203 std_dev=1.732
C5' B 0, -0.640, 1.248, 3.136, 4.509 max_d=4.509 avg_d=1.248 std_dev=1.888
P A 0, -0.672, 1.276, 3.224, 4.639 max_d=4.639 avg_d=1.276 std_dev=1.948
C5' A 0, -0.706, 1.249, 3.204, 4.628 max_d=4.628 avg_d=1.249 std_dev=1.955
C4' B 0, -0.932, 1.601, 4.135, 5.986 max_d=5.986 avg_d=1.601 std_dev=2.534
O4' B 0, -0.951, 1.683, 4.317, 6.240 max_d=6.240 avg_d=1.683 std_dev=2.634
C6 B 0, -1.045, 1.633, 4.310, 6.270 max_d=6.270 avg_d=1.633 std_dev=2.678
C5 B 0, -1.076, 1.718, 4.512, 6.555 max_d=6.555 avg_d=1.718 std_dev=2.794
OP1 A 0, -1.040, 1.781, 4.601, 6.659 max_d=6.659 avg_d=1.781 std_dev=2.820
C3' B 0, -1.127, 1.750, 4.627, 6.732 max_d=6.732 avg_d=1.750 std_dev=2.877
O3' B 0, -1.258, 1.888, 5.035, 7.337 max_d=7.337 avg_d=1.888 std_dev=3.146
N1 B 0, -1.277, 1.960, 5.197, 7.566 max_d=7.566 avg_d=1.960 std_dev=3.237
C4 B 0, -1.237, 2.038, 5.312, 7.706 max_d=7.706 avg_d=2.038 std_dev=3.275
C1' B 0, -1.318, 2.045, 5.407, 7.867 max_d=7.867 avg_d=2.045 std_dev=3.362
O4 B 0, -1.273, 2.166, 5.605, 8.116 max_d=8.116 avg_d=2.166 std_dev=3.439
C2' B 0, -1.493, 2.170, 5.833, 8.515 max_d=8.515 avg_d=2.170 std_dev=3.663
N3 B 0, -1.424, 2.305, 6.034, 8.761 max_d=8.761 avg_d=2.305 std_dev=3.729
C2 B 0, -1.497, 2.332, 6.161, 8.962 max_d=8.962 avg_d=2.332 std_dev=3.829
O2 B 0, -1.762, 2.719, 7.201, 10.480 max_d=10.480 avg_d=2.719 std_dev=4.481
O2' B 0, -1.869, 2.834, 7.537, 10.978 max_d=10.978 avg_d=2.834 std_dev=4.703

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.33 0.00 0.11 0.08 0.22 0.10
C2 0.03 0.00 0.24 0.19 0.00 0.15 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.31 0.25 0.25 0.19 0.25
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.22 0.28 0.00 0.18 0.01 0.40 0.00 0.03 0.01 0.57 0.43 0.54 0.54
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.26 0.00 0.24 0.01 0.19 0.16 0.24 0.28 0.10 0.02 0.00 0.01 0.29 0.15 0.15 0.16
C4 0.03 0.00 0.00 0.26 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.30 0.02 0.06 0.19 0.03 0.30 0.06
C4' 0.00 0.15 0.01 0.00 0.04 0.00 0.19 0.00 0.23 0.04 0.11 0.04 0.34 0.26 0.02 0.00 0.01 0.04 0.25 0.03
C5 0.02 0.01 0.21 0.24 0.01 0.19 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.58 0.04 0.17 0.25 0.22 0.43 0.18
C5' 0.08 0.28 0.22 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.21 0.05 0.24 0.08 0.48 0.04 0.20 0.00 0.00 0.05 0.23 0.01
C6 0.02 0.01 0.28 0.19 0.01 0.23 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.60 0.03 0.26 0.25 0.23 0.38 0.18
N1 0.01 0.01 0.00 0.16 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.18 0.13 0.02 0.15 0.05 0.23 0.07
N3 0.02 0.00 0.18 0.24 0.00 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.25 0.23 0.22 0.21 0.21
