ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54666

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.013, 0.045, 0.076, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.045 std_dev=0.032
C4' A 0, 0.020, 0.068, 0.117, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.068 std_dev=0.048
C3' B 0, 0.004, 0.067, 0.130, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.067 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.029, 0.099, 0.169, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.099 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.028, 0.100, 0.171, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.100 std_dev=0.071
P B 0, 0.036, 0.125, 0.214, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.125 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.050, 0.172, 0.294, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.172 std_dev=0.122
C4' B 0, 0.051, 0.180, 0.309, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.180 std_dev=0.129
O3' B 0, 0.057, 0.199, 0.341, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.199 std_dev=0.142
O3' A 0, 0.059, 0.202, 0.346, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.202 std_dev=0.143
OP1 B 0, 0.054, 0.199, 0.345, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.199 std_dev=0.145
C2' B 0, 0.054, 0.205, 0.356, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.205 std_dev=0.151
C5' A 0, 0.066, 0.225, 0.385, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.225 std_dev=0.159
O5' B 0, 0.064, 0.224, 0.384, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.224 std_dev=0.160
O5' A 0, 0.071, 0.246, 0.420, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.246 std_dev=0.175
O4' B 0, 0.087, 0.296, 0.505, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.296 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.091, 0.314, 0.538, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.314 std_dev=0.224
O2' B 0, 0.089, 0.323, 0.558, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.323 std_dev=0.234
OP2 B 0, 0.091, 0.328, 0.565, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.328 std_dev=0.237
C5' B 0, 0.096, 0.337, 0.579, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.337 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.100, 0.350, 0.600, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.350 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.124, 0.425, 0.725, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.425 std_dev=0.301
P A 0, 0.126, 0.431, 0.736, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.431 std_dev=0.305
O2 B 0, 0.125, 0.433, 0.742, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.433 std_dev=0.308
N3 B 0, 0.136, 0.470, 0.804, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.470 std_dev=0.334
OP2 A 0, 0.166, 0.568, 0.970, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.568 std_dev=0.402
OP1 A 0, 0.175, 0.598, 1.021, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.598 std_dev=0.423
C4 B 0, 0.197, 0.673, 1.150, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.673 std_dev=0.476
C6 B 0, 0.216, 0.737, 1.259, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.737 std_dev=0.521
O4 B 0, 0.222, 0.760, 1.298, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.760 std_dev=0.538
C5 B 0, 0.249, 0.852, 1.454, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.852 std_dev=0.602

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.15 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.14 0.20 0.14
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.15 0.21 0.14
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.12 0.17 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.14 0.09
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.12 0.18 0.12
N4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.16 0.21 0.15
O2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.13 0.07
O2' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01
O3' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04
