ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54664

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, -0.001, 0.004, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N4 A 0, -0.001, 0.023, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.024
OP1 B 0, -0.011, 0.121, 0.253, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.121 std_dev=0.132
P B 0, -0.010, 0.132, 0.275, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.132 std_dev=0.143
O5' B 0, -0.025, 0.145, 0.314, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.145 std_dev=0.169
OP2 B 0, -0.033, 0.180, 0.394, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.180 std_dev=0.214
C2' A 0, -0.060, 0.162, 0.385, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.162 std_dev=0.222
O2' A 0, -0.050, 0.178, 0.406, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.178 std_dev=0.228
O4' A 0, -0.062, 0.179, 0.421, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.179 std_dev=0.241
C5' B 0, -0.046, 0.196, 0.438, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.196 std_dev=0.242
O4' B 0, -0.056, 0.230, 0.515, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.230 std_dev=0.286
C4' B 0, -0.062, 0.236, 0.534, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.236 std_dev=0.298
C4' A 0, -0.086, 0.218, 0.521, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.218 std_dev=0.304
C3' B 0, -0.070, 0.246, 0.563, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.246 std_dev=0.317
C3' A 0, -0.098, 0.245, 0.589, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.245 std_dev=0.343
O3' B 0, -0.087, 0.280, 0.647, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.280 std_dev=0.367
O5' A 0, -0.098, 0.279, 0.657, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.279 std_dev=0.377
C2' B 0, -0.092, 0.308, 0.708, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.308 std_dev=0.400
P A 0, -0.109, 0.316, 0.741, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.316 std_dev=0.425
C1' B 0, -0.097, 0.329, 0.756, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.329 std_dev=0.426
OP1 A 0, -0.115, 0.344, 0.802, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.344 std_dev=0.459
N1 B 0, -0.110, 0.356, 0.823, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.356 std_dev=0.467
OP2 A 0, -0.126, 0.349, 0.824, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.349 std_dev=0.475
C6 B 0, -0.118, 0.374, 0.866, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.374 std_dev=0.492
O3' A 0, -0.141, 0.360, 0.861, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.360 std_dev=0.501
C5' A 0, -0.148, 0.393, 0.933, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.393 std_dev=0.540
O2' B 0, -0.134, 0.411, 0.955, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.411 std_dev=0.545
C5 B 0, -0.174, 0.508, 1.190, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.508 std_dev=0.682
C2 B 0, -0.188, 0.542, 1.272, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.542 std_dev=0.730
C4 B 0, -0.208, 0.583, 1.374, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.583 std_dev=0.791
N3 B 0, -0.213, 0.601, 1.415, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.601 std_dev=0.814
O2 B 0, -0.255, 0.708, 1.671, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.708 std_dev=0.963
O4 B 0, -0.266, 0.711, 1.689, 2.094 max_d=2.094 avg_d=0.711 std_dev=0.978

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.13 0.02 0.06
C2 0.00 0.00 0.10 0.09 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.05 0.02 0.08 0.03 0.15 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.03
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.09 0.07 0.12 0.02 0.00 0.03 0.08 0.04 0.12 0.09
C4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02
C4' 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02
C5' 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.11 0.03 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.00
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02
N3 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02
N4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04
O2 0.00 0.00 0.15 0.12 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.15 0.08 0.01 0.05 0.01 0.02
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.09 0.05 0.11 0.06 0.02 0.02 0.02 0.10 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.05
O3' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.10 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.13 0.11 0.15 0.01 0.00 0.00 0.10 0.09 0.18 0.13
O4' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.11 0.15 0.09 0.13
