ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54668

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.003, 0.007, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.010
C4 A 0, -0.004, 0.010, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.014
N1 A 0, -0.005, 0.012, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.017
C1' A 0, -0.006, 0.015, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.010, 0.024, 0.059, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.034
N3 A 0, -0.010, 0.025, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.025 std_dev=0.036
C5 A 0, -0.011, 0.027, 0.066, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.027 std_dev=0.039
O2 A 0, -0.016, 0.040, 0.096, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.040 std_dev=0.056
N4 A 0, -0.021, 0.050, 0.121, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.050 std_dev=0.071
C2' A 0, -0.045, 0.109, 0.263, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.109 std_dev=0.154
C3' A 0, -0.047, 0.114, 0.275, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.114 std_dev=0.161
O3' A 0, -0.059, 0.141, 0.341, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.141 std_dev=0.200
O2' A 0, -0.067, 0.162, 0.391, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.162 std_dev=0.229
O4' A 0, -0.070, 0.170, 0.409, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.170 std_dev=0.240
OP1 B 0, -0.083, 0.200, 0.482, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.200 std_dev=0.282
P B 0, -0.101, 0.245, 0.591, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.245 std_dev=0.346
OP1 A 0, -0.109, 0.262, 0.633, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.262 std_dev=0.371
C4' A 0, -0.127, 0.308, 0.743, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.308 std_dev=0.435
OP2 B 0, -0.172, 0.416, 1.004, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.416 std_dev=0.588
O5' A 0, -0.216, 0.522, 1.260, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.522 std_dev=0.738
C5' A 0, -0.226, 0.545, 1.317, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.545 std_dev=0.771
P A 0, -0.278, 0.672, 1.621, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.672 std_dev=0.950
O5' B 0, -0.315, 0.760, 1.835, 2.280 max_d=2.280 avg_d=0.760 std_dev=1.075
O4' B 0, -0.484, 1.169, 2.823, 3.508 max_d=3.508 avg_d=1.169 std_dev=1.654
C5' B 0, -0.489, 1.182, 2.853, 3.545 max_d=3.545 avg_d=1.182 std_dev=1.671
OP2 A 0, -0.567, 1.368, 3.303, 4.105 max_d=4.105 avg_d=1.368 std_dev=1.935
C4' B 0, -0.629, 1.519, 3.668, 4.558 max_d=4.558 avg_d=1.519 std_dev=2.149
C1' B 0, -0.782, 1.888, 4.557, 5.663 max_d=5.663 avg_d=1.888 std_dev=2.670
C6 B 0, -0.849, 2.050, 4.950, 6.151 max_d=6.151 avg_d=2.050 std_dev=2.900
N1 B 0, -0.954, 2.304, 5.562, 6.911 max_d=6.911 avg_d=2.304 std_dev=3.258
C3' B 0, -0.963, 2.325, 5.613, 6.975 max_d=6.975 avg_d=2.325 std_dev=3.288
C2' B 0, -1.045, 2.524, 6.093, 7.571 max_d=7.571 avg_d=2.524 std_dev=3.569
C5 B 0, -1.093, 2.639, 6.370, 7.916 max_d=7.916 avg_d=2.639 std_dev=3.731
O2' B 0, -1.094, 2.641, 6.376, 7.923 max_d=7.923 avg_d=2.641 std_dev=3.735
O3' B 0, -1.222, 2.949, 7.121, 8.848 max_d=8.848 avg_d=2.949 std_dev=4.171
C2 B 0, -1.265, 3.055, 7.376, 9.166 max_d=9.166 avg_d=3.055 std_dev=4.321
O2 B 0, -1.390, 3.355, 8.100, 10.066 max_d=10.066 avg_d=3.355 std_dev=4.745
C4 B 0, -1.416, 3.418, 8.253, 10.255 max_d=10.255 avg_d=3.418 std_dev=4.834
