ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54665

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.115, 0.441, 0.767, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.441 std_dev=0.326
O4' A 0, 0.073, 0.404, 0.735, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.404 std_dev=0.331
O2' A 0, 0.148, 0.507, 0.866, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.507 std_dev=0.359
OP2 B 0, 0.063, 0.560, 1.058, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.560 std_dev=0.497
P B 0, 0.210, 0.725, 1.240, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.725 std_dev=0.515
C4' A 0, 0.100, 0.626, 1.152, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.626 std_dev=0.526
C3' A 0, 0.170, 0.709, 1.248, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.709 std_dev=0.539
O5' A 0, 0.092, 0.661, 1.230, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.661 std_dev=0.569
OP1 B 0, 0.263, 0.962, 1.661, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.962 std_dev=0.699
O3' A 0, 0.247, 0.954, 1.662, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.954 std_dev=0.707
O5' B 0, 0.275, 1.044, 1.813, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.044 std_dev=0.769
C5' A 0, 0.217, 1.176, 2.134, 2.348 max_d=2.348 avg_d=1.176 std_dev=0.959
P A 0, 0.219, 1.609, 2.999, 3.392 max_d=3.392 avg_d=1.609 std_dev=1.390
O2' B 0, 0.572, 1.973, 3.373, 3.108 max_d=3.108 avg_d=1.973 std_dev=1.400
O3' B 0, -0.211, 1.217, 2.645, 3.222 max_d=3.222 avg_d=1.217 std_dev=1.428
C3' B 0, 0.176, 1.684, 3.191, 3.658 max_d=3.658 avg_d=1.684 std_dev=1.508
C2' B 0, 0.557, 2.256, 3.954, 4.098 max_d=4.098 avg_d=2.256 std_dev=1.698
C5' B 0, -0.027, 1.788, 3.603, 4.277 max_d=4.277 avg_d=1.788 std_dev=1.815
OP1 A 0, 0.756, 2.616, 4.476, 4.160 max_d=4.160 avg_d=2.616 std_dev=1.860
C4' B 0, 0.298, 2.161, 4.023, 4.545 max_d=4.545 avg_d=2.161 std_dev=1.862
OP2 A 0, 0.639, 2.923, 5.206, 5.574 max_d=5.574 avg_d=2.923 std_dev=2.284
O4' B 0, 0.738, 3.108, 5.478, 5.749 max_d=5.749 avg_d=3.108 std_dev=2.370
C1' B 0, 0.835, 3.213, 5.592, 5.682 max_d=5.682 avg_d=3.213 std_dev=2.379
C6 B 0, 1.084, 3.765, 6.447, 6.040 max_d=6.040 avg_d=3.765 std_dev=2.682
N1 B 0, 1.008, 3.876, 6.743, 6.847 max_d=6.847 avg_d=3.876 std_dev=2.867
C5 B 0, 1.321, 4.573, 7.824, 7.282 max_d=7.282 avg_d=4.573 std_dev=3.252
C2 B 0, 1.148, 4.833, 8.519, 8.940 max_d=8.940 avg_d=4.833 std_dev=3.686
O2 B 0, 1.186, 5.175, 9.163, 9.705 max_d=9.705 avg_d=5.175 std_dev=3.988
C4 B 0, 1.469, 5.504, 9.539, 9.562 max_d=9.562 avg_d=5.504 std_dev=4.035
N3 B 0, 1.331, 5.539, 9.747, 10.193 max_d=10.193 avg_d=5.539 std_dev=4.208
O4 B 0, 1.692, 6.331, 10.971, 10.988 max_d=10.988 avg_d=6.331 std_dev=4.639

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.56 0.20 0.23
C2 0.01 0.00 0.16 0.18 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.19 0.09 0.14 0.80 0.38 0.36
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.04 0.00 0.17 0.03 0.21 0.02 0.11 0.04 0.32 0.00 0.01 0.01 0.22 0.48 0.31 0.23
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.00 0.13 0.04 0.15 0.06 0.16 0.10 0.27 0.03 0.01 0.00 0.37 0.51 0.52 0.35
