ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54662

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.002, 0.019, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.021
N3 A 0, -0.001, 0.022, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.023
C4 A 0, -0.003, 0.022, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.025
C2 A 0, -0.005, 0.030, 0.065, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.030 std_dev=0.035
C6 A 0, -0.003, 0.036, 0.075, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.036 std_dev=0.039
C1' A 0, -0.001, 0.039, 0.079, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.039 std_dev=0.040
N1 A 0, -0.008, 0.039, 0.086, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.039 std_dev=0.047
N4 A 0, -0.006, 0.053, 0.113, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.053 std_dev=0.059
O2 A 0, -0.019, 0.087, 0.193, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.087 std_dev=0.106
O4' A 0, 0.093, 0.327, 0.560, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.327 std_dev=0.234
P B 0, 0.090, 0.383, 0.676, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.383 std_dev=0.293
OP2 B 0, 0.078, 0.377, 0.677, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.377 std_dev=0.300
C2' A 0, 0.082, 0.393, 0.704, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.393 std_dev=0.311
C4' A 0, 0.141, 0.487, 0.833, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.487 std_dev=0.346
O2' A 0, 0.051, 0.491, 0.931, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.491 std_dev=0.440
C3' A 0, 0.150, 0.605, 1.060, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.605 std_dev=0.455
OP1 B 0, -0.062, 0.463, 0.988, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.463 std_dev=0.525
C5' A 0, 0.217, 0.834, 1.451, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.834 std_dev=0.617
O5' B 0, 0.280, 1.007, 1.734, 1.691 max_d=1.691 avg_d=1.007 std_dev=0.727
O3' A 0, 0.215, 0.949, 1.683, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.949 std_dev=0.734
O5' A 0, 0.238, 0.975, 1.713, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.975 std_dev=0.737
P A 0, 0.302, 1.340, 2.377, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.340 std_dev=1.037
OP1 A 0, 0.122, 1.383, 2.644, 3.050 max_d=3.050 avg_d=1.383 std_dev=1.261
C5' B 0, 0.446, 1.726, 3.005, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.726 std_dev=1.280
OP2 A 0, 0.285, 1.620, 2.954, 3.268 max_d=3.268 avg_d=1.620 std_dev=1.334
C4' B 0, 0.655, 2.377, 4.100, 4.026 max_d=4.026 avg_d=2.377 std_dev=1.723
O4' B 0, 0.836, 2.885, 4.934, 4.565 max_d=4.565 avg_d=2.885 std_dev=2.049
C3' B 0, -0.032, 2.060, 4.152, 4.929 max_d=4.929 avg_d=2.060 std_dev=2.092
O3' B 0, 0.222, 2.458, 4.693, 5.409 max_d=5.409 avg_d=2.458 std_dev=2.236
C6 B 0, 0.955, 3.277, 5.599, 5.091 max_d=5.091 avg_d=3.277 std_dev=2.322
C1' B 0, 0.699, 3.163, 5.626, 6.011 max_d=6.011 avg_d=3.163 std_dev=2.464
N1 B 0, 1.074, 3.715, 6.355, 5.908 max_d=5.908 avg_d=3.715 std_dev=2.641
C2' B 0, -0.080, 2.727, 5.534, 6.589 max_d=6.589 avg_d=2.727 std_dev=2.807
C5 B 0, 0.975, 3.927, 6.878, 7.116 max_d=7.116 avg_d=3.927 std_dev=2.952
C2 B 0, 1.417, 4.844, 8.271, 7.413 max_d=7.413 avg_d=4.844 std_dev=3.427
O2' B 0, -0.382, 3.109, 6.601, 7.986 max_d=7.986 avg_d=3.109 std_dev=3.492
O2 B 0, 1.547, 5.303, 9.059, 8.222 max_d=8.222 avg_d=5.303 std_dev=3.756
C4 B 0, 1.201, 5.098, 8.994, 9.458 max_d=9.458 avg_d=5.098 std_dev=3.896
