ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54663

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.009, 0.033, 0.057, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C6 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.041 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.013, 0.043, 0.074, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.043 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.015, 0.051, 0.087, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.051 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.018, 0.063, 0.108, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.063 std_dev=0.045
N4 A 0, 0.027, 0.092, 0.158, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.092 std_dev=0.066
OP1 B 0, 0.080, 0.275, 0.469, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.275 std_dev=0.194
P B 0, 0.168, 0.574, 0.980, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.574 std_dev=0.406
C2' B 0, 0.188, 0.643, 1.098, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.643 std_dev=0.455
O5' B 0, 0.222, 0.760, 1.299, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.760 std_dev=0.539
C3' B 0, 0.239, 0.816, 1.394, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.816 std_dev=0.577
OP2 B 0, 0.242, 0.827, 1.412, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.827 std_dev=0.585
O2' B 0, 0.307, 1.051, 1.795, 1.614 max_d=1.614 avg_d=1.051 std_dev=0.744
O3' B 0, 0.415, 1.417, 2.420, 2.136 max_d=2.136 avg_d=1.417 std_dev=1.002
O4' A 0, 0.445, 1.520, 2.595, 2.291 max_d=2.291 avg_d=1.520 std_dev=1.075
C4' A 0, 0.449, 1.534, 2.619, 2.312 max_d=2.312 avg_d=1.534 std_dev=1.085
C2' A 0, 0.459, 1.566, 2.673, 2.358 max_d=2.358 avg_d=1.566 std_dev=1.107
C1' B 0, 0.517, 1.769, 3.021, 2.714 max_d=2.714 avg_d=1.769 std_dev=1.252
C5' A 0, 0.528, 1.802, 3.076, 2.717 max_d=2.717 avg_d=1.802 std_dev=1.274
C4' B 0, 0.536, 1.832, 3.128, 2.800 max_d=2.800 avg_d=1.832 std_dev=1.296
O5' A 0, 0.573, 1.958, 3.342, 2.949 max_d=2.949 avg_d=1.958 std_dev=1.384
C3' A 0, 0.586, 2.002, 3.417, 3.008 max_d=3.008 avg_d=2.002 std_dev=1.415
P A 0, 0.587, 2.004, 3.422, 3.020 max_d=3.020 avg_d=2.004 std_dev=1.417
C5' B 0, 0.596, 2.035, 3.474, 3.085 max_d=3.085 avg_d=2.035 std_dev=1.439
O4' B 0, 0.647, 2.212, 3.777, 3.390 max_d=3.390 avg_d=2.212 std_dev=1.565
OP2 A 0, 0.653, 2.229, 3.805, 3.345 max_d=3.345 avg_d=2.229 std_dev=1.576
O2' A 0, 0.681, 2.324, 3.967, 3.501 max_d=3.501 avg_d=2.324 std_dev=1.643
OP1 A 0, 0.715, 2.440, 4.166, 3.685 max_d=3.685 avg_d=2.440 std_dev=1.726
C6 B 0, 0.720, 2.460, 4.200, 3.723 max_d=3.723 avg_d=2.460 std_dev=1.740
N1 B 0, 0.819, 2.798, 4.776, 4.238 max_d=4.238 avg_d=2.798 std_dev=1.979
O3' A 0, 0.821, 2.804, 4.786, 4.217 max_d=4.217 avg_d=2.804 std_dev=1.982
C5 B 0, 1.070, 3.654, 6.237, 5.511 max_d=5.511 avg_d=3.654 std_dev=2.584
C2 B 0, 1.254, 4.284, 7.313, 6.465 max_d=6.465 avg_d=4.284 std_dev=3.029
O2 B 0, 1.342, 4.584, 7.825, 6.895 max_d=6.895 avg_d=4.584 std_dev=3.241
C4 B 0, 1.557, 5.318, 9.078, 8.013 max_d=8.013 avg_d=5.318 std_dev=3.760
N3 B 0, 1.605, 5.479, 9.354, 8.266 max_d=8.266 avg_d=5.479 std_dev=3.875
O4 B 0, 1.927, 6.581, 11.234, 9.894 max_d=9.894 avg_d=6.581 std_dev=4.653

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.30 0.33 0.48 0.40