N3 B 0, -1.476, 3.564, 8.604, 10.692 max_d=10.692 avg_d=3.564 std_dev=5.040
O4 B 0, -1.656, 3.998, 9.651, 11.993 max_d=11.993 avg_d=3.998 std_dev=5.654

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.49 0.06 0.90 0.46
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.15 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.60 0.01 1.31 0.62
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.44 0.23 0.79 0.39
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.15 0.23 0.10
C4 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.14 0.02 0.34 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.58 0.12 1.56 0.62
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.21 0.09 0.03 0.15 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.11 0.11 0.03
C5 0.04 0.03 0.02 0.09 0.02 0.23 0.00 0.45 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.16 0.53 0.16 1.56 0.58
C5' 0.08 0.15 0.09 0.01 0.34 0.01 0.45 0.00 0.39 0.22 0.21 0.38 0.07 0.08 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01
C6 0.02 0.04 0.02 0.06 0.00 0.21 0.02 0.39 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.07 0.02 0.15 0.56 0.08 1.43 0.58
N1 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.57 0.00 1.25 0.58
N3 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.21 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.07 0.00 0.62 0.04 1.48 0.66
N4 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.15 0.01 0.38 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02 0.04 0.08 0.56 0.18 1.61 0.60
O2 0.01 0.00 0.08 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.11 0.06 0.04 0.53 0.01 1.14 0.55
O2' 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.08 0.07 0.01 0.03 0.02 0.11 0.00 0.12 0.00 0.38 0.26 0.76 0.35
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.04 0.06 0.12 0.00 0.03 0.05 0.05 0.01 0.03
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.38 0.07 0.66 0.37
O5' 0.49 0.60 0.44 0.12 0.58 0.02 0.53 0.00 0.56 0.57 0.62 0.56 0.53 0.38 0.05 0.38 0.00 0.00 0.07 0.01
OP1 0.06 0.01 0.23 0.15 0.12 0.11 0.16 0.06 0.08 0.00 0.04 0.18 0.01 0.26 0.05 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02
OP2 0.90 1.31 0.79 0.23 1.56 0.11 1.56 0.07 1.43 1.25 1.48 1.61 1.14 0.76 0.01 0.66 0.07 0.03 0.00 0.02
P 0.46 0.62 0.39 0.10 0.62 0.03 0.58 0.01 0.58 0.58 0.66 0.60 0.55 0.35 0.03 0.37 0.01 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.14 3.46 2.49 1.99 3.42 0.94 2.72 0.27 2.37 2.74 3.74 3.65 1.98 1.76 3.64 1.27 0.67 0.21 0.16 0.18
C2 1.76 3.39 1.68 1.10 3.86 0.34 3.09 0.21 2.49 2.63 3.96 3.36 1.06 0.51 4.23 0.98 0.45 0.11 0.11 0.14
C2' 2.18 3.31 2.62 2.23 3.23 1.17 2.56 0.53 2.28 2.67 3.55 3.54 2.21 2.14 3.44 1.37 0.81 0.17 0.22 0.29
C3' 2.27 3.30 2.88 2.49 3.03 1.33 2.36 0.63 2.16 2.64 3.44 3.63 2.57 2.60 3.19 1.41 0.79 0.29 0.15 0.19
C4 1.21 2.58 0.92 0.41 3.31 0.08 2.79 0.53 2.13 2.05 3.15 2.39 0.39 0.28 3.70 0.65 0.21 0.11 0.02 0.04
C4' 2.26 3.21 2.95 2.50 2.82 1.30 2.17 0.52 2.02 2.56 3.27 3.59 2.69 2.67 2.91 1.34 0.64 0.47 0.00 0.01
C5 1.37 2.46 1.30 0.91 2.85 0.30 2.44 0.19 2.01 2.03 2.82 2.34 0.83 0.40 3.09 0.82 0.41 0.16 0.04 0.12
C5' 2.20 2.80 3.02 2.68 2.25 1.49 1.69 0.67 1.69 2.28 2.72 3.21 2.94 3.09 2.26 1.36 0.59 0.69 0.14 0.16
C6 1.75 2.84 1.90 1.55 2.98 0.70 2.47 0.13 2.15 2.34 3.11 2.83 1.41 1.17 3.17 1.08 0.61 0.19 0.12 0.18