C4 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.02 0.18 0.96 0.50 0.45
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.04 0.08 0.02 0.06 0.04 0.00 0.01 0.31 0.11 0.05
C5 0.00 0.00 0.17 0.13 0.00 0.10 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.16 0.10 0.17 0.96 0.48 0.44
C5' 0.03 0.07 0.03 0.04 0.20 0.01 0.26 0.00 0.24 0.12 0.12 0.22 0.01 0.06 0.06 0.01 0.00 0.38 0.18 0.00
C6 0.00 0.00 0.21 0.15 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.18 0.13 0.14 0.87 0.41 0.39
N1 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.12 0.76 0.34 0.34
N3 0.00 0.00 0.11 0.16 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.18 0.06 0.17 0.89 0.45 0.42
N4 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.11 0.02 0.20 0.99 0.54 0.47
O2 0.01 0.01 0.32 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.31 0.17 0.12 0.73 0.34 0.33
O2' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.09 0.06 0.17 0.06 0.17 0.05 0.02 0.10 0.20 0.00 0.02 0.06 0.01 0.32 0.15 0.04
O3' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.10 0.04 0.16 0.06 0.18 0.05 0.18 0.11 0.31 0.02 0.00 0.03 0.35 0.46 0.76 0.43
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.06 0.02 0.17 0.06 0.03 0.00 0.13 0.49 0.27 0.29
O5' 0.04 0.14 0.22 0.37 0.18 0.01 0.17 0.00 0.14 0.12 0.17 0.20 0.12 0.01 0.35 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.56 0.80 0.48 0.51 0.96 0.31 0.96 0.38 0.87 0.76 0.89 0.99 0.73 0.32 0.46 0.49 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.38 0.31 0.52 0.50 0.11 0.48 0.18 0.41 0.34 0.45 0.54 0.34 0.15 0.76 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.36 0.23 0.35 0.45 0.05 0.44 0.00 0.39 0.34 0.42 0.47 0.33 0.04 0.43 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.95 0.31 0.32 1.90 0.62 1.96 0.80 1.47 0.94 1.43 0.57 0.10 0.08 2.21 0.47 0.18 0.43 0.28 0.33
C2 0.65 1.33 0.44 0.31 2.38 0.60 2.37 0.84 1.77 1.25 1.88 0.96 0.19 0.08 2.77 0.57 0.27 0.23 0.16 0.32
C2' 0.48 0.82 0.40 0.38 1.73 0.58 1.86 0.67 1.45 0.90 1.24 0.43 0.15 0.13 1.99 0.52 0.44 0.12 0.13 0.22
C3' 0.46 0.67 0.43 0.41 1.45 0.59 1.61 0.62 1.28 0.78 1.01 0.35 0.22 0.20 1.65 0.53 0.39 0.08 0.13 0.13
C4 0.71 1.31 0.45 0.31 2.20 0.54 2.19 0.79 1.66 1.22 1.77 1.01 0.26 0.15 2.53 0.63 0.31 0.25 0.11 0.30
C4' 0.31 0.60 0.23 0.36 1.42 0.68 1.51 0.76 1.14 0.65 1.00 0.24 0.04 0.21 1.65 0.47 0.03 0.59 0.36 0.36
C5 0.62 1.07 0.42 0.31 1.84 0.53 1.89 0.78 1.47 1.04 1.45 0.80 0.26 0.16 2.07 0.59 0.30 0.19 0.13 0.31
C5' 0.33 0.43 0.20 0.45 1.10 0.82 1.18 0.88 0.87 0.47 0.76 0.19 0.03 0.38 1.28 0.58 0.33 0.88 0.60 0.63
C6 0.54 0.97 0.38 0.32 1.77 0.57 1.86 0.80 1.44 0.97 1.36 0.66 0.21 0.11 2.01 0.53 0.25 0.29 0.21 0.32
N1 0.56 1.11 0.38 0.32 2.05 0.60 2.10 0.83 1.59 1.07 1.58 0.75 0.16 0.07 2.36 0.52 0.24 0.31 0.21 0.32
N3 0.72 1.42 0.47 0.32 2.44 0.57 2.40 0.83 1.79 1.31 1.95 1.08 0.24 0.12 2.84 0.62 0.30 0.21 0.12 0.30
N4 0.75 1.36 0.47 0.31 2.20 0.51 2.14 0.74 1.62 1.24 1.81 1.10 0.30 0.19 2.54 0.67 0.32 0.39 0.13 0.28
O2 0.66 1.41 0.45 0.31 2.54 0.60 2.48 0.85 1.84 1.30 2.00 1.01 0.19 0.06 2.97 0.55 0.25 0.25 0.17 0.31
