ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54660

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.002, 0.006, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.001, 0.015, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, -0.003, 0.012, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.002, 0.045, 0.088, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.045 std_dev=0.043
O2 A 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.045 std_dev=0.045
OP1 B 0, -0.001, 0.256, 0.512, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.256 std_dev=0.256
O5' A 0, -0.080, 0.235, 0.550, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.235 std_dev=0.315
O4' A 0, -0.138, 0.246, 0.630, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.246 std_dev=0.384
P A 0, -0.129, 0.289, 0.707, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.289 std_dev=0.418
C2' A 0, -0.149, 0.325, 0.800, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.325 std_dev=0.475
P B 0, -0.132, 0.391, 0.914, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.391 std_dev=0.523
C4' A 0, -0.193, 0.383, 0.958, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.383 std_dev=0.576
C3' A 0, -0.182, 0.427, 1.036, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.427 std_dev=0.609
C5' A 0, -0.274, 0.475, 1.223, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.475 std_dev=0.749
O2' A 0, -0.239, 0.544, 1.327, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.544 std_dev=0.783
OP2 B 0, -0.141, 0.709, 1.559, 2.092 max_d=2.092 avg_d=0.709 std_dev=0.850
O3' A 0, -0.261, 0.666, 1.593, 2.248 max_d=2.248 avg_d=0.666 std_dev=0.927
OP1 A 0, -0.371, 0.602, 1.575, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.602 std_dev=0.973
O5' B 0, -0.374, 1.158, 2.691, 3.738 max_d=3.738 avg_d=1.158 std_dev=1.533
OP2 A 0, -0.623, 0.959, 2.541, 3.698 max_d=3.698 avg_d=0.959 std_dev=1.582
C5' B 0, -0.476, 1.498, 3.473, 4.821 max_d=4.821 avg_d=1.498 std_dev=1.974
O4' B 0, -0.725, 1.303, 3.330, 4.805 max_d=4.805 avg_d=1.303 std_dev=2.028
C6 B 0, -0.941, 1.572, 4.085, 5.918 max_d=5.918 avg_d=1.572 std_dev=2.513
C4' B 0, -0.921, 1.662, 4.244, 6.121 max_d=6.121 avg_d=1.662 std_dev=2.583
C1' B 0, -1.194, 1.706, 4.606, 6.729 max_d=6.729 avg_d=1.706 std_dev=2.900
N1 B 0, -1.200, 1.820, 4.839, 7.047 max_d=7.047 avg_d=1.820 std_dev=3.019
C5 B 0, -1.144, 1.943, 5.030, 7.279 max_d=7.279 avg_d=1.943 std_dev=3.087
C3' B 0, -1.340, 2.137, 5.613, 8.153 max_d=8.153 avg_d=2.137 std_dev=3.477
C2' B 0, -1.449, 2.344, 6.138, 8.907 max_d=8.907 avg_d=2.344 std_dev=3.793
C2 B 0, -1.414, 2.467, 6.347, 9.171 max_d=9.171 avg_d=2.467 std_dev=3.880
C4 B 0, -1.487, 2.581, 6.648, 9.609 max_d=9.609 avg_d=2.581 std_dev=4.068
O2' B 0, -1.486, 2.718, 6.922, 9.974 max_d=9.974 avg_d=2.718 std_dev=4.204
N3 B 0, -1.534, 2.773, 7.080, 10.207 max_d=10.207 avg_d=2.773 std_dev=4.307
O3' B 0, -1.732, 2.607, 6.946, 10.120 max_d=10.120 avg_d=2.607 std_dev=4.339
O2 B 0, -1.524, 2.832, 7.187, 10.345 max_d=10.345 avg_d=2.832 std_dev=4.356
O4 B 0, -1.721, 3.045, 7.810, 11.275 max_d=11.275 avg_d=3.045 std_dev=4.766

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.31 0.01 0.18 0.13 0.64 0.19
