ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54671

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C4' A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
O3' A 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C5' A 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
O2' A 0, 0.000, 0.116, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O5' B 0, 0.000, 0.268, 0.536, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.268 std_dev=0.268
P B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
P A 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C2' B 0, 0.000, 0.328, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.328 std_dev=0.328
O5' A 0, 0.000, 0.329, 0.658, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.329 std_dev=0.329
N3 B 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C2 B 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
O2 B 0, 0.000, 0.338, 0.676, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.338 std_dev=0.338
OP2 B 0, 0.000, 0.348, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C3' B 0, 0.000, 0.361, 0.722, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.361 std_dev=0.361
O4 B 0, 0.000, 0.365, 0.731, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C5' B 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C1' B 0, 0.000, 0.405, 0.809, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.405 std_dev=0.405
C4 B 0, 0.000, 0.412, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.412 std_dev=0.412
N1 B 0, 0.000, 0.419, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.419 std_dev=0.419
C4' B 0, 0.000, 0.420, 0.839, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.420 std_dev=0.420
O4' B 0, 0.000, 0.440, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.440 std_dev=0.440
OP1 B 0, 0.000, 0.457, 0.913, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.457 std_dev=0.457
O2' B 0, 0.000, 0.473, 0.946, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.473 std_dev=0.473
O3' B 0, 0.000, 0.484, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.484 std_dev=0.484
C6 B 0, 0.000, 0.574, 1.149, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.574 std_dev=0.574
C5 B 0, 0.000, 0.575, 1.150, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.575 std_dev=0.575
OP1 A 0, 0.000, 0.773, 1.547, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.773 std_dev=0.773
OP2 A 0, 0.000, 0.800, 1.599, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.800 std_dev=0.800

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.19 0.29 0.09
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.09 0.09 0.28 0.11
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.28 0.23 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.26 0.04
C4 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.14 0.14 0.15 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.29 0.09
C5 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.16 0.21 0.09 0.04
C5' 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.24 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.15 0.24 0.13 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.16 0.24 0.09
N3 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.11 0.09 0.23 0.10
N4 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.15 0.12 0.12 0.07
O2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.37 0.15
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.28 0.25 0.05
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.04 0.20 0.34 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.14 0.29 0.11
O5' 0.07 0.09 0.09 0.01 0.14 0.01 0.16 0.01 0.15 0.12 0.11 0.15 0.05 0.07 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.19 0.09 0.28 0.26 0.14 0.17 0.21 0.24 0.24 0.16 0.09 0.12 0.03 0.28 0.20 0.14 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.29 0.28 0.23 0.26 0.15 0.29 0.09 0.10 0.13 0.24 0.23 0.12 0.37 0.25 0.34 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.11 0.05 0.04 0.07 0.09 0.04 0.01 0.04 0.09 0.10 0.07 0.15 0.05 0.08 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.15 0.10 0.08 0.06 0.15 0.03 0.07 0.05 0.02 0.13 0.26 0.12 0.11 0.07 0.01 0.07 0.07 0.03