O2' 0.34 0.67 0.24 0.33 1.65 0.59 1.76 0.65 1.32 0.75 1.14 0.24 0.05 0.07 1.95 0.46 0.35 0.17 0.05 0.18
O3' 0.42 0.48 0.39 0.41 1.21 0.57 1.40 0.52 1.11 0.62 0.77 0.34 0.22 0.25 1.38 0.54 0.48 0.11 0.25 0.25
O4' 0.35 0.88 0.23 0.35 1.78 0.66 1.81 0.85 1.35 0.85 1.35 0.52 0.13 0.25 2.05 0.41 0.15 0.75 0.51 0.54
O5' 0.24 0.47 0.24 0.22 1.03 0.27 1.14 0.27 0.94 0.56 0.73 0.17 0.02 0.02 1.14 0.22 0.25 0.49 0.18 0.14
OP1 0.32 0.34 0.43 0.06 0.50 0.08 0.49 0.37 0.40 0.33 0.42 0.31 0.65 0.03 0.55 0.09 0.63 1.19 1.02 0.92
OP2 0.36 0.63 0.34 0.23 0.73 0.12 0.72 0.24 0.57 0.46 0.69 0.78 0.13 0.01 0.80 0.27 0.55 0.39 0.60 0.41
P 0.11 0.13 0.15 0.00 0.50 0.06 0.59 0.13 0.47 0.19 0.30 0.18 0.16 0.00 0.57 0.09 0.41 0.61 0.52 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.02 0.00 0.37 0.42 0.18 0.31
C2 0.01 0.00 0.13 0.17 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.25 0.01 0.12 0.40 0.39 0.20 0.28
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.22 0.13 0.01 0.10 0.23 0.00 0.01 0.02 0.01 0.49 0.78 0.58 0.64
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.32 0.00 0.37 0.04 0.34 0.19 0.24 0.14 0.00 0.00 0.35 0.02 0.01 0.51 0.13 0.20
C4 0.01 0.01 0.02 0.32 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.32 0.11 0.00 0.04 0.36 0.70 0.14 0.28
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.18 0.06 0.05 0.13 0.27 0.02 0.11 0.00 0.02 0.37 0.29 0.05
C5 0.01 0.01 0.09 0.37 0.00 0.17 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.40 0.24 0.00 0.08 0.34 0.73 0.21 0.27
C5' 0.10 0.15 0.22 0.04 0.17 0.01 0.20 0.00 0.18 0.12 0.15 0.18 0.06 0.18 0.18 0.03 0.01 0.37 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.34 0.00 0.18 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.20 0.01 0.12 0.36 0.55 0.21 0.28
N1 0.00 0.01 0.01 0.19 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.08 0.01 0.02 0.38 0.40 0.17 0.28
N3 0.01 0.00 0.10 0.24 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.14 0.01 0.09 0.39 0.53 0.17 0.28
O2 0.01 0.00 0.23 0.14 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.46 0.01 0.19 0.40 0.33 0.26 0.27
O2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.32 0.27 0.40 0.06 0.37 0.19 0.19 0.13 0.00 0.02 0.34 0.18 0.32 0.84 0.60 0.57
O3' 0.29 0.25 0.01 0.00 0.11 0.02 0.24 0.18 0.20 0.08 0.14 0.46 0.02 0.00 0.15 0.20 0.39 0.37 0.34 0.26
O4 0.02 0.01 0.02 0.35 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.15 0.00 0.05 0.35 0.81 0.13 0.28
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.03 0.12 0.02 0.09 0.19 0.18 0.20 0.05 0.00 0.22 0.29 0.44 0.19
O5' 0.37 0.40 0.49 0.01 0.36 0.02 0.34 0.01 0.36 0.38 0.39 0.40 0.32 0.39 0.35 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.42 0.39 0.78 0.51 0.70 0.37 0.73 0.37 0.55 0.40 0.53 0.33 0.84 0.37 0.81 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.20 0.58 0.13 0.14 0.29 0.21 0.37 0.21 0.17 0.17 0.26 0.60 0.34 0.13 0.44 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.31 0.28 0.64 0.20 0.28 0.05 0.27 0.02 0.28 0.28 0.28 0.27 0.57 0.26 0.28 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00