N3 B 0, 1.480, 5.460, 9.439, 9.374 max_d=9.374 avg_d=5.460 std_dev=3.980
O4 B 0, 1.110, 5.811, 10.512, 11.514 max_d=11.514 avg_d=5.811 std_dev=4.701

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.13 0.02 0.04 0.01 0.03 0.14 0.39 0.20
C2 0.05 0.00 0.04 0.13 0.01 0.11 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.13 0.06 0.10 0.16 0.30 0.20
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.06 0.01 0.06 0.09 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.29 0.13
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.12 0.01 0.21 0.04 0.20 0.04 0.09 0.13 0.26 0.01 0.02 0.01 0.05 0.12 0.16 0.07
C4 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.14 0.06 0.09 0.24 0.36 0.16
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.15 0.00 0.16 0.02 0.08 0.05 0.18 0.05 0.06 0.00 0.03 0.03 0.17 0.10
C5 0.03 0.02 0.08 0.21 0.00 0.15 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.24 0.03 0.25 0.35 0.59 0.25
C5' 0.02 0.12 0.03 0.04 0.11 0.00 0.30 0.00 0.31 0.06 0.09 0.12 0.26 0.04 0.06 0.02 0.01 0.14 0.02 0.01
C6 0.05 0.01 0.06 0.20 0.01 0.16 0.00 0.31 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.21 0.02 0.27 0.32 0.67 0.29
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.08 0.18 0.43 0.19
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.08 0.09 0.19 0.28 0.19
N4 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.17 0.07 0.09 0.26 0.31 0.14
O2 0.13 0.00 0.07 0.26 0.00 0.18 0.02 0.26 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.23 0.28 0.04 0.18 0.16 0.27 0.23
O2' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.05 0.00 0.11 0.07 0.23 0.00 0.06 0.03 0.06 0.10 0.24 0.13
O3' 0.04 0.13 0.03 0.02 0.14 0.06 0.24 0.06 0.21 0.04 0.10 0.17 0.28 0.06 0.00 0.07 0.08 0.21 0.13 0.07
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.08 0.07 0.04 0.03 0.07 0.00 0.03 0.14 0.34 0.20
O5' 0.03 0.10 0.04 0.05 0.09 0.03 0.25 0.01 0.27 0.08 0.09 0.09 0.18 0.06 0.08 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00
OP1 0.14 0.16 0.06 0.12 0.24 0.03 0.35 0.14 0.32 0.18 0.19 0.26 0.16 0.10 0.21 0.14 0.04 0.00 0.02 0.00
OP2 0.39 0.30 0.29 0.16 0.36 0.17 0.59 0.02 0.67 0.43 0.28 0.31 0.27 0.24 0.13 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.20 0.13 0.07 0.16 0.10 0.25 0.01 0.29 0.19 0.19 0.14 0.23 0.13 0.07 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.64 1.67 1.99 1.70 1.57 1.40 1.24 0.88 1.19 1.45 1.72 1.78 2.63 1.96 1.69 1.20 0.63 0.31 0.24 0.18
C2 1.11 1.39 1.60 1.49 1.83 1.17 1.45 0.86 1.06 1.11 1.73 1.37 2.11 1.72 2.16 0.75 0.57 0.40 0.30 0.07
C2' 1.65 1.69 2.01 1.70 1.60 1.38 1.24 0.79 1.17 1.45 1.76 1.86 2.67 2.00 1.77 1.19 0.50 0.59 0.42 0.03
C3' 1.62 1.60 1.93 1.64 1.44 1.34 1.16 0.66 1.11 1.40 1.59 1.80 2.49 1.97 1.57 1.18 0.32 0.91 0.66 0.32
C4 0.70 1.03 1.28 1.23 1.57 0.90 1.34 0.78 0.90 0.81 1.37 0.94 1.65 1.32 1.87 0.39 0.54 0.34 0.26 0.06
C4' 1.74 1.60 1.97 1.66 1.27 1.43 1.06 0.71 1.13 1.46 1.48 1.83 2.51 2.00 1.30 1.33 0.37 0.73 0.54 0.20
C5 0.85 0.97 1.39 1.26 1.29 0.92 1.13 0.72 0.88 0.86 1.17 0.92 1.74 1.26 1.45 0.52 0.54 0.34 0.29 0.08
C5' 1.56 1.40 1.75 1.50 1.07 1.31 0.91 0.53 0.97 1.28 1.26 1.64 2.14 1.83 1.08 1.22 0.17 1.07 0.79 0.52
C6 1.21 1.26 1.67 1.47 1.38 1.11 1.18 0.75 1.06 1.15 1.36 1.24 2.11 1.52 1.48 0.82 0.55 0.36 0.30 0.10
N1 1.31 1.45 1.75 1.56 1.64 1.22 1.32 0.82 1.10 1.24 1.64 1.47 2.27 1.75 1.83 0.91 0.57 0.38 0.31 0.09
N3 0.85 1.22 1.41 1.37 1.81 1.04 1.47 0.85 0.99 0.94 1.61 1.14 1.85 1.55 2.17 0.53 0.57 0.36 0.27 0.06