C2 0.02 0.00 0.14 0.20 0.02 0.01 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.11 0.10 0.22 0.24 0.95 0.26
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.04 0.02 0.15 0.23 0.19 0.03 0.10 0.05 0.28 0.00 0.04 0.02 0.21 0.36 0.15 0.26
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.20 0.01 0.13 0.01 0.07 0.12 0.23 0.22 0.21 0.00 0.01 0.01 0.26 0.17 0.11 0.21
C4 0.02 0.02 0.04 0.20 0.00 0.05 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.24 0.07 0.07 0.23 0.38 1.20 0.31
C4' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.02 0.05 0.02 0.21 0.03 0.01 0.02 0.12 0.26 0.02
C5 0.02 0.01 0.15 0.13 0.00 0.08 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.08 0.03 0.24 0.39 1.22 0.32
C5' 0.11 0.14 0.23 0.01 0.23 0.01 0.27 0.00 0.25 0.16 0.18 0.24 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.12 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.07 0.01 0.08 0.00 0.25 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.26 0.13 0.00 0.25 0.31 1.09 0.30
N1 0.01 0.02 0.03 0.12 0.01 0.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.16 0.16 0.04 0.23 0.22 0.92 0.27
N3 0.02 0.01 0.10 0.23 0.00 0.02 0.01 0.18 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.16 0.07 0.10 0.22 0.32 1.09 0.28
N4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.05 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.27 0.09 0.08 0.23 0.42 1.28 0.32
O2 0.03 0.01 0.28 0.21 0.03 0.02 0.02 0.10 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.15 0.13 0.18 0.20 0.81 0.21
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.24 0.21 0.29 0.01 0.26 0.16 0.16 0.27 0.05 0.00 0.01 0.13 0.02 0.11 0.16 0.11
O3' 0.31 0.11 0.04 0.01 0.07 0.03 0.08 0.19 0.13 0.16 0.07 0.09 0.15 0.01 0.00 0.26 0.18 0.07 0.09 0.10
O4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.10 0.08 0.13 0.13 0.26 0.00 0.37 0.01 0.73 0.36
O5' 0.18 0.22 0.21 0.26 0.23 0.02 0.24 0.02 0.25 0.23 0.22 0.23 0.18 0.02 0.18 0.37 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.13 0.24 0.36 0.17 0.38 0.12 0.39 0.12 0.31 0.22 0.32 0.42 0.20 0.11 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.64 0.95 0.15 0.11 1.20 0.26 1.22 0.35 1.09 0.92 1.09 1.28 0.81 0.16 0.09 0.73 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.26 0.26 0.21 0.31 0.02 0.32 0.02 0.30 0.27 0.28 0.32 0.21 0.11 0.10 0.36 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.02 3.53 2.27 1.72 3.66 0.77 2.85 0.39 2.40 2.70 3.97 3.70 1.83 1.39 3.94 1.13 0.58 0.12 0.31 0.13
C2 1.35 3.00 1.24 0.69 3.76 0.16 2.94 0.54 2.22 2.23 3.73 2.92 0.71 0.11 4.27 0.61 0.31 0.08 0.20 0.08
C2' 1.88 3.33 2.22 1.69 3.42 0.72 2.59 0.39 2.15 2.49 3.75 3.57 1.86 1.48 3.75 1.00 0.45 0.28 0.07 0.14
C3' 2.03 3.27 2.52 2.14 3.23 1.09 2.49 0.65 2.15 2.51 3.57 3.54 2.19 2.11 3.47 1.18 0.77 0.23 0.23 0.18
C4 0.80 2.17 0.53 0.03 3.13 0.43 2.58 0.80 1.83 1.64 2.85 1.96 0.17 0.62 3.59 0.28 0.36 0.13 0.07 0.17
C4' 2.00 3.12 2.60 2.22 2.90 1.10 2.21 0.58 1.96 2.40 3.31 3.45 2.32 2.27 3.06 1.13 0.70 0.18 0.19 0.08
C5 1.16 2.35 1.05 0.63 2.96 0.18 2.51 0.49 1.96 1.88 2.84 2.20 0.60 0.12 3.21 0.60 0.32 0.08 0.15 0.08
C5' 1.81 2.62 2.52 2.29 2.27 1.17 1.68 0.64 1.56 2.03 2.68 2.96 2.33 2.55 2.34 1.04 0.66 0.29 0.13 0.09