N1 1.92 3.29 2.06 1.57 3.46 0.67 2.81 0.06 2.38 2.63 3.66 3.33 1.50 1.15 3.71 1.13 0.59 0.16 0.14 0.18
N3 1.43 3.06 1.16 0.57 3.82 0.00 3.10 0.47 2.38 2.37 3.73 2.90 0.55 0.15 4.28 0.77 0.28 0.08 0.04 0.09
N4 0.76 2.07 0.30 0.24 3.02 0.49 2.58 0.84 1.81 1.60 2.70 1.82 0.18 1.02 3.53 0.33 0.07 0.10 0.16 0.08
O2 1.81 3.59 1.74 1.10 4.08 0.32 3.21 0.24 2.56 2.73 4.25 3.63 1.09 0.51 4.53 0.98 0.43 0.11 0.11 0.13
O2' 2.09 3.37 2.43 2.01 3.43 1.01 2.71 0.41 2.33 2.67 3.71 3.57 1.98 1.84 3.73 1.30 0.76 0.11 0.22 0.32
O3' 2.24 3.45 2.81 2.35 3.27 1.19 2.52 0.50 2.23 2.70 3.68 3.80 2.46 2.41 3.49 1.33 0.73 0.26 0.15 0.18
O4' 2.26 3.39 2.79 2.27 3.12 1.11 2.46 0.36 2.23 2.71 3.52 3.69 2.36 2.18 3.24 1.32 0.65 0.34 0.09 0.06
O5' 2.70 3.17 3.52 3.41 2.68 2.23 2.22 1.55 2.25 2.77 3.09 3.47 3.35 3.82 2.67 1.98 1.44 0.24 0.68 0.72
OP1 1.63 1.67 2.54 2.63 1.04 1.67 0.71 1.13 0.90 1.43 1.45 2.00 2.72 3.44 0.95 1.11 0.70 0.48 0.05 0.01
OP2 3.21 3.33 3.94 4.17 2.86 3.25 2.59 2.88 2.75 3.15 3.17 3.50 3.82 4.53 2.79 2.79 2.63 1.50 1.87 1.97
P 2.72 2.85 3.57 3.66 2.25 2.62 1.90 2.00 2.07 2.59 2.65 3.14 3.58 4.29 2.16 2.17 1.67 0.37 0.86 0.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.28 0.11 0.01
C2 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.11 0.03 0.03 0.04 0.00 0.62 0.44 0.00
C2' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.07 0.03 0.08 0.02 0.05 0.04 0.08 0.05 0.00 0.03 0.08 0.01 0.02 0.10 0.15 0.00
C3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.11 0.05 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.10 0.11 0.16 0.04
C4 0.00 0.06 0.07 0.09 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.12 0.01 0.02 0.04 0.85 0.73 0.05
C4' 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.14 0.00
C5 0.02 0.06 0.08 0.14 0.01 0.05 0.00 0.09 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.18 0.03 0.04 0.07 0.80 0.73 0.10
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.04 0.11 0.04 0.03 0.01 0.01 0.35 0.27 0.00
C6 0.04 0.03 0.05 0.11 0.02 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.14 0.01 0.06 0.04 0.62 0.52 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.52 0.38 0.03
N3 0.05 0.01 0.08 0.07 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.03 0.00 0.05 0.12 0.08 0.01 0.04 0.04 0.74 0.63 0.04
O2 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.04 0.06 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.16 0.02 0.04 0.08 0.01 0.52 0.39 0.00
O2' 0.01 0.11 0.00 0.07 0.06 0.12 0.03 0.11 0.01 0.03 0.12 0.16 0.00 0.13 0.09 0.06 0.08 0.03 0.10 0.09
O3' 0.00 0.03 0.03 0.01 0.12 0.01 0.18 0.04 0.14 0.06 0.08 0.02 0.13 0.00 0.13 0.01 0.17 0.40 0.15 0.10
O4 0.01 0.03 0.08 0.08 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.13 0.00 0.03 0.01 0.99 0.76 0.01
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.08 0.06 0.01 0.03 0.00 0.11 0.20 0.10 0.05
O5' 0.04 0.00 0.02 0.10 0.04 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.17 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.28 0.62 0.10 0.11 0.85 0.16 0.80 0.35 0.62 0.52 0.74 0.52 0.03 0.40 0.99 0.20 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.11 0.44 0.15 0.16 0.73 0.14 0.73 0.27 0.52 0.38 0.63 0.39 0.10 0.15 0.76 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01
P 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.10 0.00 0.08 0.03 0.04 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00