ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54670

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C3' A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O3' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.000, 0.092, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C5' A 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
O5' A 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
O2' A 0, 0.000, 0.252, 0.504, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.252 std_dev=0.252
OP2 A 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O5' B 0, 0.000, 0.337, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.337 std_dev=0.337
P A 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
O3' B 0, 0.000, 0.411, 0.821, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.411 std_dev=0.411
P B 0, 0.000, 0.427, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.427 std_dev=0.427
OP2 B 0, 0.000, 0.446, 0.892, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.446 std_dev=0.446
C3' B 0, 0.000, 0.446, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.446 std_dev=0.446
O4' B 0, 0.000, 0.454, 0.908, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.454 std_dev=0.454
OP1 A 0, 0.000, 0.476, 0.953, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.476 std_dev=0.476
C5' B 0, 0.000, 0.477, 0.954, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.477 std_dev=0.477
C1' B 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
C4' B 0, 0.000, 0.513, 1.026, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.513 std_dev=0.513
N1 B 0, 0.000, 0.515, 1.030, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.515 std_dev=0.515
O2 B 0, 0.000, 0.530, 1.060, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.530 std_dev=0.530
C2 B 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
C6 B 0, 0.000, 0.570, 1.141, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.570 std_dev=0.570
OP1 B 0, 0.000, 0.604, 1.208, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.604 std_dev=0.604
N3 B 0, 0.000, 0.638, 1.276, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.638 std_dev=0.638
C2' B 0, 0.000, 0.646, 1.293, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.646 std_dev=0.646
C5 B 0, 0.000, 0.671, 1.342, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.671 std_dev=0.671
C4 B 0, 0.000, 0.710, 1.420, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.710 std_dev=0.710
O2' B 0, 0.000, 0.806, 1.612, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.806 std_dev=0.806
O4 B 0, 0.000, 0.819, 1.638, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.819 std_dev=0.819

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03
C5' 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01
N4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02
O2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.04
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
O5' 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.07 0.14 0.12 0.29 0.09 0.32 0.02 0.25 0.12 0.18 0.07 0.53 0.05 0.33 0.08 0.01 0.04 0.03 0.01
C2 0.02 0.06 0.16 0.14 0.34 0.09 0.38 0.01 0.29 0.13 0.17 0.11 0.51 0.07 0.40 0.13 0.07 0.02 0.05 0.05
C2' 0.00 0.07 0.13 0.12 0.27 0.10 0.30 0.06 0.24 0.12 0.16 0.06 0.48 0.06 0.31 0.09 0.08 0.06 0.01 0.02
C3' 0.01 0.10 0.08 0.08 0.26 0.07 0.28 0.05 0.21 0.11 0.18 0.01 0.44 0.03 0.31 0.05 0.07 0.07 0.03 0.01
C4 0.06 0.12 0.26 0.09 0.16 0.04 0.29 0.07 0.19 0.01 0.07 0.25 0.49 0.04 0.20 0.09 0.14 0.08 0.05 0.08
C4' 0.01 0.12 0.05 0.08 0.26 0.07 0.26 0.03 0.20 0.12 0.20 0.02 0.45 0.02 0.30 0.03 0.03 0.08 0.05 0.00
C5 0.11 0.18 0.32 0.06 0.07 0.01 0.21 0.08 0.14 0.05 0.12 0.29 0.51 0.02 0.10 0.05 0.12 0.06 0.05 0.07