C2 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.13 0.02 0.14 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.37 0.12 0.10 0.13 0.20 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.15 0.07 0.00 0.04 0.03 0.13 0.01 0.01 0.02 0.30 0.26 0.35 0.35
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.10 0.02 0.24 0.03 0.25 0.05 0.04 0.11 0.30 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.04
C4 0.02 0.01 0.02 0.10 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.02 0.16 0.11 0.08 0.06
C4' 0.03 0.13 0.01 0.02 0.02 0.00 0.14 0.01 0.16 0.00 0.09 0.03 0.26 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.19 0.03
C5 0.01 0.02 0.07 0.24 0.01 0.14 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.05 0.09 0.28 0.19 0.14 0.14
C5' 0.19 0.14 0.15 0.03 0.05 0.01 0.16 0.00 0.13 0.05 0.07 0.07 0.26 0.24 0.09 0.02 0.00 0.03 0.19 0.00
C6 0.02 0.01 0.07 0.25 0.02 0.16 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.09 0.12 0.20 0.08 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.13 0.01 0.05 0.11 0.23 0.17
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.32 0.09 0.01 0.02 0.06 0.07
N4 0.02 0.02 0.03 0.11 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.15 0.02 0.21 0.18 0.18 0.13
O2 0.04 0.00 0.13 0.30 0.01 0.26 0.01 0.26 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.59 0.20 0.24 0.25 0.30 0.29
O2' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.06 0.14 0.24 0.13 0.06 0.04 0.11 0.09 0.00 0.22 0.05 0.62 0.63 0.68 0.72
O3' 0.07 0.37 0.01 0.01 0.15 0.03 0.05 0.09 0.09 0.13 0.32 0.15 0.59 0.22 0.00 0.15 0.07 0.25 0.01 0.10
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.12 0.01 0.09 0.02 0.20 0.05 0.15 0.00 0.03 0.02 0.23 0.05
O5' 0.30 0.10 0.30 0.05 0.16 0.00 0.28 0.00 0.20 0.05 0.01 0.21 0.24 0.62 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.33 0.13 0.26 0.04 0.11 0.02 0.19 0.03 0.08 0.11 0.02 0.18 0.25 0.63 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.48 0.20 0.35 0.08 0.08 0.19 0.14 0.19 0.03 0.23 0.06 0.18 0.30 0.68 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.40 0.18 0.35 0.04 0.06 0.03 0.14 0.00 0.03 0.17 0.07 0.13 0.29 0.72 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 1.22 0.08 0.32 1.42 0.42 0.99 0.55 0.65 0.75 1.53 1.25 0.12 0.42 1.62 0.06 0.21 0.02 0.20 0.20
C2 0.38 1.47 0.05 0.23 1.89 0.29 1.32 0.46 0.87 0.94 1.93 1.47 0.21 0.29 2.23 0.11 0.15 0.02 0.17 0.17
C2' 0.06 0.93 0.07 0.38 1.15 0.44 0.75 0.50 0.44 0.51 1.22 0.97 0.33 0.47 1.36 0.17 0.21 0.11 0.13 0.15
C3' 0.34 1.06 0.33 0.02 1.27 0.09 0.97 0.12 0.71 0.74 1.31 1.06 0.11 0.08 1.44 0.12 0.19 0.55 0.21 0.26
C4 0.29 1.26 0.07 0.18 1.81 0.27 1.31 0.45 0.82 0.82 1.71 1.20 0.29 0.15 2.18 0.08 0.15 0.07 0.18 0.20
C4' 0.65 1.34 0.70 0.26 1.44 0.09 1.16 0.03 0.94 1.02 1.52 1.36 0.57 0.14 1.57 0.35 0.30 0.53 0.19 0.30
C5 0.21 1.07 0.09 0.18 1.54 0.31 1.16 0.50 0.72 0.70 1.45 1.00 0.26 0.10 1.81 0.01 0.18 0.05 0.21 0.21
C5' 0.54 1.02 0.71 0.34 1.15 0.13 0.98 0.09 0.82 0.84 1.16 0.98 0.63 0.25 1.23 0.29 0.39 0.67 0.30 0.42
C6 0.22 1.11 0.03 0.22 1.47 0.36 1.09 0.54 0.70 0.72 1.45 1.05 0.21 0.17 1.68 0.04 0.19 0.01 0.20 0.19
N1 0.31 1.32 0.04 0.25 1.65 0.35 1.17 0.51 0.78 0.84 1.70 1.30 0.18 0.29 1.89 0.02 0.17 0.01 0.18 0.17
N3 0.37 1.44 0.01 0.21 1.96 0.27 1.38 0.44 0.88 0.93 1.93 1.41 0.26 0.23 2.37 0.13 0.14 0.05 0.17 0.18