N4 0.03 0.01 0.01 0.28 0.00 0.04 0.03 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.33 0.06 0.07 0.20 0.04 0.29 0.07
O2 0.06 0.01 0.40 0.10 0.00 0.34 0.02 0.48 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.46 0.26 0.55 0.37 0.44 0.20 0.40
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.30 0.26 0.58 0.04 0.60 0.18 0.01 0.33 0.46 0.00 0.01 0.19 0.41 0.30 0.65 0.46
O3' 0.33 0.14 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.20 0.03 0.13 0.05 0.06 0.26 0.01 0.00 0.24 0.15 0.28 0.19 0.12
O4' 0.00 0.31 0.01 0.01 0.06 0.00 0.17 0.00 0.26 0.02 0.25 0.07 0.55 0.19 0.24 0.00 0.19 0.11 0.40 0.17
O5' 0.11 0.25 0.57 0.29 0.19 0.01 0.25 0.00 0.25 0.15 0.23 0.20 0.37 0.41 0.15 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.25 0.43 0.15 0.03 0.04 0.22 0.05 0.23 0.05 0.22 0.04 0.44 0.30 0.28 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.19 0.54 0.15 0.30 0.25 0.43 0.23 0.38 0.23 0.21 0.29 0.20 0.65 0.19 0.40 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.10 0.25 0.54 0.16 0.06 0.03 0.18 0.01 0.18 0.07 0.21 0.07 0.40 0.46 0.12 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.30 2.13 2.64 2.30 1.47 2.04 1.26 1.72 1.53 1.99 1.86 2.40 3.06 2.05 1.28 1.97 0.80 0.26 0.11 0.27
C2 2.47 2.40 2.88 2.29 1.89 2.02 1.73 1.70 1.94 2.29 2.21 2.58 3.27 1.96 1.73 2.03 0.81 0.03 0.22 0.30
C2' 2.60 2.35 2.90 2.70 1.66 2.47 1.48 2.13 1.77 2.24 2.06 2.64 3.25 2.51 1.46 2.33 1.23 0.04 0.37 0.60
C3' 2.33 2.19 2.58 2.34 1.49 2.05 1.24 1.61 1.49 2.00 1.92 2.52 3.01 2.23 1.32 1.99 0.76 0.52 0.10 0.10
C4 1.98 1.91 2.30 1.73 1.67 1.62 1.63 1.45 1.77 1.90 1.81 1.95 2.44 1.31 1.56 1.66 0.70 0.08 0.26 0.28
C4' 2.43 2.35 2.64 2.33 1.61 2.04 1.30 1.56 1.54 2.11 2.08 2.72 3.16 2.24 1.44 2.06 0.71 0.47 0.09 0.10
C5 1.69 1.52 1.95 1.57 1.24 1.53 1.18 1.44 1.35 1.53 1.40 1.60 2.02 1.11 1.13 1.49 0.66 0.27 0.14 0.22
C5' 2.51 2.45 2.61 2.36 1.70 2.09 1.38 1.53 1.60 2.18 2.18 2.84 3.07 2.35 1.56 2.16 0.78 0.46 0.08 0.13
C6 1.86 1.65 2.14 1.84 1.21 1.73 1.10 1.57 1.32 1.61 1.46 1.80 2.30 1.42 1.07 1.64 0.71 0.35 0.09 0.22
N1 2.24 2.07 2.61 2.20 1.53 1.97 1.37 1.69 1.61 1.99 1.85 2.28 2.93 1.85 1.37 1.91 0.79 0.20 0.13 0.27
N3 2.35 2.33 2.73 2.07 1.99 1.85 1.88 1.57 2.03 2.26 2.20 2.43 3.02 1.70 1.85 1.92 0.76 0.14 0.28 0.30
N4 1.76 1.76 2.02 1.41 1.71 1.36 1.73 1.22 1.79 1.78 1.74 1.73 2.10 1.02 1.63 1.46 0.63 0.34 0.32 0.31
O2 2.68 2.67 3.11 2.47 2.08 2.14 1.86 1.75 2.07 2.49 2.46 2.91 3.65 2.21 1.91 2.17 0.84 0.05 0.24 0.31
O2' 2.57 2.28 2.84 2.68 1.61 2.55 1.47 2.35 1.77 2.20 1.99 2.55 3.14 2.45 1.40 2.39 1.47 0.29 0.72 0.95
O3' 2.37 2.32 2.62 2.32 1.68 2.01 1.42 1.59 1.62 2.10 2.08 2.64 3.07 2.15 1.54 2.00 0.78 0.40 0.07 0.17
O4' 2.31 2.23 2.59 2.19 1.52 1.90 1.24 1.48 1.48 2.01 1.97 2.55 3.12 1.99 1.36 1.92 0.60 0.45 0.18 0.06
