ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54669

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C6 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
N4 A 0, 0.000, 0.070, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.070 std_dev=0.070
P B 0, 0.000, 0.248, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C2' A 0, 0.000, 0.296, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.296 std_dev=0.296
O4' A 0, 0.000, 0.373, 0.746, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.373 std_dev=0.373
OP2 B 0, 0.000, 0.557, 1.114, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.557 std_dev=0.557
OP1 B 0, 0.000, 0.731, 1.462, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.731 std_dev=0.731
C4' A 0, 0.000, 0.755, 1.511, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.755 std_dev=0.755
O5' A 0, 0.000, 0.761, 1.521, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.761 std_dev=0.761
C3' A 0, 0.000, 0.801, 1.603, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.801 std_dev=0.801
C5' A 0, 0.000, 0.856, 1.712, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.856 std_dev=0.856
O2' A 0, 0.000, 0.923, 1.846, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.923 std_dev=0.923
P A 0, 0.000, 1.068, 2.137, 2.137 max_d=2.137 avg_d=1.068 std_dev=1.068
O3' A 0, 0.000, 1.375, 2.750, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.375 std_dev=1.375
O5' B 0, 0.000, 1.405, 2.810, 2.810 max_d=2.810 avg_d=1.405 std_dev=1.405
OP1 A 0, 0.000, 1.412, 2.824, 2.824 max_d=2.824 avg_d=1.412 std_dev=1.412
C5' B 0, 0.000, 2.235, 4.470, 4.470 max_d=4.470 avg_d=2.235 std_dev=2.235
OP2 A 0, 0.000, 2.487, 4.974, 4.974 max_d=4.974 avg_d=2.487 std_dev=2.487
C3' B 0, 0.000, 2.495, 4.990, 4.990 max_d=4.990 avg_d=2.495 std_dev=2.495
O3' B 0, 0.000, 2.939, 5.878, 5.878 max_d=5.878 avg_d=2.939 std_dev=2.939
C4' B 0, 0.000, 2.980, 5.960, 5.960 max_d=5.960 avg_d=2.980 std_dev=2.980
C2' B 0, 0.000, 3.144, 6.288, 6.288 max_d=6.288 avg_d=3.144 std_dev=3.144
O4' B 0, 0.000, 3.514, 7.027, 7.027 max_d=7.027 avg_d=3.514 std_dev=3.514
O2' B 0, 0.000, 3.651, 7.302, 7.302 max_d=7.302 avg_d=3.651 std_dev=3.651
C1' B 0, 0.000, 4.053, 8.106, 8.106 max_d=8.106 avg_d=4.053 std_dev=4.053
N1 B 0, 0.000, 4.667, 9.335, 9.335 max_d=9.335 avg_d=4.667 std_dev=4.667
C6 B 0, 0.000, 4.807, 9.614, 9.614 max_d=9.614 avg_d=4.807 std_dev=4.807
O2 B 0, 0.000, 5.345, 10.690, 10.690 max_d=10.690 avg_d=5.345 std_dev=5.345
C2 B 0, 0.000, 5.354, 10.707, 10.707 max_d=10.707 avg_d=5.354 std_dev=5.354
C5 B 0, 0.000, 5.503, 11.007, 11.007 max_d=11.007 avg_d=5.503 std_dev=5.503
N3 B 0, 0.000, 6.205, 12.410, 12.410 max_d=12.410 avg_d=6.205 std_dev=6.205
C4 B 0, 0.000, 6.319, 12.639, 12.639 max_d=12.639 avg_d=6.319 std_dev=6.319
O4 B 0, 0.000, 7.176, 14.352, 14.352 max_d=14.352 avg_d=7.176 std_dev=7.176

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.15 0.00 0.10 0.48 0.05 0.19
C2 0.03 0.00 0.06 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.24 0.09 0.06 0.08 0.60 0.32 0.03
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.14 0.08 0.00 0.03 0.03 0.12 0.01 0.04 0.01 0.32 0.43 0.07 0.31