O5' 0.04 0.00 0.04 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.13 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.03 0.05 0.14 0.09 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.01 0.07 0.12 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.18 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.01 0.03 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.13 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.07 0.09 0.26 0.09 0.42 0.10 0.33 0.08 0.05 0.22 0.11 0.07 0.32 0.10 0.09 0.02 0.02 0.07
C2 0.08 0.14 0.02 0.03 0.46 0.04 0.56 0.09 0.42 0.21 0.26 0.01 0.02 0.02 0.55 0.04 0.08 0.06 0.00 0.08
C2' 0.09 0.04 0.04 0.04 0.34 0.05 0.51 0.04 0.43 0.19 0.13 0.14 0.01 0.06 0.38 0.03 0.05 0.11 0.09 0.06
C3' 0.11 0.06 0.09 0.07 0.34 0.05 0.50 0.02 0.44 0.21 0.15 0.11 0.04 0.09 0.37 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00
C4 0.12 0.25 0.06 0.01 0.55 0.02 0.60 0.07 0.44 0.27 0.38 0.15 0.04 0.01 0.64 0.01 0.07 0.08 0.01 0.08
C4' 0.04 0.01 0.01 0.02 0.29 0.04 0.45 0.07 0.39 0.14 0.08 0.20 0.04 0.01 0.32 0.03 0.05 0.01 0.00 0.05
C5 0.09 0.19 0.03 0.01 0.47 0.03 0.55 0.08 0.41 0.23 0.30 0.09 0.01 0.01 0.53 0.03 0.08 0.07 0.01 0.07
C5' 0.08 0.04 0.07 0.00 0.32 0.04 0.47 0.09 0.42 0.19 0.13 0.16 0.00 0.03 0.36 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06
C6 0.04 0.09 0.01 0.04 0.37 0.05 0.49 0.09 0.39 0.17 0.20 0.04 0.04 0.02 0.43 0.06 0.08 0.04 0.00 0.07
N1 0.04 0.06 0.02 0.05 0.37 0.06 0.50 0.09 0.39 0.16 0.17 0.09 0.05 0.03 0.44 0.07 0.09 0.04 0.01 0.07
N3 0.12 0.23 0.05 0.00 0.54 0.02 0.60 0.08 0.45 0.26 0.36 0.10 0.03 0.00 0.64 0.01 0.08 0.07 0.01 0.08
N4 0.15 0.32 0.08 0.03 0.60 0.01 0.60 0.06 0.43 0.30 0.46 0.24 0.07 0.02 0.71 0.02 0.07 0.09 0.02 0.08
O2 0.07 0.11 0.01 0.04 0.44 0.05 0.55 0.10 0.42 0.20 0.23 0.04 0.03 0.03 0.53 0.05 0.09 0.06 0.01 0.08
O2' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.27 0.01 0.46 0.02 0.38 0.12 0.04 0.25 0.09 0.01 0.32 0.02 0.04 0.13 0.09 0.07
O3' 0.13 0.07 0.12 0.10 0.33 0.08 0.49 0.04 0.44 0.22 0.15 0.11 0.08 0.13 0.36 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00
O4' 0.09 0.09 0.12 0.18 0.23 0.19 0.38 0.22 0.28 0.04 0.02 0.27 0.17 0.16 0.29 0.18 0.20 0.12 0.11 0.17
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.20 0.04 0.35 0.07 0.32 0.11 0.03 0.22 0.04 0.02 0.22 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04
OP1 0.03 0.14 0.03 0.00 0.05 0.00 0.21 0.02 0.22 0.05 0.09 0.32 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00
OP2 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.22 0.01 0.22 0.03 0.09 0.34 0.08 0.01 0.07 0.00 0.04 0.06 0.04 0.03
P 0.01 0.12 0.01 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.24 0.06 0.06 0.29 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.14 0.08
C2 0.01 0.00 0.12 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.12 0.02 0.02 0.09 0.14 0.31 0.18
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.21 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.16 0.05 0.03 0.17 0.02 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.03 0.18 0.26 0.33 0.27
C4' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.15 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.00 0.06 0.23 0.28 0.26 0.27
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.16 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.17 0.01 0.07 0.21 0.22 0.21 0.22
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.13 0.14 0.24 0.17
N3 0.01 0.00 0.09 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.01 0.01 0.13 0.20 0.35 0.23
O2 0.01 0.00 0.21 0.17 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.26 0.02 0.05 0.03 0.09 0.30 0.14
O2' 0.00 0.15 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.13 0.25 0.00 0.07 0.08 0.03 0.02 0.01 0.09 0.04
O3' 0.02 0.12 0.02 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.17 0.02 0.07 0.26 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
O4 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.04 0.00 0.03 0.19 0.29 0.34 0.28
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.09 0.03
O5' 0.04 0.09 0.02 0.02 0.18 0.02 0.23 0.00 0.21 0.13 0.13 0.03 0.02 0.03 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.14 0.01 0.01 0.26 0.01 0.28 0.01 0.22 0.14 0.20 0.09 0.01 0.04 0.29 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.31 0.09 0.07 0.33 0.04 0.26 0.01 0.21 0.24 0.35 0.30 0.09 0.04 0.34 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.18 0.04 0.03 0.27 0.03 0.27 0.01 0.22 0.17 0.23 0.14 0.04 0.03 0.28 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00