O5' 2.13 1.96 2.19 2.12 1.26 1.95 1.00 1.46 1.24 1.76 1.68 2.29 2.46 2.09 1.11 1.93 0.76 0.60 0.18 0.23
OP1 2.09 2.08 1.83 1.74 1.41 1.75 1.09 1.14 1.24 1.79 1.84 2.47 2.02 1.89 1.31 1.92 0.66 0.60 0.19 0.06
OP2 1.53 1.37 1.36 1.40 0.85 1.55 0.65 1.04 0.81 1.22 1.16 1.62 1.36 1.32 0.75 1.51 0.56 0.88 0.05 0.18
P 2.02 1.88 1.87 1.86 1.23 1.85 0.97 1.28 1.16 1.67 1.63 2.21 2.00 1.96 1.11 1.89 0.70 0.60 0.18 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.04 0.00 0.02 0.07 0.01 0.26 0.02 0.00 0.07 0.64 0.17 0.20
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.27 0.01 0.08 0.09 0.82 0.25 0.22
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.52 0.19 0.20
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.16 0.00 0.22 0.02 0.22 0.11 0.09 0.03 0.01 0.00 0.16 0.02 0.32 0.10 0.35 0.19
C4 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.02 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.03 0.00 0.04 0.10 1.05 0.16 0.40
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.11 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01 0.26 0.17 0.04
C5 0.03 0.00 0.02 0.22 0.00 0.04 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.12 0.01 0.11 0.11 1.09 0.15 0.46
C5' 0.08 0.06 0.18 0.02 0.16 0.01 0.23 0.00 0.22 0.10 0.08 0.11 0.05 0.17 0.17 0.01 0.00 0.22 0.19 0.01
C6 0.04 0.00 0.03 0.22 0.01 0.04 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.11 0.01 0.12 0.10 0.98 0.14 0.41
N1 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.12 0.01 0.01 0.08 0.81 0.19 0.26
N3 0.02 0.00 0.03 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.18 0.01 0.04 0.09 0.94 0.22 0.29
O2 0.07 0.00 0.04 0.03 0.01 0.11 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.43 0.02 0.16 0.11 0.71 0.31 0.12
O2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.26 0.22 0.20 0.05 0.14 0.15 0.26 0.21 0.00 0.01 0.28 0.13 0.18 0.44 0.22 0.07
O3' 0.26 0.27 0.03 0.00 0.03 0.02 0.12 0.17 0.11 0.12 0.18 0.43 0.01 0.00 0.02 0.17 0.44 0.44 0.43 0.42
O4 0.02 0.01 0.02 0.16 0.00 0.02 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.02 0.00 0.05 0.11 1.09 0.16 0.43
O4' 0.00 0.08 0.02 0.02 0.04 0.00 0.11 0.01 0.12 0.01 0.04 0.16 0.13 0.17 0.05 0.00 0.17 0.58 0.13 0.19
O5' 0.07 0.09 0.08 0.32 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.08 0.09 0.11 0.18 0.44 0.11 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.64 0.82 0.52 0.10 1.05 0.26 1.09 0.22 0.98 0.81 0.94 0.71 0.44 0.44 1.09 0.58 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.25 0.19 0.35 0.16 0.17 0.15 0.19 0.14 0.19 0.22 0.31 0.22 0.43 0.16 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.20 0.22 0.20 0.19 0.40 0.04 0.46 0.01 0.41 0.26 0.29 0.12 0.07 0.42 0.43 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00