N4 0.40 0.92 1.03 1.02 1.56 0.71 1.36 0.71 0.87 0.68 1.30 0.78 1.33 1.11 1.88 0.18 0.48 0.30 0.22 0.05
O2 1.17 1.50 1.63 1.52 1.97 1.22 1.52 0.88 1.09 1.16 1.88 1.51 2.18 1.80 2.36 0.80 0.58 0.41 0.30 0.06
O2' 1.89 1.85 2.18 1.80 1.59 1.52 1.24 0.90 1.28 1.62 1.84 2.09 2.96 2.11 1.72 1.40 0.64 0.38 0.26 0.17
O3' 1.66 1.62 1.92 1.60 1.42 1.33 1.13 0.60 1.11 1.42 1.59 1.86 2.51 1.93 1.54 1.21 0.26 1.04 0.74 0.42
O4' 1.77 1.63 2.04 1.75 1.32 1.49 1.11 0.89 1.20 1.50 1.53 1.79 2.60 2.04 1.34 1.36 0.60 0.33 0.27 0.15
O5' 1.66 1.44 1.71 1.43 0.98 1.35 0.87 0.55 1.02 1.35 1.22 1.70 2.07 1.74 0.90 1.38 0.22 0.87 0.68 0.43
OP1 1.47 1.42 1.07 0.80 0.91 1.09 0.74 0.32 0.87 1.24 1.21 1.73 1.23 0.94 0.82 1.42 0.32 0.90 0.67 0.58
OP2 0.81 0.44 0.88 0.90 0.26 1.04 0.26 0.45 0.16 0.42 0.24 0.69 1.07 1.15 0.39 0.79 0.20 0.92 0.81 0.60
P 1.36 1.04 1.28 1.16 0.54 1.25 0.47 0.48 0.68 1.00 0.79 1.28 1.52 1.47 0.42 1.25 0.05 0.70 0.55 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.13 0.02 0.03 0.05 0.09 0.02 0.28 0.03 0.01 0.13 0.77 0.05 0.35
C2 0.06 0.00 0.21 0.18 0.01 0.14 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.01 0.27 0.25 1.36 0.11 0.66
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.12 0.02 0.33 0.22 0.38 0.07 0.11 0.43 0.00 0.02 0.11 0.01 0.53 0.84 0.50 0.74
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.12 0.00 0.09 0.03 0.10 0.08 0.17 0.22 0.02 0.00 0.14 0.04 0.22 0.26 0.24 0.28
C4 0.04 0.01 0.12 0.12 0.00 0.12 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.03 0.33 0.09 0.01 0.08 0.30 1.63 0.15 0.81
C4' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.12 0.00 0.09 0.01 0.07 0.08 0.15 0.18 0.31 0.03 0.12 0.00 0.02 0.23 0.03 0.05
C5 0.02 0.01 0.33 0.09 0.00 0.09 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.01 0.54 0.16 0.01 0.09 0.30 1.51 0.14 0.77
C5' 0.13 0.37 0.22 0.03 0.42 0.01 0.37 0.00 0.31 0.30 0.42 0.38 0.10 0.23 0.44 0.03 0.00 0.10 0.12 0.02
C6 0.02 0.00 0.38 0.10 0.00 0.07 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.53 0.21 0.01 0.15 0.28 1.29 0.12 0.66
N1 0.03 0.01 0.07 0.08 0.00 0.08 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.17 0.00 0.07 0.24 1.18 0.10 0.58
N3 0.05 0.00 0.11 0.17 0.00 0.15 0.00 0.42 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.06 0.01 0.22 0.29 1.57 0.14 0.76
O2 0.09 0.00 0.43 0.22 0.03 0.18 0.01 0.38 0.01 0.01 0.03 0.00 0.40 0.10 0.04 0.42 0.25 1.28 0.12 0.62
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.33 0.31 0.54 0.10 0.53 0.19 0.09 0.40 0.00 0.03 0.34 0.17 0.38 0.61 0.47 0.60
O3' 0.28 0.09 0.02 0.00 0.09 0.03 0.16 0.23 0.21 0.17 0.06 0.10 0.03 0.00 0.07 0.21 0.07 0.27 0.25 0.14
O4 0.03 0.01 0.11 0.14 0.01 0.12 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.04 0.34 0.07 0.00 0.08 0.29 1.71 0.16 0.84
O4' 0.01 0.27 0.01 0.04 0.08 0.00 0.09 0.03 0.15 0.07 0.22 0.42 0.17 0.21 0.08 0.00 0.20 0.47 0.35 0.07
O5' 0.13 0.25 0.53 0.22 0.30 0.02 0.30 0.00 0.28 0.24 0.29 0.25 0.38 0.07 0.29 0.20 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.77 1.36 0.84 0.26 1.63 0.23 1.51 0.10 1.29 1.18 1.57 1.28 0.61 0.27 1.71 0.47 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.11 0.50 0.24 0.15 0.03 0.14 0.12 0.12 0.10 0.14 0.12 0.47 0.25 0.16 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.35 0.66 0.74 0.28 0.81 0.05 0.77 0.02 0.66 0.58 0.76 0.62 0.60 0.14 0.84 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00