O5' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.08 0.02 0.02 0.14 0.02 0.15 0.03 0.12 0.08 0.12 0.16 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.15 0.08 0.05 0.20 0.01 0.21 0.07 0.17 0.14 0.18 0.21 0.13 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.04 0.04 0.14 0.01 0.14 0.01 0.12 0.09 0.12 0.15 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.11 0.01 0.01 0.15 0.07 0.11 0.10 0.07 0.08 0.15 0.11 0.04 0.04 0.18 0.08 0.07 0.04 0.03 0.02
C2 0.07 0.12 0.01 0.02 0.19 0.06 0.17 0.07 0.13 0.10 0.16 0.10 0.03 0.05 0.22 0.09 0.06 0.03 0.06 0.02
C2' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.14 0.04 0.11 0.07 0.07 0.06 0.13 0.09 0.07 0.06 0.18 0.06 0.05 0.07 0.06 0.01
C3' 0.01 0.07 0.06 0.03 0.11 0.03 0.08 0.07 0.04 0.04 0.10 0.06 0.09 0.09 0.14 0.05 0.05 0.09 0.05 0.01
C4 0.09 0.12 0.02 0.02 0.21 0.06 0.22 0.06 0.17 0.12 0.16 0.09 0.02 0.05 0.24 0.10 0.06 0.03 0.07 0.03
C4' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.11 0.07 0.07 0.12 0.04 0.05 0.12 0.10 0.07 0.04 0.14 0.08 0.09 0.05 0.01 0.03
C5 0.07 0.11 0.01 0.02 0.18 0.06 0.18 0.07 0.14 0.10 0.15 0.09 0.02 0.05 0.20 0.09 0.07 0.04 0.05 0.02
C5' 0.03 0.08 0.04 0.01 0.10 0.08 0.06 0.15 0.04 0.05 0.10 0.08 0.08 0.05 0.12 0.08 0.11 0.03 0.05 0.06
C6 0.06 0.11 0.01 0.01 0.16 0.06 0.14 0.09 0.10 0.09 0.14 0.10 0.03 0.04 0.19 0.09 0.07 0.05 0.04 0.01
N1 0.06 0.12 0.01 0.01 0.17 0.06 0.14 0.09 0.10 0.09 0.15 0.11 0.03 0.04 0.20 0.09 0.07 0.04 0.04 0.02
N3 0.08 0.12 0.02 0.02 0.21 0.06 0.21 0.06 0.16 0.12 0.16 0.09 0.03 0.05 0.24 0.09 0.06 0.03 0.07 0.03
N4 0.11 0.13 0.04 0.02 0.24 0.06 0.27 0.05 0.22 0.15 0.18 0.09 0.03 0.04 0.26 0.11 0.06 0.04 0.07 0.03
O2 0.07 0.12 0.01 0.02 0.18 0.06 0.16 0.07 0.12 0.10 0.16 0.10 0.03 0.05 0.22 0.09 0.06 0.03 0.07 0.02
O2' 0.05 0.13 0.01 0.01 0.17 0.06 0.12 0.09 0.08 0.08 0.16 0.13 0.05 0.04 0.20 0.08 0.07 0.05 0.04 0.01
O3' 0.01 0.07 0.05 0.03 0.11 0.03 0.08 0.07 0.04 0.04 0.10 0.06 0.09 0.08 0.14 0.04 0.04 0.10 0.06 0.03
O4' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.12 0.07 0.08 0.11 0.05 0.06 0.13 0.11 0.05 0.03 0.15 0.08 0.08 0.05 0.01 0.02
O5' 0.07 0.02 0.12 0.08 0.02 0.01 0.07 0.04 0.09 0.06 0.01 0.00 0.15 0.11 0.01 0.02 0.01 0.16 0.07 0.07
OP1 0.21 0.15 0.25 0.22 0.14 0.17 0.19 0.11 0.22 0.19 0.12 0.13 0.29 0.25 0.11 0.17 0.16 0.30 0.19 0.21
OP2 0.12 0.09 0.15 0.13 0.10 0.07 0.13 0.03 0.14 0.12 0.08 0.08 0.16 0.14 0.09 0.08 0.10 0.30 0.17 0.19
P 0.13 0.08 0.17 0.14 0.09 0.08 0.14 0.03 0.16 0.12 0.07 0.06 0.20 0.16 0.07 0.09 0.09 0.26 0.14 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.16 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.07 0.02 0.12 0.08 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.00 0.04 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.22 0.14 0.13
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.04 0.10 0.27 0.22 0.20
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.04 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.06 0.10 0.23 0.25 0.19
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.14 0.16 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.16 0.09 0.08
O2 0.02 0.00 0.10 0.05 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.08 0.01 0.11 0.05 0.07 0.04 0.02
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.04 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.12 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.03 0.06
O4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.23 0.12 0.13
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.17 0.09
O5' 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.10 0.00 0.10 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.09 0.12 0.02 0.04 0.22 0.03 0.27 0.01 0.23 0.14 0.16 0.07 0.02 0.10 0.23 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.08 0.10 0.06 0.14 0.10 0.22 0.04 0.25 0.16 0.09 0.04 0.12 0.03 0.12 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.05 0.02 0.02 0.13 0.03 0.20 0.01 0.19 0.10 0.08 0.02 0.02 0.06 0.13 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00