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.27 0.01 0.31 0.02 0.27 0.17 0.20 0.30 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.17 0.07
C4 0.03 0.01 0.02 0.27 0.00 0.14 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.38 0.14 0.01 0.27 0.66 0.68 0.16
C4' 0.00 0.01 0.03 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.19 0.08 0.07 0.16 0.09 0.26 0.02 0.00 0.00 0.09 0.19 0.02
C5 0.02 0.00 0.07 0.31 0.00 0.20 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.23 0.07 0.32 0.68 0.68 0.17
C5' 0.05 0.02 0.14 0.02 0.18 0.00 0.24 0.00 0.18 0.06 0.10 0.22 0.07 0.08 0.14 0.00 0.01 0.27 0.34 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.27 0.00 0.19 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.08 0.22 0.66 0.42 0.04
N1 0.01 0.00 0.00 0.17 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.01 0.00 0.07 0.60 0.24 0.06
N3 0.03 0.00 0.03 0.20 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.34 0.00 0.04 0.18 0.63 0.53 0.07
N4 0.03 0.01 0.03 0.30 0.00 0.16 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.42 0.17 0.02 0.32 0.65 0.83 0.23
O2 0.04 0.00 0.12 0.02 0.00 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.27 0.13 0.02 0.57 0.19 0.10
O2' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.38 0.26 0.35 0.08 0.26 0.20 0.34 0.42 0.15 0.00 0.03 0.18 0.21 0.30 0.02 0.22
O3' 0.15 0.09 0.04 0.01 0.14 0.02 0.23 0.14 0.19 0.01 0.00 0.17 0.27 0.03 0.00 0.08 0.13 0.54 0.35 0.31
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.04 0.02 0.13 0.18 0.08 0.00 0.01 0.32 0.22 0.14
O5' 0.10 0.08 0.32 0.03 0.27 0.00 0.32 0.01 0.22 0.07 0.18 0.32 0.02 0.21 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.48 0.60 0.43 0.14 0.66 0.09 0.68 0.27 0.66 0.60 0.63 0.65 0.57 0.30 0.54 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.32 0.07 0.17 0.68 0.19 0.68 0.34 0.42 0.24 0.53 0.83 0.19 0.02 0.35 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.03 0.31 0.07 0.16 0.02 0.17 0.02 0.04 0.06 0.07 0.23 0.10 0.22 0.31 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 1.39 0.56 0.07 1.18 0.20 0.69 0.57 0.50 0.83 1.50 1.71 0.66 0.03 1.32 0.17 0.58 0.32 0.03 0.12
C2 0.35 1.57 0.42 0.12 1.36 0.51 0.69 0.87 0.41 0.80 1.76 1.99 0.47 0.30 1.56 0.04 0.60 0.21 0.09 0.07
C2' 0.09 0.69 0.03 0.42 0.53 0.62 0.10 0.83 0.08 0.19 0.80 0.98 0.01 0.48 0.67 0.33 0.83 0.24 0.12 0.26
C3' 0.42 0.97 0.46 0.23 0.75 0.09 0.40 0.10 0.31 0.58 1.01 1.24 0.47 0.27 0.82 0.27 0.24 0.88 0.32 0.28
C4 0.24 1.51 0.32 0.11 1.15 0.55 0.43 0.94 0.17 0.67 1.65 2.06 0.34 0.26 1.33 0.11 0.55 0.12 0.18 0.03
C4' 0.90 1.36 0.93 0.65 1.08 0.47 0.75 0.11 0.70 1.01 1.35 1.61 1.07 0.81 1.12 0.67 0.16 0.78 0.16 0.20
C5 0.37 1.44 0.43 0.08 0.96 0.31 0.32 0.73 0.15 0.67 1.47 2.01 0.44 0.02 1.07 0.07 0.55 0.21 0.06 0.07
C5' 1.00 1.20 1.01 0.90 0.85 0.79 0.62 0.43 0.65 0.96 1.11 1.44 1.15 1.22 0.83 0.86 0.01 0.91 0.18 0.28
C6 0.48 1.43 0.55 0.16 1.00 0.18 0.44 0.59 0.28 0.76 1.45 1.91 0.58 0.13 1.10 0.18 0.56 0.29 0.01 0.10
N1 0.45 1.48 0.51 0.02 1.20 0.31 0.61 0.70 0.40 0.81 1.59 1.90 0.57 0.06 1.34 0.10 0.59 0.27 0.01 0.10
N3 0.26 1.57 0.34 0.18 1.33 0.61 0.60 0.97 0.30 0.74 1.78 2.06 0.37 0.38 1.55 0.13 0.58 0.14 0.17 0.04
N4 0.12 1.44 0.21 0.18 1.09 0.65 0.32 1.01 0.04 0.56 1.61 2.01 0.22 0.35 1.29 0.22 0.48 0.01 0.28 0.02