N4 0.28 1.19 0.11 0.16 1.77 0.24 1.28 0.41 0.78 0.77 1.64 1.13 0.32 0.11 2.18 0.10 0.14 0.11 0.18 0.20
O2 0.43 1.56 0.09 0.24 1.93 0.28 1.33 0.45 0.89 0.99 2.02 1.60 0.18 0.35 2.28 0.14 0.14 0.02 0.16 0.17
O2' 0.36 0.50 0.49 0.79 0.68 0.80 0.26 0.85 0.04 0.06 0.79 0.60 0.78 0.90 0.89 0.56 0.62 0.30 0.46 0.54
O3' 0.42 1.10 0.43 0.11 1.25 0.01 0.93 0.09 0.70 0.77 1.32 1.15 0.26 0.09 1.41 0.20 0.18 0.55 0.11 0.22
O4' 0.78 1.61 0.71 0.25 1.72 0.07 1.37 0.09 1.11 1.23 1.82 1.63 0.54 0.11 1.84 0.43 0.26 0.39 0.11 0.22
O5' 0.18 0.62 0.29 0.11 0.87 0.03 0.78 0.08 0.60 0.51 0.80 0.50 0.11 0.01 0.97 0.04 0.39 0.78 0.44 0.51
OP1 0.28 0.14 0.04 0.03 0.18 0.14 0.25 0.13 0.14 0.07 0.02 0.34 0.04 0.03 0.24 0.32 0.35 0.88 0.44 0.55
OP2 0.11 0.22 0.01 0.02 0.59 0.26 0.62 0.02 0.44 0.21 0.42 0.05 0.02 0.02 0.69 0.23 0.46 0.96 0.53 0.68
P 0.11 0.16 0.09 0.04 0.45 0.13 0.47 0.10 0.34 0.16 0.32 0.03 0.03 0.00 0.52 0.18 0.38 0.82 0.42 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.18 0.03 0.00 0.11 0.25 0.04 0.14
C2 0.03 0.00 0.10 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.05 0.03 0.10 0.03 0.29 0.40 0.02
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.12 0.14 0.14 0.01 0.06 0.19 0.00 0.01 0.03 0.01 0.26 0.20 0.19 0.28
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.24 0.00 0.23 0.00 0.18 0.15 0.22 0.12 0.00 0.01 0.26 0.01 0.05 0.20 0.02 0.06
C4 0.03 0.01 0.03 0.24 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.03 0.27 0.11 0.01 0.02 0.15 0.27 0.70 0.11
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.14 0.05 0.05 0.07 0.17 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01
C5 0.02 0.01 0.12 0.23 0.00 0.15 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.32 0.15 0.00 0.06 0.16 0.26 0.64 0.10
C5' 0.05 0.02 0.14 0.00 0.12 0.01 0.17 0.00 0.13 0.03 0.06 0.08 0.02 0.14 0.14 0.02 0.00 0.04 0.19 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.18 0.00 0.14 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.09 0.00 0.09 0.08 0.27 0.40 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.15 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.03 0.02 0.02 0.01 0.28 0.29 0.06
N3 0.02 0.01 0.06 0.22 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.18 0.04 0.03 0.07 0.09 0.29 0.58 0.06
O2 0.05 0.00 0.19 0.12 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.16 0.05 0.17 0.05 0.30 0.32 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.27 0.17 0.32 0.02 0.28 0.15 0.18 0.03 0.00 0.02 0.29 0.14 0.20 0.10 0.22 0.25
O3' 0.18 0.05 0.01 0.01 0.11 0.00 0.15 0.14 0.09 0.03 0.04 0.16 0.02 0.00 0.14 0.13 0.20 0.51 0.18 0.27
O4 0.03 0.03 0.03 0.26 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.02 0.03 0.05 0.29 0.14 0.00 0.03 0.18 0.25 0.81 0.16
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.09 0.02 0.07 0.17 0.14 0.13 0.03 0.00 0.06 0.25 0.01 0.09
O5' 0.11 0.03 0.26 0.05 0.15 0.01 0.16 0.00 0.08 0.01 0.09 0.05 0.20 0.20 0.18 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.25 0.29 0.20 0.20 0.27 0.01 0.26 0.04 0.27 0.28 0.29 0.30 0.10 0.51 0.25 0.25 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.40 0.19 0.02 0.70 0.10 0.64 0.19 0.40 0.29 0.58 0.32 0.22 0.18 0.81 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.02 0.28 0.06 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.06 0.06 0.25 0.27 0.16 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00