C6 1.65 2.91 1.72 1.29 3.25 0.55 2.67 0.38 2.22 2.33 3.33 2.86 1.24 0.86 3.44 0.94 0.50 0.11 0.26 0.11
N1 1.70 3.22 1.77 1.25 3.63 0.46 2.88 0.37 2.33 2.47 3.76 3.22 1.27 0.79 3.95 0.91 0.45 0.09 0.26 0.09
N3 0.93 2.50 0.67 0.13 3.50 0.41 2.78 0.78 1.98 1.84 3.28 2.32 0.22 0.55 4.09 0.32 0.35 0.12 0.10 0.16
N4 0.32 1.56 0.19 0.60 2.66 0.83 2.24 1.06 1.44 1.13 2.25 1.30 0.61 1.33 3.19 0.14 0.57 0.20 0.05 0.27
O2 1.39 3.15 1.30 0.72 3.91 0.16 3.01 0.54 2.27 2.30 3.92 3.11 0.75 0.13 4.50 0.61 0.32 0.07 0.22 0.08
O2' 2.06 3.59 2.36 1.72 3.64 0.76 2.73 0.35 2.28 2.67 4.02 3.90 2.05 1.47 3.99 1.12 0.44 0.37 0.12 0.20
O3' 1.86 3.12 2.39 2.03 3.10 0.95 2.35 0.57 1.99 2.35 3.44 3.42 2.08 2.05 3.38 1.02 0.69 0.23 0.19 0.13
O4' 2.09 3.36 2.53 2.07 3.24 1.00 2.55 0.51 2.24 2.62 3.61 3.60 2.12 1.89 3.41 1.20 0.71 0.17 0.38 0.19
O5' 2.63 3.22 3.44 3.24 2.66 2.08 2.14 1.39 2.14 2.69 3.14 3.60 3.31 3.59 2.64 1.86 1.36 0.40 0.58 0.54
OP1 1.60 1.77 2.51 2.53 1.05 1.55 0.66 0.94 0.82 1.40 1.56 2.20 2.67 3.34 0.96 1.03 0.72 0.38 0.31 0.19
OP2 2.99 3.24 3.72 3.89 2.75 2.98 2.42 2.59 2.53 2.95 3.13 3.49 3.56 4.32 2.67 2.51 2.48 1.56 1.48 1.66
P 2.61 2.85 3.44 3.47 2.21 2.44 1.81 1.81 1.94 2.49 2.68 3.21 3.41 4.10 2.11 2.02 1.64 0.55 0.68 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.37 0.27 0.09
C2 0.01 0.00 0.07 0.20 0.00 0.12 0.01 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.20 0.01 0.01 0.25 0.64 0.27 0.11
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.04 0.16 0.00 0.01 0.03 0.01 0.25 0.19 0.27 0.16
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.11 0.07 0.18 0.30 0.02 0.01 0.09 0.01 0.34 0.08 0.35 0.21
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.03 0.37 0.86 0.42 0.21
C4' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.12 0.15 0.06 0.02 0.08 0.00 0.02 0.26 0.31 0.03
C5 0.02 0.01 0.08 0.08 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.00 0.04 0.40 0.82 0.39 0.26
C5' 0.02 0.20 0.02 0.02 0.16 0.01 0.06 0.00 0.03 0.09 0.22 0.24 0.07 0.04 0.17 0.01 0.01 0.41 0.34 0.02
C6 0.02 0.02 0.09 0.11 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.12 0.00 0.03 0.37 0.66 0.29 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.27 0.56 0.25 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.18 0.01 0.02 0.30 0.78 0.35 0.14
O2 0.04 0.00 0.16 0.30 0.00 0.15 0.01 0.24 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.32 0.01 0.02 0.20 0.59 0.24 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.07 0.06 0.07 0.16 0.17 0.02
O3' 0.00 0.20 0.01 0.01 0.10 0.02 0.11 0.04 0.12 0.06 0.18 0.32 0.02 0.00 0.11 0.01 0.26 0.27 0.34 0.21
O4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.03 0.38 0.93 0.48 0.22
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.35 0.42 0.12
O5' 0.14 0.25 0.25 0.34 0.37 0.02 0.40 0.01 0.37 0.27 0.30 0.20 0.07 0.26 0.38 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.37 0.64 0.19 0.08 0.86 0.26 0.82 0.41 0.66 0.56 0.78 0.59 0.16 0.27 0.93 0.35 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.27 0.27 0.35 0.42 0.31 0.39 0.34 0.29 0.25 0.35 0.24 0.17 0.34 0.48 0.42 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.11 0.16 0.21 0.21 0.03 0.26 0.02 0.23 0.14 0.14 0.06 0.02 0.21 0.22 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00