O2 0.35 1.58 0.41 0.17 1.47 0.55 0.80 0.89 0.49 0.84 1.83 1.96 0.47 0.38 1.72 0.06 0.61 0.21 0.10 0.07
O2' 0.34 0.47 0.24 0.74 0.44 0.98 0.02 1.18 0.20 0.00 0.64 0.69 0.14 0.87 0.60 0.65 1.10 0.10 0.35 0.53
O3' 0.46 0.95 0.51 0.29 0.75 0.15 0.44 0.01 0.35 0.60 0.99 1.18 0.54 0.36 0.83 0.31 0.16 1.01 0.36 0.37
O4' 1.00 1.66 1.04 0.60 1.38 0.35 0.96 0.12 0.85 1.20 1.69 1.96 1.21 0.68 1.45 0.66 0.29 0.52 0.01 0.03
O5' 0.85 1.03 0.85 0.88 0.62 0.77 0.37 0.48 0.42 0.77 0.91 1.31 0.86 1.19 0.59 0.80 0.06 0.97 0.29 0.35
OP1 0.16 0.03 0.12 0.42 0.54 0.38 0.73 0.04 0.57 0.15 0.20 0.35 0.38 1.21 0.63 0.17 0.71 0.14 0.87 0.62
OP2 1.07 1.04 0.97 1.45 0.39 1.50 0.16 1.41 0.33 0.80 0.79 1.43 0.81 1.87 0.29 1.29 0.80 1.85 0.76 1.03
P 0.78 0.70 0.72 1.07 0.15 1.05 0.04 0.80 0.11 0.51 0.47 1.00 0.71 1.66 0.06 0.87 0.16 1.04 0.15 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.10 0.02 0.00 0.13 0.51 0.18 0.27
C2 0.03 0.00 0.11 0.22 0.01 0.19 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.01 0.01 0.16 0.35 0.22 0.94 0.21
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.13 0.12 0.15 0.02 0.06 0.21 0.00 0.02 0.04 0.00 0.32 0.21 0.14 0.25
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.16 0.39 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.21 0.27 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.09 0.00 0.01 0.15 1.06 0.19 0.54
C4' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.02 0.00 0.18 0.01 0.21 0.01 0.13 0.34 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.11 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.13 0.15 0.00 0.18 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.13 0.56 1.58 0.47 1.10
C5' 0.07 0.24 0.12 0.01 0.14 0.01 0.44 0.00 0.48 0.10 0.14 0.54 0.02 0.10 0.13 0.03 0.00 0.01 0.12 0.01
C6 0.00 0.01 0.15 0.19 0.00 0.21 0.00 0.48 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.00 0.17 0.63 1.50 0.50 1.09
N1 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.01 0.00 0.13 0.76 0.22 0.39
N3 0.03 0.00 0.06 0.16 0.01 0.13 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.03 0.01 0.11 0.24 0.47 0.81 0.02
O2 0.06 0.00 0.21 0.39 0.00 0.34 0.01 0.54 0.02 0.01 0.01 0.00 0.29 0.04 0.00 0.27 0.74 0.40 1.56 0.78
O2' 0.03 0.19 0.00 0.01 0.13 0.10 0.04 0.02 0.01 0.06 0.18 0.29 0.00 0.06 0.13 0.05 0.30 0.13 0.12 0.24
O3' 0.10 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.14 0.10 0.16 0.09 0.03 0.04 0.06 0.00 0.08 0.08 0.04 0.43 0.32 0.20
O4 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.08 0.00 0.00 0.12 1.09 0.21 0.53
O4' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.03 0.17 0.00 0.11 0.27 0.05 0.08 0.00 0.00 0.06 0.51 0.19 0.16
O5' 0.13 0.35 0.32 0.13 0.15 0.01 0.56 0.00 0.63 0.13 0.24 0.74 0.30 0.04 0.12 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.51 0.22 0.21 0.21 1.06 0.11 1.58 0.01 1.50 0.76 0.47 0.40 0.13 0.43 1.09 0.51 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.18 0.94 0.14 0.27 0.19 0.10 0.47 0.12 0.50 0.22 0.81 1.56 0.12 0.32 0.21 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.21 0.25 0.07 0.54 0.03 1.10 0.01 1.09 0.39 0.02 0.78 0.24 0.20 0.53 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00