C2 0.13 0.13 0.18 0.15 0.06 0.14 0.14 0.12 0.05 0.09 0.07 0.18 0.25 0.17 0.10 0.14 0.10 0.03 0.01 0.04
C2' 0.08 0.07 0.15 0.09 0.09 0.05 0.17 0.01 0.10 0.04 0.02 0.14 0.28 0.11 0.12 0.06 0.01 0.09 0.09 0.04
C3' 0.09 0.07 0.15 0.10 0.07 0.05 0.12 0.01 0.05 0.05 0.02 0.12 0.30 0.13 0.11 0.06 0.00 0.10 0.05 0.03
C4 0.08 0.08 0.14 0.13 0.18 0.13 0.31 0.15 0.21 0.00 0.00 0.18 0.16 0.13 0.18 0.12 0.13 0.07 0.01 0.06
C4' 0.12 0.08 0.17 0.12 0.05 0.07 0.07 0.03 0.00 0.08 0.02 0.11 0.31 0.15 0.11 0.09 0.01 0.06 0.01 0.00
C5 0.03 0.03 0.11 0.09 0.20 0.08 0.35 0.10 0.28 0.06 0.04 0.13 0.15 0.09 0.20 0.05 0.09 0.04 0.03 0.04
C5' 0.15 0.09 0.19 0.15 0.04 0.11 0.04 0.06 0.04 0.11 0.03 0.12 0.34 0.19 0.10 0.12 0.04 0.01 0.09 0.06
C6 0.05 0.04 0.13 0.09 0.16 0.06 0.29 0.06 0.22 0.02 0.02 0.12 0.20 0.10 0.17 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01
N1 0.10 0.09 0.16 0.12 0.10 0.09 0.20 0.07 0.11 0.05 0.02 0.15 0.25 0.14 0.13 0.10 0.06 0.01 0.04 0.01
N3 0.12 0.13 0.17 0.15 0.09 0.15 0.20 0.15 0.09 0.07 0.06 0.20 0.20 0.17 0.12 0.15 0.12 0.06 0.00 0.06
N4 0.06 0.06 0.12 0.14 0.21 0.16 0.33 0.19 0.23 0.03 0.02 0.18 0.11 0.13 0.20 0.13 0.15 0.11 0.01 0.09
O2 0.16 0.15 0.20 0.17 0.01 0.15 0.04 0.13 0.03 0.14 0.11 0.20 0.28 0.20 0.04 0.17 0.10 0.03 0.00 0.05
O2' 0.08 0.07 0.16 0.10 0.10 0.06 0.20 0.03 0.13 0.02 0.02 0.15 0.27 0.12 0.13 0.06 0.04 0.07 0.09 0.03
O3' 0.09 0.07 0.15 0.10 0.07 0.05 0.11 0.01 0.04 0.05 0.02 0.12 0.29 0.13 0.11 0.06 0.00 0.10 0.07 0.04
O4' 0.10 0.07 0.15 0.10 0.06 0.06 0.09 0.02 0.01 0.07 0.02 0.11 0.28 0.13 0.11 0.08 0.00 0.06 0.03 0.02
O5' 0.33 0.23 0.36 0.34 0.09 0.30 0.13 0.26 0.24 0.28 0.15 0.26 0.50 0.38 0.01 0.31 0.23 0.20 0.30 0.26
OP1 0.06 0.06 0.02 0.06 0.05 0.13 0.08 0.26 0.10 0.08 0.05 0.05 0.27 0.06 0.02 0.05 0.31 0.39 0.26 0.32
OP2 0.00 0.04 0.07 0.14 0.14 0.11 0.22 0.13 0.18 0.08 0.07 0.00 0.02 0.12 0.12 0.02 0.13 0.24 0.01 0.10
P 0.14 0.12 0.11 0.05 0.10 0.03 0.16 0.03 0.18 0.15 0.10 0.11 0.27 0.11 0.05 0.09 0.06 0.13 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.10 0.12 0.07
C2 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.10 0.06 0.11 0.09 0.08
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.14 0.23 0.15
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.19 0.13
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.09 0.05 0.09 0.08
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.06 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.09 0.06
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.05 0.21 0.14 0.18 0.19
C5' 0.00 0.10 0.03 0.00 0.03 0.00 0.15 0.00 0.16 0.02 0.07 0.20 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.07 0.02 0.08 0.22 0.11 0.12 0.16
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.07 0.02 0.06 0.02 0.03
O2 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.04 0.01 0.16 0.16 0.20 0.17 0.17
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.14 0.02 0.06 0.13 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.21 0.35 0.23
O3' 0.05 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.16 0.20 0.13
O4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.08 0.06 0.11 0.09
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.07 0.16 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04
O5' 0.01 0.06 0.04 0.01 0.09 0.00 0.21 0.00 0.22 0.05 0.02 0.16 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.11 0.14 0.15 0.05 0.10 0.14 0.02 0.11 0.04 0.06 0.20 0.21 0.16 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.09 0.23 0.19 0.09 0.09 0.18 0.01 0.12 0.04 0.02 0.17 0.35 0.20 0.11 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.15 0.13 0.08 0.06 0.19 0.00 0.16 0.01 0.03 0.17 0.23 0.13 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00