C5' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.19 0.05 0.19 0.04 0.15 0.09 0.15 0.02 0.35 0.01 0.22 0.00 0.05 0.10 0.06 0.01
C6 0.09 0.10 0.30 0.07 0.15 0.03 0.24 0.04 0.18 0.01 0.01 0.23 0.55 0.02 0.18 0.05 0.06 0.00 0.04 0.03
N1 0.02 0.02 0.20 0.12 0.27 0.08 0.33 0.01 0.25 0.10 0.12 0.14 0.54 0.05 0.31 0.09 0.04 0.01 0.04 0.03
N3 0.00 0.01 0.19 0.13 0.30 0.08 0.37 0.04 0.26 0.09 0.09 0.16 0.49 0.06 0.37 0.13 0.11 0.06 0.05 0.07
N4 0.07 0.17 0.27 0.08 0.04 0.02 0.22 0.10 0.14 0.04 0.16 0.27 0.46 0.04 0.07 0.08 0.17 0.14 0.05 0.10
O2 0.06 0.13 0.10 0.16 0.40 0.12 0.41 0.01 0.32 0.18 0.26 0.02 0.48 0.08 0.47 0.15 0.05 0.01 0.05 0.04
O2' 0.00 0.06 0.14 0.13 0.29 0.11 0.34 0.07 0.26 0.12 0.16 0.08 0.50 0.07 0.34 0.10 0.10 0.06 0.03 0.05
O3' 0.01 0.13 0.06 0.08 0.31 0.07 0.31 0.05 0.23 0.13 0.23 0.02 0.44 0.01 0.37 0.04 0.07 0.07 0.03 0.02
O4' 0.00 0.12 0.08 0.12 0.29 0.09 0.30 0.03 0.24 0.14 0.21 0.02 0.52 0.05 0.32 0.07 0.00 0.08 0.04 0.00
O5' 0.07 0.01 0.14 0.02 0.12 0.03 0.14 0.03 0.10 0.03 0.06 0.06 0.36 0.01 0.14 0.01 0.06 0.07 0.07 0.01
OP1 0.01 0.07 0.02 0.00 0.11 0.06 0.11 0.11 0.09 0.07 0.09 0.05 0.01 0.01 0.12 0.02 0.17 0.13 0.05 0.04
OP2 0.11 0.08 0.20 0.07 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.12 0.19 0.03 0.00 0.04 0.13 0.05 0.09 0.00
P 0.04 0.02 0.08 0.01 0.08 0.03 0.10 0.07 0.08 0.03 0.05 0.02 0.13 0.00 0.09 0.00 0.14 0.12 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.12 0.12 0.05
C2 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.08 0.00 0.01 0.30 0.10 0.21 0.19
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.03 0.06 0.11 0.05 0.03 0.05 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.26 0.06 0.26 0.21
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.11 0.08 0.11 0.06 0.01 0.00 0.13 0.00 0.05 0.21 0.06 0.06
C4 0.00 0.00 0.06 0.12 0.00 0.01 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.11 0.00 0.02 0.31 0.23 0.22 0.21
C4' 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.19 0.06 0.01 0.00 0.01 0.21 0.07 0.05
C5 0.00 0.00 0.06 0.12 0.00 0.02 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.12 0.00 0.02 0.27 0.13 0.17 0.14
C5' 0.08 0.15 0.11 0.00 0.20 0.00 0.19 0.00 0.17 0.15 0.18 0.13 0.07 0.11 0.21 0.00 0.00 0.10 0.09 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.02 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.02 0.25 0.03 0.13 0.07
N1 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.08 0.00 0.01 0.27 0.00 0.16 0.12
N3 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.00 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.10 0.00 0.01 0.32 0.19 0.24 0.23
O2 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.05 0.00 0.00 0.28 0.09 0.22 0.20
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.18 0.19 0.12 0.07 0.08 0.10 0.21 0.23 0.00 0.05 0.20 0.10 0.15 0.01 0.15 0.13
O3' 0.01 0.08 0.05 0.00 0.11 0.06 0.12 0.11 0.10 0.08 0.10 0.05 0.05 0.00 0.12 0.02 0.15 0.21 0.02 0.09
O4 0.00 0.00 0.06 0.13 0.00 0.01 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.12 0.00 0.02 0.31 0.29 0.24 0.24
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.02 0.02 0.00 0.04 0.30 0.02 0.11
O5' 0.19 0.30 0.26 0.05 0.31 0.01 0.27 0.00 0.25 0.27 0.32 0.28 0.15 0.15 0.31 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.10 0.06 0.21 0.23 0.21 0.13 0.10 0.03 0.00 0.19 0.09 0.01 0.21 0.29 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.21 0.26 0.06 0.22 0.07 0.17 0.09 0.13 0.16 0.24 0.22 0.15 0.02 0.24 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.19 0.21 0.06 0.21 0.05 0.14 0.00 0.07 0.12 0.23 0.20 0.13 0.09 0.24 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00